Název: Rekonstrukce repetitivních elementů DNA
Překlad názvu: Reconstruction of Repetitive Elements in DNA
Autoři: Hypský, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Puterová, Janka (vedoucí práce)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2018
Jazyk: cze
Nakladatel: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstrakt: [cze] [eng]
Eukaryotické genomy obsahují velké množství repetitivních struktur. Jejich detekce a sestavení patří dnes k hlavním výzvám bioinformatiky. Tato práce obsahuje hlavní klasifikaci repetitivní DNA a představuje implementaci nového de novo assembleru, zaměřeného na hledání a sestavení LTR retrotranspozonů a satelitní DNA. Assembler přijímá na svém vstupu krátké ready (single nebo pair-end), získané sekvenátory druhé generace (NGS). Tento assembler je založen na přístupu Overlap Layout Consensus. Eukaryotic genomes contain a large number of repetitive structures. Their detection and assembly today are the main challenges of bioinformatics. This work includes a classification of repetitive DNA and represents an implementation of a novel de novo assembler focusing on searching and constructing LTR retrotransposons and satellite DNA. Assembler accepts on his input short reads (single or pair-end), obtained from next-generation sequencing machines (NGS). This assembler is based on Overlap Layout Consensus approach.
Klíčová slova: de novo assembler; krátké ready; LTR retrotranspozony; Overlap Layout Consensus; repetitivní DNA; satelitní DNA; sestavení repetic; de novo assembler; LTR retrotransposons; Overlap Layout Consensus; repeats assembly; repetitive DNA; satellite DNA; short reads

Instituce: Vysoké učení technické v Brně (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v Digitální knihovně VUT.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/11012/84923

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-542872


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Vysoké učení technické v Brně
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce