|
|
Kvasinky a víno
Palíková, Petra ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných z bobulí a moštu vinné révy. K izolaci byla použita bílá odrůda vína Sauvignon, které bylo pěstováno a vyráběno podle požadavků ekologického zemědělství. Odebrané vzorky byly zpracovány v laboratoři a pomocí zřeďovací metody byly získány čisté kultury jednotlivých kvasinek. Z těchto čistých kultur byla pomocí komerčního kitu UltraCleanTM Microbial DNA Isolation Kit vyizolována DNA, která byla použita k další analýze. Izolovaná DNA byla naamplifikována metodou PCR, za použití ITS1 a ITS4 primerů. PCR produkty byly detekovány elektroforeticky v agarozovém gelu. Naamplifikované vzorky, následně přečištěné, byly podrobeny restrikční analýze, ke které bylo použito pět restrikčních endonukleáz: HaeIII, HinfI, TaqaI, AluI a MseI. Vzorky po restrikční analýze byly opět elektroforeticky detekovány, vizualizovány pod UV detektorem a porovnány s obrazem štěpení sbírkově zařazených kvasinek. Dále byla srovnána similarita těchto izolátů a to za použití programu BioNumerics, kde jako kritérium podobnosti byly zvoleny Pearsonovy koeficienty a UPGMA klastrová analýza. Výsledkem je potom dendrogram genetické podobnosti izolovaných kvasinek.
|
|
|
Optimalizace metody PCR-RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek
Olivová, Radana ; Vadkertiová, Renata (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá optimalizací metody PCR – RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek. Konvenční metody pro identifikaci kvasinek jsou časově náročné. Molekulárně biologické metody založené na PCR slouží k rychlé a precizní identifikaci v porovnání s tradičními fenotypovými metodami. V této práci byla použita molekulárně biologická metoda PCR – RFLP, která bere v úvahu , že v ribozomální DNA kvasinek se opakují konzervativní nekódující oblasti(tzv. spacery), jež jsou charakteristické pro každý druh i kmen. Pomocí PCR se amplifikovaly specifické úseky DNA, které byly štěpeny restrikčními endonukleázami a získané fragmenty jsou identifikovány pomocí horizontální elektroforézy. V literární rešerši jsou zpracovány informace o kvasinkách, jejich taxonomii a molekulárně biologických metodách.
|
|
|
Kvasinky kolonizující povrchy listů a jejich identifikace
Bělochová, Kamila ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na optimalizaci a využití molekulárně-biologické metody PCR-RFLP k identifikaci a taxonomickému zařazení kvasinek kolonizujících povrchy listů, přičemž srovnává a nahrazuje postupy identifikace kvasinek stanovené na základě fyziologických a morfologických vlastností organismů. PCR-RFLP využívá schopnosti termostabilních polymeráz mnohonásobně amplifikovat specifický úsek v rDNA, který může být následně štěpen vhodnými restrikčními endonukleázami na charakteristické polymorfní fragmenty. Srovnáním délek fragmentů a výskytu štěpných míst, které jsou typické pro každý druh, byly získány požadované výsledky, které jsou přehledně shrnuty v závěrečné části práce. Teoretická část objasňuje a popisuje cytologii a morfologii kvasinek, taxonomii jako vědu, podrobněji se zabývá charakteristikou zkoumaných kvasinek rodu Cryptococcus, Rhodotorula a Saccharomyces a detailně popisuje metodiku PCR-RFLP.
|
|
|
Sledování vlivu kvasinek na chemické a senzorické vlastnosti vyráběného vína
Petrášová, Ludmila ; Vítová, Eva (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá sledováním vlivu kvasinek na chemické a senzorické vlastnosti vyráběného vína. Cílem experimentální části bylo pomocí metody SPME-GC-MS identifikovat aromaticky aktivní látky v kvasícím moštu a víně odrůdy Hibernal a ve víně Rulandské bílé. U obou odrůd byla při výrobě využita autochtonní kvasinka izolovaná v naší laboratoři z povrchu bobulí odrůdy Hibernal. Bylo zjištěno, že obě vyráběná vína mají při použití naší kvasinky podobný aromatický profil. K dalším cílům patřilo sledování změn chemických parametrů u těchto vzorků s využitím spektrofotometrických metod a metod HPLC. Posledním cílem byla izolace a identifikace kvasinek z vína Rulandské bílé metodou PCR-RFLP a porovnání těchto kvasinek s kvasinkami izolovanými z moštu odrůdy Hibernal. Identifikace byla provedena amplifikací 5,8S-ITS úseků DNA pomocí primerů ITS1 a ITS4 a pro restrikční analýzu byly využity restrikční endonukleázy HaeIII, HinfI, HhaI a TaqI.
