|
|
Východiska evropského přístupu k environmentální spravedlnosti
Valachová, Emilie ; Tesař, Jakub (vedoucí práce) ; Dostál, Jan (oponent)
Tato diplomová práce se věnuje procesu šíření myšlenky environmentální spravedlnosti do Evropy. Na příkladech Velké Británie a Slovenska sleduje, jakými cestami se environmentální spravedlnost do těchto zemí dostala a jak se v průběhu proměnila. Práce se zaměřuje na odbornou diskuzi jako jeden ze segmentů diskurzu o environmentální spravedlnosti. Na základě teorie translace zkoumá oblasti, kde se experti setkávali s myšlenkou environmentální spravedlnosti. Dále se zajímá o teoretická východiska i obsah environmentální spravedlnosti v místním diskurzu, zejména z hlediska modifikací za účelem přiblížením konceptu lokálnímu kontextu. Pomocí interpretativní kvalitativní analýzy odborných publikací vydaných autory působícími na britských nebo slovenských institucích bylo zjištěno, že proces translace do Evropy stále není ukončen a neprobíhá uniformní metodou. Zatímco ve Velké Británii větší roli sehrály americké publikace o environmentální spravedlnosti a významným mechanismem se stalo propojení environmentální spravedlnosti s udržitelným rozvojem, na slovenskou odbornou diskuzi měly dopad spíše osobní kontakty s mezinárodním prostředím. Translace na Slovensko však prozatím probíhá v omezené míře, neboť diskuzi o environmentální spravedlnosti tvoří pouze Richard Filčák a zaměřuje ji na otázku romské...
|
|
|
Kde se transkripce setkává s translací
Hegrová, Karolína ; Krásný, Libor (vedoucí práce) ; Mašek, Tomáš (oponent)
Transkripce a translace patří ke stěžejním krokům genové exprese. V procesu transkripce má hlavní roli enzym RNA polymeráza (RNAP), zatímco translace probíhá na ribozomu. U bakterií tyto dva děje nejsou odděleny, RNAP a ribozom na sebe vzájemně působí, a dochází k tzv. transkripčně- translačnímu spojení. V této práci se věnuji mechanismu transkripce a translace, s hlavním zaměřením na transkripčně-translační vazby. Tyto vazby rozděluji na nepřímé, které jsou způsobeny regulačními molekulami, a přímé, kdy se ribozom přímo váže s RNAP. Při fyzickém spojení dochází buď k těsnému propojení mezi těmito molekulami, nebo vzniku mostu, který je tvořen transkripčními faktory. Dále popisuji regulační funkci tohoto spojení a vysvětluji výjimky, kdy se transkripce a translace nespojují. V poslední části práce se soustředím na elongační faktor Tu (EF-Tu), jeho významnou roli v metabolismu, interakce s proteinem MreB a také na to, jak tento faktor využívají některé bakteriofágy. Konečně, zmiňuji jeho možnou roli v transkripčně-translačních vazbách. Klíčová slova: transkripce, translace, transkripčně-translační spojení, RNA polymeráza, ribozom, transkripční faktory, elongační faktor Tu
|
|
|
Buněčné faktory ovlivňující antibiotickou rezistenci udílenou ABC-F proteiny
Kýr, Jan ; Balíková Novotná, Gabriela (vedoucí práce) ; Dolejšová, Tereza (oponent)
Antibiotická rezistence je jedním ze závažných problémů, kterým musí moderní medicína čelit. Pro její kontrolu je důležité nejprve pochopit detailně mechanismy, kterými obcházejí rezistentní patogeny účinek antibiotik. Jednou z významných rodin proteinů udílející rezistenci k 50S vazebným antibiotikům je ARE ABC-F rodina. Členem této rodiny proteinů je protein MsrA, který udílí rezistenci k 14- a 15-členným makrolidům. Bylo zjištěno, že mutace v chaperonovém neesenciálním proteinu ClpX, vedoucí ke ztrátě jeho funkce, významně podporují působení proteinu MsrA. To vede k významnému nárustu rezistence udílené tímto proteinem. Přesný mechanismus, kterým ClpX působí na funkci MsrA, je dosud neznámý. V této diplomové práci bylo dokázáno, že chaperonový protein ClpX ovlivňuje rezistenci k erythromycinu udílenou proteinem MsrA, díky interakci s neznámým esenciálním proteinem, která je zprostředkována pomocí funkční N-koncové-zinek-vazebné domény chaperonu. Dále bylo v rámci této práce prokázáno, že vyřazení GluTR z funkce má za následek ztrátu schopnosti MsrA udílet rezistenci. Výsledky této práce budou základem pro další výzkum, který povede k detailnějšímu pochopení mechanismu rezistence udílené těmito proteiny a možná i k navržení postupů, jak zabránit šíření této rezistence. Klíčová slova Antibotická...
