|
|
Analýza a identifikace proteinů při orgánových dysfunkcích pomocí proteomických metod
Tůma, Zdeněk ; Matějovič, Martin (vedoucí práce) ; Lopot, František (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Proteomika se zabývá hromadným studiem proteinů a jejich vlastností, především struktury a funkce. V medicíně bývá využívána pro analýzu fungování tkání a orgánů ve zdraví a nemoci a hledání biomarkerů. Metody zahrnují přípravu vzorku, separační techniky a hmotnostní spektrometrii. Protože neexistuje univerzální metoda pro analýzu libovolného biologického vzorku, proto analytické techniky vyžadují optimalizaci pro konkrétní typ vzorku a požadované výstupy. Cílem práce bylo vytvořit metodické postupy a vyhodnotit proteomické výsledky ve dvou výzkumných rovinách: experimentální a klinické. První část práce obsahuje experimenty využívající proteomiku pro studium změny proteomu plazmy v klinicky relevantním prasečím modelu sepse vyvolané peritonitidou. Proteomické analýzy byly rovněž výchozí metodologickou strategií v experimentech zaměřených na fyziologii ledvin a patofyziologii akutního poškození ledvin v průběhu sepse. Analýzou biopsií ledvin byl sledován časový průběh změn proteomu způsobený sepsí a chirurgickým zásahem. Ve druhé části dizertační práce jsou zahrnuty práce zabývající se biokompatibilitou mimotělních očišťovacích metod. Byla připravena metoda pro analýzu proteinů interagujících s povrchem kapilár hemodialyzátorů a s adsorbenty systému náhrady funkce jater. Analýzou proteinů...
|
|
|
Analysis of autenthicity of food products with fruit component
Prachárová, Adriana ; Mikulíková, Renata (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
The aim of this thesis was to determine the authenticity of fruit food for infants using molecular and instrumental methods. In the experimental part, plant DNA isolations from fruit leaves (peaches, apricots, plums and apples) and bananas were performed. Further, DNA was isolated also from five commercial products, and from model mixtures that were prepared in terms of content identical to the commercial mixtures. The isolated DNA was characterized and verified by qPCR with plant DNA-specific ITS2 primers. Three triple primer pairs were selected, and their specificity was evaluated when performing multiplex PCR. This method makes it possible to detect more types of fruit in one reaction, reducing the economic and time requirements for detection. As none of the selected primer pairs were sufficiently specific for the apricot, the evidence from the plum and peach was further realized using duplex PCR. High resolution melting curve analysis was used for better DNA type recognition. Subsequently, agarose gel electrophoresis was performed to analyse the fragment lengths. Furthermore, experiments have been made to identify some specific phenolic substances in commercial and model fruit mixtures by HPLC. Since phenolic substances are degradable under unsuitable storage conditions, the presence of individual compounds was not detected by this method.
|
|
|
Structural study of the ASK1:thioredoxin complex.
Pšenáková, Katarína
4 ABSTRAKT Mitogénmi aktivované proteínové kinázy (MAPK) sú najdôležitejšou súčasťou bunkového obranného systému proti stresu. Schopnosť a účinnosť bunkových reakcií na rôzne stresové signály závisí na signálnych dráhach, kde signály z MAPK kinázy kinázy (MAP3K) sú prenášané pomocou fosforylácie na nižší stupeň kaskády tvorený MAPK kinázami (MAP2K) a následne rovnakým spôsobom na MAPK, ktoré tvoria najnižší stupeň signalizačnej kaskády. ASK1 kináza (z angl. Apoptosis signal-regulating kinase 1) je členom MAP3K rodiny a jej aktivácia a inhibícia má významnú rolu v regulácii bunkovej odpovedi na stresové podnety. Regulácia ľudskej formy ASK1 kinázy má silný vplyv na patogenézu mnohých ochorení, jej nadmerná aktivácia, alebo porucha kontroly jej funkcie je spojená s radou kardiovaskulárnych chorôb, neurodegeneratívnych porúch, zápalových ochorení, infekčných ochorení, bunkovým starnutím a s vznikom nádorov, astmy a cukrovky. Aktivita ASK1 je regulovaná interakciami s rôznymi proteínmi, pozornosť je ale sústredená najmä na dva fyziologické inhibítory, cicavčí tioredoxín (TRX) a proteín 14-3-3. Explicitný mechanizmus inhibície ASK1 vytváraním väzieb s TRX a 14-3-3 je však nejasný, vzhľadom na neexistujúce štruktúrne dáta týchto interakcií. Táto diplomová práca je súčasťou rozsiahleho výskumu ľudskej ASK1 a...
