|
|
Prolylendopeptidasa z klíštěte Ixodes ricinus
Petrvalská, Olívia ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Klíšťata jsou významnými parazity a vektory patogenů. Na území České republiky je klíště obecné (Ixodes ricinus) nejrozšířenějším druhem, který přenáší lymskou boreliózu a klíšťovou encefalitidu. Proteasy klíšťat jsou potenciální molekulární cíle pro vývoj nových vakcín proti těmto parazitům. Tato práce se zaměřuje na biochemickou analýzu prolylendopeptidasy z klíštěte obecného, která dosud nebyla studována. Prolylendopeptidasa byla detekována v extraktu ze střevní tkáně klíštěte pomocí jednak měření enzymové aktivity a dále vizualizací na elektroforéze SDS-PAGE metodou fluorescenčního afinitního značení. Prolylendopeptidasa se pravděpodobně účastní procesu proteolytického trávení krevních proteinů, protože její specifická aktivita byla nejvyšší ve střevní tkáni a tato aktivita vzrůstala v průběhu procesu sání a zpracování potravy. Biochemická analýza ukázala, že enzymová aktivita prolylendopeptidasy je (1) závislá na volném cysteinovém zbytku v blízkosti aktivního místa, (2) optimální v oblasti pH 8-9, (3) selektivně inhibována peptidovými inhibitory Z-Ala-Pro-CMK a Z-Pro-Pro-CHO. Klíčová slova: prolylendopeptidasa, proteolýza, enzymová aktivita, substrátová specifita, klíště
|
|
|
Vliv analogů hemu na strukturu a konformační stabilitu cytochromu b5
Maroušková, Růžena ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Cytochrom b5 je součástí systému oxidas se smíšenou funkcí (MFO systému), který se podílí na metabolismu řady endogenních i exogenních látek. Jeho funkce je úzce spjata s dalším významným enzymem tohoto systému - cytochromem P450. Cílem této bakalářské práce bylo prozkoumat, jak analogy hemu ovlivňují strukturu a konformační stabilitu cytochromu b5. Ke studiu byla použita v laboratoři dosud nezavedená metoda - pulzní proteolýza, která využívá štěpení proteinu v různých koncentracích močoviny. Protein byl štěpen nespecifickou proteasou thermolysinem, která je aktivní i v prostředí s vysokou koncentrací močoviny. Pro studium stability cyt b5 byly připraveny holoformy cytochromu b5 obsahující hem a jeho analogy, kde jsou místo železitých iontů vázány ionty Mn3+ , Cr3+ či Co3+ . Analogy cytochromu b5 byly připraveny pomocí titrace apoformy cytochromu b5 heminem a jeho analogy. Pulzní proteolýza byla provedena i s apoformou cytochromu b5 a výsledky byly vyhodnoceny za použití elektroforézy v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsulfátu sodného. Klíčová slova: elektroforéza, proteolýza, cytochrom b5, stabilita.
|
|
|
Analysis of substrate specificity and mechanism of GlpG, an intramembrane protease of the rhomboid family.
Peclinovská, Lucie ; Stříšovský, Kvido (vedoucí práce) ; Konvalinka, Jan (oponent)
Proteiny z rodiny rhomboidů jsou široce konservované v evoluci a obsahují dvě velké podskupiny, proteolyticky aktivní intramembránové proteasy serinového typu (rhomboidy) a rhomboidům podobné proteiny, které během evoluce ztratily proteolytickou aktivitu, ale zachovaly si schopnost vázat membránový helix jiných proteinů. Zástupci obou těchto skupin hrají významnou roli v celé řadě biologických procesů, jako například v buněčné signalizaci, v mechanismech podílejících se na kontrole kvality sbalení proteinů v endoplasmatickém retikulu, v mitochondriální dynamice a také v hojení ran. Ačkoliv medicinský potenciál proteinů z rodiny rhomobidů vzrůstá, pochopení strukturní podstaty jejich funkce pokulhává. Hlavním strukturním a mechanistickým modelem pro pro rodinu rhomboidů a vlastně pro intramembránové proteasy obecně se stal rhomboid GlpG z E.coli, který byl první intramembránovou proteasou jejíž rentgenová struktura byla vyřešena. Substráty GlpG jsou membránové proteiny s jedním transmembránovým helixem a ke štěpení dochází v jejich transmembránové části, ale mechanismus vazby substrátu na enzym ani podstata substrátové specifity nejsou plně pochopeny. Tato práce se zabývá charakterizací významu transmembránové domény substrátu pro jeho rozpoznání proteasou GlpG a využívá hlavně enzymové kinetiky a...
