|
|
Metody predikce sekundární struktury RNA
Polzerová, Nikola ; Musilová, Jana (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou.
|
|
|
RNA secondary structure prediction
Polzerová, Nikola ; Schwarzerová, Jana (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
RNA secondary structure has become a phenomenon in last years. It plays a key role in understanding the principles of gene expression and RNA stability. It also plays an important foundation for correct prediction of tertiary structures. That resulted into rapid development of secondary structure prediction throughout computational methods and especially machine learning methods. The most frequently cited machine learning methods for RNA secondary structure prediction were described. Based on gained knowledge, a residual network was implemented. Implemented residual network was trained, validated and tested on pseudoknotted free structures from bpRNA-1m dataset.
|
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
|
|
Metody predikce sekundární struktury RNA
Polzerová, Nikola ; Musilová, Jana (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou.
|
|
|
Predikce sekundární struktury RNA sekvencí
Hadwigerová, Michaela ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Od doby, kdy byla RNA objevena přírodovědcem Miescherem byla její struktura a funkce dlouho vědci opomíjena, hlavní úlohu hrála pouze DNA. K většímu zájmu o RNA došlo až po odhalení struktury tRNA a objevení jejích katalytických a enzymatických účinků. Tyto objevy vedli k velkému rozvoji různých studijních oborů zabývajících se analýzou struktury RNA, spolu s její funkcí, která je na její struktuře závislá.
|
|
|
Vliv sekvencí intronů na efektivitu sestřihu v Saccharomyces cerevisiae.
Oplová, Michaela ; Půta, František (vedoucí práce) ; Malcová, Ivana (oponent)
Sestřih pre-mRNA je vysoce regulovaným buněčným procesem. Regulace tohoto procesu vyplývá ze současné souhry spliceosomu a dalších sestřihových faktorů, které dokážou interpretovat cis-elementy molekuly pre-mRNA. Krátké konzervované sestřihové sekvence intronu představují základní a nezbytné elementy pro vystřižení intronových sekvencí z primárního transkriptu, přesto ale nejsou dostatečnými prvky intronu pro efektivní proces sestřihu. Další vlastnosti molekuly pre-mRNA zasahují do složité regulace sestřihu. Ve své práci se zabývám vlivem sekvencí intronů z genů ACT1 a MAF1 na efektivitu sestřihu v buňkách s narušeným spliceosomem (prp45(1-169)). Výsledky ukazují regulační úlohu oblasti intronu genu ACT1 mezi místem větvení (BP) a 3' sestřihovým místem (3'ss), která udržuje efektivní sestřih v mutantních buňkách. Konkrétní element intronu genu ACT1 v oblasti BP-3'ss však nebyl identifikován. Ve své práci dále ukazuji, že alternativní BP sekvence nacházející se v intronu genu ACT1, která je lokalizována mimo oblast BP-3'ss, je dalším elementem, který moduluje efektivitu sestřihu u kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Práce se dále věnuje sestřihovým faktorům, které by mohly figurovat v mechanismu výběru 3'ss. Na umisťování 3'ss do aktivního centra spliceosomu se významně uplatňuje heterodimer proteinů...
|
|
|
Minoritní proteiny viru hepatitidy typu C
Zeman, Jakub ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Virus žloutenky typu C (HCV) je hlavním původcem chronických onemocnění jater. Po celém světě je v současnosti více než 170 milionů chronicky infikovaných osob, u více jak 100 tisíc z nich se ročně rozvine hepatocelulární karcinom. HCV náležící do čeledi Flaviviridae je obalený jednořetězcový RNA virus s pozitivním vláknem (+ssRNA virus), jehož genom kóduje polyproteinový prekursor, z kterého vzniká pro štěpení buněčnými a virovými proteasami 10 virových proteinů. Mimo to je však virem kódován ještě minoritní protein v alternativním čtecím rámci. Tento protein vzniká v několika možných variantách posunem čtecího rámce či iniciací translace na vnitřních startovacích kodonech. Přes deset let výzkumu není jeho role in vivo v současné době známa. Ukazuje se, že pro robustní virovou translaci a replikaci jsou spíše než přítomnost minoritních proteinů důležité sekundární struktury v core oblasti genomu HCV. Mutace narušující tyto struktury můžou mít za následek zpomalení kinetiky virového cyklu, ale i, jak naznačuje nejnovější studie, zcela neobvyklý sérologický profil u pacientů a zvýšenou míru exprese minoritního proteinu.
|
host ::
RSS.