|
|
Role proteinů SNW/SKIP v sestřihu
Hollá, Sandra ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
SNW proteiny se řadí mezi jaderné esenciální faktory, jejichž název byl odvozen od konzervovaného motivu SNW, který nalezneme u jednotlivých zástupců napříč celou eukaryotní nadříší. SNW proteiny se podílí na regulaci mnoha buněčných procesů - např. regulace genové exprese a buněčného cyklu. Zdaleka nejvíce informací o funkci poskytuje lidský homolog SKIP/NCoA-62, který byl nalezen v řadě signalizačních drah. Přesto však není zcela objasněna funkce SNW proteinů. V této bakalářské práci bych se tak chtěla zaměřit na úlohu SNW proteinů v sestřihu pre-mRNA a to především u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, kde máme zatím nejvíce poznatků. Klíčová slova: SNW protein, Prp45, sestřih pre-mRNA, SKIP/NCoA-62, Prp22
|
|
|
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk
Tolde, Ondřej ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Kovář, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk Nádorové onemocnění má svůj původ v normálních tělních buňkách, které se vymknuly kontrole mateřského organismu. Nádorové buňky se pak mohou uvolnit z místa svého vzniku a šířit se po organismu. Pro průchod mezibuněčnou hmotou nebo vrstvou jiných buněk mohou tyto buňky využít mechanismy, které vedou k efektivnější migraci a invazivitě. Výzkum mechanizmů, které nádorové buňky využívají pro migraci, má význam pro pochopení vzniku a šíření metastáz a následně pro protinádorovou léčbu. V rámci mé disertační práce jsem se podílel na výzkumu vlastností invazivních nádorových buněk. Porovnávali jsme vlastnosti neinvazivní sarkomové buněčné linie a z ní odvozené, vysoce metastatické linie. Ukázali jsme, že buňky invazivní linie využívají améboidní způsob migrace a vykazují zvýšenou aktivitu Rho/ROCK signalizace. Na vedoucím okraji mají tyto buňky nabohacený aktin a myosin a dochází zde ke generování síly. Buňky neinvazivní linie využívají mezenchymální způsob migrace a generují sílu převážně na zatahujícím se konci. Dále jsme porovnávali buňky dvou linií odvozených od prsního karcinomu. Ukázali jsme, že invazivnější linie, odvozená od méně invazivní, vykazuje větší dynamičnost v přestavbě aktinového skeletu. Rovněž jsme u těchto linií popsali přítomnost...
|
|
|
The role of evolutionarily conserved proteins BIR-1/Survivin and SKP-1 in the regulation of gene expression
Kostrouch, David ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Dráber, Pavel (oponent) ; Pacák, Karel (oponent)
Souhrn SKIP a BIR/Survivin jsou evolučně zachovalé proteiny. SKIP je známý transkripční a sestřihový kofaktor a BIR-1/Survivin reguluje bunečné dělení, genovou expresi a vývoj. Inaktivace SKP-1 a BIR-1 indukuje podobné vývojové fenotypy. K odhalení možných interakcí SKP-1 a BIR-1 jsme použili kvasinkový dvojhybridní systém a knihovnu kompletní mRNA C. elegans. Tyto experimenty identifikovaly částečně se překrývající kategorie proteinů jako interaktory proteinů SKP-1 a BIR-1. Identifikované interagující proteiny zahrnovaly ribozomální proteiny, transkripční faktory, translační faktory, cytoskeletální a motorové proteiny. Tyto výsledky naznačují jejich možnou účast v mnohočetných proteinových komplexech. Pomocí krátkodobé nadměrné exprese BIR-1 jsme sledovali účinek BIR-1 na proteom C. elegans v larválním stádiu L1. To způsobilo dramatickou změnu v celém proteomu což naznačuje, že BIR-1 má schopnost změnit chromatografický profil mnohočetných cílových proteinů včetně těch, které jsme již dříve identifikovali jako interagující proteiny v experimentach s kvasinkovým dvouhybridním systému. Výsledky jsme následně potvrdili pro RPS-3, RPL-5, myosin (non-muscle myosin) a TAC-1 (transkripční kofaktor a protein asociovaný s centrosomy). Tyto výsledky naznačují, že SKP-1 a BIR-1 jsou multifunkční proteiny, které jsou...
