|
|
Klonování, charakterisace a exprese mutantů lidské serinracemasy
Nováková, Ilona ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Brynda, Jiří (oponent)
AAbbssttrraakktt Lidská serinracemasa (hSR) je cytosolický enzym využívající pyridoxal-5'-fosfát, který je lokalizován v centrální nervové soustavě. Syntetizuje D-serin, aminokyselinu, jež je endogenním koagonistou N-methyl-D-aspartátových (NMDA) receptorů a hraje tak v mozku klíčovou roli v excitační neurotransmisi. Lidská serinracemasa je tudíž slibným cílem při léčbě neurodegenerativních onemocněních spojených s NMDA receptory. Zatím však bylo identifikováno jen málo specifických inhibitorů a krystalová struktura hSR byla vyřešena teprve nedávno. Rozhodli jsme se tedy pomocí náhodné mutageneze určit aminokyselinové zbytky klíčové pro aktivitu enzymu. O zbytku Ser 84 je známé, že se spolu s Lys 56 podílí na katalýze. Poté, co jsme analyzovali mutanta S84G/P111L lidské serinracemasy, který si zachovával schopnost konvertovat L-serin na pyruvát, jsme syntetizovali a charakterizovali mutantní hSR S84G, abychom mohli vyloučit případný vliv mutace P111L. KKllííččoovváá sslloovvaa:: D-serin; Serinracemasa; Enzymy závislé na PLP; Mutageneze; Racemasy
|
|
|
Porovnání použitelnosti bibliografických databází pro řešení biochemických problémů
Frantíková, Dagmar ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Hodek, Petr (oponent)
Práce se zabývá porovnáním čtyř v biochemii hojně využívaných databází: placených SCOPUS a Web of Science a neplacených MEDLINE a Google Scholar. Byla hodnocena jejich účinnost a vhodnost pro řešení biochemických problémů. Byly zvoleny tři modelové dotazy, které byly zadávány do databází: "ellipticine", "Lowry method" a "serine racemase". Vyhledané záznamy byly poté řazeny dle předem určených kritérií podle relevance. Jako nejlepší vychází ze srovnání placená databáze SCOPUS, a to díky přehlednému rozhraní a vysokému podílu relevantních vyhledaných článků ve srovnání s databázemi ostatními. Velmi dobře se také osvědčila databáze MEDLINE, jenž je neplacená a při nedostupnosti databáze předplacené by při hledání pravděpodobně stačila. Nejlepší výsledky byly nalezeny po kombinaci těchto dvou. I Web of Science poskytla dobré výsledky, avšak ve srovnání s databázemi ostatními se nezdála jako nejužitečnější. Jako nejhorší jsem shledala Google Scholar, který bych doporučila spíše pro hledání informací o základních, ne příliš specializovaných problémech. Databáze totiž vyhledá velké množství relevantních článků, avšak je nutné záznamy hledat mezi nemalým počtem nerelevantních. Práce je tedy poté daleko časově náročnější.
|
|
|
Studium exprese serinracemasy v CNS pacientů postižených epilepsií
Vorlová, Barbora ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Maloy Řezáčová, Pavlína (oponent)
Serinracemasa je enzym, který za pomoci kofaktoru pyridoxal-5'-fosfátu přeměňuje L-serin na D-serin. D-serin se podílí na aktivaci N-methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát - klíčových receptorů zajišťujících přenos nervového vzruchu v savčím mozku. Dysfunkce zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je schizofrenie, mozková ischemie, neurodegenerativní onemocnění či epilepsie. Serinracemasa se proto stává slibným farmaceutickým cílem pro léčení těchto chorob. V této práci byly charakterizovány tři monoklonální protilátky proti lidské serinracemase a nejlepší z nich byla využita pro detekci tohoto enzymu v resekovaných vzorcích lidských epileptických tkáních metodou Western blot. Pro správnou interpretaci výsledků byla následně ověřena přesnost zpracování a analýzy jednotlivých vzorků. Nakonec byla měřena aktivita lidské serinracemasy pomocí L-serin-O-sulfátu, substrátu s doposud nejvyšší známou afinitou.