|
|
|
The role of ribosomal proteins in the plant development
Jirásková, Veronika ; Raabe, Karel (vedoucí práce) ; Smýkal, Petr (oponent)
Translace je jedním ze základních procesů probíhajícím v buňce, během translace dochází k syntéze proteinů podle informace zapsané v mRNA. Nejvíce prozkoumaným elementem v translaci je ribozom, molekulární komplex složený z rRNA a ribozomálních proteinů. V rostlinách je většina ribozomálních proteinů kodována více než jedním genem, což může vést k subfukcionalizaci a neofunkcionalizaci paralogů ribozomálních proteinů ve vývoji rostlin nebo k reakci na podmínky prostředí. Sestavení ribozomálních podjednotek ze zcela odlišných paralogů ribozomálních proteinů může vést k tvorbě funkčně odlišných populací ribozomů se specializovanou funkcí v translaci a její regulaci v rostlinách. Cílem této práce bude přehledně shrnout dosavadní data o funkcích jednotlivých ribozomálních proteinů během růstu a vývoje. Klíčová slova translace, regulace translace, ribozom, ribozomální proteiny
|
|
| |
|
|
Molekulárně-dynamické simulace biomolekul - komplexů sestávajících z proteinů a nukleových kyselin
Melcr, Josef ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Bok, Jiří (oponent)
Byla provedena rešerše literatury týkající se elongačního faktoru Tu (EF-Tu), který se podílí na procesu translace genetické informace. Dále byly studovány výpočetní metody molekulární dynamika (MD) a Monte Carlo (MC). Byly vytvořeny vlastní počítačové programy pro MD a MC simulace Lennard-Jonesovského plynu. Metoda molekulární dynamiky byla aplikována na komplex EF-Tu s~GTP. MD simulace byly provedeny prostřednictvím softwarových balíků NAMD a ACEMD. K výpočtům byly využity jednak mnohaprocesorové PC klastry a jednak programovatelné grafické procesory NVIDIA. MD simulace EF-Tu umožnily identifikovat vazebnou pozici pro jednomocné ionty v oblasti aktivního místa. Detailně byly vyhodnoceny dopady této vazby na celou řadu evolučně konzervovaných residuí EF-Tu (His85, Val20, Ile61, Asp21, Tyr47, Asp87 atd.)
