|
|
Skrytá diverzita volně žijících trichomonád a jejich postavení v rámci skupiny Parabasalia
Céza, Vít ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády (Parabasalia) jsou skupinou anaerobních jednobuněčných eukaryot. V současné době jsou řazeny do říše Excavata, přičemž toto zařazení bylo provedeno pouze na základě molekulárních analýz. Mezi trichomonády patří přes 400 převážně endobiotických druhů, z nichž zhruba 80 % žije v termitech. Volně žijících trichomonád bylo zatím popsáno pouhých šest druhů (Pseudotrichomonas keilini, Ditrichomonas honigbergii, Monotricho- monas carabina, Honigbergiella sp., Tetratrichomonas undula a Lacusteria cypriaca) tvoří- cích čtyři nezávislé fylogenetické linie. Z toho nám se podařilo popsat nový rod a druh Lacusteria cypriaca. Všechny tyto linie jsou sekundárně volně žijící, to znamená, že se v rámci trichomonád vyvinuly ze svých endobiotických předků. Podařilo se nám také publikovat první dvě sekvence příslušející druhu Pseudotrichomonas keilini, morfologicky popsaného již v roce 1935. Na základě našich dat jsme přesunuli Pseudotrichomonas keilini ze skupiny Honigbergiellidae do čeledi Trichomonadidae (řád Trichomonadida). Vedle těchto již publikovaných výsledků jsme získali dalších sedm nových kmenů volně žijících trichomonád (GOU23, CK, GR8, LAGOS2M, VAV1A1, E2NT, LAGOS2D), ze všech těchto kmenů jsme získali sekvenci genu pro SSU rRNA a provedli fylogenetickou analýzu. Tyto kmeny se rozpadly do...
|
|
|
Evoluce skupiny Retortamonadida (Eukaryota: Excavata: Fornicata)
Smejkalová, Pavla ; Kostka, Martin (oponent) ; Čepička, Ivan (vedoucí práce)
Řád Retortamonadida je malou skupinou heterotrofních bičíkovců, kteří se dělí do dvou rodů (Chilomastix, Retortamonas). Zástupci obou rodů žijí zejména jako střevní komenzálové obratlovců a bezobralých. V nedávné době byl popsán také jeden volně žijící druh rodu Chilomastix. Poté, co molekulárně-fylogenetické studie prokázaly příbuznost mezi řádem Retortamonadida, Diplomonadida a volně žijícím rodem Carpediemonas, byl vytvořen taxon Fornicata. V současné době tento taxon zahrnuje také volně žijící rody Dysnectes, Hicanonectes, Kipferlia a dva doposud nepopsané rody volně žijících bičíkovců. Řád Retortamonadida byl dlouhou dobu považován za monofyletický taxon. První molekulárně-fylogenetická studie, která zahrnovala sekvenční data obou rodů, ale ukázala, že retortamonády vytváří parafyletický taxon, jehož vnitřní skupinou jsou diplomonády. I přesto retortamonády zůstaly velmi málo prostudovaným taxonem a dodnes mnoho nevíme o příbuzenských vztazích uvnitř řádu Retortamonadida. Hlavním cílem naší práce bylo získat co nejvíce nových sekvenčních dat rodu Retortamonas i Chilomastix. Podařilo se nám získat nové sekvence 14 kmenů řádu Retortamonadida (4 kme-ny rodu Chilomastix, 10 kmenů rodu Retortamonas) a jednoho doposud nepopsaného rodu enteromonád. Rod Retortamonas vytvořil v naší analýze, s vysokou...
|
|
|
Evoluční strategie v biomineralizaci schránek zástupců kmene Mollusca: Mikromechanické vlastnosti schránek a jejich vztah k prostředí
Hrabánková, Iva ; Frýda, Jiří (vedoucí práce) ; Marika , Marika (oponent)
Předložená disertační práce se zabývá studiem mikromechanických vlastností (mikrotvrdostí a elastickým modulem) vybraných mikrostruktur schránek měkkýšů a jejich vztahem ke krystalografické textuře schránek a k životnímu prostředí. Výsledky studie naznačily, že extrémní hydrostatický tlak má poměrně malý vliv na zkoumané vlastnosti kalcitových i aragonitových vrstev schránek měkkýšů. Nebyl zjištěn statisticky významný rozdíl mezi mikrotvrdostí a elastickým modulem perleti mlžů žijících v mořském a sladkovodním prostředí. Byla však zjištěna statisticky významná pozitivní korelace mezi těmito mikromechanickými vlastnostmi a tloušťkou aragonitových destiček tvořících perleť. Velmi neočekávaným zjištěním je skutečnost, že míra uspořádání aragonitových destiček negativně koreluje s hodnotami mikrotvrdosti a elastického modulu perleti a vysvětluje zhruba z 80 % variability těchto hodnot. Statisticky významná, ale slabší korelace, byla zjištěna i mezi mikromechanickými vlastnostmi a texturním typem perleti. Mlži s jednoosou texturou perleti mají tvrdší a pružnější perleť, než mlži s quasimonokrystalickou texturou. Tato data naznačují, že primitivnějším stavem perleti mlžů je její větší tvrdost a pružnost a v průběhu další evoluce mlžů se hodnoty těchto veličin snižovaly. Tento trend je však v rozporu s obečně přijímanou hypotézou o růstu predačního tlaku v mořském ekosystému v průběhu paleozoika a mesozoika.
|
|
| |
|
|
Jsou znaky savčího chování fylogeneticky hodnotné a jak moc?
