|
|
Studium retence a separace peptidů v HPLC
Boudová, Hana ; Kalíková, Květa (vedoucí práce) ; Kubíčková, Anna (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá studiem retence a separace strukturně odlišných peptidů a štěpných produktů cytochromu c pomocí kapalinové chromatografie v reverzním a smíšeném (mix) módu. Mezi modelové peptidy bylo vybráno pět nemodifikovaných dipeptidů, devět dipeptidů obsahující chránicí benzoylovou skupinu na N-koncové aminokyselině a osm terapeutických peptidů (penta- až dekapeptidy). Chromatografické chování modelových peptidů bylo testováno na třech různých kolonách: XBridge C18, XSelect CSH C18 a Atlantis Premier BEH C18 AX za různých podmínek. Byl testován vliv pH vodné složky mobilní fáze, tj. 2,1; 3,0; 4,7 a 6,8, a množství acetonitrilu v mobilní fázi na retenci a separaci vybraných peptidů. Dále byl sledován vliv koncentrace octanu amonného o pH = 6,8 v mobilní fázi na retenci a symetrii píků peptidů v koncentračním rozmezí 10-50 mmol l-1 . Byly optimalizovány chromatografické podmínky pro separaci 20 modelových peptidů na základní linii na koloně XSelect CSH C18 v mobilní fázi acetonitril/10mM octan amonný, pH = 6,8, (v/v) za použití gradientové eluce. V rámci této práce byly také optimalizovány chromatografické podmínky pro analýzu a identifikaci fragmentů trypticky naštěpeného cytochromu c. Mix mód kolona Atlantis Premier BEH C18 AX vykazovala nejvyšší selektivitu pro sledované...
|
|
|
Přenos nabitých a nenabitých částic přes modelové biologické membrány
Parisová, Martina ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Moserová, Michaela (oponent)
Tato práce je zaměřena na přípravu modelových stabilizovaných fosfolipidových membrán utvářených na porézním polykarbonátovém nosiči. Pro jejich utváření v pórech hydrofilního polykarbonátového nosiče byl použit 1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3- fosfocholin. Pro charakterizaci formování fosfolipidových vrstev, jejich změn a studium transportních procesů byla využita elektrochemická impedanční spektroskopie a voltametrie. Transport kademnatých a měďnatých iontů byl studován v přítomnosti ionoforu calcimycinu a při jeho absenci, který byl inkorporován do vytvořené fosfolipidové membrány. Protože jsou uvedené ionty často vázány v komplexech s různými látkami, jako jsou nízkomolekulární organické kyseliny (low molecular weight organic acids, LMWOAs), byla tato práce zaměřena také na přenos měďnatých a kademnatých iontů přes modelové fosfolipidové membrány v přítomnosti kyseliny jablečné, citronové a šťavelové při různém pH. Kromě použitého ionoforu byly provedeny pilotní experimenty přenosu měďnatých iontů za pomoci dvou peptidů, nisinu a transportanu 10. Utváření membrány a transportní procesy byly charakterizovány pomocí dvou navržených náhradních elektrických obvodů, které odpovídají situaci pokrytého a nepokrytého polykarbonátového nosiče. Klíčová slova: Fosfolipidy, Membrány, Ionofor, Peptid,...
|
|
|
Multidimensional characterization of polyelectrolytes and interpolyelectrolyte complexes in aqueous solutions
Murmiliuk, Anastasiia ; Štěpánek, Miroslav (vedoucí práce) ; Šachl, Radek (oponent) ; Hoffmann, Ingo (oponent)
Multidimenzionální charakterizace polyelektrolytů a interpolyelektrolytových komplexů ve vodných roztocích Abstrakt: Tato dizertační práce se zabývá studiem polyelektrolytů a jejich samoskladby ve vodných roztocích. Byly charakterizovány morfologie a ionizační stav jednotlivých řetězců i samoorganizovaných struktur vzniklých asociací s opačně nabitými částicemi. Zvláštní pozornost byla věnována regulaci náboje v krátkých i dlouhých slabých polyelektrolytech ve vodných roztocích za účelem hlubšího porozumění jejich odezvě na pH roztoku. Sledování změn ionizačního stavu a náboje oligopeptidů složených z 5 kyselých a 5 bazických aminokyselin vyvolaných změnou pH roztoku umožnilo zkoumat vzájemné působení souhlasně i opačně nabitých skupin. Ukázalo se, že intramolekulární elektrostatické interakce a konformační flexibilita vedly k potlačení celkového náboje a posílení ionizace peptidů. Pro získání představ o lokální koncentraci H+ iontů v blízkosti polyelektrolytového řetězce byla struktura polyelektrolytu modifikována připojením fluorescentního pH indikátoru na konec polymerního řetězce. Bylo zjištěno, že efektivní pK tohoto indikátoru neodpovídá zcela přesně lokální koncentraci H+ iontů a že tato neshoda je způsobena koncentračními fluktuacemi protiontů, konformačním chováním polyelektrolytu a interakcemi...