|
|
|
Porovnání efektivity výuky za pomoci počítače vs. 3D modelů
Andělová, Denisa ; Janštová, Vanda (vedoucí práce) ; Jáč, Martin (oponent)
V současné době zájem žáků o přírodní vědy neustále klesá, ačkoli je tato oblast vzdělání v praktickém životě velmi důležitá (medicína, životní prostředí, atd.) a na trhu práce velmi žádaná. Molekulární biologie, učivo o DNA a přenosu genetické informace je pro žáky abstraktní a těžko představitelné téma, které je i pro učitele náročné na vysvětlení. Existuje mnoho možností, jak tuto učební látku vyučovat. Velmi populární jsou badatelsky orientovaná výuka nebo praktická výuka v laboratořích. Každá škola však nemá k dispozici vlastní laboratoř, aby žáci mohli laborovat, badatelsky orientovaná výuka je časově náročnější na přípravu a ne každé téma je vhodné takto učit. Další možností je využít k vizualizaci "neviditelných" molekul a procesů počítačový software a animace nebo 3D fyzického modelu či si vlastní model dané molekuly vyrobit. Ve své diplomové práci jsem zkoumala vliv použití počítačů a animací ve výuce v porovnání s použitím 3D fyzického modelu DNA a výroby vlastního modelu DNA na znalosti žáků. Dalšími faktory, které mně zajímaly, byly pohlaví a zaměření žáků a jejich případný vliv na znalosti. Výzkum jsme prováděla v pěti třídách na třech pražských gymnáziích a zúčastnili se ho žáci třetího ročníku šestiletého studia, přírodovědný seminář sedmého ročníku osmi- letého studia a žáci...
|
|
| |
|
|
Role stresových granulí a 4E-BP v teplem stresovaných buňkách S. cerevisiae
Kolářová, Věra ; Hašek, Jiří (vedoucí práce) ; Zimmermannová, Olga (oponent)
Buňky dokáží reagovat velmi rychle a specificky na stresové podmínky. Jedním z hla- vních regulačních procesů je ovlivnění translace, specificky iniciace translace, zapojením inhibičních faktorů. U kvasinky Saccharomyces cerevisiae jsou známy dva eIF4E va- zebné proteiny (4E-BP), proteiny Eap1 a Caf20, které jsou uváděny jako represory iniciace translace závislé na čepičce na 5' konci mRNA. Mikroskopická fluorescenční analýza in vivo ukázala rozdílnou reakci proteinu Caf20 a Eap1 na tepelný stres (46◦ C, 10 minut). Protein Caf20 neodpovídá na tepelný stres a zůstává difuzní v cytoplazmě, na rozdíl od Eap1, který akumuluje do shluků v blízkosti stresových granulí (SG). Tato práce ukazuje také na zapojení proteinu Eap1 v tvorbě SG, kdy delece genu EAP1 vede k formování drobnějších neostrých granulí. V souladu s pozorováním fluo- rescenčně značeného proteinu Caf20 v reakci na tepelný stres, neovlivňuje delece genu CAF20 tvorbu teplem indukovaných stresových granulí u kvasinky. Pomocí polysomální analýzy bylo ukázáno, že nepřítomnost represoru iniciace trans- lace neovlivňuje globální represi translace v reakci na tepelný stres a translace je umlčena i v nepřítomnosti represoru iniciace translace. Delece EAP1 možná...
|
|
|
Vliv modifikací rRNA na syntézu proteinů
Kročová, Eliška ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Holá, Dana (oponent)
Ribosom je supramolekulární útvar, který zprostředkovává syntézu veškerých buněčných proteinů a je tedy nezbytný pro její život. To, že jsou některé nukleotidy ribosomální RNA modifikovány je známo už čtyřicet let. Teprve v dnešní době se však daří hlouběji studovat, jak jsou jednotlivé modifikace syntetizovány i to, jaký je jejich vliv na vznik a funkci ribosomu. Některé konkrétní nukleotidové modifikace mají význam při vzniku ribosomu (například m1 acp3 Ψ1191 SSU), u některých byl pozorován vliv na správnou funkčnost ribosomu (například Um2921, Gm2922, Ψ2923 LSU, m1 acp3 Ψ1191 SSU). Většina modifikovaných nukleotidů v eukaryotní rRNA je rozpoznávána malými jadérkovými RNA (snoRNA). Několik málo nukleotidů je však rozpoznáváno a následně modifikováno specifickými proteiny. Tyto proteiny hrají i zásadní roli ve zrání ribosomu. Předložená práce přehledně shrnuje současné znalosti o úloze nukleotidových modifikací v ribosomální RNA při vzniku, zrání a funkci ribosomu.
|
host ::
RSS.