|
|
Metody vyhledávání tandemových repetic v DNA sekvencích
Havlík, Kryštof ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
V této práci je objasněna základní problematika repetitivní DNA a jsou zde zhodnoceny vyhledávače tandemových repetic bezplatně dostupné široké veřejnosti. V praktické části práce je popsán algoritmus sloužící k vyhledávání tandemových repetic založený na převodu sekvence DNA do číselného formátu. Následuje zpracování vzniklého signálu pomocí krátkodobé Fourierovy transformace, vytvoření spektrogramu, jehož analýza slouží k nalezení pozice a obsahu repetitivních oblastí. Výsledkem práce je porovnání výstupů vybraných volně dostupných programů s vytvořeným programem a zhodnocení výhod a nevýhod.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Rekonstrukce repetitivních elementů DNA
Hypský, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Puterová, Janka (vedoucí práce)
Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus.
|
|
|
W chromosomes in Lepidoptera: evolution, diversity and molecular features
HEJNÍČKOVÁ, Martina
Sex chromosome evolution is a fascinating and very dynamic process, which is best to be studied on diverse groups of organisms. Moths and butterflies (Lepidoptera) are known for their species diversity and female heterogamety, which makes them an ideal research model. Most species of Lepidoptera have a WZ/ZZ (female/male) system, although some species lack the W chromosome. The first part of this thesis discusses possible mechanisms and points of its origin in terms of phylogeny. Specifically, it focuses on the lack of W chromosome in the group of bagworms (Psychidae), supporting recent theory about the independent origin of W chromosomes in Lepidoptera. The second part of the thesis provides valuable information about the W chromosome variability and molecular content within the group of loopers (Geometridae). Finally, the third part describes the accumulation of retrotransposons on the W chromosome in Peribatodes rhomboidaria and emphasizes their importance in the process of sex chromosome differentiation.
|
|
|
Analýza vybraných W obohacených repetic u předivky brslenové \kur{Yponomeuta cagnagella} (Lepidoptera)
PILÍKOVÁ, Aneta
Tato práce se zabývá studiem vybraných repetitivních DNA sekvencí na pohlavním chromosomu W u herbivorního škůdce předivky brslenové (Yponomeuta cagnagella) (Lepidoptera). Metodami fluorescenční in situ hybridizace (FISH) a kvantitativní PCR (qPCR) byla zjišťována distribuce vybraných repetic v genomu předivky a porovnáváno množství jejich kopií mezi jedinci různého pohlaví ze dvou geografických populací. Zatímco u satelitní DNA a transposonu byla přítomnost na chromosomu W potvrzena, klastr rDNA genů se u předivky brslenové pravděpodobně nachází na autosomu u obou testovaných populací, navzdory předchozím bioinformatickým analýzám. Studium distribuce repetic přímo na chromosomech ukázalo na akumulaci transposonu Maverick v rozsáhlých oblastech na obou koncích chromosomu W.
|
|
|
Evoluce pohlavních chromozómů u vybraných taxonů kostnatých ryb (Teleostei)
Pavlica, Tomáš ; Sember, Alexandr (vedoucí práce) ; Kratochvíl, Lukáš (oponent)
Kostnaté ryby tvoří nadpoloviční většinu obratlovců na zemi. Disponují širokou škálou mechanizmů pohlavní determinace a diferenciace, včetně devíti dosud známých systémů pohlavních chromozómů. Rybí pohlavní chromozómy jsou obecně považovány za evolučně mladé a jsou proto vhodné pro studium časných fází vývoje těchto unikátních oblastí genomu. Úkolem mé diplomové práce bylo analyzovat výskyt a úroveň diferenciace pohlavních chromozómů u dvou druhů halančíků rodu Nothobranchius a u jednoho zástupce širokohlavců rodu Bunocephalus metodami standardní a molekulární cytogenetiky. Analyzované populace halančíků N. kadleci a N. furzeri sdílely systém pohlavních chromozómů XY. I přes obvykle výraznou heteromorfii pohlavních chromozómů, komparativní genomová hybridizace (CGH) neodhalila oblast diferenciace. Analýza synaptonemálních komplexů v kombinaci s mapováním 18S rDNA a telomerických sekvencí metodou fluorescenční hybridizace in situ (FISH) ukázala téměř výhradně standardní párování pohlavních chromozómů s přispěním synaptického přizpůsobení. U samic jedné populace N. furzeri jsem v pachytene pozoroval malý nadpočetný chromozóm, který se nevyskytoval v mitóze analyzovaných somatických tkání. Distribuce oblastí rekombinace se mírně lišila v rámci omezeného studovaného vzorku mezi samci a samicemi: u...
|
|
|
Rekonstrukce repetitivních elementů DNA
Hypský, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Puterová, Janka (vedoucí práce)
Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus.
|
|
| |
host ::
RSS.