|
|
Analýza autofluorescenčních snímků sítnice
Mosyurchak, Andriy ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Autofluorescenční obraz sítnice se snímá pomoci konfokálního laserového skenovacího oftalmoskopu a používá se pro diagnostiku glaukomu. Při glaukomu dochází k postupnému odumírání nervových buněk a může dojít k slepotě. Autofluorescence sitnice je zpusobená pigmentem lipofusciném, který způsobuje poškozovaní buněk. Cílem této práci bylo prostudovat metody vhodné pro segmentace autofluorescenčních zón a metody pro sledovaní objektů v obraze. Byl realizován algoritmus detekci autofluorescenčních zón pomoci metody narůstání regionů. Taký byla navřená a realizovaná metoda sledování autofluorescenčních oblasti sítnice.
|
|
|
Vnitřní fluorescence bakterií Cupriavidus necator
Marková, Kateřina ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá autofluorescencí flavinů v gram-negativní bakterii Cupriavidus necator H16 a jejím mutantním kmenu PHB-4. Experimenty byly prováděny pomocí fluorescenční mikroskopie a průtokové cytometrie. Pro potvrzení přítomnosti flavinů byla změřena excitační a emisní spektra bakteriální suspenze, která se porovnala s flavinovými standardy. V části věnované testování buněk bez stresové odpovědi se měřila autofluorescence bakterií v PBS pufru a buněčné suspenze obarvené fluorescenční sondou BODIPY 493/503. Byl porovnáván poměr krátké doby života ku dlouhé době života autofluorescence a jeho závislost na přítomnosti fluorescenční sondy. Dále byla měřena autofluorescence supernatantu, kdy bylo zjištěno, že relativní zastoupení dlouhé doby života v extracelulárním prostředí je mnohonásobně vyšší než v intracelulárním. V části věnované stresové odpovědi se práce zaměřila na množství rozpuštěného kyslíku v produkčním médiu. Dále byl použit různě koncentrovaný peroxid vodíku, kdy nejlepší výsledky vykazovala koncentrace 100 mM. Pro porovnání s předchozími podmínkami se využila kombinace se síranem železnato-amonným, kde ale nebyl pozorován žádný rozdíl. Z látek ovlivňujících přímo dýchací řetězec byl použit azid sodný a antimycin A. Obě tyto látky měly vliv na změnu poměru relativního zastoupení dob života autofluorescence, ovšem rozložení těchto dob života a změnu rozložení autofluorescence v průběhu času ovlivňoval pouze azid sodný.
|
|
|
Nové diagnostické metody v bronchologii
Votruba, Jiří ; Daneš, Jan (vedoucí práce) ; Marel, Miloslav (oponent) ; Pešek, Miloš (oponent)
Tato práce se zabývá vývojem a optimalizací moderních metod umožňujících časnou diagnostiku plicní rakoviny a prekancerózních lézí s ohledem na jejich přínos a začlenění do rutinní klinické praxe. V rámci práce jsme vyvinuli zařízení pro kontaktní měření endobronchiální teploty (termobronchoskopie) a v pilotní studii jsme prokázali statisticky významný rozdíl teploty na endoluminálním povrchu bronchu jak v oblasti nádoru, tak i nad nádorově infiltrovanými uzlinami v porovnání se zdravou sliznicí jak ipsilaterálně, tak i kontralaterálně. Dále jsme zkonstruovali zařízení pro spektroskopii bronchiální sliznice v blízkém infračerveném pásmu, identifikovali charakteristiky pro lokalizaci solitárního plicního uzle a prokázali, že použití tohoto systému zvyšuje počet pozitivních bioptických nálezů v porovnání s endobronchiálním ultrazvukem. V následující části popisujeme další techniky časné diagnostiky bronchogenního karcinomu, jako je endobronchiální ultrasonografie, optická koherenční tomografie, konfokální fluorescenční mikroendoskopie, reflektanční spektroskopie, autofluorescenční bronchoskopie, fluorescenční bronchoskopie a zobrazení v úzkém pásmu (narrow band imaging), a stručně uvádíme naše zkušenosti s některými z nich v rámci provedených pilotních projektů. V další části jsme ukázali, že...