MATĚJKOVÁ, Adéla
Hlavní cíl této práce je posouzení použitelnosti behaviorálních znaků z fylogenetického pohledu na základě dostupné literatury a vlastní práce s připravenou maticí znaků pro kočkovité šelmy. Ze získaných údajů je patrné, že bahaviorální znaky mají fylogenetický signál. Behaviorální znaky jsou z fylogenetického hlediska použitelné.
|
|
|
Evolution and genomics of symbionts in Hippoboscidae
ŠOCHOVÁ, Eva
Krevsající parazité vytváří asociace se symbiotickými bakteriemi, které jim doplňují B vitamíny a kofaktory chybějící v jejich potravě. Pokud jede o skupinu Hippoboscoidea, Glossinidae jako medicínsky významní přenašeči jsou extensivně studovány zatímco parazité ze skupin Nycteribiidae, Streblidae a Hippoboscidae jsou opomíjeni. Tato práce se skládá ze dvou doplňujících se manuskriptů zaměřených na fylogenezi a původ symbiontů ve skupině Hippoboscidae (mynuskript 1) a evoluci jejich genomů (manuskript 2). Za prvé, fylogenetika byla použita pro určení linií obligátních a fakultativních symbiontů v této skupině. Za druhé, genomika a fylogenomika byly použity pro lepší porozumění evoluce obligátních symbiontů z rodu Arsenophonus. Výsledky obou studií naznačují, že vztahy mezi Hippoboscidae a jejich symbionty jsou velmi dynamické s častými náhradami obligátních symbiontů. Tato hypotéza je podpořena jak fylogenetickými tak genomickými důkazy, konkrétně symbiotická bakterie Arsenophonus ve skupině Hippoboscidae představuje několik různých linií se zásadními rozdíly v jejich genomech a jejich metabolickými schopnostmi. Data prezentována v této práci tedy značně rozšiřují naše znalosti o evoluci a genomice symbiotických bakterií ve skupině Hippoboscidae a všeobecně i v ostatních krevsajících parazitech.
|
|
|
Detection of Correlated Mutations
Ižák, Tomáš ; Bendl, Jaroslav (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
This work explores existing possibilities and methods of correlated mutations detection in proteins. At the beginning a theoretical background into explored area is provided. Exploitation of detected correlated mutations lies in a protein's tertiary structure prediction or searching functionally important sites. A state-of-the-art of existing tools and methods follows. In this work, methods based on statistics (for example Pearson correlation coefficient or Pearson's chi^2 test), Information theory (Mutual information - MI) and likelihood models (ELSC or Spidermonkey) are examined. The next part is devoted to the searching for an optimal algorithm for correlated mutations detection. To combine results from multiple different algorithms, is proposed as an optimal solution. It is also advised to exploit physico-chemical properties of amino acids during the detection. In practical part, the algorithm for detection of correlated mutations was developed. It is based on physico-chemical properties of amino acids and phylogenetic trees. Results gained using this method were compared with results gained from CAPS, CRASP and CMAT tools.
|
|
|
Fylogeneze améb čeledi Flabellulidae
LISNEROVÁ, Martina
Práce se zabývá fylogenezí améb Flabellulidae z kmenu Amoebozoa (Lobosa, Tubulinea). Skupina Flabellulidae jsou jednojaderné organismy s jedním, nebo mnoha jádry. Tělo není kryto skořápkou ani šupinami, pouze glykokalyxem. Pohybují se pomocí lobopodií (na základě aktin-myosinového komplexu). Čeleď Flabellulidae zahrnuje rody Flabellula a Paraflabellula, historicky Flamella. Nejsou jasné představy o fylogenezi této skupiny. V této práci jsou předkládány nově získané sekvence genu pro aktin, SSU rRNA a COX1 a jsou diskutovány vztahy v rámci čeledi Flabellulidae.
