|
|
Proteinový kalkulátor
Sedlo, Petr ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zaměřuje na studium a rozbor vlastností proteinů za pomoci experimentálních metod, které dále konfrontuje s numerickými metodami, jejichž využití si vynutil rozvoj výpočetní techniky. V rámci této práce byl vytvořen program na výpočet isoelektrického bodu a molekulové hmotnosti ze zadané sekvence aminokyselin. Program vykreslí závislost vnějšího náboje proteinu v celém rozsahu hodnot pH podle předem zadaných kritérií. Tímto způsobem lze získat výsledky velmi snadno a rychle, jde však pouze o hrubý odhad skutečných hodnot, který může být v řadě případů postačující, nesprávné použití programu pro přesnější analýzy by se ale mohlo stát zdrojem chyb.
|
|
|
Charakterizace adsorbčních vlastností probiotických bakterií
Černá, Klára ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce je charakterizace adsorbčních vlastností probiotických bakterií. Charakterizace byla provedena pomocí navržené a zoptimalizované spektrofotometrické metody stanovení adheze probiotických bakterií k mucinu, jakožto hlavní viskoelastické složce hlenu, která byla nedílnou součástí experimentální části práce. Za účelem detailnějšího popisu adhezních interakcí, podílejících se na adhezi probiotických bakterií k mucinu, byla stanovena pomocí průtokové cytometrie viabilita vybraných probiotických bakteriálních kmenů: Lactobacillus rhamnosus CCM 1825, Lactobacillus plantarum CCM 7039, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CCM 7190, Lactobacillus acidophilus CCM 4833, Lactobacillus casei CCM 4798, Bifidobacterium breve CCM 7825, Bacillus coagulans CCM 2658 a potencionálního probiotického kmene Lactobacillus zeae CCM 7069. U zmíněných bakterií byl také stanoven hydrofobní efekt pomocí BATH (bakteriální adheze k uhlovodikům) experimentu. Poslední navrženou a zoptimalizovanou technikou byl dynamický a elektroforetický rozptyl světla charakterizující povrchové vlastnosti jako -potenciál, průměrná distribuce velikosti a izoelektrický bod. Z této metody byly získány informace o agregaci bakteriálních buněk a o elektrostatických interakcích. Kombinací těchto metod byla charakterizována adheze, jako velmi specifický, senzitivní a klíčový parametr úspěšného probiotického mikroorganismu, který je ovlivňován rozličnými vlivy.
|
|
|
Stanovení a porovnání elektromigračních vlastností markerů pro izoelektrickou fokusaci
Lorinčíková, Kateřina ; Gaš, Bohuslav (vedoucí práce) ; Kašička, Václav (oponent)
Byly proměřeny závislosti elektroforetické mobility na pH pro 14 pI markerů využívaných pro izoelektrickou fokusaci připravených skupinou Šlaise, které jsou založené na substitucích na nitrofenolovém jádře, a pro 5 pI markerů připravených Shimurou, které mají strukturu oligopeptidů. Pomocí programu AnglerFish byly z těchto závislostí získány termodynamické disociační konstanty a limitní elektroforetické pohyblivosti daných látek. Ze získaných hodnot byly následně vypočítány hodnoty pI příslušných markerů. Provedlo se srovnání získaných hodnot pI s těmi, jež jsou uváděny v literatuře, avšak byly stanoveny jinými analytickými metodami. Klíčová slova kapilární zónová elektroforéza, izoelektrická fokusace, pI markery, izoelektrický bod, termodynamická disociační konstanta, limitní iontová pohyblivost
|
|
|
Charakterizace adsorbčních vlastností probiotických bakterií
Černá, Klára ; Sedláček, Petr (oponent) ; Obruča, Stanislav (vedoucí práce)
Cílem diplomové práce je charakterizace adsorbčních vlastností probiotických bakterií. Charakterizace byla provedena pomocí navržené a zoptimalizované spektrofotometrické metody stanovení adheze probiotických bakterií k mucinu, jakožto hlavní viskoelastické složce hlenu, která byla nedílnou součástí experimentální části práce. Za účelem detailnějšího popisu adhezních interakcí, podílejících se na adhezi probiotických bakterií k mucinu, byla stanovena pomocí průtokové cytometrie viabilita vybraných probiotických bakteriálních kmenů: Lactobacillus rhamnosus CCM 1825, Lactobacillus plantarum CCM 7039, Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus CCM 7190, Lactobacillus acidophilus CCM 4833, Lactobacillus casei CCM 4798, Bifidobacterium breve CCM 7825, Bacillus coagulans CCM 2658 a potencionálního probiotického kmene Lactobacillus zeae CCM 7069. U zmíněných bakterií byl také stanoven hydrofobní efekt pomocí BATH (bakteriální adheze k uhlovodikům) experimentu. Poslední navrženou a zoptimalizovanou technikou byl dynamický a elektroforetický rozptyl světla charakterizující povrchové vlastnosti jako -potenciál, průměrná distribuce velikosti a izoelektrický bod. Z této metody byly získány informace o agregaci bakteriálních buněk a o elektrostatických interakcích. Kombinací těchto metod byla charakterizována adheze, jako velmi specifický, senzitivní a klíčový parametr úspěšného probiotického mikroorganismu, který je ovlivňován rozličnými vlivy.
|
|
|
Proteinový kalkulátor
Sedlo, Petr ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zaměřuje na studium a rozbor vlastností proteinů za pomoci experimentálních metod, které dále konfrontuje s numerickými metodami, jejichž využití si vynutil rozvoj výpočetní techniky. V rámci této práce byl vytvořen program na výpočet isoelektrického bodu a molekulové hmotnosti ze zadané sekvence aminokyselin. Program vykreslí závislost vnějšího náboje proteinu v celém rozsahu hodnot pH podle předem zadaných kritérií. Tímto způsobem lze získat výsledky velmi snadno a rychle, jde však pouze o hrubý odhad skutečných hodnot, který může být v řadě případů postačující, nesprávné použití programu pro přesnější analýzy by se ale mohlo stát zdrojem chyb.
|
host ::
RSS.