|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Klasifikace malých nekódujících RNA
Žigárdi, Tomáš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).
|
|
|
Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.
|
|
|
qPCR diagnostika střevního prvoka \kur{Blastocystis} sp. v souboru vzorků od zdravých lidí
ŠLOUFOVÁ, Martina
Hlavním cílem této práce bylo zavedení a optimalizace qPCR protokolu pro detekci střevního prvoka Blastocystis sp. Zároveň byla porovnána citlivost konvenční PCR (cPCR) a real-time PCR (qPCR) v souboru 288 vzorků od asymptomatických jedinců. Pomocí qPCR byla detekována celková prevalence Blastocystis sp. 29 %. Na základě našich výsledků jsme zjistili, že qPCR je citlivější metodou než cPCR. Dále byla posuzována diverzita subtypů stanovená dle Next-generation sekvenování (NGS) a Sangerova sekvenování. Diverzita subtypů na základě NGS zcela korelovala s výsledky ze Sangerova sekvenování, nicméně vykazovala vyšší citlivost v identifikaci směsných kolonizací subtypů v jenom hostiteli. Kombinace qPCR a NGS by mohla být přínosná pro budoucí epidemiologické studie.
|
|
|
Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.
|
|
|
Využití metody Hyb-Seq pro rekonstrukci retikulátní vnitrorodové fylogeneze: příklad z polyploidního rodu Curcuma L. (Zingiberaceae)
Skopalíková, Jana ; Fér, Tomáš (vedoucí práce) ; Krak, Karol (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá výzkumem fylogeneze hybridn polyploidního rodu Curcuma z eledi Zingiberaceae s využitím next-generation sekvenování, které umož uje získat stovky až tisíce jaderných lokus pro tvorbu fylogenetických strom , což se jeví jako vhodn jší p ístup oproti dosud hojn využívané cpDNA a ITS lokusu, zvlášt u hybridních a polyploidních skupin. K získání dat pro fylogenetické analýzy byla využita metoda Hybridization-based sequencing (Hyb-Seq), která kombinuje cílené obohacení (target enrichment) a m lké sekvenování (genome skimming). K analýze dat byla využita p edevším pipeline HybPhyloMaker specificky vyvinutá pro práci s Hyb-Seq daty. Bylo osekvenováno celkem 27 druh rodu Curcuma a t i druhy tvo ící outgroup. Fylogenetické stromy získané ze všech 1 154 a 811 vybraných jaderných low-copy gen vykazují vysoké podpory jednotlivých uzl , oproti tomu fylogeneze získané z celého chloroplastového genomu a rDNA cistronu jsou v n kterých v tvích podpo ené mén a vykazují inkongruence v topologii oproti strom m z jaderných low-copy gen . Fylogenetické sít vytvo ené z jaderných gen , lineage movement analýza a testy monofylie jsou ve shod s d íve publikovanou teorií o hybridním meziliniovém p vodu 3 druh - C. vamana, C. myanmarensis a C. roscoeana. Tyto metody také ukázaly pravd podobn...
|
|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Klasifikace malých nekódujících RNA
Žigárdi, Tomáš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce opisuje návrh a implementaci nástroje pro klasifikaci rostlinných microRNA bez genomu. Použity jsou vlastnosti mature a star sekvencí v microRNA duplexech. Implementována metoda je založena na shlukování RNA sekvencí (nástrojem CD-HIT), hlavne pro redukci jejich počtu. Vybraní reprezentanti z jednotlivých shluků jsou klasifikováni použitím support vector machine. Výkonnost klasifikace je víc než 96% (na základě metody cross-validation, využitím trénovacích dat).
|
host ::
RSS.