|
|
Studium interakce DNA a doxorubicinu elektrochemickými metodami na nanostrukturovaných elektrodách
Přibyl, Jakub ; Fohlerová, Zdenka (oponent) ; Kynclová, Hana (vedoucí práce)
Nádorová onemocnění jsou jednou z nejčastějších příčin úmrtnosti po celém světě, z tohoto důvodu, je věnována velká pozornost protinádorovým léčivům. Doxorubicin spadá do kategorie nejpoužívanějších nádorových léčiv. Metodou elektrochemické impedanční spektroskopie byly zkoumány vlastnosti zlatých elektrod bez nanesených nanočástic a elektrod s nanesenými zlatými nanočásticemi. Pomocí voltametrických měření jsme detekovali doxorubicin a zkoumali interakce doxorubicinu s oligonukleotidy na zlatých elektrodách bez nanočástic a elektrodách modifikovanými zlatými nanočásticemi.
|
|
|
Strojové učení v úloze predikce vlivu nukleotidového polymorfismu
Šalanda, Ondřej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce prezentuje nový přístup k~predikci efektu nukleotidového polymorfismu v~lidském genomu. Cílem je vytvoření nového klasifikátoru, který kombinuje výsledky již existujících softwarových nástrojů. Tohoto konsenzu nad dílčími výsledky je dosaženo experimentováním s~metodami strojového učení, přičemž výsledný model pak tvoří nejúspěšnější z~nich. Závěrečné komplexní srovnání výsledků metaklasifikátoru s dílčími nástroji ukazuje průměrné navýšení obsahu plochy pod ROC křivkou o 3,4 a eskalaci normované přesnosti až o 7\,\%. Vytvořený prediktor je zpřístupněn prostřednictvím webového rozhraní na adrese http://ll06.sci.muni.cz:6232/snpeffect/.
|
|
|
Porovnání metod izolace DNA
ŠESTÁKOVÁ, Kristýna
Izolace DNA je v genetických laboratořích stěžejní. Bývá první metodou k dalším postupům, které vedou k zisku informací o DNA. Nároky na izolační metody jsou vysoké. Díky podobnosti DNA s jinými biopolymery musí metoda vykazovat vysokou selektivitu a díky nevelkému obsahu DNA v biologickém materiálu i senzitivitu. Vstupním vzorkem z klinické praxe bývá nejčastěji lidská krev a v ní obsažené jaderné buňky. V této práci je popsáno, proč je právě krev nejčastěji používána. Ze získané krve dobrovolníků byla DNA izolována čtyřmi metodami: vysolovací, založenou na změně rozpustnosti DNA v závislosti na změně koncentrace iontů v roztoku; fenol-chloroformovou extrakcí, která patří k nejlevnějším a nejstarším metodám; dále pomocí komerčně vyráběného kitu, rychlá a jednoduchá metoda využívající navázání DNA na silikátový povrch; a izolaci pomocí automatického přístroje, separujícího pomocí magnetických částic (Anzenbacher a Kovář, 1986). Každá z metod má své výhody i nevýhody a její výběr je závislý na dalším nakládání s DNA. K nejčastějším kritériím při zvolení izolační metody jsou časová náročnost metody, cena metody, výtěžek a čistota DNA. V této práci jsou tyto požadavky porovnávány mezi zmíněnými metodami.
|
|
|
Voltametrické studium interakce genotoxického 2-nitrofluorenu s DNA na visící rtuťové kapkové elektrodě
Krejčová, Zuzana ; Vyskočil, