|
|
Vizualizace značených buněk modelového organismu
Kubíček, Radek ; Kršek, Přemysl (oponent) ; Herout, Adam (vedoucí práce)
Tato diplomová práce, zabývající se zobrazením volumetrických (objemových) dat, má za úkol zobrazit a zvýraznit značené buňky modelových organismů v datech sejmutých konfokálním mikroskopem. Vstupní data tvoří jednolitý volumetrický celek složený z jednotlivých řezů, který je nutno vhodnou metodou zobrazit a poté identifikovat a zvýraznit buňky označené metodou GFP (Green Fluorescent Protein) nebo fluoreskováním chlorofylu. Hlavním cílem této práce je nalézt pokud možno optimální efektivní metodu umožňující toto zvýraznění, pracující ideálně bez manuálního zásahu uživatele. Vzhledem ke struktuře dat je však tento cíl jen těžko splnitelný, proto postačí nalezení metody operující v manuálním režimu. Nakonec je třeba dosažené výsledky práce zaintegrovat do nástroje FluorCam pro zobrazování dat z dekonvolučního konfokálního mikroskopu.
|
|
|
Zobrazení rozsáhlých volumetrických dat na CPU
Svoboda, Jan ; Vlnas, Michal (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá návrhem a implementací systému, který umožňuje zobrazovat rozsáhlá volumetricka data v reálném čase na CPU běžného počítače. Práce si klade za cíl řešit jak problematiku samotného zobrazování, kdy tato data často nelze celá umístit do operační paměti stroje, tak i problematiku úložiště těchto dat, kdy v případě rozsáhlých datasetů může být jejich uchovávání v úložišti cílového počítače nežádoucí. Navržené řešení sestává ze dvou aplikací, klientské a serverové. Serverová část slouží jako vzdálené úložiště volumetrických dat, která jsou po malých blocích a v různých kvalitách poskytována klientské aplikaci. Klientská aplikace tato data zobrazuje metodou vrhání paprsků a dle vytvořených strategií řeší načítání a uchovávání potřebných bloků v lokální paměti. Při implementaci klientské aplikace byl kladen důraz na paralelizaci klíčových procesů pro dosažení vysokého výkonu. Výsledný systém umožňuje uživateli zobrazovat rozsáhlé datasety uložené na serverovém úložišti a provádět jejich správu pomocí jednoduchého grafického uživatelského rozhraní.
|
|
|
Zobrazení rozsáhlých volumetrických dat na CPU
Dlabaja, Drahomír ; Milet, Tomáš (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
Tato práce řeší problém zobrazení volumetrických dat na CPU, které svým datovým rozsahem přesahují operační paměť stroje. Práce popisuje návrh vizualizačního schématu, které sestává z datové struktury pro rozsáhlá volumetrická data, a algoritmu, který takto zpracovaná data vizualizuje. Navržená hierarchická datová struktura akceleruje vzorkování a umožňuje redukci celkového množství dat, které je při vizualizaci nutné načíst do fyzické paměti. Vizualizace zpracovaných dat je docíleno metodou vrhání paprsků s využitím existujících optimalizačních technik, jako je přeskakování prázdného prostoru nebo předčasné ukončení paprsku. Datová struktura umožňuje až 12x rychlejší vzorkování v porovnání s vzorkováním surových rozsáhlých volumetrických dat, která jsou serializována po řádcích. Využitím datové hierarchie bylo dosaženo až 150x rychlejší vizualizace rozsáhlých volumetrických dat v téměř bezeztrátovém režimu v porovnání s plně bezeztrátovým režimem. Zobrazovací schéma je implementováno formou knihovny v jazyce C++20. Implementace využívá akceleraci pomocí vektorizace a umožňuje snadnou paralelizaci ze strany uživatele. Knihovna poskytuje nástroje pro zpracování a zobrazení rozsáhlých volumetrických dat na CPU.
