|
|
Analýza strukturních elementů DNA
Knytl, Marek ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Cílem této diplomové práce je návrh a implementace nástroje trackAnalysis pro statistickou analýzu strukturních elementů na DNA. Pozice jednotlivých elementů v rámci genomu jsou získány v podobě stopy a nad těmito pozicemi poté nástroj provádí sadu analýz, mezi které patří test náhodnosti stopy, test vzdáleností stop od genů, klasifikace, detekce shluků a překryvů. Výsledky jednotlivých testů je možné navzájem propojit. Výsledek bude poté zobrazen ve formě výpisu, grafu, případně nové anotační stopy. Důležitou částí této práce je rovněž otestování výsledného nástroje na sadě reálných dat.
|
|
|
Celogenomové zarovnání pomocí suffixových stromů
Klouba, Lukáš ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je vytvořit algoritmus, který pomocí sufixových konstrukcí umožní zarovnání genomu dvou organismů, a implementovat jej do programového prostředí jazyka R. Práce se věnuje popisu konstrukce sufixových struktur a metodami celogenomového zarovnání. Výsledkem práce je funkční algoritmus pro celogenomové zarovnání pomocí sufixových struktur implementovaný v programovém prostředí R a jeho srovnání s podobnými programy pro celogenomové zarovnání.
|
|
|
Dolování z dat v jazyce Python
Šenovský, Jakub ; Bartík, Vladimír (oponent) ; Zendulka, Jaroslav (vedoucí práce)
Cílem této práce bylo seznámení se s jednotlivými fázemi získávání znalostí z dat, s podporou programovacích jazyků Python a R v oblasti dolování dat a demonstrace jejich použití na dvou případových studiích. Následným krokem bylo porovnání těchto jazyků z hlediska dolování dat. Je zde popsaná fáze předzpracování dat a dolovací algoritmy pro klasifikaci, predikci a shlukování. Představeny zde byly významné knihovny pro jazyky Python a R. V první případové studii byla demonstrována práce s časovými řadami pomocí ARIMA modelu a neuronových sítí s ověřením přesnosti pomocí střední kvadratické chyby. V druhé případové studii byla popsaná klasifikace výsledků fotbalových zápasů pomocí k - nejbližších sousedů, Bayesova klasifikátoru, náhodného lesu a logické regrese. Přesnost klasifikace byla zobrazena pomocí skóre přesnosti a konfúzní matice. Práci uzavírá zhodnocení výsledků a návrhy pro budoucí vylepšení jednotlivých modelů.
|
|
|
Genotypizace u makaků ve výzkumu infekce virem HIV
Matula, Jan ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Moderní výzkum virových onemocnění je závislý na analýze genetických dat a to nejen samotných virových sekvencí, ale i specifických receptorů, které na virové onemocnění reagují. Tato práce představuje balíček nástrojů vytvořený v programovacím jazyce R s využitím nadstavby Bioconductor pro zpracování dat produkovaných next generation sekvenátory. Balíček využívá pokročilý algoritmus SSAHA pro porovnávání neznámých sekvencí DNA s referenční databází. Funkčnost balíčku je demonstrována na datech získaných sekvenováním MHC a KIR receptorů HIV pozitivních makaků na platformě Roche 454.
|
|
| |
|
|
Optimalizace algoritmů pro vyhledávání triplexů v DNA
Hon, Jiří ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Současné studie naznačují, že triplexy hrají důležitou roli v mechanismech regulace transkripce, rekombinace DNA a mutageneze a mají proto velký význam pro biologii, biotechnologii a medicínu. Tato bakalářská práce optimalizuje nedávno publikovaný algoritmus pro vyhledávání potenciálních intramolekulárních triplexů na třech úrovních návrhu: uživatelské rozhraní, využití paměti a výpočetní náročnost. V úrovni uživatelského rozhraní byl algoritmus rozšířen o existující vizualizační funkce a transformován do podoby balíčku pro prostředí R/Bioconductor. Optimalizací využití paměti a cache procesoru v kombinaci s redukcí výpočtu na základě analýzy jeho stavu bylo dosaženo více než trojnásobného zrychlení oproti původní implementaci.
|
|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
|
|
Shluková analýza 100 českých firem na základě účetních výkazů
Langer, Tomáš ; Král, Jiří (oponent) ; Novotná, Veronika (vedoucí práce)
Diplomová práce nazvaná Shluková analýza 100 českých firem na základě účetních výkazů se zabývá testováním dvou stanovených hypotéz za využití vícerozměrné statistické metody – shlukové analýzy. Jako vstupní podkladová data k aplikaci statistických metod slouží veřejně dostupné finanční výkazy vybraných společností za období 2014 a 2015. Tato data jsou digitalizována a podrobena metodám finanční analýzy.
|
|
| |
|
|
Variský se subdukcí spjatý plutonismus Francouzského centrálního masivu
Usmanova, Diana ; Janoušek, Vojtěch (vedoucí práce) ; Špillar, Václav (oponent)
Francouzský centrální masiv (FCM) je součástí moldanubické zóny, jež je interní částí Variského orogénu. Masiv byl vytvořen v průběhu šesti tektono-metamorfních událostí a má příkrovovou stavbu. Do příkrovových jednotek v průběhu karbonu intrudovaly granitoidy různého typu: muskovitické peraluminické granitoidy (MPG), cordieritické peraluminické (CPG), K-bohaté vápenato-alkalické (KCG) a amfibolické vápenato-alkalické granitoidy (ACG). Vznik granitoidních plutonů FCM byl vázán převážně na kontinentální kolizi; jen plutonity ACG jsou starší, typické pro magmatické oblouky. Výskyt těchto vápenato-alkalických amfibolických kvarcdioritů až tonalitů je běžný v západní části FCM, v oblasti Limousinu, kde tvoří cca. 250 km dlouhý pás známý jako "Limousinský tonalitový pás". Jeho lineární tvar a charakteristické geochemické složení naznačuje vznik spojený se subdukcí. Nově získaná geochemická data z oblasti Limousinu ukazují na intermediální složení (52-57 hm% SiO2), metaaluminický, subalkalický charakter a zařazují vzorky do vápenato-alkalické série. Dále bylo pozorováno obohacení o litofilní prvky (LILE), ochuzení o prvky s vysokým nábojem (HFSE), negativní europiová anomálie (Eu/Eu* = 0,63-0,92) a poměrně nízké iniciální poměry izotopů stroncia (87 Sr/86 Sri = 0,7043-0,7053) spolu s převážně pozitivními...
|
host ::
RSS.