|
|
Regulace funkce proteinu STING během infekce myším polyomavirem
Šnejdarová, Aneta ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Pimková Polidarová, Markéta (oponent)
Stimulator of interferon genes (STING) je adaptorovým proteinem signalisační dráhy vrozené imunity, účastnící se detekce dvouvláknové DNA (dsDNA) v cytoplasmě buňky, která ústí v expresi prozánětlivých genů včetně produkce interferonu I. typu. Během infekce dsDNA virem, myším polyomavirem (MPyV), sice dochází k aktivaci proteinu STING, ale výsledná produkce interferonu je pouze mírná. Lze tedy předpokládat, že v buňkách infikovaných MPyV je funkce proteinu STING regulována. Cílem této diplomové práce bylo prozkoumat tři mechanismy, kterými může k regulaci docházet, a to prostřednictvím proteinových interakčních partnerů, posttranslačních modifikací, nebo změny vnitrobuněčné lokalisace proteinu STING. Pro usnadnění výzkumu byla ustanovena linie myších fibroblastů stabilně exprimující proteinu STING fúzovanou s HA-kotvou. Dále byly připraveny dva plasmidy kódující protein STING fúzovaný se zeleným fluorescenčním proteinem, usnadňující sledování lokalisace proteinu v buňce, či s kompositní kotvou obsahující in vivo biotinylovanou značku BioEaseTM tag umožňující efektivní isolaci proteinu STING. Výsledky pozorování kolokalisace v buňce a koimunoprecipitace naznačují, že by protein STING mohl interagovat s virovým středním T antigenem. Byla nalezena i neočekávaná interakce s virovým velkým T antigenem....
|
|
| |
|
|
Role of RAD18 in ubiquitin signaling at DNA double-strand breaks
Palek, Matouš ; Macůrek, Libor (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent)
RAD18 je E3 ubikvitin ligáza, která se podílí na ochraně replikační vidličky před kolapsem způsobeným poškozenou DNA. Narušená funkce tohoto důležitého faktoru regulujícího replikaci byla popsána v souvislosti s některými lidskými nádory. Klinická relevance těchto zjištění však není známá. Cílem této práce bylo zhodnocení vybraných RAD18 variant nalezených u pacientů s nádory prsu a ovarií. Její výsledku ukazují, že RAD18 varianty vykazují defekty nejen v ochraně replikační vidličky, ale i v opravě dvouřetězcových zlomů. U této nekonvenční role RAD18 se ví, že je závislá na činnosti dalších ubikvitin ligáz, jak ale přispívá k samotné opravě zůstává záhadou. Dalším cílem této práce proto bylo osvětlení funkce RAD18 v opravě dvouřetězcových DNA zlomů homologní rekombinací s důrazem na jeho vztah s 53BP1. Výsledná data ukazují, že RAD18 kompetuje s 53BP1 o stejné vazebné místo a efektivně brání jeho akumulaci na poškozenou DNA, čímž podporuje resekci DNA. Tato antagonistická funkce RAD18 je vymezená jak prostorově (do okolí opravného centra) tak i časově (do S fáze). Navíc se zdá, že je regulovaná existencí dvou RAD18 komplexů. Potenciální modely vysvětlující tuto regulaci jsou diskutovány na konci této práce. Klíčová slova: RAD18, oprava dvouřetězcových zlomů, ubikvitinace, nádorové varianty, resekce...
|
|
|
Rakovinotvorný a metastatický potenciál nádorových buněk s nefunkčním ubikvitinačním komplexem CRL4
Slámová, Monika ; Procházka, Jan (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Ubikvitinační komplex CRL4 (Cullin Ring Ligase) vzbuzuje velkou pozornost z důvodu jeho účasti ve fyziologických a patologických procesech, zejména při vývinu rakoviny. Je popsáno, že Cullin4 a/b proteiny slouží jako onkoproteiny u různých malignit. Vzhledem ke své roli v regulaci rakoviny byly identifikovány léky cílené na CRL4, mezi které patří thalidomid a jeho deriváty inhibující jeden ze substrátových receptorů komplexu, protein Cereblon. Adaptorový protein v CRL4 komplexu - DDB1, který se účastní mimo jiné oprav DNA, má také svou roli v rakovinných onemocněních, ale mechanismus této funkce dosud nebyl zcela objasněn. Předmětem této diplomové práce bylo studium dopadů vyřazení a potlačení funkce CRL4 komplexu v prostatické rakovinné linii LNCaP. Značně variabilní změny v proliferaci a migraci buněk byly pozorovány při ovlivnění funkce komplexu za použití látky thalidomid. Vytvoření buněčné linie LNCaP s podmíněně potlačenou funkcí DDB1 sloužilo ke studiu dynamiky nádorů v myším modelu. Výsledky ukazují, že potlačení funkce DDB1 má inhibující vliv na proliferaci nádorových buněk, ale zvyšuje jejich schopnost invazivity do přilehlých tkání. Úplné vyřazení genu DDB1 v linii LNCaP vedlo k buněčné letalitě. Variabilní a kontextuálně dependentní vlastnosti genu DDB1 v onkogenezi podněcují k dalšímu...
|
|
|
Dysregulation of E3 ubiquitin ligases in inflammatory bowel diseases
Armerová, Eliška ; Petrezsélyová, Silvia (vedoucí práce) ; Červená, Klára (oponent)
E3 ubikvitin ligázy jsou početnou rodinou enzymů, které se účastní mnoha buněčných dějů jako jsou opravy poškozené DNA, transport membránových proteinů, modifikace chromatinu, buněčný cyklus a apoptóza. Bylo dokázáno, že E3 ubikvitin ligázy se významně podílejí na udržování střevní homeostázy a jejich abnormální funkce spojená s jejich deregulací přispívají k zánětlivým onemocnění střev jako je ulcerózní kolitida a Crohnova choroba. V posledních letech bylo identifikováno díky GWAS přibližně 200 rizikových lokusů, které jsou náchylné k těmto onemocněním. Včetně těch kódujících E3 ubikvitin ligázy. Cílem této práce je porovnat již identifikované E3 ubikvitin ligázy spojené s těmito onemocněními a podat jejich přehled se zaměřením na regulaci střevní homeostázy. Klíčová slova: E3, ubikvitinace, idiopatické střevní záněty, střevní homeostáza, CD, UC
|
|
|
Deregulace E3 ubikvitin ligáz v zánětlivých onemocnění střev
Armerová, Eliška ; Petrezsélyová, Silvia (vedoucí práce) ; Červená, Klára (oponent)
E3 ubikvitin ligázy jsou početnou rodinou enzymů, které se účastní mnoha buněčných dějů jako je oprava poškozené DNA, transport membránových proteinů, modifikace chromatinu, buněčný cyklus a apoptóza. Bylo dokázáno, že E3 ubikvitin ligázy se významně podílejí na udržování střevní homeostázy a jejich abnormální funkce spojená s jejich deregulací přispívají k zánětlivým onemocnění střev jako je ulcerózní kolitida a Crohnova choroba. V posledních letech bylo identifikováno přibližně 200 rizikových lokusů, které jsou náchylné k těmto onemocněním, včetně těch kódujících E3 ubikvitin ligázy. Těch bylo aktuálně identifikováno 10. Cílem této práce je porovnat již identifikované E3 ubikvitin ligázy spojené s těmito onemocněními a podat jejich přehled se zaměřením na regulaci střevní homeostázi. Klíčová slova: E3, ubikvitinace, idiopatické střevní záněty, střevní homeostáza, CD, UC
|
|
|
Expression of ubiquitin ligases in gastrointestinal tract
Pícková, Markéta ; Sedláček, Radislav (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent)
Ubiquitin (Ub) ligázy jsou důležité regulační a signální enzymy, které se účastní většiny přirozených dějů v buňce, jako je diferenciace, oprava poškozené DNA, regulace energetického metabolismu či imunitní reakce. E3 Ubiquitin ligázy jsou také zodpovědné za patofyziologické změny v organismu a jejich činnost je spojována s řadou významných lidských chorob, včetně nádorových onemocnění. To z nich činí nadějný diagnostický a farmaceutický cíl. Dle dřívějších výsledků vykazují tyto enzymy značně specifickou expresi na úrovni buněčných typů nebo tkání. Zmapování této specifické exprese je důležité pro určení jejich biologické úlohy. V této diplomové práci bylo systematicky zmapováno 370 genů E3-Ub ligáz v gastrointestinálním traktu za normálních podmínek a během akutního zánětu tlustého střeva. Získaná data nám umožnila vyselektovat geny, které mohou hrát důležitou roli, jak v udržování homeostázi, tak v patofyziologických procesech a regeneraci gastrointestinálního traktu. Práce se opírá o expresní profilování jednotlivých tkání trávicí soustavy pomocí qPCR, které je doplněno in situ hybridizací, pro přesnější určení lokalizace exprese daného genu ve tkáni. Analýzou qPCR výsledků bylo predikováno sto třicet sedm kandidátů, které regulují fyziologickou funkci trávicí soustavy a třicet čtyři genů...
|
host ::
RSS.