|
|
Ontological Reasoning with Taxonomies in RDF Database
Hoferek, Ondřej ; Nečaský, Martin (vedoucí práce) ; Svoboda, Martin (oponent)
13548796772452-19f0fc61f73173b5a9e709725f8f46b6.txt Vzhledem k tomu, že vývoj technologií vznikajících v rámci hnutí za realizaci idey tzv. Semantického webu v posledních letech nabírá na váze, je možné tyto technologie již používat pro řadu různých úkolů. Díky jejich zaměření na analyzování významu informací obsažených v datech je jejich použití obzvláště vhodné pro zvyšování relevance při vyhledávání dokumentů. V předkládané práci analyzujeme možnosti vymezení vhodné podmnožiny vyjadřovacích schopností dotazovacího jazyka SPARQL a vytváříme komponentu zapouzdřující technické detaily jejího použití. Page 1
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Hlasové ovládání pro efektivní editaci textu
Citorík, Juraj ; Lokoč, Jakub (vedoucí práce) ; Skopal, Tomáš (oponent)
Cieľom tejto práce je poskytnúť úvod do problematiky digitálneho spracovania zvuku a rozpoznávania reči. V texte je popísaných niekoľko vybraných deskriptorov reči a algoritmov spojených s problematikou. Tieto sú použité v implementácii jednoduchého hlasom ovládaného textového editoru a .NET knižnice. Deskriptory sú porovnané s ohľadom na rýchlosť a presnosť pri použití v systéme rozpoznávania príkazov pre textový editor a to v systéme závislom alebo nezávislom na hovoriacom. Knižnica tried poskytuje jednoduchý spôsob implementácie hlasového ovládania závislého na hovoriacom v obmedzenej doméne príkazov v ľubovoľnom programe. Editor textu umožňuje užívateľovi priradiť hlasové povely k zabudovaným funkciám programu, čo napríklad umožňuje aj neskúseným užívateľom používať pokročilé funkcie bez nutnosti predošlého učenia sa napríklad klávesových skratiek. Tento prístup je navyše nezávislý na jazyku a je použiteľný aj pre ľudí s poruchami reči, čo momentálne rozšírené riešenia neumožňujú. Výsledky experimentov ukazujú, že prezentované deskriptory a algoritmy sú, za predpokladu dostatočnej kvality nahrávky, dostatočne efektívne pre použitie pri rozpoznávaní príkazov v systéme závislom na hovoriacom. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Similarity search in Mass Spectra Databases
Novák, Jiří ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Svozil, Daniel (oponent) ; Nahnsen, Sven (oponent)
Tandemová hmotnostní spektrometrie je známá metoda pro identifikaci proteinových a peptidových sekvencí ze vzorků biologického materiálu. Hmotnostní spektrometr generuje desetitisíce spekter, která musí být následně anotována peptidovými sekvencemi. Za tímto účelem lze využít podobnostní vyhledávání v databázích teoretických spekter generovaných z databází známých proteinových sekvencí. Vzhledem k tomu, že objem těchto databází každoročně narůstá téměř exponenciálním tempem, je zapotřebí hledat nové způsoby pro jejich indexování. V této práci se zaměřujeme na využití (ne)metrických přístupových metod jako databázových indexů pro rychlé a aproximativní podobnostní vyhledávání v databázích spekter. Navržená metoda identifikace peptidových sekvencí dosahuje více než 100-násobného zrychlení oproti sekvenčnímu průchodu celé databáze, přičemž je správně anotováno přes 90% spekter. V současnosti je metoda vhodná zejména pro malé směsi proteinů. Pro komplexní směsi proteinů využíváme indexovací metodu založenou na prekurzorovém hmotnostním filtru, která má při použití s modifikací parametrizované Hausdorffovy vzdálenosti vyšší rychlost i přesnost vyhledávání než běžně používané metody. Navržené metody jsou implementovány v aplikaci SimTandem, kterou lze použít pro dávkové zpracování ve frameworku TOPP...
|
|
|
Podobnostní vyhledávání obrázků na webu
Grošup, Tomáš ; Lokoč, Jakub (vedoucí práce) ; Hoksza, David (oponent)
Předmětem této práce je návrh a vytvoření webového portálu, který umožňuje indexovat a vyhledávat obrázky z dostupných veřejných databází, například z výsledků textového vyhledávače. Portál využívá rychlou extrakci vlastností z obrázků a signaturovou kvadratickou formu pro modelování podobnosti mezi obrázky. Při vyhledávání lze specifikovat různá nastavení a následně srovnat jejich výsledky. Netradiční možností prezentace výsledků je model založený na částicové fyzice, který podporuje exploraci a multidotazy.
