|
|
Mammalian proteins carrying zinc finger arrays
Vobruba, Adam ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Mašek, Jan (oponent)
Zinkový prst je malý peptidový motiv stabilizovaný jedním zinečnatým iontem, známý zejména pro svou schopnost specificky vázat třínukleotidovou sekvenci DNA v závislosti na konkrétních aminokyselinách přítomných v DNA-vazebných pozicích. Zinkové prsty jsou unikátní svou schopností spojovat se do delších tandemově uspořádaných sad, které mohou vázat DNA cíle o libovolné délce a sekvenci, určené kombinací jednotlivých prstů. Tyto sady mohou jednoduše měnit vazebnou specificitu díky mutacím a přestavbám, což jim dodává velkou flexibilitu a pomohlo zinkovým prstům rozšířit se do mnoha endogenních proteinů o rozličných funkcích. Tato vlastnost sad zinkových prstů je také činí vhodnými pro tvorbu DNA-vazebných domén na míru pro využití v genovém inženýrství. Tato práce podává přehled o objevu těchto domén, jejich struktuře a funkci a poté shrnuje a diskutuje vybrané přirozeně se vyskytující savčí proteiny se zinkovými prsty a jejich vlastnosti, představujíc různé funkce pro něž byly sady zinkových prstů v průběhu evoluce adaptovány. Diskutována je také minulost a budoucnost zinkových prstů v umělých proteinech vytvořených pro genovou terapii a výzkum. Klíčová slova: zinkový prst, ZnF, KRAB, KZFP, CTCF, PRDM9, ZFN, savci
|
|
| |
|
|
Programmable nucleases in human therapy
Šlaufová, Marta ; Kašpárek, Petr (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Většina genomických mutací vede k závažným symptomům, které obvykle nejsou vyléčitelné. Intenzivní vývoj technik spojených s programovatelnými nukleázami (PN) v posledních letech otevřel nové možnosti při léčbě mnoha nemocí, jako jsou například geneticky podmíněné choroby, infekční nemoci, nebo rakovina. PN jsou enzymy, které umožňují místně specifické štěpení DNA, jež může vést k cílené modifikaci daného genomického lokusu. Skládají se z domény nespecificky štěpící DNA a z DNA-vazebné domény, která má buď formu modulárních proteinů vázajících se na DNA, nebo formu oligonukleotidů, které se na základě "Watson-Crickovského" párování váží na odpovídající sekvenci DNA. Doména nespecificky štěpící DNA zajišťuje vznik dvouvláknových zlomů, které jsou nezbytné pro následující úpravy genomu. Vývoj zinc finger nukleáz (ZFN) a poté i TALE nukleáz (transcription activator-like effector nucleases, TALEN) umožnil první terapeutické postupy založené na cílené úpravě lidského genomu. Technologie CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) přinesla další výrazné zjednodušení a rozšíření metod využívajících PN. Tato práce si klade za cíl poskytnout přehled o současném stavu, vývoji a překážkách v oblasti využití PN při léčbě lidských pacientů.
|
|
| |
|
|
Gene targeting in Silkworm (Bombyx mori) by Engineered Endonucleases
SAJWAN, Suresh Chandra Singh
This thesis describes the establishment of a precise gene targeting methodology in the silkworm Bombyx mori by technologies based on engineered endonucleases. Two classes of engineered endonucleases, ZFNs and full length TALENs were used for creating DSBs at specified sites in the colour marker genes (BmBlos2 and Bmwh3). Direct embryo microinjection of engineered nucleases mRNA were performed and let the nuclease proteins to disrupt the functions of these marker genes by creating DSBs and inducing error prone NHEJ mechanism. These experiments showed that both ZFNs and TALENs could be used for targeted gene disruption in silkworms.
|
host ::
RSS.