|
|
Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Vadják, Šimon ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Diplomová práce poskytuje ucelený přehled resamplingových metod pro testování správnosti topologie fylogenetických stromů odhadujících průběh fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí. Důraz byl kladen také na možnosti vzniku nepřesností v tomto odhadu a na možnosti jejich odstranění a odhalení. Tyto metody byly realizovány v programovém prostředí Matlab pro Bootstrapping, Jackknifing, OTU jackknifing a PTP test (permutation tail probability). Práce si klade za cíl otestovat jejich použitelnost na různých biologických sekvencích a také posoudit vliv volby vstupních parametrů analýzy na výsledky těchto statistických testů.
|
|
|
Molekulární typizace bakterií mléčného kvašení
Jelínek, Zdeněk ; Ing. Špano Miroslav,PhD. (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Bakterie mléčného kvašení nacházejí uplatnění nejen v potravinářském průmyslu, ale také ve zdravotnictví. Jsou součástí mnoha fermentovaných mléčných výrobků i běžné střevní mikroflóry. Pro identifikaci bakterií byla vyvinuta celá řada metod, v této práci se však zaměříme na Rep-PCR a RAPD. Cílem bude zhodnotit vliv různých korelačních koeficientů a algoritmů shlukové analýzy dat na taxonomické zařazení bakterií.
|
|
|
Statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí
Zembol, Filip ; Provazník, Ivo (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tématem této diplomové práce je statistické vyhodnocení fylogeneze biologických sekvencí pomocí fylogenetických stromů. V teoretické části vypracujeme literární rešerši metodologie odhadu průběhu fylogeneze na základě podobnosti biologických sekvencí (DNA a bílkovin), kde se zaměříme na nepřesnosti v odhadu, čím jsou způsobeny a na možnosti jejich odstranění. Poté srovnáme metody pro statistické vyhodnocení správnosti průběhu fylogeneze. V praktické části navrhneme algoritmy, které budou sloužit pro testování věrohodnosti konstrukce fylogenetických stromů na základě bootstrappingu, jackknifingu, OTU jackknifingu a PTP testu, které budou schopny z biologických sekvencí ve FASTA kódu vykreslit fylogenetický strom metodou neighbor joining a lze také měnit distanční model a substituční matici. Abychom mohli tyto algoritmy použít pro statistickou podporu fylogenetických stromů, musíme ověřit jejich správnou funkci. Toto ověření vyhodnotíme na teoretických sekvencích aminokyselin. Po ověření správné funkce algoritmů, si demonstrujeme jednotlivé statistické testy na reálných 10 sekvencích ubikvitinu savců. Tyto výsledky analyzujeme a vhodně okomentujeme.
|
|
|
Samovolné šíření introdukovaných dřevin v zámeckém parku v Lednici
Hutko, Tomáš
Tato diplomová práce se zabývá vpuštěním dřevin od minulosti až po současnost. Kromě základní terminologie se zaměřuje na biologickou podstatu generativního a vegetativního rozšiřování rostlin, zejména dřevin. Řeší samovolné šíření nepůvodních taxonů rostlin, především dřevin v České a Slovenské republice. Poskytuje širší náhled na přínosy a negativa, jak z pohledu krajinářské architektury, tak i ze strany jiných oborů v rámci možnosti záměrného využití nebo potlačování této vlastnosti. Řeší obecný režim a specifika v rámci možnosti jejich vhodného pěstování, jako v parcích, tak i ve volné krajině. Praktická část diplomové práce je zaměřena na vytvoření metodiky terénního šechny m-ření pro evidenci výběru jednotlivých taxonů na území parku. Pomocí vypracované metodiky terénního šetření se zaměřuje na taxony vysazovaných dřevin v objektu zá-mock parku v Lednici. Ve výsledcích poskytuje soubor inventarizovaných položek jednotlivých jedinců spolu s obrázkovou dokumentací některých z nich a následnou interpretací získaných výsledků s pomocí grafů a tabulek. Součástí výsledků je i graficky zpracována mapa z terénního šetření z lokalizací hodnocených položek v parku.