|
|
|
Nové dynamické metody konstrukce pro PM-strom
Čech, Přemysl ; Lokoč, Jakub (vedoucí práce) ; Pangrác, Ondřej (oponent)
S rostoucím zájmem o vyhledávání a získávání multimediální dat je nutné vylepšovat vhodné indexační struktury. Formalizací kompaktnějšího metrického prostoru můžeme dosáhnout výrazného zjednodušení v návrhu algoritmů a výsledkem je mnohem efektivnější a komplexnější struktura s indexy. V této práci představujeme cut-regiony popisující kompaktní metrický prostor a základní operace nad nimi. Za účelem demonstrace jejich velkého potenciálu jsme předefinovali PM-Strom, ve kterém používáme cut-regiony pro vylepšení konstrukce indexační struktury. Experimentálně jsme ověřili, že zefektivnění konstrukce vede k mnohem lepším výsledkům u dotazů a nové metody podávají u dotazování podobné výsledky jako mnohem dražší původní řešení. Také v porovnání s ostatními metrickými a prostorovými přístupovými metodami ukazuje vylepšený PM-Strom svoje výhody.
|
|
|
Similarity Search in Protein Structure Databases
Galgonek, Jakub ; Skopal, Tomáš (vedoucí práce) ; Porto, Markus (oponent) ; Svozil, Daniel (oponent)
Proteiny patří mezi nejdůležitějších biopolymery, nebot' v organismu zastáva- jí nejrůznější životně důležité funkce. Jejich funkční rozmanitost je umožněna především jejich velkou strukturní rozmanitostí. Navíc se ukazuje, že proteiny sdílející podobnou strukturu sdílí také jiné vlastnosti (např. funkci, evoluční původ, atd.). Proto je studiu proteinových struktur a možnosti identifikovat podobné struktury věnována taková pozornost. V této práci představujeme systém umožňující podobnostní vyhledávání v databázích proteinových struktur. Tento systém, pro danou dotazovou struk- turu, vyhledá v databáze ty struktury, které jsou dotazu strukturně podobné. Systém se skládá z několika klíčových částí. Byla navržena vlastní podob- nostní míra umožňující měřit podobnost mezi dvojicí proteinových struk- tur. Speciálně pro tuto míru byla vytvořena přístupová metoda založená na metrické přístupové metodě LAESA. Přístupová metoda umožňuje hle- dat podobné struktury mnohem rychleji, než by to bylo možné sekvenčním procházením databáze. Pro dosažení dalšího urychlení byly obě části parale- lizovány, přičemž se podařilo dosáhnout téměř lineárního zrychlení. Poslední částí je...
|
|
|
Index pro podobnostní vyhledávání ve vysokodimenzionálních prostorech
Krejčová, Martina ; Kopecký, Michal (vedoucí práce) ; Skopal, Tomáš (oponent)
V této práci se zabýváme indexováním a vyhledáváním vysokodimenzionálních dat pomocí metody Metrického indexu pro indexování a podobnostní vyhledávání v metrických prostorech. Použití této metody nám umožnilo vytvořit implementaci indexu vhodného pro indexaci obecných metrických prostoru. Díky tomuto indexu je krome ukládání dat umožněno i jejich efektivní vyhledávání. Vnitřní struktura dat indexu zůstává skryta, index od uživatele vyžaduje pouze definici extrakční funkce pro získání vektoru, který data reprezentuje, a podobnostní funkce, která má být na indexovaná data aplikována. V této práci vznikla implementace Metrického indexu jako data cartridge pro databázový server Oracle. Tato data cartridge rozšiřuje možnosti indexace v Oracle o vytváření doménových indexů nad nestrukturovanými daty, takzvanými LOBy.
|
|
|
Podobnostní vyhledávání v kolekci obrázků
Navrátil, Lukáš ; Bartoš, Tomáš (vedoucí práce) ; Skopal, Tomáš (oponent)
Detekce význačných bodů obrázku a jejich popis pomocí deskriptorů je často používaná technika v některých odvětvích počítačového vidění. Práce si klade za cíl prozkoumat a ověřit možnosti použití této techniky pro podobnostní vyhledávání v kolekci obrázků. Pro tyto potřeby bude pomocí vytvořené webové aplikace nasbíráno od uživatelů dostatečné množství hodnocení podobnosti, která budou poté porovnána s výsledky podobností spočítaných pomocí implementace algoritmu SURF, jednoho z algoritmů určeného pro detekci a popis význačných bodů. Bude diskutován vliv metrik a parametrů ovlivňujících výpočet výsledné podobnosti mezi obrázky a bude učiněna snaha o nalezení takových nastavení, při jejichž použití se výsledky budou co nejvíc blížit uživatelskému vnímání podobnosti.
|
|
|
Automaticky aktualizovaná bibliografie
Valo, Boris ; Škoda, Petr (oponent) ; Smrž, Pavel (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá vývojem aplikace pro automaticky aktualizovanou bibliografii. V dnešní době spousty uživatelů internetu potřebují vyhledávat informace, obzvláště je toto důležité v souborech vědeckých publikací a článků. Cílem práce je vytvoření pohodlného nástroje pro uživatele při tvorbě svého vlastního portálu. Je toho dosaženo uložením dokumentů a jejich následným vyhledáváním pomocí nástroje ElasticSearch. Vyhledávání je formou booleovských dotazů a dodatečné vyhledávání pomocí podobnostního vyhledávání nástrojem MoreLikeThis. Na konci práce je popsán způsob testování s konečným vyhodnocením úspěšnosti vyhledávání.
|
host ::
RSS.