|
|
Komplexní chromozomové aberace v buňkách kostní dřeně dospělých pacientů s myelodysplastickými syndromy (MDS): frekvence, mechanizmus vzniku a klinický význam.
Rochlová, Kristina ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Novotná, Drahuše (oponent)
Komplexní chromozomové aberace jsou popisovány přibližně u 20 % pacientů s myelodysplastickými syndromy (MDS) a jsou asociovány se špatnou prognózou. Mechanizmy a možné příčiny zodpovědné za vznik těchto aberací však nejsou zcela jasné. Byly popsány dva modely, a to rozpad jednotlivých chromozomů či jejich částí během tzv. buněčné krize (chromothripsis) a/nebo postupná kumulace chromozomových aberací v průběhu onemocnění (klonální vývoj). Kombinací cytogenomických metod jsme vyšetřili 61 vzorků kostní dřeně dospělých nemocných s MDS a komplexním karyotypem. Ve většině případů jsme nalezli nebalancované aberace spojené se ztrátami genetického materiálu. Do přestaveb nejčastěji vstupovaly chromozomy 5, 7 a 12. Klonální vývoj jsme detekovali u 26, chromothripsis u 12 a oba mechanizmy u 14 nemocných. Nejkratší celkové přežití měli pacienti s deletovaným chromozomem 5 zahrnutým do komplexních přestaveb. Příčina vzniku komplexních aberací neměla na přežití vliv. Cytogenomická analýza komplexních aberací umožňuje detekovat balancované i nebalancované změny a identifikovat významné procesy tumorogeneze jako je klonální vývoj a chromothripsis. Studium chromozomových aberací a identifikace mechanizmů, které hrají významnou roli v průběhu onemocnění, se tak výrazně podílí na správném stanovení diagnózy a...
|
|
|
Early Detection of Disease Progression in Patients with Myelodysplastic Syndromes.
Kaisrlíková, Monika ; Beličková, Monika (vedoucí práce) ; Kalinová, Markéta (oponent) ; Zemanová, Zuzana (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní skupina onemocnění charakterizována klonální poruchou krvetvorby s rizikem transformace do akutní myeloidní leukémie (AML). Na základě vyšetření krevního obrazu, kostní dřeně a cytogenetiky je podle mezinárodních prognostických skórovacích systémů určováno riziko transformace do AML. Přesné určení rizika je klíčové pro zvolení správné léčby. Cílem této práce byla identifikace molekulárních markerů pro včasnou detekci progrese onemocnění. Pomocí cDNA čipů a sekvenování nové generace byly analyzovány dlouhé nekódující RNA (lncRNA) a rekurentně mutované geny v buňkách kostní dřeně. Zároveň bylo naším cílem popsání signálních drah, které se podílí na progresi onemocnění, a vysvětlení, jak dané biomarkery k progresi přispívají. V transkriptomové studii jsme identifikovali 4 kandidátní lncRNA, které by mohly sloužit jako prognostické biomarkery horšího průběhu MDS, a to H19, WT1-AS, TCL6 a LEF1-AS1. Na základě několika statistických přístupů jsme prokázali, že hladina transkriptu H19 může sloužit jako velmi silný nezávislý prognostický marker. Navíc naše data ukázala, že progrese je doprovázena poruchou transkripční regulace imprintovaného lokusu H19/IGF2 a miR-675, která přímo reguluje H19 a hraje významnou roli v tumorigenezi. V genomické studii zaměřené...
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Dyr, Jan (vedoucí práce) ; Kodíček, Milan (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidační stres je významným faktorem v karcinogenezi onkohematologických onemocnění, ovšem jeho role v patogenezi myelodysplastického syndromu (MDS) nebyla doposud objasněna. V této práci jsme stanovili oxidační status v plazmě MDS pacientů a sledovali změny proteomu (oxidační modifikace proteinů, interakce a vznik komplexů), ke kterým v plazmě MDS pacientů v důsledku oxidačního stresu dochází. Pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie jsme stanovili hladiny celkového cysteinu, homocysteinu, cysteinylglycinu, glutathionu, dusitanů a dusičnanů v plazmě 61 MDS pacientů a 23 zdravých dárců. Oxidační stres u MDS pacientů prezentovaný signifikantně sníženými hladinami glutathionu a dusitanů a signifikantně zvýšenými hladinami ostatních aminothiolů nekoreloval s přetížením železem. Dále jsme naměřili zvýšené hladiny asymetrického dimethylargininu v séru pacientů středního věku s MDS, které souvisí s posttranslační modifikací arginylových zbytků proteinů. Nalezli jsme signifikantně zvýšenou hladinu karbonylovaných proteinů v plazmě MDS v porovnání se zdravými dárci. Pomocí hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali pět S-nitrosylovaných proteinů krevních destiček u MDS pacientů a navrhli jsme soubor šestnácti plazmatických proteinů, z nichž některé mohou být s velkou pravděpodobností karbonylované v...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
|
Patofyziologické aspekty myelodysplastického syndromu ve vztahu k efektu cílené imunomodulační a demetylační terapie
Jonášová, Anna ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Maisnar, Vladimír (oponent) ; Faber, Edgar (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) představuje heterogenní skupinu klonálních chorob hemopoetické kmenové buňky charakterizovaných inefektivní hemopoézou, periferní cytopenií, morfologickou dysplazií a nebezpečím transformace do akutní myeloidní leukemie (AML). Jde o jedno z nejčastějších hematologických závažných onemocnění u nemocných starších 60 let. Jeho incidence stále stoupá. Terapie myelodysplastického syndromu je dosud relativně svízelná. Mimo transplantaci periferních kmenových buněk není v současné době k dispozici léčba vedoucí ke kompletní dlouhodobé remisi onemocnění. Transplantace ale pro většinou vyšší věk nemocných může být nabídnuta jen velmi malému procentu nemocných. Proto hledání nových terapeutických možností je zásadní. Do recentního zavedení dvou nových terapeutických modalit byla situace v léčbě nemocných s myelodysplastikým syndromem frustrující. Nové terapeutické přístupy jsou představovány imunomodulační léčbou representovanou preparátem lenalidomidem a epigenetickou terapií neboli demetylační léčbou representovanou preparátem 5- azacitidinem (azacitidin). Oba tyto nové léky mají významně vyšší efekt než dosud používaná léčba. Mechanismus jejich účinku však není ještě zcela objasněn. Proto jsem se rozhodla při zavádění této léčby u nás iniciovat několik výzkumných záměrů....