|
|
|
Kontrola kvasného procesu vinného moštu
Procházková, Lenka ; Nováková, Olga (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací kvasinek izolovaných v průběhu kvašení vinného moštu. Pro analýzu byla vybrána odrůda révy vinné Rulandské modré pěstovaná v integrované vinici. V teoretické části jsou uvedeny základní informace o kvasinkách, jsou popsány rody nejčastěji se vyskytující v průběhu kvašení vinného moštu a metody identifikace kvasinek založené na PCR reakci. Pro identifikaci vinných kvasinek byla v experimentální části zvolena metoda PCR-RFLP. Amplifikace oblasti 5,8S-ITS rDNA byla provedena polymerázovou řetězovou reakcí za použití primerů ITS1 a ITS4. Získané amplikony byly podrobeny restrikční analýze, která byla provedena s pěti restrikčními endonukleázami: HaeIII, HinfI, Taq?, AluI, MseI. Pomocí restrikčních endonukleáz byly amplikony rozštěpeny na fragmenty, jejichž délka a počet je charakteristická pro daný druh. Separace fragmentů byla provedena elektroforeticky na agarózovém gelu a získané elektroforeogramy byly vyhodnoceny programem BioNumerics. Na základě UPGMA klastrové analýzy byly vytvořeny dendrogramy znázorňující genetickou podobnost izolovaných vinných kvasinek.
|
|
|
Izolace a identifikace kvasinek z vinice pro jejich možné využití k výrobě vína
Fialová, Lenka ; Dudášová, Hana (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Cílem této práce byla izolace kvasinky Saccharomyces cerevisiae z povrchu bobulí révy vinné odrůd Malverina a Sauvignon. Pro identifikaci izolovaných kvasinek byla využita metoda PCR-RFLP. Polymerázovou řetězovou reakcí byl amplifikován úsek 5,8S ITS rDNA, ohraničený primery ITS1 a ITS4. Pro následnou restrikční analýzu byly využity endonukleázy HaeIII, HhaI, HinfI a TaqI. Výsledky byly zpracovány UPGMA shlukovou analýzou v programu BioNumerics. Dominantními kvasinkami na povrchu bobulí odrůdy Malverina byly kvasinky rodu Brettanomyces/Dekkera, zatímco na povrchu bobulí odrůdy Sauvignon byly dominantní kvasinky rodu Pichia. Druh Saccharomyces cerevisiae nebyl izolován ze žádné z těchto dvou odrůd.
|
|
|
Sledování populace vinných kvasinek během kvašení vinného moštu
Krätschmerová, Kateřina ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných v průběhu kvašení vinného moštu a bobulí odrůdy vína Sauvignon pěstovaného v integrované vinici. Identifikace a taxonomické zařazení kvasinkových kmenů se díky rozvoji molekulárních metod zrychlila a usnadnila. K identifikaci těchto mikroorganismů v této diplomové práci byla použita metoda PCR-RFLP. Pro analýzu byly použity úseky kvasinkové DNA, které jsou specifické pro každý druh. Tyto úseky byly pomocí PCR za použití primerů ITS1 a ITS4 naamplifikovány a následně podrobeny restrikční analýze pomocí specifických restrikčních endonukleas. Získané fragmenty byly identifikovány horizontální elektroforézou. Gely byly následně vyhodnoceny programem BioNumerics. Za použití UPGMA klastrové analýzy byl vytvořen dendrogram znázorňující genetickou podobnost vyizolovaných kvasinek. V teoretické části této práce jsou uvedeny základní informace o kvasinkovitých mikroorganismech a metodách molekulární biologie sloužící k jejich identifikaci.
