|
|
Frakční složení kovových iontů v huminových gelech
Potočková, Jana ; Gregorová, Eva (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Práce se zabývá sílou vazby kovových iontů v huminových gelech. Ke studiu bylo použito několik vzorků huminových kyselin tak, aby mohl být posouzen vliv postupu izolace vzorků a jejich výsledných vlastností na sílu vazby kovových iontů v jejich komplexech. U části vzorků byly blokovány některé funkční skupiny pomocí metylace. Množství aktivních funkčních skupin v jednotlivých vzorcích byla stanovena standardními titračními metodami. Kovové ionty vázané v huminových komplexech byly rozděleny do několika frakcí pomocí extrakce různými činidly (destilovaná voda, 1M MgCl2, 1M HCl a 0,025M NH4EDTA). Byly použity dvě extrakční metody: kontinuální a frakční. Při frakční extrakci probíhá vyluhování kovových iontů v jednotlivých činidlech vždy z původního komplexu, zatímco při kontinuální extrakci probíhá vyluhování postupně ve všech extrakčních činidlech v pořadí podle vzrůstající afinity činidla, tj. síly vazby kovových iontů ve vzorcích. Množství kovových iontů ve výluzích po extrakcích bylo stanoveno pomocí UV-VIS spektrometrie.
|
|
|
Vliv methylace huminových kyselin na interakci s povrchově aktivními látkami
Bělušová, Anna ; Weidlich, Tomáš (oponent) ; Smilek, Jiří (vedoucí práce)
Předložená diplomová práce se zabývá studiem interakcí mezi huminovými kyselinami, coby hlavní komponentou půdní organické hmoty a modelovým organickým polutantem v podobě kationického tenzidu – Septonexu (u něhož byla očekávána pozitivní interakce s huminovými kyselinami vzhledem k jeho náboji) prostřednictvím nekonvenčního spojení dialyzačních a difúzních technik realizovaných v difúzních celách společně s izotermickou titrační kalorimetrií schopnou objasnit charakter probíhajících reakcí z termodynamického hlediska. Experimenty byly prováděny se standardem huminových kyselin izolovaných z Leonarditu (1S104H), pořízeném od Mezinárodní společnosti pro huminové látky, s huminovými kyselinami izolovanými z lignitu a z černozemě modální. Cílem předložené diplomové práce je posouzení vlivu karboxylových funkčních skupin ve struktuře huminových kyselin při interakcích s kationickým Septonexem. Z tohoto důvodu byly zmíněné vzorky huminových kyselin modifikovány selektivní methylací jejich karboxylových funkčních skupin, které se již dále nemohou podílet na interakcích s iontovými látkami. Výsledky z difúzních cel i z izotermické titrační kalorimetrie potvrdily předpoklad, že Septonex interagoval se všemi typy nemodifikovaných huminových kyselin více než s jejich methylovanými formami. Navzdory dostupné literatuře bylo překvapivé, že rozdíly v interakci huminových kyselin se Septonexem nebyly diametrálně odlišné při porovnání nemodifikovaných huminových kyselin s jejich methylovanými formami. Míra těchto interakcí byla posuzována skrze zdánlivou rovnovážnou konstantu Kapp stanovenou při difúzních (dialyzačních) experimentech a z průběhu entalpických křivek z izotermické titrační kalorimetrie. Po provedených experimentech a jejich vyhodnocení lze dojít k závěru, že huminové kyseliny a Septonex při svých interakcích, vzhledem ke svým strukturám, pravděpodobně uplatňují nejen elektrostatické interakce, především přes dostupné karboxylové funkční skupiny huminových kyselin a kladně nabité hydrofilní části molekul Septonexu, ale nezanedbatelnou roli při nich zastávají i hydrofobní efekt, vodíkové vazby a Van der Waalsovy síly.
|
|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Příprava a charakterizace hydrogelů na bázi kationaktivního biopolymeru
Tesařová, Barbora ; Mravec, Filip (oponent) ; Smilek, Jiří (vedoucí práce)
Předložená práce se zabývá přípravou a charakterizací hydrogelů na bázi kationaktivního biopolymeru a anionaktivního tenzidu. Jakožto vhodný zástupce kationaktivního polymeru byl zvolen chitosan, díky jeho biokompatibilitě a biodegradabilitě, a N,N,N-trimethylchitosan, který byl v rámci závěrečné práce syntetizován z chitosanu. Výsledný produkt syntézy byl charakterizován pomocí SEC-MALS, elementární analýzy, infračervené spektroskopie a nukleární magnetické rezonance. U tohoto biopolymeru a jeho methylovaného ekvivalentu byly zkoumány jejich interakce se zástupci anionaktivních tenzidů, a to dodecylsulfátu sodného a tetradecylsulfátu sodného. Hlavní metodou této práce byla reologie, pomocí níž byly studovány připravené hydrogely chitosanu s tenzidy i připravené mikrogely N,N,N-trimethylchitosanu s tenzidy. Interakce mezi polymery a tenzidy tedy byly prokázány.
|
|
|
Charakterizace methylovaných huminových kyselin
Solná, Irena ; Kislinger, Jiří (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Hlavní náplní této bakalářské práce bylo vhodně charakterizovat vlastnosti methylovaných huminových kyselin. Byla provedena rešerše o modifikacích kyselých funkčních skupin huminových látek a byly vybrány vhodné experimentální metody pro posouzení vlivu methylace karboxylových skupin na vlastnosti huminových kyselin, kdy methylací huminových kyselin se snažíme vylepšit jejich stálost při práci s nimi. Vzorek methylovaných huminových kyselin, vyrobený na Université de Poitiers ve Francii, byl zkoumán následujícími metodami: UV-VIS spektrometrie, FT-IR spektrometrie, fluorescenční spektrometrie a termická analýza - TGA, DSC. Stupeň methylace karboxylových funkčních skupin u methylovaných huminových kyselin byl posuzován pomocí nepřímé titrace. Výsledky byly srovnány s původním vzorkem bez methylace. Byl též zkoumán vliv gelace na vlastnosti methylovaných i nemethylovaných huminových kyselin.
|
|
|
Elektrochemický biosenzor pro studium metylace DNA
Petrula, Jakub ; Hrdý, Radim (oponent) ; Hynek, David (vedoucí práce)
Táto diplomová práca sa zaoberá návrhom a optimalizáciou senzoru a biosenzoru pre detekciu metylovanej DNA. Teoretická časť práce vysvetluje mechanizmus a význam metylácie DNA a analytické metódy, ktoré sa v súvislosti s ňou využívajú. V ďalšej časti sú opísané niektoré základné metódy detekcievDNA, ktoré sú rozdelené na priame a nepriame. Experimentálna časť práce je rozdelená do niekoľkých blokov. Prvý blok sa venuje modifikácií elektródy a následnej optimalizácí zvolenej metódy detekcie. V druhom bloku sú následne predstavené dva rôzne prístupy detekcie metylácie DNA, na základe priamej detekcie a detekcie prostredníctvom biosenzoru. Záverečný blok sa venuje stanoveniu metylcytozínu vo vzorku prostredníctvom sledovania charakteristických vlastností signálu a numerického výpočtu založeného na metóde „curve fitting“. senzoru použité.
|
|
|
Využití difuzních technik při studiu reaktivity biokoloidů
Kalina, Michal ; Maršálek, Roman (oponent) ; Mráček, Aleš (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Hlavní náplní této dizertační práce je využití jednoduchých difúzních technik pro studium transportu měďnatých iontů v systémech obsahujících huminové kyseliny s ohledem na další vlivy, které mohou na tento děj působit (struktura difúzního prostředí, interakce mezi transportovanou látkou a difúzním prostředím, selektivní blokace vazebných míst huminových kyselin). V experimentální části práce byly nejprve charakterizovány použité materiály (huminové kyseliny, huminový sol a huminový gel). Klíčovou oblast experimentální části práce představuje výběr a optimalizace jednoduchých laboratorních technik vhodných pro studium problematiky transportu kovových iontů v prostředí obsahující huminové kyseliny, s přihlédnutím na vzájemnou interakci komponent v systému. Získané difúzní charakteristiky byly v práci rovněž srovnány s daty stanovenými jednoduchými sorpčními experimenty. Dílčím úkolem experimentální části práce bylo rovněž posouzení působení základních fyzikálně-chemických parametrů studovaných materiálů na transportní jevy.
|
|
|
Vliv reaktivity na transport kovových iontů v huminových gelech
Smitalová, Michaela ; Pabst, Willi (oponent) ; Klučáková, Martina (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem difúze měďnatých iontů v huminových hydrogelech. Hydro-gely byly připraveny z několika vzorků huminových kyselin lišících se způsobem a pod-mínkami jejich izolace z původních matric. U vybraných vzorků huminových kyselin byla provedena selektivní blokace reaktivních funkčních skupin (COOH, OH) metylací pomocí trimetylsilyl-diazometanu. Úspěšnost provedené metylace a zablokování funkčních skupin byla ověřeny pomocí FT-IR spektrometrie. Byla provedena sada difúzních experimentů. Experimentální uspořádání bylo voleno tak, aby pro zpracování dat mohl být využit mate-matický aparát okamžitého plošného zdroje. Základem použité metody bylo stanovení roz-ložení koncentrace měďnatých iontů v hydrogelech, jejich plátkováním, extrakcí do roztoku a stanovením koncentrací v extraktech pro jednotlivé plátky pomocí UV-VIS spektro-metrie. Na základě získaných experimentálních dat poté byly určeny efektivní difúzní koe-ficienty. Výsledné hodnoty v sobě zahrnují jak vliv struktury jednotlivých hydrogelů, tak vliv jejich reaktivity vůči měďnatým iontům. U vybraných vzorků byly připraveny gely s definovaným obsahem blokovaných funkčních skupin, což umožnilo prozkoumat vliv reaktivity na difúzi měďnatých iontů bez zásadních změn ve struktuře gelu (pórovitost). Blokace funkčních skupin se projevila v nižších hodnotách difúzních koeficientů v porovnání s gely připravenými z huminových kyselin takto nemodifikovaných. Byl též prokázán vliv postupu izolace huminových kyselin a jejich vlastností na difuzivitu.
|
|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
|
|
|
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
|
host ::
RSS.