|
|
| |
|
|
Nanostructured Modifcation of Material Surfaces for Controlled Cell Cultivation
Kotelnikov, Ilya ; Proks, Vladimír (vedoucí práce) ; Chytil, Petr (oponent) ; Šebestová Janoušková, Olga (oponent)
Komerčně dostupné materiály a média pro kultivaci buněk neumožnují kultivaci a růst buněk s využitím specifických interakcí buňka-povrch. Cílem této práce je vývoj povrchů pro kultivaci buněk, které napodobují podmínky v živých tkáních a vytvoření povrchů pro kultivaci specifického typu buněk. Přístup zavedený v této práci je založen na aplikaci biomimetických peptidových ligandů na inertní nosné materiály s non-fouling vlastnostmi. Vzhledem k tomu, že volba sekvence ligandu a vzdálenost mezi peptidy má vážný vliv, bylo syntetizováno a zkoumáno několik modelových peptidů s různými parametry. Adhezivní peptidy byly syntetizovány syntézou peptidů na pevné fázi. Také byly syntetizovány a testovány peptidy s kontrolními peptidovými sekvencemi bez biologické aktivity. Nedílnou částí práce je dále prostorová distribuce peptidů na povrchu. 'Click'-reakce byla použita pro úspěšnou imobilizaci peptidů na modifikovaných površích. Vzdálenost mezi molekulami peptidů na povrchu byly řízeny jejich koncentrací v reakční směsi. Referenční vzorky byly imobilizovány radioaktivně značenými peptidy pro kvantitativní odhad přítomných peptidů. Dále byly materiály s různými typy peptidů a rozsahem koncentrací využity pro kultivace buněčných kultur, kdy experimenty byly zaměřeny na zkoumání interakcí buněk s připravenými...
|
|
|
Multidimensional characterization of polyelectrolytes and interpolyelectrolyte complexes in aqueous solutions
Murmiliuk, Anastasiia ; Štěpánek, Miroslav (vedoucí práce) ; Šachl, Radek (oponent) ; Hoffmann, Ingo (oponent)
Multidimenzionální charakterizace polyelektrolytů a interpolyelektrolytových komplexů ve vodných roztocích Abstrakt: Tato dizertační práce se zabývá studiem polyelektrolytů a jejich samoskladby ve vodných roztocích. Byly charakterizovány morfologie a ionizační stav jednotlivých řetězců i samoorganizovaných struktur vzniklých asociací s opačně nabitými částicemi. Zvláštní pozornost byla věnována regulaci náboje v krátkých i dlouhých slabých polyelektrolytech ve vodných roztocích za účelem hlubšího porozumění jejich odezvě na pH roztoku. Sledování změn ionizačního stavu a náboje oligopeptidů složených z 5 kyselých a 5 bazických aminokyselin vyvolaných změnou pH roztoku umožnilo zkoumat vzájemné působení souhlasně i opačně nabitých skupin. Ukázalo se, že intramolekulární elektrostatické interakce a konformační flexibilita vedly k potlačení celkového náboje a posílení ionizace peptidů. Pro získání představ o lokální koncentraci H+ iontů v blízkosti polyelektrolytového řetězce byla struktura polyelektrolytu modifikována připojením fluorescentního pH indikátoru na konec polymerního řetězce. Bylo zjištěno, že efektivní pK tohoto indikátoru neodpovídá zcela přesně lokální koncentraci H+ iontů a že tato neshoda je způsobena koncentračními fluktuacemi protiontů, konformačním chováním polyelektrolytu a interakcemi...
|
|
|
Fenotypizace proteolytických aktivit pomocí fluorogenních knihoven
Pospíšil, Šimon ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Hocek, Michal (oponent)
Tato práce se zabývá přípravou kombinatoriálních knihoven peptidů sloužících jako platformy pro fenotypizaci proteáz. Primárním cílem byla příprava knihovny fluorogenních peptidů na pevné fázi a screening proteáz pomocí fluorescence. Dále byla studována možnost přípravy DNA-kódovaných knihoven na pevné fázi. Z důvodů nereaktivity specifických proteáz s peptidy na pevné fázi byla následně pevná fáze zcela opuštěna a bylo přistoupeno k přípravě DNA-kódované knihovny peptidů v roztoku. Pomocí modelového DNA-kódovaného dipeptidu s terminálním biotinem byl ověřen tento nový princip testování proteolytických aktivit proteáz. Dále byla připravena kombinatoriální knihovna DNA-kódovaných hexapeptidů. I přes nízký výtěžek knihovny byla ověřena možnost DNA kódování, amplifikovatelnost takto připravených molekul a možnost separace na základě biotinu. Integrita hexapeptidové části a testování s proteázami je předmětem dalšího studia.
