|
|
Bioinformatika lidského genomu
Kupková, Karolína ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá úseky DNA obsahujícími pouze adenin a guanin. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a o konformacích řetězců obsahujících adenin s guaninem. Praktickou část tvoří program, který vyhledá požadované úseky v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných pro člověka a šimpanze, které byly zkoumány pro stanovení náhodnosti, funkčnosti a konzervovanosti těchto úseků.
|
|
| |
|
|
Návrh genetického algoritmu pro optimalizaci vybavení distribuční sítě vn
Ondruš, Tomáš ; Skala, Petr (oponent) ; Paar, Martin (vedoucí práce)
Práce se zabývá genetickými algoritmy a jejich potenciální využití v aplikačním softwaru pro optimalizaci vybavení distribuční sítě vysokého napětí spínacími prvky. Teoretická část vysvětluje základní pojmy genetické algoritmy jako gen, populace a chromozom a také základní principy vývoje genetických algoritmů. Hlavním úkolem práce je navrhnout genetický algoritmus, který bude simulovat různé rozmístění místně ovládaného odpojovače, dálkově ovládaného odpojovače nebo recloseru a bude analyzovat, jak nastavit parametry ovlivňující rychlost konvergence tohoto genetického algoritmu. Základní parametry ovlivňující konvergenci jsou pravděpodobnost křížení, pravděpodobnost mutace, velikost populace nebo používání elitismu. Druhým cílem je nalezení vhodného nastavení vstupních parametrů pro vybrané velikosti populace bez a s použitím elitismu. Výsledkem práce je zjistit vhodné nastavení parametrů pro každou generaci a určení přibližného počtu generací potřebných k nalezení nejlepšího řešení . Genetický algoritmus byl testován i na méně rozsáhlé distribuční síti se šesti spínacími prvky.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Bioinformatic analysis of single nucleotide polymorphisms in the 1000 Genomes Project database
Parobková, Viktória ; Roy, Sudeep (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
The whole-Genome sequencing and its variations discovery were challenging for many years. The knowledge of all genetic variations is remarkably beneficial in disease research. The bachelor thesis is dedicated to human genetic variations and its two main research projects, the HapMap Project and the 1000 Genomes Project which notably helped the disease analyses. The first part describes both Projects and the following part explains the structure of their databases and presents software which enables to browse and download data from these projects. At last, statistical, population and bioinformatic analyses are performed on structural variant dataset assembled by the 1000 Genomes Project.
|
|
|
Konzervace pozice genů v bakteriálních genomech
Martinková, Tereza ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Teoretická část práce se zabývá základními pojmy jako bakteriální genom, komparativní genomika a synteny bloky. Je zde vysvětleno, co synteny je a v čem spočívá její důležitost. Dále je v teoretické části zmíněn GenBank formát, jeho obsah a využití. Praktická část je zaměřena na vyhledávání podobností v sekvencích DNA referenční bakterie s vybranou bakterií, jejich setřídění pomocí hladového algoritmu a zobrazení podobnosti fylogenetickým stromem.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků v genomu eukaryotických organismů
Urbánková, Kateřina ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v DNA. V teoretické části je popsána struktura a složení deoxyribonukleové kyseliny, chromosomů a genů. Jsou zde uvedeny základní informace o lidském a šimpanzím genomu a vysvětlení CpG ostrůvků. Praktickou část tvoří program, který vyhledává úseky CpG ostrůvků v sekvencích, zobrazí je a uloží. Součástí práce je analýza genů společných u Homo sapiens, Pan troglodytes, Mus musculus a Bos taurus.
|
|
|
Metody predikce genů v prokaryotických genomech
Nykrýnová, Markéta ; Sedlář, Karel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá metodami predikce genů v prokaryotických organismech. V první části je popsána prokaryotická buňka včetně genomu, exprese genetické informace a rozdělení metod pro predikci genů. Dále je zde uveden popis tří vybraných softwarů, které predikci provádějí. V praktické části je rozebráno testování softwarů a vyhodnocení jejich účinnosti na daném genomu. Nakonec je zde popsán vytvořený program pro hledání genů a jsou zde uvedeny výsledky jeho účinnosti.
|
|
|
Navržení genové regulační sítě na základě vzájemné informace u nemodelových organismů
Pirkl, Petr ; Sedlář, Karel (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Práce se zabývá shrnutím základních laboratorních metod pro stanovování genové exprese, postupy předzpracování dat a nástroji používanými k odvozování genových regulačních sítí. Dále se práce zabývá samotným předzpracováním dat, tedy vytvořením matice počtů a její normalizace s využitím dat nemodelového organismu Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Hlavní částí práce je poté navržení algoritmu pro tvorbu genové regulační sítě s využitím vzájemné informace a jeho implementace v jazyku R, včetně testování na datech nemodelového organismu i zlatého standardu.
|
|
|
Molecular Signature as Optima of Multi-Objective Function with Applications to Prediction in Oncogenomics
Aligerová, Zuzana ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Provazník, Ivo (vedoucí práce)
Content of this work is theoretical introduction and follow-up practical processing of topic Molecular signature as optima of multi-objective function with applications to prediction in oncogenomics. Opening chapters are targeted on topic of cancer, mainly on breast cancer and its subtype Triple Negative Breast Cancer. Succeeds the literature review of optimization methods, mainly on meta-heuristic methods for multi-objective optimization and problematic of machine learning. Part is focused on the oncogenomics and on the principal of microarray and also to statistics methods with emphasis on the calculation of p-value and Bimodality Index. Practical part of work consists from concrete research and conclusions lead to next steps of research. Implementation of selected methods was realised in Matlab and R, with use of other programming languages Java and Python.
|
host ::
RSS.