|
|
|
Knihovnická regionální vzdělávací centra (analýza činnosti)
Kniezková, Michaela ; Černá, Milena (vedoucí práce) ; Stöcklová, Anna (oponent)
Diplomová práce se zabývá systémem návazného vzdělávání knihovníků, které je realizováno prostřednictvím regionálních vzdělávacích center působících v krajských knihovnách. V jeho centru stojí Národní knihovna ČR, která ve spolupráci s odbornými institucemi metodicky řídí a koordinuje činnost poskytovaných služeb provozovanými regionálními centry. Cílem práce je poskytnout relevantní informace, které mohou být využity při koncipování vzdělávacích aktivit knihovnických regionálních vzdělávacích center. Součást práce tvoří průzkum zaměřený na analýzu dílčích aspektů, které mohou mít vliv na kvalitu a výkon činnosti center.
|
|
|
Sestřih atypických intronů v S. cerevisiae
Cit, Zdeněk ; Půta, František (vedoucí práce) ; Pichová, Alena (oponent)
Sestřih pre-mRNA je životně důležitý proces významný pro genovou expresi všech eukaryotických organismů. Pro správný průběh tohoto velmi složitého a dynamického děje je zapotřebí několik specializovaných RNA a velké množství proteinů, které zastávají nejrůznější úlohy nejen přímo uvnitř samotného sestřihového komplexu, ale i mimo něj. Jedním z proteinů účastnících se sestřihu pre-mRNA v kvasince Saccharomyces cerevisiae je i Prp45. Jeho lidským homologem je protein SNW1/SKIP, který se mimo sestřihu podílí i na celé řadě dalších funkcí. U proteinu Prp45 byla zatím spolehlivě popsána pouze účast na druhé transesterifikační reakci sestřihu. Objevily se však i informace naznačující jeho možné zapojení do první transesterifikační reakce. Tato práce přináší další poznatky spojující protein Prp45 s prvním sestřihovou reakcí, které byly získány výzkumem buněk nesoucích mutantní alelu prp45(1-169). Buňky nesoucí tuto alelu vykazují mimo zhoršeného sestřihu i akumulaci některých pre-mRNA. Tato práce se proto zabývala i možným vlivem proteinu Prp45 na export RNA z jádra do cytoplasmy. Nebylo však objeveno žádné spojení mezi transportem RNA a tímto proteinem. Klíčová slova sestřih pre-mRNA; Saccharomyces cerevisiae; Prp45; Mer1; Mud2; Prp22; Rrp6; AMA1; SNW1/SKIP
|
|
|
Notch independentní funkce transkripčních faktorů CSL
Teska, Mikoláš ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent) ; Kuthan, Martin (oponent)
Signální dráha Notch hraje zásadní roli při vývoji a během života mnohobuněčných živočichů. CBF1 je prvkem dráhy Notch, který zprostředkovává regulaci cílových genů. Objev proteinů podobných CBF1 v kvasinkách vznesl otázku jejich funkce v jednobuněčných organismech - před vznikem kanonické dráhy Notch. Kvasinkové homology CBF1 jsou konzervovány v oblastech důležitých pro vazbu na DNA a váží CBF1-vazebný element in vitro. CBF1 a příbuzné transkripční faktory v Metazoa (CSL) interagují s mnoha proteiny v Notch-dependentních ale i Notch independentních komplexech. Rovněž receptor Notch má některé funkce CSL-independentní. Práce se zabývá interakčními partnery CSL v Metazoa a jejich homology v kvasinkách s cílem upozornit na možné interakce CBF1 homologů v evolučně ancestrálním kontextu.