|
|
|
Inhibitors of mouse serine racemase
Vorlová, Barbora
Serinracemasa je pyridoxal-5'-fosfát dependentní enzym zodpovědný za biosyntézu D-serinu v centrální nervové soustavě. D-serin je důležitý neurotrasmiter, který se podílí na aktivaci N- methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát. Nadměrná stimulace zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je Alzheimerova choroba, amyotropní laterální skleróza, epilepsie a další. Pro zmírnění příznaků těchto onemocnění se v klinické praxi využívají přímé blokátory NMDA receptorů. Řada těchto látek ale způsobuje nežádoucí účinky a je tedy zapotřebí hledat méně škodlivé blokátory či regulátory působící na jiné cíle terapeutického zásahu, které přímo ovlivňují aktivaci NMDA receptorů. V této souvislosti se právě specifická inhibice serinracemasy zdá být slibnou strategií pro snížení nadměrné stimulace dotyčných receptorů. Myší serinracemasa sdílí 89% identitu se svým lidským ortologem, přičemž bylo prokázáno, že oba zmíněné enzymy vykazují podobné kinetické parametry a jsou inhibovány stejnými látkami s podobnou efektivitou. Pro hledání potentních inhibitorů lidské serinracemasy tedy mohou být využity myší modely. Nicméně, i přesto, že byla testována celá řada nejrůznějších látek, vysoce efektivní inhibitory serinracemasy ještě nebyly identifikovány. Tato studie měla za cíl navázat na výzkum...
|
|
|
Inhibitors of mouse serine racemase
Vorlová, Barbora
Serinracemasa je pyridoxal-5'-fosfát dependentní enzym zodpovědný za biosyntézu D-serinu v centrální nervové soustavě. D-serin je důležitý neurotrasmiter, který se podílí na aktivaci N- methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát. Nadměrná stimulace zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je Alzheimerova choroba, amyotropní laterální skleróza, epilepsie a další. Pro zmírnění příznaků těchto onemocnění se v klinické praxi využívají přímé blokátory NMDA receptorů. Řada těchto látek ale způsobuje nežádoucí účinky a je tedy zapotřebí hledat méně škodlivé blokátory či regulátory působící na jiné cíle terapeutického zásahu, které přímo ovlivňují aktivaci NMDA receptorů. V této souvislosti se právě specifická inhibice serinracemasy zdá být slibnou strategií pro snížení nadměrné stimulace dotyčných receptorů. Myší serinracemasa sdílí 89% identitu se svým lidským ortologem, přičemž bylo prokázáno, že oba zmíněné enzymy vykazují podobné kinetické parametry a jsou inhibovány stejnými látkami s podobnou efektivitou. Pro hledání potentních inhibitorů lidské serinracemasy tedy mohou být využity myší modely. Nicméně, i přesto, že byla testována celá řada nejrůznějších látek, vysoce efektivní inhibitory serinracemasy ještě nebyly identifikovány. Tato studie měla za cíl navázat na výzkum...
|
|
|
Inhibitors of mouse serine racemase
Vorlová, Barbora ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Serinracemasa je pyridoxal-5'-fosfát dependentní enzym zodpovědný za biosyntézu D-serinu v centrální nervové soustavě. D-serin je důležitý neurotrasmiter, který se podílí na aktivaci N- methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát. Nadměrná stimulace zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je Alzheimerova choroba, amyotropní laterální skleróza, epilepsie a další. Pro zmírnění příznaků těchto onemocnění se v klinické praxi využívají přímé blokátory NMDA receptorů. Řada těchto látek ale způsobuje nežádoucí účinky a je tedy zapotřebí hledat méně škodlivé blokátory či regulátory působící na jiné cíle terapeutického zásahu, které přímo ovlivňují aktivaci NMDA receptorů. V této souvislosti se právě specifická inhibice serinracemasy zdá být slibnou strategií pro snížení nadměrné stimulace dotyčných receptorů. Myší serinracemasa sdílí 89% identitu se svým lidským ortologem, přičemž bylo prokázáno, že oba zmíněné enzymy vykazují podobné kinetické parametry a jsou inhibovány stejnými látkami s podobnou efektivitou. Pro hledání potentních inhibitorů lidské serinracemasy tedy mohou být využity myší modely. Nicméně, i přesto, že byla testována celá řada nejrůznějších látek, vysoce efektivní inhibitory serinracemasy ještě nebyly identifikovány. Tato studie měla za cíl navázat na výzkum...
