|
|
Grafické uživatelské rozhraní pro platformu REPOMO
Šimek, Petr ; Růžička, Richard (oponent) ; Sekanina, Lukáš (vedoucí práce)
Rekonfigurace hardwaru se stala současným trendem, kdy pevnou obvodovou strukturu dokážeme softwarově konfigurovat. REPOMO je rekonfigurovatelný čip obsahující 32 polymorfních logických členů. Termín "polymorfní" znamená, že obvod dokáže měnit svou logickou funkci v závislosti např. na úrovni napájecího napětí. Tato práce si klade za úkol seznámit čtenáře s problematikou polymorfismu v elektrických obvodech, konstrukcí a funkcí čipu REPOMO. Hlavním cílem práce bylo navrhnout a implementovat grafické uživatelské rozhraní, které usnadní vývoj aplikací pro čip REPOMO.
|
|
| |
|
|
Strojové učení v úloze predikce vlivu nukleotidového polymorfismu
Šalanda, Ondřej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce prezentuje nový přístup k~predikci efektu nukleotidového polymorfismu v~lidském genomu. Cílem je vytvoření nového klasifikátoru, který kombinuje výsledky již existujících softwarových nástrojů. Tohoto konsenzu nad dílčími výsledky je dosaženo experimentováním s~metodami strojového učení, přičemž výsledný model pak tvoří nejúspěšnější z~nich. Závěrečné komplexní srovnání výsledků metaklasifikátoru s dílčími nástroji ukazuje průměrné navýšení obsahu plochy pod ROC křivkou o 3,4 a eskalaci normované přesnosti až o 7\,\%. Vytvořený prediktor je zpřístupněn prostřednictvím webového rozhraní na adrese http://ll06.sci.muni.cz:6232/snpeffect/.
|
|
|
Studium polymorfie a optimalizace krystalizace farmaceuticky aktivních látek
Novák, David ; Ing.Ladislav Cvak, Ph.D. (oponent) ; Ing.Roman Gabriel (vedoucí práce)
Aktivní farmaceutické substance (APIs) jsou velmi často pacientovi podávány v pevném stavu jako součást předepsané lékové formy (tablety, kapsle atd.). Pochopení a kontrola chemie substancí pevného stavu je proto důležitým aspektem ve vývoji léčiva. Substance se mohou vyskytovat v různých pevných formách, zahrnujících polymorfy, solváty, hydráty, směsné krystaly a také amorfní formy. Každá forma vykazuje specifické fyzikálně-chemické vlastnosti, které mají významný vliv na biodostupnost, možnost zpracování, stabilitu a další chování charakteristické pro substanci. Většina substancí je purifikována a izolována krystalizací z vhodného rozpouštědla, jako poslední operací ve farmaceutické výrobě. Hlavním cílem krystalizačního procesu je získání produktu s definovanými vlastnostmi jako je distribuce velikosti částic, tvar krystalu a jeho chemická a fyzikální čistota (polymorfie). Všechny farmaceutické substance v jakékoliv formě musí být vyráběny v reprodukovatelné kvalitě. Této kvality je docíleno jen v případě kontroly aktivní látky během procesu. Pro on-line kontrolu krystalizací Quetiapinu Fumarátu za účelem dosažení požadované distribuční velikosti částic a nezměněných fyzikálně-chemických vlastností substance byla použita FBRM laserová metoda.
|
|
|
Metodické aspekty hodnocení genetické diverzity skotu
MIJAILOVIĆ, Angelina
Cílem bakalářské práce je popsat metody hodnocení genetické diverzity. Na začátku je popsána biologická diverzita a její rozdělení se zaměřením na genetickou diverzitu. Dále jsou popsány mutace, segregace, rekombinace, migrace, selekce, genetický drift, inbreeding. Práce se dále zabývá polymorfismem, zejména jednoduchými bodovými polymorfismy (SNP), VNTR a mikrosatelity. Jsou popsány genetické markery, markery asistovaná selekce a genomová selekce. U vnitropopulační genetické diverzity jsou popsány biometrické metody, u mezipopulační genetické diverzity poté genetické distance a některé nejčastěji používané programové balíky. V závěru práce jsou popsány fylogenetické stromy a jejich druhy s uvedenými příklady využití v praxi.