|
|
|
Vliv analogů hemu na strukturu a konformační stabilitu cytochromu b5
Maroušková, Růžena ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Cytochrom b5 je součástí systému oxidas se smíšenou funkcí (MFO systému), který se podílí na metabolismu řady endogenních i exogenních látek. Jeho funkce je úzce spjata s dalším významným enzymem tohoto systému - cytochromem P450. Cílem této bakalářské práce bylo prozkoumat, jak analogy hemu ovlivňují strukturu a konformační stabilitu cytochromu b5. Ke studiu byla použita v laboratoři dosud nezavedená metoda - pulzní proteolýza, která využívá štěpení proteinu v různých koncentracích močoviny. Protein byl štěpen nespecifickou proteasou thermolysinem, která je aktivní i v prostředí s vysokou koncentrací močoviny. Pro studium stability cyt b5 byly připraveny holoformy cytochromu b5 obsahující hem a jeho analogy, kde jsou místo železitých iontů vázány ionty Mn3+ , Cr3+ či Co3+ . Analogy cytochromu b5 byly připraveny pomocí titrace apoformy cytochromu b5 heminem a jeho analogy. Pulzní proteolýza byla provedena i s apoformou cytochromu b5 a výsledky byly vyhodnoceny za použití elektroforézy v polyakrylamidovém gelu v přítomnosti dodecylsulfátu sodného. Klíčová slova: elektroforéza, proteolýza, cytochrom b5, stabilita.
|
|
|
Prolylendopeptidasa z klíštěte Ixodes ricinus
Petrvalská, Olívia ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Ryšlavá, Helena (oponent)
Klíšťata jsou významnými parazity a vektory patogenů. Na území České republiky je klíště obecné (Ixodes ricinus) nejrozšířenějším druhem, který přenáší lymskou boreliózu a klíšťovou encefalitidu. Proteasy klíšťat jsou potenciální molekulární cíle pro vývoj nových vakcín proti těmto parazitům. Tato práce se zaměřuje na biochemickou analýzu prolylendopeptidasy z klíštěte obecného, která dosud nebyla studována. Prolylendopeptidasa byla detekována v extraktu ze střevní tkáně klíštěte pomocí jednak měření enzymové aktivity a dále vizualizací na elektroforéze SDS-PAGE metodou fluorescenčního afinitního značení. Prolylendopeptidasa se pravděpodobně účastní procesu proteolytického trávení krevních proteinů, protože její specifická aktivita byla nejvyšší ve střevní tkáni a tato aktivita vzrůstala v průběhu procesu sání a zpracování potravy. Biochemická analýza ukázala, že enzymová aktivita prolylendopeptidasy je (1) závislá na volném cysteinovém zbytku v blízkosti aktivního místa, (2) optimální v oblasti pH 8-9, (3) selektivně inhibována peptidovými inhibitory Z-Ala-Pro-CMK a Z-Pro-Pro-CHO. Klíčová slova: prolylendopeptidasa, proteolýza, enzymová aktivita, substrátová specifita, klíště
|
|
|
Kinetic behavior of the NAD(P)H:Quinone oxidoreductase WrbA from Escherichia coli.
KISHKO, Iryna
Předkládaná dizertační práce se zabývá strukturně-funkčním vztahem multimerické oxidoreduktázy WrbA. Především vysvětluje neobvyklou kinetiku tohoto enzymu na molekulární úrovni, čímž poskytuje vzhled do fyziologické role tohoto enzymu v bakteriích. Multimerický enzym WrbA, jehož kofaktorem je FMN, katalyzuje oxidaci NADH přenosem dvou elektronů. Dle strukturálních a funkčních kritérii patří Wrba mezi bakteriální flavodoxiny, z evolučního hlediska se jedná o eukaryotickou oxidoreduktázu. Kinetické chování enzymu WrbA bylo studováno při různých podmínkách (teplota, pH atd.). Mechamismus kinetiky byl určen z parametrů KM a Vmax a potvrzen analizou inhibici produktami reakce. Krystalizace a proteolytické pokusy potvrzují funkční důležitost multimerizace enzymu WrbA a pomáhají pochopit fyziologickou roli tohoto enzymu na molekulární úrovni.
|
host ::
RSS.