|
|
|
Klonální vývoj leukemických buněk a jeho úloha při progresi leukémií a preleukémií
Svobodová, Karla ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Urbánková, Helena (oponent) ; Šubrt, Ivan (oponent)
Klonální vývoj je vícestupňový proces, který je spojen s progresí choroby, zhoršenou prognózou a kratším celkovým přežitím pacientů. Cílem disertační práce byla detailní charakterizace změn nalezených u pacientů s myelodysplastickými syndromy (MDS) a klonálním vývojem a zhodnocení jejich prognostického významu. Detailní cytogenomickou analýzu jsme provedli u 36/469 (8 %) nemocných s potvrzeným lineárním klonálním vývojem. V diagnostických vzorcích jsme popsali 57 primárních abnormalit (32 % MDS specifické), z toho nejpočetněji delece dlouhých ramen chromosomu 5. V průběhu klonálního vývoje jsme prokázali 156 sekundárních aberací (21 % MDS specifické), z nichž nejčastější byla trisomie/tetrasomie chromosomu 8. U 19 % pacientů jsme identifikovali oblasti získané uniparentální disomie (aUPD). U MDS specifických aUPD 4q, 11q a 17p jsme prokázali homozygotní mutace genů TET2, c-CBL a TP53. Nalezli jsme statisticky významný rozdíl v celkovém přežití mezi skupinami pacientů rozdělených podle nálezu aberací viditelných v mikroskopu a kryptických změn v době diagnózy. U pacientů s klonálním vývojem před léčbou bylo 54 % aberací charakteru nadpočetných kopií celých chromosomů, naopak u nemocných s klonálním vývojem po léčbě jsme až ve 44 % identifikovali monosomie nebo delece. Studium klonálního vývoje...
|
|
|
Význam aberací chromosomu 7 u hematologických onemocnění myeloidní řady
Onderková, Martina ; Ransdorfová, Šárka (vedoucí práce) ; Froňková, Eva (oponent)
Přesná lokalizace zlomových míst a deletovaných úseků na chromosomu 7 v buňkách kostní dřeně nemocných je základním krokem při identifikací genů, které se podílejí na nádorové transformaci buňky. U hematologických malignit se jedná zpravidla o onkogeny a tumor supresorové geny, které jsou změnou v uspořádání genetického materiálu aktivovány či deletovány. Aberace chromosomu 7, úplná či částečná ztráta chromosomu 7, především dlouhých ramen 7q patří k rekurentním cytogenetickým změnám u nemocných s myeloidními onemocněními jakou jsou myelodysplastické syndromy (MDS) a akutní myeloidní leukemie (AML). Alterace chromosomu 7 jsou důležitým prognostickým ukazatelem vyskytujícím se u 8-10 % de novo MDS a AML a u 40-50 % léčených MDS/AML. Pro detailní analýzu zlomových míst a aberací chromosomu 7 jsme pomocí cytogenetických a molekulárně cytogenomických metod vyšetřili 51 dospělých nemocných s diagnózou AML/MDS. U šesti pacientů (12 %) jsme zjistili izolovanou monosomii chromosomu 7. Ve vyšetřovaném souboru jsme prokázali samostatnou deleci 7q u jednoho nemocného (2 %). Alteraci chromosomu 7 detekovanou v kombinaci s další změnou jsme vyšetřili u 17 případů (33 %) a 27 pacientů (53 %) mělo komplexní změny karyotypu zahrnující chromosom 7. Nejčastějším zlomovým místem byla oblast 7q22. U 26 nemocných jsme...