|
|
|
Program pro zobrazení a práci s objemovými daty
Viktorínová, Michaela ; Jakubíček, Roman (oponent) ; Harabiš, Vratislav (vedoucí práce)
Práce souhrnně popisuje možnosti zobrazení objemových dat. Blíže se věnuje skalárnímu typu objemových algoritmů, který následně dělí na techniky nepřímého a přímého zobrazení objemových dat. Z nepřímých technik přibližuje metodu Marching Cubes. Přímé techniky dále člení na algoritmy triviální a pokročilé. V praktické části popisuje návrh, implementaci a vyhodnocení funkčnosti programu, jenž využívá právě triviálních metod. Celkové hodnocení je složeno z dílčích hodnocení výpočetní náročnosti, zatížení paměti a kvality výsledného zobrazení za použití různých metod a druhů vstupních objemových dat.
|
|
|
Organ segmentation
Kolomazník, Jan
Æ Þ Ú ÔÖ Ë Ñ ÒØ ÇÖ Òó ÙØÓÖ Â Ò ÃÓÐÓÑ ÞÒ Ã Ø Ö ' ×Ø Úµ Ã Ò Ø ×Ó ØÛ Ö Ú Ù Ý Ò ÓÖÑ Ø Ý Î ÓÙ ÔÐÓÑÓÚ ÔÖ ÊÆ Öž ÂÓ× È Ð Ò ¹Ñ Ð Ú ÓÙ Ó ÂÓ× žÈ Ð ÒÑ ž ÙÒ ž Þ Æ Ñ ÓÐ Ñ ÝÐÓ ÚÝÙö Ø Þ Ú ÖÝ ÔÐÓÑÓÚ ÔÖ Å Öž Î Ð Ú ÃÖ ¸ Ø Ö ÜÔ Ö ¹ Ñ ÒØÓÚ Ð × Ð ÓÖ ØÑÝ ÚÝÙö Ø ÐÒ Ñ ÔÖÓ × Ñ ÒØ ÓÖ Òó Ñ Ò Ó ÑÙ Ú Ì Ø ¹ ÓÒ Ö ØÒ Ð Ú Ò ×Ð Þ ÒÝž Ì ØÓ Ú ×Ð ó ×Ñ ÚÝÙö Ð Ò ÚÖ Ù ÔÖ Ø Ý ÚÝÙö Ø ÐÒ ÔÐ ¸ ÚÝØÚÓ Ò ÔÓÑÓ Ò ÓÚÒÝ Å Ú ¸ ÔÓ× ÝØÙ ÒØÙ Ø ÚÒ ÖÓÞ Ö Ò ÔÖÓ ÔÖ × × Ñ ÒØ Ò Ñ Ð ÓÖ ØÑÝž ÊÓÞ Ð ×Ñ Ø Ø ö ÔóÚÓ Ò ¿ × Ñ Ø Ò Ð ÓÖ ØÑÙ׸ ÔÓ×Ø Ú Ò Ò ¾ ¹×ÔÐ Ò × Ñ ÒØ Ò Ñ ØÓ ¸ Ó ×Ø Ø ×Ø ÑÓ Ð ÓÖ Òó¸ Ø Ö Ý Ñ Ð ÞÚ Ø ÖÓ Ù×ØÒÓ×Ø ÞÑ ÓÚ Ò Ñ ØÓ Ý ×Ò ö Ø ÑÒÓö×ØÚ Ô Ö Ñ ØÖóž ÅÓ Ð ÝÐ Ò ÚÖö Ò¸ Ø Ý ÝÐ ÚÝÙö Ø ÐÒ Ú Ò × Ñ ÒØ Ò Ð ÓÖ ØÑ ž ÃÐ ÓÚ ×ÐÓÚ Ó ÑÓÚ Ø ¸ × Ñ ÒØ ¸ Ø Ú ÓÒØÓÙÖ׸ Ô Ö Ñ ØÖ ×Ò ×¸ Ñ Ò Ó ¹ ÑÙ¸ ÓÔØ Ñ Ð Þ ¸ Ñ Ò× ÞÓ Ö ÞÓÚ Ò ¸ ¹×ÔÐ ÒÝ ½
|
|
|
Segmentation and density estimation in femur
Horáček, Jan ; Maršálek, Lukáš (vedoucí práce)
Název práce: Segmentace a odhad hustoty ve stehenním kloubu Autor: Jan Horáček Katedra (ústav): Kabinet software a výuky informatiky Vedoucí diplomové práce: Mgr. Lukáš Maršálek e-mail vedoucího: lukas.marsalek@mff.cuni.cz Abstrakt: Existují dvě hlavní metody pro léčbu zlomenin krčku stehenní kosti - totální endoprotéza a spojení speciálním kovovým šroubem. Při dostatečně kvalitní kosti je preferován šroub. Ovšem pokud je příliš řídká, šroub se může proříznout kloubní hlavicí, což vede k dalším operacím. Tato práce se zabývá novou metodou pro měření hustoty kostní trámčiny kloubní hlavice, které slouží lékaři jako další vodítko pro rozhodnutí, zda aplikovat šroub nebo totální endoprotézu. Náš přístup je založen na poloautomatické segmentaci kloubní hlavice z CT dat, založené na hledání optimální cesty v polárních souřadnicích na axiálních řezech, kde základ cenové funkce tvoří kom- binace vlastností okostice, zejména směrový charakter 3D gradientů a velikost gradientů ve 2D řezech, kde tvoří typické "kanálky" . Pomocí vyplňování a mor- fologických operací je pak vytvořen objem, jehož vlastnosti jsou dále měřeny. Výsledná implementace byla experimentálně ověřena na RTG klinice FN na...
