| |
|
Aspekty genové regulace CYP3A4 v jaterní tkáni.
Krausová, Lucie ; Štaud, František (vedoucí práce) ; Mičuda, Stanislav (oponent) ; Skálová, Lenka (oponent)
1 Souhrn CYP3A4 je významným enzymem podílejícím se na eliminaci většiny biotransformovaných xenobiotik. Hraje zásadní úlohu v detoxifikačním systému lidského těla, čímž je také zodpovědný za vznik řady lékových interakcí. Tyto interakce představují výraznou komplikaci současné farmakoterapie, neboť v krajních případech mohou ústit až k selhání léčby či život ohrožujícímu vystupňování toxických účinků. LI jsou důsledkem změn aktivity CYP3A4, která je mezi jednotlivci velice variabilní. Důležitým mechanismem ovlivnění aktivity CYP3A4 je regulace indukovatelné transkripce prostřednictvím xenobiotiky aktivovaných nukleárních receptorů. Jedná se zejména o receptory PXR, CAR a GR. Intenzivní studium struktury promotoru CYP3A4 a mechanismů regulace jeho transkripce v posledních letech ještě zdaleka není u konce, vztahy mezi jednotlivými receptory a kofaktory, stejně jako schopnost léčiv zasahovat do exprese CYP3A4 je doposud odkryta jen zčásti. Tato práce přispívá k objasnění některých otázek týkajících se účinků azolových antimykotik na aktivitu transkripce CYP3A4 zprostředkovanou PXR, schopnosti valproátu aktivovat PXR a CAR či okolností placentární exprese CYP3A4 prostřednictvím GR. K experimentům byly využity moderní molekulárně biologické metody a probíhaly in vitro v kulturách primárních hepatocytů a...
|
|
Využití metody RNA interference pro cílenou inhibici exprese genů na úrovni mRNA
Radilová, Hana ; Kvasničková, Eva (vedoucí práce) ; Šmarda, Jan (oponent) ; Flachs, Pavel (oponent)
Cyklooxygenáza (COX) je klíčovým enzymem v metabolismu arachidonové kyseliny (AA). Přeměňuje AA na prostaglandin H2, který je dále metabolizován různými enzymy na biologicky aktivní prostanoidy. Tato práce byla zaměřena na studium vztahů mezi geny souvisejícími s metabolismem AA. Pomocí RNA interference byla specificky snižována exprese vždy jedné z izoforem COX v buněčné linii rakoviny děložního čípku (Hep2). Cyklooxygenáza 1 (COX-1) byla úspěšně inhibována jak pomocí siRNA ("small interfering RNA"), tak shRNA ("short hairpin RNA") sekvencí. Pro snížení exprese cyklooxygenázy 2 (COX-2) se nepodařilo získat výrazně účinnou sekvenci shRNA. Bylo připraveno několik klonů buněčné linie Hep2 se specificky a stabilně inhibovanou expresí COX-1 (Hep2_shRNA1), které byly využity pro další studie. Snížení COX-1 bylo potvrzeno na úrovni mRNA pomocí real-time PCR, na úrovni proteinů pomocí Westernu blotu a na funkční úrovni metodou ELISA. Specifická a stabilní inhibice exprese COX-1 způsobila výrazné snížení mikrozomální prostaglandin E syntázy 1 (mPGES-1). Dále bylo v linii Hep2_shRNA1 nalezeno významné zvýšení hladiny mRNA genu ABCC4 ("ATP-binding cassette, sub-family C, member 4"). Tento gen kóduje transportér MRP4 ("Multidrug resistance protein 4"), který je přenašečem některých cytostatik, antivirotik a...