|
|
|
Nebalancované změny v genomu nádorových buněk a jejich úloha v patogenezi onemocnění
Lhotská, Halka ; Zemanová, Zuzana (vedoucí práce) ; Jarošová, Marie (oponent) ; Kuglík, Petr (oponent)
Genomová nestabilita projevující se mimo jiné přítomností nebalancovaných změn je charakteristickým rysem maligní transformace buňky. Metodami I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA a MS-PCR jsme analyzovali genomové aberace, metylační a mutační stav některých klinicky významných genů. Zaměřili jsme se na dvě skupiny nemocných, u kterých se často setkáváme s nebalancovanými změnami - pacienty s maligními mozkovými nádory (gliomy) a nemocné s myelodysplastickými syndromy (MDS). U pacientů s nízkostupňovými gliomy (WHO grade I-II) patřila k nejčastějším nálezům kodelece 1p/19q (82,6 % nemocných s oligodendrogliomy a oligoastrocytomy), mutace IDH1/IDH2 genů (87 % s WHO grade I-II gliomy), získaná UPD 17p (72,2 % pacientů s astrocytomy) a obecně vyšší výskyt nebalancovaných změn u nemocných s astrocytomy. Popsali jsme dosud nepublikovanou metylaci promotoru genu MLH3 u 60,9 % nemocných s oligodendrogliomy a 27,3 % pacientů s astrocytomy. Rovněž jsme sledovali zisk chromosomových aberací u nemocných s recidivujícími nádory. V souboru nemocných s MDS a komplexním karyotypem jsme studovali přestavby deletovaného chromosomu 5 a popsali jsme jeho nejčastější translokační partnery. U 49 % pacientů z tohoto souboru jsme pozorovali znaky chromotripsis spojené s vysokým počtem delecí/...
|
|
|
Patofyziologické aspekty myelodysplastického syndromu ve vztahu k efektu cílené imunomodulační a demetylační terapie
Jonášová, Anna ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Maisnar, Vladimír (oponent) ; Faber, Edgar (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) představuje heterogenní skupinu klonálních chorob hemopoetické kmenové buňky charakterizovaných inefektivní hemopoézou, periferní cytopenií, morfologickou dysplazií a nebezpečím transformace do akutní myeloidní leukemie (AML). Jde o jedno z nejčastějších hematologických závažných onemocnění u nemocných starších 60 let. Jeho incidence stále stoupá. Terapie myelodysplastického syndromu je dosud relativně svízelná. Mimo transplantaci periferních kmenových buněk není v současné době k dispozici léčba vedoucí ke kompletní dlouhodobé remisi onemocnění. Transplantace ale pro většinou vyšší věk nemocných může být nabídnuta jen velmi malému procentu nemocných. Proto hledání nových terapeutických možností je zásadní. Do recentního zavedení dvou nových terapeutických modalit byla situace v léčbě nemocných s myelodysplastikým syndromem frustrující. Nové terapeutické přístupy jsou představovány imunomodulační léčbou representovanou preparátem lenalidomidem a epigenetickou terapií neboli demetylační léčbou representovanou preparátem 5- azacitidinem (azacitidin). Oba tyto nové léky mají významně vyšší efekt než dosud používaná léčba. Mechanismus jejich účinku však není ještě zcela objasněn. Proto jsem se rozhodla při zavádění této léčby u nás iniciovat několik výzkumných záměrů....
|
|
|
Proteomická analýza vybraných onkohematologických onemocnění
Pimková, Kristýna ; Dyr, Jan (vedoucí práce) ; Kodíček, Milan (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Oxidační stres je významným faktorem v karcinogenezi onkohematologických onemocnění, ovšem jeho role v patogenezi myelodysplastického syndromu (MDS) nebyla doposud objasněna. V této práci jsme stanovili oxidační status v plazmě MDS pacientů a sledovali změny proteomu (oxidační modifikace proteinů, interakce a vznik komplexů), ke kterým v plazmě MDS pacientů v důsledku oxidačního stresu dochází. Pomocí vysokoúčinné kapalinové chromatografie jsme stanovili hladiny celkového cysteinu, homocysteinu, cysteinylglycinu, glutathionu, dusitanů a dusičnanů v plazmě 61 MDS pacientů a 23 zdravých dárců. Oxidační stres u MDS pacientů prezentovaný signifikantně sníženými hladinami glutathionu a dusitanů a signifikantně zvýšenými hladinami ostatních aminothiolů nekoreloval s přetížením železem. Dále jsme naměřili zvýšené hladiny asymetrického dimethylargininu v séru pacientů středního věku s MDS, které souvisí s posttranslační modifikací arginylových zbytků proteinů. Nalezli jsme signifikantně zvýšenou hladinu karbonylovaných proteinů v plazmě MDS v porovnání se zdravými dárci. Pomocí hmotnostní spektrometrie jsme identifikovali pět S-nitrosylovaných proteinů krevních destiček u MDS pacientů a navrhli jsme soubor šestnácti plazmatických proteinů, z nichž některé mohou být s velkou pravděpodobností karbonylované v...
|
host ::
RSS.