|
|
Konformační chování polymerních dendrimerů ve vodných roztocích (Disipativní částicová dynamika)
Suchá, Lucie ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Posel, Zbyšek (oponent)
Bakalářská práce se věnuje studiu konformačního chování polymerních den- drimer· ve vodných roztocích. Polymerní roztoky byly simulovány pomocí di- sipativní částicové dynamiky. Všechny simulace byly provedeny pomocí pro- gramu DL−MESO. Pro generování vstupních soubor· a zpracování výsledk· simulací byly napsány vlastní programy. Správná funkce programu a správné nastavení simulačních parametr· bylo ověřeno pomocí parametrické studie nekonečně zředěných roztok· homopolymerních dendrimer· v dobrém roz- pouštědle. 'kálovací exponent gyračního poloměru získaný pomocí simulací je v souladu s publikovanými daty. Dále bylo porovnáváno konformační chování homopolymerního a kopolymerního dendrimeru. Klíčová slova: Počítačové simulace, disipativní částicová dynamika, dendri- mer, konformační chování, vodné roztoky, větvený polymer
|
|
|
Computer simulations of conformational behavior of block copolymers in selective solvents
Šindelka, Karel ; Limpouchová, Zuzana (vedoucí práce) ; Kuldová, Jitka (oponent)
Bakalářská práce se věnuje studiu konformačního chování diblokových kopoly- merů v selektivním rozpouštědle. Polymerní roztoky byly studovány pomocí disi- pativní částicové dynamiky. Byl vytvořen originální program pro simulace po- mocí disipativní částicové dynamiky a nový programový software pro zpracování simulačních dat. Funkčnost programu byla otestována na dvou systémech. První systém byl zředěný roztok lineárního homopolymeru, na kterém byly ověřeny škálovací zákony pro homopolymer ve zředěném roztoku. Druhý systém odpovídal diblokovým kopolymerům v selektivním rozpouštědle, na kterém bylo pomocí programu zreprodukováno micelární chování podle Shenga et al. Nakonec byl simulován systém s dlouhými blokovými kopolymery v selektivním rozpouštědle, který modeloval kopolymer polymetakrylové kyseliny a polyetylen oxidu ve vodném roztoku při pH 1. Tento systém byl studován pro různé koncentrace polymeru. Výsledky těchto simulací kvalitativně popisují studovaný systém a jsou výchozím bodem pro jeho další studium, ve kterém bude do systému přidán surfaktant a systém bude simulován při dalších hodnotách pH, kde elektrostatické interakce nejsou již zanedbatelné.
|
|
| |
|
|
Buzení a detekce plazmonových polaritonů
Šustr, Libor ; Schmidt, Eduard (oponent) ; Kalousek, Radek (vedoucí práce)
Diplomová práce je věnována problematice buzení a detekce povrchových plazmonových polaritonů viditelným světlem. Nejdříve jsou připomenuty základní pojmy jako vlnění, elektromagnetická vlna, světlo na rozhraní a optické vlastnosti kovů. Nejsou zde provedeny důkazy, ale jen naznačení s odkazy na literaturu. Pomocí těchto pojmů ukážeme na existenci povrchových plazmonových polaritonů. Po seznámení s jejich vlastnostmi budou zřejmé důvody k zavedení speciálních excitačních a detekčních metod. Z nich jsou popsány zejména buzení povrchových plazmonových polaritonů hranolem, periodickou mřížkou a mikroskopem SNOM. Poslední dvě kapitoly jsou věnovány počítačovým simulacím a experimentům spojeným s těmito metodami. Tím se čtenáři naskytne možnost ověření teoretických poznatků z předchozích kapitol. Výsledky simulací doplní výklad k buzení hranolem a periodickou mřížkou a srovnají se s výsledky experimentu, kterým je buzení povrchových plazmonových polaritonů periodickou mřížkou na povrchu hliníku.
|
|
|
Optimalizace chlazení RD využívajícího zemní vrty
Buchta, Jan ; Formánek, Marian (oponent) ; Šikula, Ondřej (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá optimalizací stávajícího systému stropního chlazení rodin-ného domu využívajícího jako zdroj chladu pouze zemní vrt. V rámci práce bylo v ob-jektu provedeno dlouhodobé měření. Hlavní částí diplomové práce je tvorba a verifikace matematicko-fyzikálního modelu tepelného chování chlazené místnosti. Výsledkem jsou numerické simulace a zhodnocení jednotlivých scénářů a návrhové požadavky pro možnou optimalizaci systému měření a regulace. Teoretická část se obecně zabývá sála-vými chladicími systémy.
|
|
|
Studium interakcí organické hmoty a jejích složek pomocí molekulární dynamiky
BARVÍKOVÁ, Hana
Humic acids and humates are principal components of humic substances major organic constituents of soil, peat, coal and water around the world. I was involved in research into molecular dynamics simulations of interactions of quartz surfaces with aqueous solutions of ions and small organic molecules representing basic building blocks of larger biomolecules and functional groups of organic matter. We studied interactions of molecules with surfaces for a set of surface charge densities corresponding to the experimentally or environmentally relevant ranges of pH values employing molecular mechanics, molecular dynamics and ab initio techniques. Simulated quartz surfaces covered the range of surface charge densities 0.00, -0.03, -0.06 and -0.12 C-m-2, approximately corresponding to pH values 4.5, 7.5, 9.5 and 11. As model molecules, benzoic acid, phenol, o-salicylic acid and their conjugated bases were chosen. My task was to prepare topologies and parametric models of selected organic matter basic building blocks organic molecules. I focused on studying interactions of these molecules in an aqueous environment with mineral surface quartz. The aim was to process simulation results and analyse conformations of the adsorption complexes and their thermodynamic properties such as interaction energies, free energies and adsorption geometries.
|
|
|
Počítačové modelování interakcí molekul s minerálními povrchy
BARVÍKOVÁ, Hana
Práce je zaměřena na molekulární dynamiku, modelování interakcí a počítačové simulace. Seznamuje s prací v programu GROMACS, určeným pro potřeby počítačového modelování a simulací. Podává základy molekulární dynamiky a seznamuje s modelováním interakcí organických molekul s minerálními povrchy. Hlavním úkolem práce bylo provedení několika zadaných simulací v programu GROMACS a analyzování výsledků těchto simulací. Text práce popisuje nejdůležitější utility GROMACSu a formáty souborů potřebné pro práci s uvedeným softwarem a jejich použití. Pomocí zmíněného programu bylo připraveno několik systémů skládajících se z kombinací organických molekul jako jsou kyselina benzoová, fenol, kyselina salicylová nebo jejich deprotonovaných forem s křemenným povrchem o různé hustotě povrchového náboje. Následně byla provedena analýza výsledků simulací, chování jednotlivých struktur, adsorpčních geometrií a interakčních energií. Práce může sloužit i jako stručný návod pro práci s programem GROMACS s ohledem na simulování a analýzu systémů obsahujících rovinné povrchy. V rámci projektu MetaCentrum mi bylo umožněno pracovat s počítačovým klatrem Hermes náležejícím Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích.
|
|
| |
|
| |
|
| |
host ::
RSS.