|
|
| |
|
|
Biologicky aktivní látky vybraných taxonů rodu Mentha L. a možnosti jejich využití v ochraně rostlin
Kaffková, Katarína
Taxa of Mentha L. were evaluated during 2011-2014. Thirty-five taxa were evaluated in terms of morphological parameters, in term of constituents (quantity and quality of essential oil, content of phenols and flavonoids) and insecticidal activity of essential oils on Musca domestica and Culex quinquefasciatus Say. Essential oils were obtained by steam-distillation and their composition was determined by GC/MS. Content of phenolics was evaluated by Folin-Ciocalteu assay, content of flavonoids was determined by aluminium chloride colorimetric assay and antioxidant capacity was determined by DPPH method. Insecticidal activities were evaluated according to the modified WHO methodology. The best insecticidal activity, for Musca and Culex, was observed in case of essential oil with majority stake of piperitenone oxide, namely essential oils obtained form taxa M. suaveolens 'Variegata' and M. sp. 'Cinderella'.
|
|
| |
|
| |
|
|
Ověření pravosti označení taxonů rodu Origanum L. pomocí metod GC-MC a AFLP
Hradská, Lucie
Cílem práce bylo ověření pravostí označení taxonů rodu Origanum L. Hodnocený sortiment byl kultivován na experimentálních plochách ZF MENDELU v roce 2014. Celé hodnocení výsledků práce proběhlo v témţe roce. Sortiment byl popsán z hlediska morfologie. Byly hodnoceny tyto morfologické znaky: výška rostlin, velikost listů, výška květenství, barva listů a květů. Dále byly zaznamenany údaje o fenologických fázích taxonů. Vzorky dobromysli byly hodnoceny z hlediska mnoţství silic destilací a silice pak byly podrobeny kvalitativnímu hodnocení metodou GC-MC. Genetická příbuznost byla hodnocena pomocí metody AFLP.
|
|
|
Květinové záhony z přímých výsevů
Novosadová, Vladěna
Diplomová práce se zabývala výsevem letniček při zakládání záhonů z přímých výsevů u taxonů potencionálně vhodných k podzimnímu a jarnímu výsevu. V experimentální části byl založen pokus letniček z přímých výsevů. Byly realizovány tři výsevy, na podzim 2013 a 2014 a na jaře 2014, kdy bylo vyseto 26 stejných taxonů osiva. Cílem experimentu bylo vyhodnotit vzcházivost osiva, výšku a kvetení taxonů, estetické působení plodů, působení taxonů v kompozici, vhodnost pěstování a vysemeňování taxonů. Na základě všech těchto výsledků bylo provedeno srovnání a vyhodnocení, kdy byly formulovány závěry a doporučení pro další experimenty a praxi. Po vyhodnocení všech výsledků se jako zajímavé a perspektivní letničky pro přímý podzimní výsev jevily Ammi visnaga (L.) Lam., Bupleurum rotundifolium L., Clarkia pulchella Pursh. 'Směs', Consolida ambiqua (L.) P. W. Ball & Heywod. 'Hyacintokvětá', Nigella damascena L.'Cramer s Plum', Nigella orientalis L., Papaver rhoeas L.'Shirley Double Mixed'. Pro přímý jarní výsev byly z experimentu vyhodnoceny tyto nejvhodnější a perspektivní letničky -- Borago officinalis L., Bupleurum rotundifolium L., Calendula officinalis L. 'Pacific Beauty Směs', Consolida ambiqua (L.) P. W. Ball & Heywod. 'Hyacintokvětá', Cosmos bipinnatus Car. 'Sonata', Cosmos sulphureus Car. 'Redcrest', Nigella damascena L. 'Cramer s Plum'..
|
host ::
RSS.