|
|
|
Molekulární charakterizace vybraných kmenů améb rodu Acanthamoeba, potencionálních lidských patogenů
ŠTAUBEROVÁ, Kamila
Rod Acanthamoeba patří do skupiny organismů v češtině souhrnně označovaných jako měňavky. Pro člověka mohou mít tyto améby fatální následky, dostávají se do těla člověka např. přes kůži, následně jsou krevním řečištěm rozneseny po těle, kde dále parazitují a to pak především v mozku, kde způsobují málo známé onemocnění zvané granulomatózní amébová encefalitida. Toto onemocnění se nejvíce projevuje u lidí, kteří již prodělali nějaké onemocnění, jedná se například o systémový lupus erytromatodes. Granulomatozní amébová encefalitida vyvolává především zánět mozku, který poté často způsobuje nekrózu mozkové tkáně. Mezi hlavní příznaky patří bolesti hlavy, nevolnost, zvracení, afázie a ataxie. Tato práce se zabývá i dalšími amébami jako jsou: Neagleria fowleri, Balamuthia mandrillaris, Sappinia diploidea a Entamoeba histolytica. Neagleria fowleri je známá jako původce onemocnění, které nazýváme primární amébová encefalitida.Pro izolaci DNA bylo vybráno pět kmenů améb. Jako další krok jsem prováděla amplifikaci metodou PCR, která využívá střídání nižších a vyšších teplot v přístroji zvaném termocykler. Poté následovala elektroforéza, která pomocí proužků v agarozovém gelu, který jsem si vždy sama připravovala, ukázala přítomnost nebo nepřítomnost fragmentu amébové DNA. V případě úspěšnosti, tedy přítomnosti fragmentu DNA, jsem daný fragment vyřezávala skalpelem a opatrně ho přenesla do zkumavky. Následně jsem prováděla extrakci, tedy přečištění. Extrakci jsem prováděla pomocí Gel/PCR DNA Fragments Extraction Kit, dle návodu výrobce. Jako mezikrok před sekvenováním jsem prováděla klonování, které, jak se poté ukázalo, nebylo příliš efektivní. Co se týče samotného sekvenování, to provádí firma Seqme.Následné zpracování sekvencí jsem prováděla v programu BioEdit a alignování v ClustalX. Poté následovala tvorba fylogenetických stromů v programu PAUP a jejich vizualizace v TreeView. Na základě těchto výsledků jsem zjišťovala příbuznost améb, ukázalo se, že většina améb sice patří do hojně zastoupeného genotypu T4, ale jejich příbuznost v rámci něj nijak velká není. Co se týče klinických vzorků, které jsem měla k dispozici (oba dva z lidských očí), tak zde se vzorek O1 zařadil do genotypu T4, ale naproti tomu vzorek O2 se zařadil do genotypu T3. Dále byla vyhodnocena efektivnost používaných primerů: specifické primery AcaJDP1 a AcaJDP2 byly o hodně účinnější, než původně použité "eukaryotické" primery ERIB1 a ERIB10.
|
|
|
Diverzita, fylogenetika a biologie různých izolátů Cryptosporidium muris
HAVRDOVÁ, Nikola
Byly popsány morfologické, biologické a molekulární charakteristiky dvou různých izolátů Cryptosporidium muris, HZ206 a TS03. Oocysty C. muris TS03 o velikosti 7,77 ? 0,23 × 5,2 ? 0,08 ?m s indexem tvaru 1,48 ? 0,02 (n = 100) byly morfometricky delší a širší než C. muris HZ206 o velikosti oocyst 7,62 ? 0,40 × 6,63 ? 0,09 ?m, 1,32 ? 0,02 (n = 100), (p = 0,034). Oocysty obou izolátů C. muris TS03 a HZ206 získaných z přirozeně infikovaného hlodouna východoafrického (Tachyoryctes splendens) a myši domácí (Mus musculus musculus) byly infekční pro naivní 8-týdenní krysy malé (Mastomys coucha). Zatímco prepatentní doba C. muris TS03 se pohybovala v rozmezí 19-21 dní po infekci (DPI) a zvířata vylučovala oocysty až do konce experimentu (120 DPI), zvířata infikovaná HZ206 začala vylučovat oocysty 13-15 DPI s patentní periodou 63-112 DPI. Kumulovaná hodnota intenzity infekce (AUC) u zvířat infikovaných TS03 se pohybovala od 250.000.000 do 800.000.000 oocyst za patentní periodu (OPP) a u HZ206 v rozmezí 11.000.000- 35.000.000 OPP. Histologické vyšetření prokázalo masivní infekce kryptosporidií ve žlázovém epitelu žaludku. Histopatologické změny měly nezánětlivý charakter včetně výrazné dilatace infikovaných částí žláz s atrofií a metaplazií žlázových epiteliálních buněk. Infekce TS03 ovlivnila velikost žaludku. Zatímco fyziologická hmotnost žaludku u naivních a HZ206-infikovaných krys malých ve věku 12 týdnů byla v rozmezí 0,61 ? 0,06 g, respektive 0,70 ? 0,17 g, abnormální zvětšení žaludku bylo pozorováno u zvířat infikovaných izolátem TS03 (3,23 ? 0,51 g). Nebyl pozorován žádný vliv na příjem krmiva u testovaných skupin. Fylogenetickou analýzou genů kódujících malou podjednotku rRNA, aktin, MS1, MS2, MS3 a MS16 bylo zjištěno, že C. muris TS03 je geneticky odlišné od ostatních C. muris izolátů. Závěrem lze říci, že morfologické, genetické a biologické vlastnosti podporují popsání Cryptosporidium muris TS03 jako nový samostatný druh.
|
host ::
RSS.