|
|
|
Klonování, charakterisace a exprese mutantů lidské serinracemasy
Nováková, Ilona ; Brynda, Jiří (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
AAbbssttrraakktt Lidská serinracemasa (hSR) je cytosolický enzym využívající pyridoxal-5'-fosfát, který je lokalizován v centrální nervové soustavě. Syntetizuje D-serin, aminokyselinu, jež je endogenním koagonistou N-methyl-D-aspartátových (NMDA) receptorů a hraje tak v mozku klíčovou roli v excitační neurotransmisi. Lidská serinracemasa je tudíž slibným cílem při léčbě neurodegenerativních onemocněních spojených s NMDA receptory. Zatím však bylo identifikováno jen málo specifických inhibitorů a krystalová struktura hSR byla vyřešena teprve nedávno. Rozhodli jsme se tedy pomocí náhodné mutageneze určit aminokyselinové zbytky klíčové pro aktivitu enzymu. O zbytku Ser 84 je známé, že se spolu s Lys 56 podílí na katalýze. Poté, co jsme analyzovali mutanta S84G/P111L lidské serinracemasy, který si zachovával schopnost konvertovat L-serin na pyruvát, jsme syntetizovali a charakterizovali mutantní hSR S84G, abychom mohli vyloučit případný vliv mutace P111L. KKllííččoovváá sslloovvaa:: D-serin; Serinracemasa; Enzymy závislé na PLP; Mutageneze; Racemasy
|
|
|
Studium exprese serinracemasy v CNS pacientů postižených epilepsií
Vorlová, Barbora ; Maloy Řezáčová, Pavlína (oponent) ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce)
Serinracemasa je enzym, který za pomoci kofaktoru pyridoxal-5'-fosfátu přeměňuje L-serin na D-serin. D-serin se podílí na aktivaci N-methyl-D-aspartátových receptorů pro glutamát - klíčových receptorů zajišťujících přenos nervového vzruchu v savčím mozku. Dysfunkce zmíněných receptorů může vést k různým neuropatologiím, jako je schizofrenie, mozková ischemie, neurodegenerativní onemocnění či epilepsie. Serinracemasa se proto stává slibným farmaceutickým cílem pro léčení těchto chorob. V této práci byly charakterizovány tři monoklonální protilátky proti lidské serinracemase a nejlepší z nich byla využita pro detekci tohoto enzymu v resekovaných vzorcích lidských epileptických tkáních metodou Western blot. Pro správnou interpretaci výsledků byla následně ověřena přesnost zpracování a analýzy jednotlivých vzorků. Nakonec byla měřena aktivita lidské serinracemasy pomocí L-serin-O-sulfátu, substrátu s doposud nejvyšší známou afinitou.
|
|
|
Porovnání použitelnosti bibliografických databází pro řešení biochemických problémů
Frantíková, Dagmar ; Hodek, Petr (oponent) ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce)
Práce se zabývá porovnáním čtyř v biochemii hojně využívaných databází: placených SCOPUS a Web of Science a neplacených MEDLINE a Google Scholar. Byla hodnocena jejich účinnost a vhodnost pro řešení biochemických problémů. Byly zvoleny tři modelové dotazy, které byly zadávány do databází: "ellipticine", "Lowry method" a "serine racemase". Vyhledané záznamy byly poté řazeny dle předem určených kritérií podle relevance. Jako nejlepší vychází ze srovnání placená databáze SCOPUS, a to díky přehlednému rozhraní a vysokému podílu relevantních vyhledaných článků ve srovnání s databázemi ostatními. Velmi dobře se také osvědčila databáze MEDLINE, jenž je neplacená a při nedostupnosti databáze předplacené by při hledání pravděpodobně stačila. Nejlepší výsledky byly nalezeny po kombinaci těchto dvou. I Web of Science poskytla dobré výsledky, avšak ve srovnání s databázemi ostatními se nezdála jako nejužitečnější. Jako nejhorší jsem shledala Google Scholar, který bych doporučila spíše pro hledání informací o základních, ne příliš specializovaných problémech. Databáze totiž vyhledá velké množství relevantních článků, avšak je nutné záznamy hledat mezi nemalým počtem nerelevantních. Práce je tedy poté daleko časově náročnější.
|
|
| |
host ::
RSS.