|
|
|
Design and characterization of advanced polymer-coated upconversion nanoparticles
Kostiv, Uliana ; Horák, Daniel (vedoucí práce) ; Kaman, Ondřej (oponent) ; Brožek, Jiří (oponent)
Světlo-konvertující nanočástice na bázi lanthanidů jsou schopné absorbovat nízko- energetické infračervené (NIR) fotony a emitovat viditelné či ultrafialové světlo. Tato unikátní optická vlastnost umožňuje luminiscenční detekci biologických vzorků bez autofluorescence, což je zásadní pro zobrazovací a diagnostické techniky v biologii a lékařství. Kromě toho NIR ozáření umožňuje průnik světla hluboko do tkáně, což lze využít pro dopravu léčiv či genů a fototerapii (PDT) tumorů. Přes velkou snahu v průběhu posledních 10 let věnovanou syntéze světlo-konvertujících lanthanidových nanočástic a inženýrství jejich povrchů, příprava částic vhodných pro biomedicinální aplikace stále zůstává velkou výzvou. Tato dizertační práce se věnuje syntéze světlo-konvertujících nanočástic s regulovanou morfologií, velikostí, distribucí velikosti, krystalinitou a vysokou světlo-konvertující účinností, stejně tak jako požadované povrchové modifikaci biokompatibilními anorganickými nebo organickými polymery. Např. vrstva siliky na povrchu NaYF4:Yb3+ /Er3+ a NaGdF4:Yb3+ /Er3+ nanočástic zlepšila jejich biokompatibilitu a koloidní stabilitu ve vodě. Dále byly na povrch nanočástic zavedeny cílující skupiny, konkrétně RGD nebo TAT peptid. Pohlcování RGD- a TAT-konjugovaných nanočástic buňkami bylo monitorováno konfokální...
|
|
|
Radioaktivně značené protilátky - perspektiva pro diagnostiku a terapii
Mejtská, Jana ; Bárta, Pavel (vedoucí práce) ; Ramos Mandíková, Jana (oponent)
1 UNIVERZITA KARLOVA FARMACEUTICKÁ FAKULTA V HRADCI KRÁLOVÉ KATEDRA BIOFYZIKY A FYZIKÁLNÍ CHEMIE DIPLOMOVÁ PRÁCE RADIOAKTIVNĚ ZNAČENÉ PROTILÁTKY - PERSPEKTIVA PRO DIAGNOSTIKU A TERAPII Vedoucí diplomové práce: Mgr. PAVEL BÁRTA, Ph.D. HRADEC KRÁLOVÉ, 2017 Bc. JANA MEJTSKÁ 2 ABSTRAKT CZ Různé typy tkání mají svou charakteristickou morfologii buněk. Každá buňka pak má na svém povrchu typické molekuly, které mohou být fyziologického nebo patologického typu. Přítomnost těchto povrchových struktur se pak může jevit zajímavou z hlediska případného odlišení specifické populace buněk od buněk okolních. Využití této vlastnosti je pak podstatné zejména v případě nádorových buněk. Cílení nádorově speciálních struktur buněk zahrnuje využití receptorově specifických peptidů anebo monoklonálních protilátek. Objev přípravy monoklonálních protilátek otevřel novou kapitolu v terapii a diagnostice mnohých nejenom nádorových onemocnění. Výhoda monoklonálních protilátek spočívá v jejich vysoké specificitě a také mnohdy vysoké afinitě k danému typu cílové buněčné struktury. Předkládaná diplomová práce je zaměřena na souhrn monoklonálních protilátek, které jsou v současné době aplikovány v terapii nebo diagnostice zejména nádorových onemocnění. Dále jsou v této práci uvedeny i protilátky, které jsou ve stádiu vývoje pro...
|
|
|
Přenos nabitých a nenabitých částic přes modelové biologické membrány
Parisová, Martina ; Stiborová, Marie (vedoucí práce) ; Moserová, Michaela (oponent)
Tato práce je zaměřena na přípravu modelových stabilizovaných fosfolipidových membrán utvářených na porézním polykarbonátovém nosiči. Pro jejich utváření v pórech hydrofilního polykarbonátového nosiče byl použit 1,2-dipalmitoyl-sn-glycero-3- fosfocholin. Pro charakterizaci formování fosfolipidových vrstev, jejich změn a studium transportních procesů byla využita elektrochemická impedanční spektroskopie a voltametrie. Transport kademnatých a měďnatých iontů byl studován v přítomnosti ionoforu calcimycinu a při jeho absenci, který byl inkorporován do vytvořené fosfolipidové membrány. Protože jsou uvedené ionty často vázány v komplexech s různými látkami, jako jsou nízkomolekulární organické kyseliny (low molecular weight organic acids, LMWOAs), byla tato práce zaměřena také na přenos měďnatých a kademnatých iontů přes modelové fosfolipidové membrány v přítomnosti kyseliny jablečné, citronové a šťavelové při různém pH. Kromě použitého ionoforu byly provedeny pilotní experimenty přenosu měďnatých iontů za pomoci dvou peptidů, nisinu a transportanu 10. Utváření membrány a transportní procesy byly charakterizovány pomocí dvou navržených náhradních elektrických obvodů, které odpovídají situaci pokrytého a nepokrytého polykarbonátového nosiče. Klíčová slova: Fosfolipidy, Membrány, Ionofor, Peptid,...
|
host ::
RSS.