|
|
Study of intermolecular interactions by isothermal titration calorimetry
Pšenáková, Katarína ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Alblová, Miroslava (oponent)
Kalorimetrické metódy sa využívajú na štúdium mechanizmov regulácie a riadenia biologických procesov na molekulárnej úrovni. Izotermálna titračná kalorimetria sa používa na sledovanie tepelnej výmeny pri molekulových interakciách v prostredí s konštantnou teplotou, využívaná je najmä pre jej priamy prístup merania termodynamických parametrov spojených s formáciou komplexov. Štandardne sa metódou ITC skúmajú biochemické interakcie, ako sú interakcie typu proteín - proteín, proteín - ligand alebo enzým - substrát. Cieľom tejto práce bolo (I) osvojiť si prácu s nano izotermálnym titračným kalorimetrom, (II) pripraviť DNA- väzbovú doménu ľudského transkripčného faktoru FOXO4 (FOXO4-DBD) a (III) preskúmať termodynamické aspekty interakcie medzi FOXO4-DBD a dvojvláknovej molekuly DNA (dsDNA) obsahujúcej špecifický väzbový motív. Proteín FOXO4 je jedným zo štyroch zástupcov "O" podskupiny forkhead transkripčných faktorov FOXO, ktoré hrajú významnú rolu v mnohých bunkových procesoch, vrátane onkogenézy, alebo ochrany pred stresom a starnutím. Forkhead doména sa viaže na sekvenciu DNA obsahujúcu väzbový motív 5'-(A/C)AA(C/T)A-3' so stechiometriou 1:1. Výsledky tejto práce potvrdili, že DNA-väzbová doména FOXO4 viaže študovanú dsDNA s disociačnou konštantou KD = 3,58 · 10−7 mol·dm−3 . Okrem väzbovej afinity...
|
|
|
Structural study of the ASK1:thioredoxin complex.
Pšenáková, Katarína
4 ABSTRAKT Mitogénmi aktivované proteínové kinázy (MAPK) sú najdôležitejšou súčasťou bunkového obranného systému proti stresu. Schopnosť a účinnosť bunkových reakcií na rôzne stresové signály závisí na signálnych dráhach, kde signály z MAPK kinázy kinázy (MAP3K) sú prenášané pomocou fosforylácie na nižší stupeň kaskády tvorený MAPK kinázami (MAP2K) a následne rovnakým spôsobom na MAPK, ktoré tvoria najnižší stupeň signalizačnej kaskády. ASK1 kináza (z angl. Apoptosis signal-regulating kinase 1) je členom MAP3K rodiny a jej aktivácia a inhibícia má významnú rolu v regulácii bunkovej odpovedi na stresové podnety. Regulácia ľudskej formy ASK1 kinázy má silný vplyv na patogenézu mnohých ochorení, jej nadmerná aktivácia, alebo porucha kontroly jej funkcie je spojená s radou kardiovaskulárnych chorôb, neurodegeneratívnych porúch, zápalových ochorení, infekčných ochorení, bunkovým starnutím a s vznikom nádorov, astmy a cukrovky. Aktivita ASK1 je regulovaná interakciami s rôznymi proteínmi, pozornosť je ale sústredená najmä na dva fyziologické inhibítory, cicavčí tioredoxín (TRX) a proteín 14-3-3. Explicitný mechanizmus inhibície ASK1 vytváraním väzieb s TRX a 14-3-3 je však nejasný, vzhľadom na neexistujúce štruktúrne dáta týchto interakcií. Táto diplomová práca je súčasťou rozsiahleho výskumu ľudskej ASK1 a...
|
|
|
Structural studies of selected signaling protein complexes.
Pšenáková, Katarína ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Maloy Řezáčová, Pavlína (oponent)
Schopnost proteinů vázat jiné molekuly v reakci na různé podněty ve svém mikrookolí je základem rozsáhlých regulačních sítí, které koordinují následnou činnost buněk. Správná funkce těchto signálních drah závisí převážně na nekovalentních interakcích, které často ovlivňují strukturu proteinů a proteinových komplexů. Pochopení molekulárního mechanismu funkce proteinu v buněčné signalizaci je proto často závislé na znalosti jeho trojdimenzionální struktury. V této disertační práci představuji studie, které vedly na molekulární úrovni k pochopení několika protein-proteinových a ligand-proteinových interakcí podílejících se na buněčné signalizaci. Použila jsem nukleární magnetickou rezonanci (NMR), malo- úhlový rozptyl rentgenového záření (SAXS) a další biofyzikální metody pro určení molekulární podstaty inhibice čtyř signálních proteinů: vápník/kalmodulin (Ca2+ /CaM)- dependentní proteinkinasy kinasy 2 (CaMKK2); proteasy kaspasa-2; forkhead transkripčního faktoru FOXO3 a proteinkinasy ASK1. Konkrétněji byla zkoumána role proteinu 14-3-3 a CaM v regulaci CaMKK2 aktivity. Dále byl detailně studován mechanizmus, jakým protein 14-3-3 ovlivňuje schopnost oligomerizace a jaderné lokalizace kaspasy-2 a také byla objasněna podstata modulace transkripční aktivity FOXO transkripčních faktorů díky zkoumání...
|
|
|
Structural study of the ASK1:thioredoxin complex.