|
|
|
Role proteinů SNW/SKIP v sestřihu
Hollá, Sandra ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
SNW proteiny se řadí mezi jaderné esenciální faktory, jejichž název byl odvozen od konzervovaného motivu SNW, který nalezneme u jednotlivých zástupců napříč celou eukaryotní nadříší. SNW proteiny se podílí na regulaci mnoha buněčných procesů - např. regulace genové exprese a buněčného cyklu. Zdaleka nejvíce informací o funkci poskytuje lidský homolog SKIP/NCoA-62, který byl nalezen v řadě signalizačních drah. Přesto však není zcela objasněna funkce SNW proteinů. V této bakalářské práci bych se tak chtěla zaměřit na úlohu SNW proteinů v sestřihu pre-mRNA a to především u kvasinky Saccharomyces cerevisiae, kde máme zatím nejvíce poznatků. Klíčová slova: SNW protein, Prp45, sestřih pre-mRNA, SKIP/NCoA-62, Prp22
|
|
|
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk
Tolde, Ondřej ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Kovář, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk Nádorové onemocnění má svůj původ v normálních tělních buňkách, které se vymknuly kontrole mateřského organismu. Nádorové buňky se pak mohou uvolnit z místa svého vzniku a šířit se po organismu. Pro průchod mezibuněčnou hmotou nebo vrstvou jiných buněk mohou tyto buňky využít mechanismy, které vedou k efektivnější migraci a invazivitě. Výzkum mechanizmů, které nádorové buňky využívají pro migraci, má význam pro pochopení vzniku a šíření metastáz a následně pro protinádorovou léčbu. V rámci mé disertační práce jsem se podílel na výzkumu vlastností invazivních nádorových buněk. Porovnávali jsme vlastnosti neinvazivní sarkomové buněčné linie a z ní odvozené, vysoce metastatické linie. Ukázali jsme, že buňky invazivní linie využívají améboidní způsob migrace a vykazují zvýšenou aktivitu Rho/ROCK signalizace. Na vedoucím okraji mají tyto buňky nabohacený aktin a myosin a dochází zde ke generování síly. Buňky neinvazivní linie využívají mezenchymální způsob migrace a generují sílu převážně na zatahujícím se konci. Dále jsme porovnávali buňky dvou linií odvozených od prsního karcinomu. Ukázali jsme, že invazivnější linie, odvozená od méně invazivní, vykazuje větší dynamičnost v přestavbě aktinového skeletu. Rovněž jsme u těchto linií popsali přítomnost...
|
|
|
The role of evolutionarily conserved proteins BIR-1/Survivin and SKP-1 in the regulation of gene expression
Kostrouch, David ; Kostrouch, Zdeněk (vedoucí práce) ; Dráber, Pavel (oponent) ; Pacák, Karel (oponent)
Souhrn SKIP a BIR/Survivin jsou evolučně zachovalé proteiny. SKIP je známý transkripční a sestřihový kofaktor a BIR-1/Survivin reguluje bunečné dělení, genovou expresi a vývoj. Inaktivace SKP-1 a BIR-1 indukuje podobné vývojové fenotypy. K odhalení možných interakcí SKP-1 a BIR-1 jsme použili kvasinkový dvojhybridní systém a knihovnu kompletní mRNA C. elegans. Tyto experimenty identifikovaly částečně se překrývající kategorie proteinů jako interaktory proteinů SKP-1 a BIR-1. Identifikované interagující proteiny zahrnovaly ribozomální proteiny, transkripční faktory, translační faktory, cytoskeletální a motorové proteiny. Tyto výsledky naznačují jejich možnou účast v mnohočetných proteinových komplexech. Pomocí krátkodobé nadměrné exprese BIR-1 jsme sledovali účinek BIR-1 na proteom C. elegans v larválním stádiu L1. To způsobilo dramatickou změnu v celém proteomu což naznačuje, že BIR-1 má schopnost změnit chromatografický profil mnohočetných cílových proteinů včetně těch, které jsme již dříve identifikovali jako interagující proteiny v experimentach s kvasinkovým dvouhybridním systému. Výsledky jsme následně potvrdili pro RPS-3, RPL-5, myosin (non-muscle myosin) a TAC-1 (transkripční kofaktor a protein asociovaný s centrosomy). Tyto výsledky naznačují, že SKP-1 a BIR-1 jsou multifunkční proteiny, které jsou...
|
host ::
RSS.