|
|
|
Zobrazení 3D scény ve webovém prohlížeči
Sychra, Tomáš ; Pečiva, Jan (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
Tato práce zkoumá možnosti zobrazení akcelerované 3D scény v okně webového prohlížeče. Podrobněji se zabývá standardem WebGL a jeho využitím v praxi. V rámci práce byla vytvořena reálná aplikace pro vizualizaci volumetrických medicínských dat, která demonstruje současné možnosti webových technologií. Aplikace je založena na kombinaci JavaScriptu, WebGL a knihovny Three.js. Zobrazovaná data se načítají z externího úložiště Google Drive. Významnou část aplikace tvoří implementace 3D zobrazení volumetrických dat (tzv. volume rendering) s využitím metody Ray-casting a standardu WebGL.
|
|
|
Segmentace medicínských obrazových dat
Lipták, Juraj ; Beran, Vítězslav (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá segmentací anatomických struktur v medicínských objemových datech pomocí metody graph cut. Zvolený přístup segmentace vyžaduje zavedení inicializačných bodů pro objekt a pozadí. Zaměřením této práce je implementace metody graph cut a vytvoření interaktivního segmentačního nástroje. Vlastnosti implementované metody jsou zkoumány na dvou ručně anotovaných datových sadách. Testování se v jednom případě zabývá vlivem parametrů metody na výsledek segmentace a v druhém odolností metody vůči různým poměrům signálu k šumu a kontrastu k šumu v obraze. Pro vyhodnocení výsledku segmentace je použita metrika F-skóre.
|
|
|
Akcelerace zpracování 3D obrazových dat na GPU
Kozovský, Radoslav ; Klepárník, Petr (oponent) ; Španěl, Michal (vedoucí práce)
p { margin-bottom: 0.21cm; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 150%; }p.western { font-family: "Times New Roman",serif; font-size: 11pt; }p.cjk { font-family: "Times New Roman",serif; font-size: 11pt; }p.ctl { font-family: "Times New Roman",serif; font-size: 12pt; } Cílem této práce je akcelerace výpočtu zvolených 2D a 3D obrazových filtrů pomocí GPU s využitím OpenCL. Konkrétně se zabývá implementací a porovnáním různých variant Sobelova hranového detektoru a Gaussova filtru s využitím globální nebo lokální paměti. Podařilo se dosáhnout zrychlení na 3D variantách filtrů. Na 2D variantách filtrů byla režie pro přenos dat do a z GPU příliš vysoká.
|
|
| |
host ::
RSS.