|
|
Cirkadiánní rytmy u sekundární řasy Chromera velia
JONÁKOVÁ, Martina
Životní cyklus mnoha známých řas je ovlivněn cirkadiánními hodinami. Zdá se pravděpodobné, že také Chromera velia, nejbližší známý fotosyntetický příbuzný apixomplexům, používá cirkadiánní oscilátor. Testovali jsme, zda kolísání abundance bičíkatých stádií (zoospor) je řízeno cirkadiánními hodinami. Tento rytmus je stabilnídokonce i v konstantních světelných podmínkách. Dále byly osekvenovány tři geny kryptochromů a následně byly fylogeneticky analyzovány. Dv ay nich byly klasifikovány jako CRY-DASH třetí jako CRY-DASH-like. Rytmičnost exprese CRY-DASH v C. velia byla také zkoumána. Hladina exprese byla rovněž testována v konstantních světelných podmínkách . Je možné, že exprese těchto genů je spojená s cirkadiánním oscilátorem. Toto je první studie cirkadiánních hodin v C. velia.
|
|
Vliv experimentální léčby statiny na expresi genů uplatňujících se v patogenezi adenokarcinomu pankreatu
Marková, Lucie ; Vítek, Libor (vedoucí práce) ; Krechler, Tomáš (oponent)
Úvod: Karcinom pankreatu patří mezi nádorová onemocnění s nejhorší prognózou. Vzhledem к lokalizaci pankreatu v retroperitoneu i dalším anatomickým a patofyziologickým souvislostem se příznaky karcinomu slinivky objevují velmi pozdě a u většiny nemocných již není možné zahájit radikální léčbu. Z těchto důvodů jen 5% nemocných přežívá 5 let od stanovení diagnózy. Většinou postihuje nemocné mezi 30-70 lety, přičemž průměrný věk v době stanovení diagnózy je přibližně 56 let. V posledním desetiletí se dostává do popředí zájmu tzv. DNA microarray technologie umožňující monitorování exprese genů. Exprese genů představuje komplexní proces, kterým je genetická informace uložená ve formě deoxyribonukleové kyseliny (DNA) přeměněna v konkrétní buněčné struktury a metabolické nástroje. Produkty exprese genů jsou molekuly bílkovin, jsou jimi však i ribonukleové kyseliny (RNA). Statiny (inhibitory HMG-CoA reduktázy) patří mezi klíčové léky v léčbě hypercholesterolémie. Z výzkumných studií vyplývá, že tato skupina léků má velmi významné protinádorové vlastnosti. Inhibicí HMGCoA reduktázy, klíčového enzymu v syntéze cholesterolu, totiž dochází také к depleci jednotlivých meziproduktů v syntéze cholesterolu, z nichž nejvýznamnější je farnesyl pyrofosfát hrající důležitou roli v buněčné signalizaci ovlivňující apoptózu....
|
|
Nepřekládané RNA v herpesvirové infekci
Pelák, Ondřej ; Holá, Dana (oponent) ; Drda Morávková, Alena (vedoucí práce)
MiRNA jsou endogenní krátké RNA, které jsou v eukaryotických organismech velice konzervované a tak se zdá, že jsou nezbytnou a evolučně starou součástí genové regulace. Význam miRNA je především ve specifické post-transkripční regulaci genové exprese. Některé viry dokázaly využít možností těchto malých RNA k regulaci vlastní genové exprese, nebo dokonce k regulaci hostitelské exprese a tím se vyhnout imunitní odpovědi na jejich přítomnost. Mezi tyto viry patří i čeleď Herpesviridae, jejíž jednotliví zástupci využívají miRNA k nejrůznějším účelům, od regulace jejich životních cyklů až po cílení hostitelských mRNA, čímž zabraňují translaci faktorů spojených s imunitní odpovědí na jejich přítomnost. Tato práce je zaměřena na biogenezi miRNA, její mechanismus, funkci a způsob jakým ji využívají jednotliví zástupci z čeledi Herpesviridae.