|
|
|
Proteom nádorové buňky a studium změn po působení protinádorových léčiv
Tylečková, Jiřina
Rakovina představuje velmi heterogenní skupinu onemocnění a výsledky v současnosti dostupné protinádorové léčby jsou vysoce variabilní s nedostatečnými počty vyléčených pacientů. Pro hledání a vývoj nových, selektivních a specifických, nádorových biomarkerů, které mohou být použity ke sledování stavu nemoci a terapie, se používá celá řada proteomických technik. S ohledem na výše zmíněné skutečnosti jsme se v této práci zaměřili na studium proteomu nádorových buněk a jeho změn po působení protinádorových léčiv se specifickým zaměřením na (a) odpověď ke konvenčním léčivům ze skupiny antracyklinů s přihlédnutím k jejich rozdílnému klinickému využití a (b) identifikaci nových terapeutických cílů v nádorových buňkách rezistentních k biologickým preparátům jako jsou inhibitory (b1) cyklin-dependentních kináz a (b2) Aurora kináz. V této studii jsme identifikovali několik klíčových aspektů, které se vztahovaly k účinkům daunorubicinu, doxorubicinu a mitoxantronu. Zaměřili jsme se na časné intervaly po působení léčiv, kdy je minimalizován vliv apoptózy, a nalezli jsme změny proteinů metabolických a celulárních procesů společné pro všechna tři léčiva. Podstatnější bylo pozorování signifikantních změn proteinů účastnících se tvorby metabolických a energetických prekurzorů, které byly specifické pro působení...
|
|
|
Sledování změn obsahu proteinů lepku v průběhu technologie výroby piva
Porubiaková, Otília ; Mikulíková, Renata (oponent) ; Márová, Ivana (vedoucí práce)
Cieľom práce bolo sledovanie zmien v obsahu lepkových bielkovín v biotechnologickom procese výroby piva. Analyzované vzorky boli odoberané pri výrobnom procese pšeničného a jačmenného piva pomocou metódy elektroforézy a imunoanalýzy, a výsledky analýz boli porovnávané s komerčnými českými pivami. Teoretická časť obsahuje popis a zloženie lepkových bielkovín, technológiu výroby sladu a piva a zmeny nastávajúce pri tomto procese, a v neposlednom rade metódy, ktorými je možné lepkové bielkoviny analyzovať. Experimentálna časť obsahuje postupy pre laboratórnu výrobu jačmenného a pšeničného piva a postupy pre analýzy lepkových bielkovín. K identifikácií jednotlivých frakcií lepkových bielkovín boli použité metódy kyslej a SDS elektroforézy a pre kvantitatívne stanovenie bola použitá enzýmová imunoanalýza, ktorá bola vyhodnotená spektrofotometricky. Identifikácia frakcií gluténu pomocou elektroforetických metód sa ukázala ako málo špecifická pre vzorky s nižším obsahom lepkových bielkovín a pre vzorky jačmenné. Bol dokázaný pokles koncentrácie gliadínov a glutenínov v procese výroby piva, pričom významná zmena koncentrácie bola zaznamenaná pri vysladzovaní, kedy sa obsah oproti vstupnej surovine znížil o cca 98 %, a pri kvasení, kedy došlo k poklesu koncentrácie pod 10 mg/kg. Táto hodnota je z legislatívy prijateľná pre produkty označené ako „bezlepkové“.
|
|
|
Structural study of the ASK1:thioredoxin complex.