Pšenáková, Katarína
4 ABSTRAKT Mitogénmi aktivované proteínové kinázy (MAPK) sú najdôležitejšou súčasťou bunkového obranného systému proti stresu. Schopnosť a účinnosť bunkových reakcií na rôzne stresové signály závisí na signálnych dráhach, kde signály z MAPK kinázy kinázy (MAP3K) sú prenášané pomocou fosforylácie na nižší stupeň kaskády tvorený MAPK kinázami (MAP2K) a následne rovnakým spôsobom na MAPK, ktoré tvoria najnižší stupeň signalizačnej kaskády. ASK1 kináza (z angl. Apoptosis signal-regulating kinase 1) je členom MAP3K rodiny a jej aktivácia a inhibícia má významnú rolu v regulácii bunkovej odpovedi na stresové podnety. Regulácia ľudskej formy ASK1 kinázy má silný vplyv na patogenézu mnohých ochorení, jej nadmerná aktivácia, alebo porucha kontroly jej funkcie je spojená s radou kardiovaskulárnych chorôb, neurodegeneratívnych porúch, zápalových ochorení, infekčných ochorení, bunkovým starnutím a s vznikom nádorov, astmy a cukrovky. Aktivita ASK1 je regulovaná interakciami s rôznymi proteínmi, pozornosť je ale sústredená najmä na dva fyziologické inhibítory, cicavčí tioredoxín (TRX) a proteín 14-3-3. Explicitný mechanizmus inhibície ASK1 vytváraním väzieb s TRX a 14-3-3 je však nejasný, vzhľadom na neexistujúce štruktúrne dáta týchto interakcií. Táto diplomová práca je súčasťou rozsiahleho výskumu ľudskej ASK1 a...
|
|
|
Structural study of the ASK1:thioredoxin complex.
Pšenáková, Katarína ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Štěpánek, Miroslav (oponent)
4 ABSTRAKT Mitogénmi aktivované proteínové kinázy (MAPK) sú najdôležitejšou súčasťou bunkového obranného systému proti stresu. Schopnosť a účinnosť bunkových reakcií na rôzne stresové signály závisí na signálnych dráhach, kde signály z MAPK kinázy kinázy (MAP3K) sú prenášané pomocou fosforylácie na nižší stupeň kaskády tvorený MAPK kinázami (MAP2K) a následne rovnakým spôsobom na MAPK, ktoré tvoria najnižší stupeň signalizačnej kaskády. ASK1 kináza (z angl. Apoptosis signal-regulating kinase 1) je členom MAP3K rodiny a jej aktivácia a inhibícia má významnú rolu v regulácii bunkovej odpovedi na stresové podnety. Regulácia ľudskej formy ASK1 kinázy má silný vplyv na patogenézu mnohých ochorení, jej nadmerná aktivácia, alebo porucha kontroly jej funkcie je spojená s radou kardiovaskulárnych chorôb, neurodegeneratívnych porúch, zápalových ochorení, infekčných ochorení, bunkovým starnutím a s vznikom nádorov, astmy a cukrovky. Aktivita ASK1 je regulovaná interakciami s rôznymi proteínmi, pozornosť je ale sústredená najmä na dva fyziologické inhibítory, cicavčí tioredoxín (TRX) a proteín 14-3-3. Explicitný mechanizmus inhibície ASK1 vytváraním väzieb s TRX a 14-3-3 je však nejasný, vzhľadom na neexistujúce štruktúrne dáta týchto interakcií. Táto diplomová práca je súčasťou rozsiahleho výskumu ľudskej ASK1 a...
|
|
|
Study of intermolecular interactions by isothermal titration calorimetry
Pšenáková, Katarína ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Alblová, Miroslava (oponent)
Kalorimetrické metódy sa využívajú na štúdium mechanizmov regulácie a riadenia biologických procesov na molekulárnej úrovni. Izotermálna titračná kalorimetria sa používa na sledovanie tepelnej výmeny pri molekulových interakciách v prostredí s konštantnou teplotou, využívaná je najmä pre jej priamy prístup merania termodynamických parametrov spojených s formáciou komplexov. Štandardne sa metódou ITC skúmajú biochemické interakcie, ako sú interakcie typu proteín - proteín, proteín - ligand alebo enzým - substrát. Cieľom tejto práce bolo (I) osvojiť si prácu s nano izotermálnym titračným kalorimetrom, (II) pripraviť DNA- väzbovú doménu ľudského transkripčného faktoru FOXO4 (FOXO4-DBD) a (III) preskúmať termodynamické aspekty interakcie medzi FOXO4-DBD a dvojvláknovej molekuly DNA (dsDNA) obsahujúcej špecifický väzbový motív. Proteín FOXO4 je jedným zo štyroch zástupcov "O" podskupiny forkhead transkripčných faktorov FOXO, ktoré hrajú významnú rolu v mnohých bunkových procesoch, vrátane onkogenézy, alebo ochrany pred stresom a starnutím. Forkhead doména sa viaže na sekvenciu DNA obsahujúcu väzbový motív 5'-(A/C)AA(C/T)A-3' so stechiometriou 1:1. Výsledky tejto práce potvrdili, že DNA-väzbová doména FOXO4 viaže študovanú dsDNA s disociačnou konštantou KD = 3,58 · 10−7 mol·dm−3 . Okrem väzbovej afinity...
|
host ::
RSS.