|
|
|
Identifikace vinných kvasinek metodou PCR-RFLP
Šuranská, Hana ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek metodou PCR-RFLP. Identifikace a charakteristika kvasinek prodělala v posledních letech výrazné změny. Byly zavedeny nové metody taxonomického zařazování založené na molekulárních metodách, které směřují ke snadné a rychlé identifikaci. Jednou z těchto metod je metoda PCR-RFLP. Amplifikací oblasti 5•8S-ITS rDNA polymerázovou řetězovou reakcí za použití primerů ITS1 a ITS4 dojde k amplifikaci specifického úseku DNA. Takto namnožená DNA je po přečištění ethanolem a vysušení podrobena restrikční analýze. Použitím restrikčních endonukleáz dojde k naštípání DNA na specifické úseky charakteristické pro daný druh. Naštípané fragmenty lze oddělit v elektrickém poli v agarózovém gelu a následně vyhodnotit. V práci bylo použito 63 typových kvasinek, které byly analyzovány použitím sedmi restrikčních endonukleáz – HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, TaqI, AluI a MseI. Výsledný obraz štěpení typových kvasinek byl srovnán s výsledkem štěpení identifikovaných vinných kvasinek a tyto kvasinky byly následně taxonomicky zařazeny. Posouzení genetické podobnosti bylo provedeno pomocí programu BioNumerics a výsledkem jsou dendrogramy, k jejichž vytvoření byly využity Jaccardovy koeficienty.
|
|
|
Sledování vlivu použité autochtonní kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína
Michálek, Petr ; Molnárová,, Jana (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá identifikací vinných kvasinek izolovaných ze zakvašeného vinného moštu. Kvasinky byly izolovány z moštu odrůdy Rulandského modrého, které bylo pěstováno a vyráběno podle poţadavků kladených na ekologické a integrované zemědělství. Odebrané vzorky byly zpracovány v laboratoři, kde byly získány čisté kultury jednotlivých kvasinek. Z těchto byla pomocí komerčního kitu vyizolována DNA, která byla pouţita k další analýze. Pomocí polymerázové řetězové reakce a za pouţití primerů ITS1 a ITS4 došlo k amplifikaci specifického úseku oblasti 5.8S-ITS rDNA. Získané PCR produkty byly poté elektroforeticky detekovány v agarózovém gelu a po následné purifikaci byly podrobeny restrikční analýze za pouţití tří restrikčních endonukleáz: HaeIII, HinfI a HhaI. DNA byla tímto rozštěpena na fragmenty specifické pro daný druh kvasinky a ty byly opět detekovány pomocí agarózové elektroforézy. Byla srovnána podobnost těchto izolátů za pouţití programu BioNumerics a výsledkem je dendrogram genetické podobnosti izolovaných kvasinek. Byla také provedena základní chemická analýza vzorků moštu.
|
|
|
Sledování vlivu použité komerční kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína
Šerý, Filip ; Vojtíšková, Marie (oponent) ; Vránová, Dana (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je zaměřena na izolaci a taxonomické zařazení kvasinek účastnících se průběhu kvasného procesu výroby červeného vína Rulandské modré. Hrozny byly pěstovány integrovaně a ekologicky ve vinařské oblasti Jižní Moravy, ČR. Proces byl kontrolován – byla použita komerční kultura Saccharomyces cerevisiae BS6. K identifikaci byla využita metoda polymerázové řetězové reakce s následnou analýzou polymorfismu délky restrikčních fragmentů – metoda PCR-RFLP. K analýze DNA byla použita kódující oblast 5,8S ITS rDNA, která byla amplifikována primery ITS1-ITS4 a amplikon byl následně štěpen třemi restrikčními endonukleázami - HaeIII, HinfI a HhaI. Izoláty byly následně za použití UPGMA klastrové analýzy (v programu BioNumerics) rozděleny do jedenácti skupin. Identifikovány byly následující druhy: Candida valida, Candida vini, Issatchenkia occidentalis, Pichia fermentans, Saccharomyces cerevisiae a Zygosaccharomyces bailii. Zbylé kvasinky nebyly taxonomicky zařazeny. Rozdíly mezi ekologickou a integrovanou formou zemědělství se projevily rozlišným složením druhů kvasinek.
|
host ::
RSS.