Pšenáková, Katarína
4 ABSTRAKT Mitogénmi aktivované proteínové kinázy (MAPK) sú najdôležitejšou súčasťou bunkového obranného systému proti stresu. Schopnosť a účinnosť bunkových reakcií na rôzne stresové signály závisí na signálnych dráhach, kde signály z MAPK kinázy kinázy (MAP3K) sú prenášané pomocou fosforylácie na nižší stupeň kaskády tvorený MAPK kinázami (MAP2K) a následne rovnakým spôsobom na MAPK, ktoré tvoria najnižší stupeň signalizačnej kaskády. ASK1 kináza (z angl. Apoptosis signal-regulating kinase 1) je členom MAP3K rodiny a jej aktivácia a inhibícia má významnú rolu v regulácii bunkovej odpovedi na stresové podnety. Regulácia ľudskej formy ASK1 kinázy má silný vplyv na patogenézu mnohých ochorení, jej nadmerná aktivácia, alebo porucha kontroly jej funkcie je spojená s radou kardiovaskulárnych chorôb, neurodegeneratívnych porúch, zápalových ochorení, infekčných ochorení, bunkovým starnutím a s vznikom nádorov, astmy a cukrovky. Aktivita ASK1 je regulovaná interakciami s rôznymi proteínmi, pozornosť je ale sústredená najmä na dva fyziologické inhibítory, cicavčí tioredoxín (TRX) a proteín 14-3-3. Explicitný mechanizmus inhibície ASK1 vytváraním väzieb s TRX a 14-3-3 je však nejasný, vzhľadom na neexistujúce štruktúrne dáta týchto interakcií. Táto diplomová práca je súčasťou rozsiahleho výskumu ľudskej ASK1 a...
|
|
|
Analýza a identifikace proteinů při orgánových dysfunkcích pomocí proteomických metod
Tůma, Zdeněk ; Matějovič, Martin (vedoucí práce) ; Lopot, František (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Proteomika se zabývá hromadným studiem proteinů a jejich vlastností, především struktury a funkce. V medicíně bývá využívána pro analýzu fungování tkání a orgánů ve zdraví a nemoci a hledání biomarkerů. Metody zahrnují přípravu vzorku, separační techniky a hmotnostní spektrometrii. Protože neexistuje univerzální metoda pro analýzu libovolného biologického vzorku, proto analytické techniky vyžadují optimalizaci pro konkrétní typ vzorku a požadované výstupy. Cílem práce bylo vytvořit metodické postupy a vyhodnotit proteomické výsledky ve dvou výzkumných rovinách: experimentální a klinické. První část práce obsahuje experimenty využívající proteomiku pro studium změny proteomu plazmy v klinicky relevantním prasečím modelu sepse vyvolané peritonitidou. Proteomické analýzy byly rovněž výchozí metodologickou strategií v experimentech zaměřených na fyziologii ledvin a patofyziologii akutního poškození ledvin v průběhu sepse. Analýzou biopsií ledvin byl sledován časový průběh změn proteomu způsobený sepsí a chirurgickým zásahem. Ve druhé části dizertační práce jsou zahrnuty práce zabývající se biokompatibilitou mimotělních očišťovacích metod. Byla připravena metoda pro analýzu proteinů interagujících s povrchem kapilár hemodialyzátorů a s adsorbenty systému náhrady funkce jater. Analýzou proteinů...
|
|
|
Ověření potenciálu pulzní proteolýzy pro studium konformační stability cytochromů b5
Maroušková, Růžena ; Martínek, Václav (vedoucí práce) ; Hudeček, Jiří (oponent)
Monooxygenasový systém se smíšenou funkcí hraje velkou roli při metabolismu cizorodých látek. Hlavní součástí tohoto systému je cytochrom P450, díky němuž jsou látky přicházející do našeho těla převáděny na polárnější produkty. Cytochrom b5 (cyt b5) je schopen modulovat funkci cytochromu P450, mechanismus této modulace však dosud nebyl zcela objasněn. Předpokládá se, že by to mohlo být zprostředkováno buď přenosem elektronů z cyt b5, nebo i allosterickou modulací cytochromu P450 vyvolanou interakcí s cyt b5. Cílem práce bylo nalézt a připravit vhodný analog cyt b5, který by nebyl schopen přenosu elektronů, ale přitom by byl strukturně velmi blízký nativnímu cyt b5. V práci byla pro sledování konformační stability cyt b5 a jeho analogů využívána metoda pulzní proteolýzy. Tato metoda využívá štěpení proteinu proteasou v prostředí denaturačního činidla. Pro solubilní proteiny bývá jako denaturant využívána močovina a jako proteasa thermolysin. Pro membránové proteiny se jako denaturant používá spíše SDS a v tomto prostředí se jako proteasa využívá subtilisin. Cílem diplomové práce bylo pomocí této metody porovnat konformační stabilitu nativního lidského cyt b5 obsahujícím v aktivním centru hem s apo-cyt b5 a cyt b5 rekonstituovaným s MnIII protoporfyrinem IX (MnIII PPIX), CrIII protoporfyrinem IX...