|
|
Differential Gene expression using a negative binomial model
Janáková, Tereza ; Tkacz, Ewaryst (oponent) ; Abo Khayal, Layal (vedoucí práce)
The main goal of this master thesis is to carry out the analysis of differential gene expression using a negative binomial model. The first part is devoted to theoretical basis, discusses the RNA sequencing, Next-Generation Sequencing (NGS), the benefits and applications, and FASTAQ format. The second part is the practical part, there was chosen a suitable data set of genes, that will be later analyzed, and the relevant data was downloaded. This data was aligned to the human genome version 37 by Burrows-Wheeler transform and the SAM formatted files were created using the Bowtie mapper. The SAM formatted files were sorted by SAMtools. In the following part of this work was created an annotation object of target genes using Ensembl´s BioMart service and Matlab (version R2013b). Next, digital gene expression was determined and library size factor was estimated. In the end the negative binomial distribution parameters were estimated and data was tested for a differential gene expression.
|
|
Analysis of pluripotent gene expression program in early embryos and embryonic stem cells
Moravec, Martin ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Motlík, Jan (oponent)
Pluripotence je schopnost buňky diferencovat do jakéhokoliv buněčného typu. Formuje se během časného embryonálního vývoje u savců a její vznik je spojen s reprogramací genové exprese na globální úrovni. Proces přirozeného vzniku pluripotence není stále zcela pochopen. Pro získání nového pohledu na události, které vedou ke vzniku pluripotence u savců, studovali jsme změny v genové expresi během oocyt-zygotického přechodu u myši. V tomto modelovém systému, oplodněné vajíčko podstoupí reprogramaci, která vede k vytvoření pluripotentních blastomer. Tyto blastomery zakládají samotné embryo. Cílem mé diplomové práce bylo analyzovat aktivaci transkripce během časného vývoje a vyvinout metodu pro monitorování exprese genů v oocytech, časných embryích a embryonálních kmenových buňkách. Metoda využívá kvantitativní PCR a umožnuje změřit expresi až 48 vybraných genů, které slouží jako markery pro maternální degradaci, aktivaci pluripotentního programu a diferenciaci do zárodečných linií. Dále ukazujeme, že náš systém monitoruje dynamiku transkriptomu během oocyt-zygotického přechodu, a získané výsledky jsou srovnatelné s daty naměřenými pomocí jiných metod. Díky našemu bioinformatickému přístupu jsme navíc identifikovali nové oocyt-specifické a zygotické nekódující RNA. Klíčová slova: pluripotence,...
|
| |
|
Analýza rekombinantních klonů apoptotické nukleázy v systému "leaf factory" při koinfiltraci modifikujícími geny
LOMNICKÁ, Anna
TBN1 je nukleáza s protinádorovou aktivitou. Hlavní cíl této práce bylo zjistit, jak je TBN1 a její modifikované formy stabilní v systému ?leaf factory", který je používaný k její produkci, a zda může být tato produkce zvýšena nebo ovlivněna vybranými ?modifikátory", například supresory silencingu, transkripčními faktory, glykosyltransferázami a kinázami. Rostliny Nicotiana benthamiana byly infiltrovány směsí kmenů Agrobacterium tumefaciens, které nesly rostlinný expresní vektor nukleázy a které byly koinfiltrovány s ?modifikujícími" vektory. Nukleázové a proteinové analýzy odhalily, že nukleáza TBN1 wt a její modifikované varianty jsou v použitém systému ?leaf factory" stabilní. Pokud jde o jejich molekulovou hmotnost, byly zaznamenány jen kvatitativní změny. Experimenty ukázaly, že se aktivita a produkce nukleáz zvýšila při koinfitraci se supresorem silencingu a klesla při koexpresi s vybraným transkripčním faktorem. Glykosyltransferázy a kinázy ovlivnily aktivitu a produkci jen zanedbatelně. Experimenty také odhalily, že modifikované varianty TBN1 mají rozdílnou molekulovou hmotnost, což naznačuje, že jednotlivé N-glykosylační domény mají různou délku cukerného řetězce a vliv na nukleázovou aktivitu. Naše data ukazují, že exprese in planta se zdá být vhodná pro produkci pro studium protinádorové aktivity těchto nukleáz.
|
host ::
