|
|
Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
|
|
Nástroj pro testování kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí
Pelikánová, Veronika ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá testováním kvality vícenásobného zarovnání biologických sekvencí. Obsahuje literární rešerši veřejně dostupných nástrojů vícenásobného zarovnání. Stěžejní bod práce tkví v programu pro testování kvality vícenásobného zarovnání (vytvořené pomocí různých nástrojů, při odlišném nastavení, aj.). Program má uživatelské rozhraní vytvořené v Matlabu a je k práci přiložen společně se souborem nukleotidových a proteinových sekvencí, sestavených za účelem testování a aplikování programu. V neposlední řadě je v práci obsaženo hodnocení veřejně dostupných nástrojů vytvořené na základě výpočtů programu.
|
|
|
Metody vícenásobného zarovnávání nukleotidových sekvencí
Trněný, Ondřej ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Ke správnému pochopení vlastností a účelu biologických sekvencí je nezbytně nutné mít možnost je mezi s sebou porovnávat a ze získaných informací vyvozovat jejich vlastnosti, účel a evoluční historii. K rozšíření již existující báze znalostí mohou velkou mírou přispět metody pro vícenásobné zarovnávaní sekvencí, které umožňují nahlížet na již známá fakta ve zcela novém světle dosud neznámých informací o vztazích mezi často na první pohled nepodobnými sekvencemi. Pro provádění této analýzy proto bylo navrženo několik algoritmů, na jejichž základě následně vznikly programy umožňující komplexní analýzu obsáhlých dat. Jedním z nich je algoritmus progresivního zarovnání, který je v rámci této práce implementován.
|
host ::
RSS.