|
|
|
Polymorfizmus FGF2 v asociaci k mléčné užitkovosti a reprodukci skotu
BRZÁKOVÁ, Michaela
Tato práce pojednává o vlivu polymorfizmu FGF2 genu na mléčnou užitkovost a plodnost holštýnského plemene skotu. Literární rešerše se zabývá jeho užitkovostí a upozorňuje na současný problém týkající se klesající plodnosti vysoko užitkových plemen mléčného skotu. Druhá polovina literární rešerše je věnována FGF rodině, její charakteristice a spojitosti s mléčnou užitkovostí skotu. FGF2 gen byl pro tuto studii vybrán proto, že je členem dráhy placentárního laktogenu a interferonu-, je tedy zahrnut do zahájení a udržování březosti přežvýkavců a je předpokládán jeho vliv na mléčnou užitkovost. Experimentální část práce se zabývá genotypizací 150 býků holštýnského plemene. Genotypizace byla provedena pomocí PCR-RFLP metody a získaná data byla následně statisticky vyhodnocena. Nebyla nalezena žádná statisticky významná spojitost polymorfizmu FGF2 k mléčné produkci holštýnského plemene. Bylo však zjištěno, že polymorfizmus FGF2 genu má statisticky průkazný vliv na plodnost krav a plemenic holštýnského plemene linie NXA. Tento vliv ovšem nebyl statisticky průkazný u jalovic obou linií a plemenic u linie NEA. SNP11646 polymorfizmus FGF2 genu by mohl být využitelný jako kritérium v gen asistované selekci pro zvýšení plodnosti dojeného skotu holštýnského plemene, avšak před jeho zavedením jakožto selekčního kritéria v šlechtitelském programu je potřeba dalšího navazujícího výzkumu.
|
|
|
Genetický polymorfismus vybraných kódujících lokusů ve vztahu k technologickým vlastnostem masa
VERNEROVÁ, Kateřina
V diplomové práci byla provedena genotypizace 162 jatečných býků plemene ČESTR pocházejících z komerčních chovů, která měla za úkol analyzovat potencionální vliv genu kódujícího calpain I (CAPNI) na výslednou křehkost masa. CAPN1 přítomný na chromozomu BTA29, byl ve dřívějších studiích hodnocen jako kandidátní gen pro QTL. Polymorfismus genu CAPNI byl analyzován pomocí metody PCR/RFLP za použití markeru CAPN530. Výsledkem celé metody bylo stanovení genotypů. U homozygotů AA byl odečten jeden fragment o délce 341 bp, u homozygotů GG dva fragmenty o délkách 195 a 146 bp a u heterozygotů AG tři fragmenty o délkách 341, 195 a 146 bp. Výsledky genotypizace byly následně statisticky vyhodnoceny. Ve studované populaci býků bylo zjištěno 11 homozygotů AA, 62 homozygotů GG a 89 heterozygotů AG. Četnější Alela G se v populaci vyskytovala s frekvencí 0,657 a méně četná alela A pak s frekvencí 0,343. Pro stanovení křehkosti masa u jednotlivých býků bylo zvoleno hodnocení velikosti střižné síly pomocí Warner-Bratzlerova shear testu. Měřeny byly vzorky syrového a grilovaného masa vždy 1., 14. a 28. den po porážce. K vyhodnocení vztahu mezi genotypem a velikostí střižné síly bylo využito statistických metod. V případě syrového masa byl zjištěn významný vliv pouze u síly ve střihu měřené u vzorků 1. den po porážce. U genotypu AG bylo dosaženo nejpříznivějších výsledků pro sledovaný parametr. U vzorků měřených 14. a 28. den po porážce nebyl zjištěn žádný vliv genotypu na sílu ve střihu, potažmo křehkost masa. U masa grilovaného nebyl zjištěn žádný významný vliv genotypu na sílu střihu ani v jednom dni měření. Lze konstatovat, že vliv genotypu na křehkost grilovaného masa je u našeho panelu zvířat naprosto minimální a nelze jej statisticky prokázat.
|
|
|
Kandidátní geny mléčné užitkovosti skotu
KADLEC, Tomáš
Cílem této práce je vypracovat přehled o významných a šlechtitelsky zajímavých kandidátních genech, ovlivňujících mléčnou užitkovost a kvalitativní parametry mléka, s důrazem na geny asociované s množstvím a kvalitou mléčných proteinů a mléčného tuku.
|
|
|
Anylýza vybraných polymorfismů kura domácího
TYLLEROVÁ, Helena
U vybraných linií šlechtitelského programu DOMINANT CZ - Rhode Island Red (RIR), New Hampshire (NH) a finálních hybridů RIRxNH a NHxRIR, byl zkoumán gen kuřecího růstového hormonu. Analýza PCR - RFLP odhalila tři MspI štěpná místa na intronu 1. Tato štěpná místa poskytovala fragmenty o délce 540 bp, 390 bp, 270 bp, 240 bp, 150 bp a 120 bp. Na základě restrikčních vzorů byly ve sledovaných populacích popsány tři alely genu růstového hormonu. Z možných šesti genotypů byly nalezeny pouze čtyři. V linii RIR je nejvíce zastoupena alela A1 s frekvencí výskytu 0,925, u NH převažuje alela A3 s frekvencí výskytu 0,550. U finálních hybridů RIRxNH a NHxRIR převažují kříženci s alelou A1.
|
|
| |
host ::
RSS.