|
|
|
Vnitřní fluorescence bakterií Cupriavidus necator
Marková, Kateřina ; Obruča, Stanislav (oponent) ; Mravec, Filip (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá autofluorescencí flavinů v gram-negativní bakterii Cupriavidus necator H16 a jejím mutantním kmenu PHB-4. Experimenty byly prováděny pomocí fluorescenční mikroskopie a průtokové cytometrie. Pro potvrzení přítomnosti flavinů byla změřena excitační a emisní spektra bakteriální suspenze, která se porovnala s flavinovými standardy. V části věnované testování buněk bez stresové odpovědi se měřila autofluorescence bakterií v PBS pufru a buněčné suspenze obarvené fluorescenční sondou BODIPY 493/503. Byl porovnáván poměr krátké doby života ku dlouhé době života autofluorescence a jeho závislost na přítomnosti fluorescenční sondy. Dále byla měřena autofluorescence supernatantu, kdy bylo zjištěno, že relativní zastoupení dlouhé doby života v extracelulárním prostředí je mnohonásobně vyšší než v intracelulárním. V části věnované stresové odpovědi se práce zaměřila na množství rozpuštěného kyslíku v produkčním médiu. Dále byl použit různě koncentrovaný peroxid vodíku, kdy nejlepší výsledky vykazovala koncentrace 100 mM. Pro porovnání s předchozími podmínkami se využila kombinace se síranem železnato-amonným, kde ale nebyl pozorován žádný rozdíl. Z látek ovlivňujících přímo dýchací řetězec byl použit azid sodný a antimycin A. Obě tyto látky měly vliv na změnu poměru relativního zastoupení dob života autofluorescence, ovšem rozložení těchto dob života a změnu rozložení autofluorescence v průběhu času ovlivňoval pouze azid sodný.
|
|
|
Nové diagnostické metody v bronchologii
Votruba, Jiří ; Daneš, Jan (vedoucí práce) ; Marel, Miloslav (oponent) ; Pešek, Miloš (oponent)
Tato práce se zabývá vývojem a optimalizací moderních metod umožňujících časnou diagnostiku plicní rakoviny a prekancerózních lézí s ohledem na jejich přínos a začlenění do rutinní klinické praxe. V rámci práce jsme vyvinuli zařízení pro kontaktní měření endobronchiální teploty (termobronchoskopie) a v pilotní studii jsme prokázali statisticky významný rozdíl teploty na endoluminálním povrchu bronchu jak v oblasti nádoru, tak i nad nádorově infiltrovanými uzlinami v porovnání se zdravou sliznicí jak ipsilaterálně, tak i kontralaterálně. Dále jsme zkonstruovali zařízení pro spektroskopii bronchiální sliznice v blízkém infračerveném pásmu, identifikovali charakteristiky pro lokalizaci solitárního plicního uzle a prokázali, že použití tohoto systému zvyšuje počet pozitivních bioptických nálezů v porovnání s endobronchiálním ultrazvukem. V následující části popisujeme další techniky časné diagnostiky bronchogenního karcinomu, jako je endobronchiální ultrasonografie, optická koherenční tomografie, konfokální fluorescenční mikroendoskopie, reflektanční spektroskopie, autofluorescenční bronchoskopie, fluorescenční bronchoskopie a zobrazení v úzkém pásmu (narrow band imaging), a stručně uvádíme naše zkušenosti s některými z nich v rámci provedených pilotních projektů. V další části jsme ukázali, že...
|
|
|
Analýza autofluorescenčních snímků sítnice
Mosyurchak, Andriy ; Odstrčilík, Jan (oponent) ; Kolář, Radim (vedoucí práce)
Autofluorescenční obraz sítnice se snímá pomoci konfokálního laserového skenovacího oftalmoskopu a používá se pro diagnostiku glaukomu. Při glaukomu dochází k postupnému odumírání nervových buněk a může dojít k slepotě. Autofluorescence sitnice je zpusobená pigmentem lipofusciném, který způsobuje poškozovaní buněk. Cílem této práci bylo prostudovat metody vhodné pro segmentace autofluorescenčních zón a metody pro sledovaní objektů v obraze. Byl realizován algoritmus detekci autofluorescenčních zón pomoci metody narůstání regionů. Taký byla navřená a realizovaná metoda sledování autofluorescenčních oblasti sítnice.
|
|
|
Autofluorescence dřevokazné houby Fomes fomentarius
Žižka, Zdeněk ; Gabriel, Jiří
Čerstvé plodnice dřevokazné houby Fomes fomentarius byly pozorovány ve fluorescenčních mikroskopech. Tenkostěnné generativní hyfy s přepážkami a přezkami vykazovaly silnou žlutou, žlutozelenou až žlutočervenou autofluorescenci při excitaci modrým světlem. Tlustostěnné skeletární hyfy fluoreskovaly méně intenzivně žlutočerveně, kdežto dřeňové sety se vyznačovaly silnou autofluorescencí. Při zelené excitaci byla pozorována intenzivní červená autofluorescence nejen u všech komponent plodnice houby, ale i ve zbývajícím hostitelském dřevě
|
host ::
RSS.