|
|
|
Structural study of the ASK1:thioredoxin complex.
Pšenáková, Katarína ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Štěpánek, Miroslav (oponent)
4 ABSTRAKT Mitogénmi aktivované proteínové kinázy (MAPK) sú najdôležitejšou súčasťou bunkového obranného systému proti stresu. Schopnosť a účinnosť bunkových reakcií na rôzne stresové signály závisí na signálnych dráhach, kde signály z MAPK kinázy kinázy (MAP3K) sú prenášané pomocou fosforylácie na nižší stupeň kaskády tvorený MAPK kinázami (MAP2K) a následne rovnakým spôsobom na MAPK, ktoré tvoria najnižší stupeň signalizačnej kaskády. ASK1 kináza (z angl. Apoptosis signal-regulating kinase 1) je členom MAP3K rodiny a jej aktivácia a inhibícia má významnú rolu v regulácii bunkovej odpovedi na stresové podnety. Regulácia ľudskej formy ASK1 kinázy má silný vplyv na patogenézu mnohých ochorení, jej nadmerná aktivácia, alebo porucha kontroly jej funkcie je spojená s radou kardiovaskulárnych chorôb, neurodegeneratívnych porúch, zápalových ochorení, infekčných ochorení, bunkovým starnutím a s vznikom nádorov, astmy a cukrovky. Aktivita ASK1 je regulovaná interakciami s rôznymi proteínmi, pozornosť je ale sústredená najmä na dva fyziologické inhibítory, cicavčí tioredoxín (TRX) a proteín 14-3-3. Explicitný mechanizmus inhibície ASK1 vytváraním väzieb s TRX a 14-3-3 je však nejasný, vzhľadom na neexistujúce štruktúrne dáta týchto interakcií. Táto diplomová práca je súčasťou rozsiahleho výskumu ľudskej ASK1 a...
|
|
|
Proteom nádorové buňky a studium změn po působení protinádorových léčiv
Tylečková, Jiřina ; Kovářová, Hana (vedoucí práce) ; Strnad, Miroslav (oponent) ; Petrák, Jiří (oponent)
Rakovina představuje velmi heterogenní skupinu onemocnění a výsledky v současnosti dostupné protinádorové léčby jsou vysoce variabilní s nedostatečnými počty vyléčených pacientů. Pro hledání a vývoj nových, selektivních a specifických, nádorových biomarkerů, které mohou být použity ke sledování stavu nemoci a terapie, se používá celá řada proteomických technik. S ohledem na výše zmíněné skutečnosti jsme se v této práci zaměřili na studium proteomu nádorových buněk a jeho změn po působení protinádorových léčiv se specifickým zaměřením na (a) odpověď ke konvenčním léčivům ze skupiny antracyklinů s přihlédnutím k jejich rozdílnému klinickému využití a (b) identifikaci nových terapeutických cílů v nádorových buňkách rezistentních k biologickým preparátům jako jsou inhibitory (b1) cyklin-dependentních kináz a (b2) Aurora kináz. V této studii jsme identifikovali několik klíčových aspektů, které se vztahovaly k účinkům daunorubicinu, doxorubicinu a mitoxantronu. Zaměřili jsme se na časné intervaly po působení léčiv, kdy je minimalizován vliv apoptózy, a nalezli jsme změny proteinů metabolických a celulárních procesů společné pro všechna tři léčiva. Podstatnější bylo pozorování signifikantních změn proteinů účastnících se tvorby metabolických a energetických prekurzorů, které byly specifické pro působení...
|
host ::
RSS.