Název: Studium interakcí organické hmoty a jejích složek pomocí molekulární dynamiky
Překlad názvu: Study of interactions of organic matter and its components via molecular dynamics
Autoři: BARVÍKOVÁ, Hana
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2014
Jazyk: cze
Abstrakt: Humic acids and humates are principal components of humic substances major organic constituents of soil, peat, coal and water around the world. I was involved in research into molecular dynamics simulations of interactions of quartz surfaces with aqueous solutions of ions and small organic molecules representing basic building blocks of larger biomolecules and functional groups of organic matter. We studied interactions of molecules with surfaces for a set of surface charge densities corresponding to the experimentally or environmentally relevant ranges of pH values employing molecular mechanics, molecular dynamics and ab initio techniques. Simulated quartz surfaces covered the range of surface charge densities 0.00, -0.03, -0.06 and -0.12 C-m-2, approximately corresponding to pH values 4.5, 7.5, 9.5 and 11. As model molecules, benzoic acid, phenol, o-salicylic acid and their conjugated bases were chosen. My task was to prepare topologies and parametric models of selected organic matter basic building blocks organic molecules. I focused on studying interactions of these molecules in an aqueous environment with mineral surface quartz. The aim was to process simulation results and analyse conformations of the adsorption complexes and their thermodynamic properties such as interaction energies, free energies and adsorption geometries.
Klíčová slova: adsorpce; GROMACS; interakční energie; křemen; minerální povrchy; modelování interakcí; molekulární dynamika; organické molekuly; PMF; potenciál střední síly; povrchová hustota náboje; počítačové simulace; silové pole; termodynamika; adsoption; computer simulations; force field; GROMACS; interaction energy; mineral surfaces; modelling interactions; molecular dynamics; organic molecules; PMF; potential of mean force; quartz; surface charge density; termodynamics
Citace: BARVÍKOVÁ, Hana. Studium interakcí organické hmoty a jejích složek pomocí molekulární dynamiky. České Budějovice, 2014. diplomová práce (Mgr.). JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH. Přírodovědecká fakulta

Instituce: Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Plný text je dostupný v digitálním repozitáři JČU.
Původní záznam: http://www.jcu.cz/vskp/30962

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-173115


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce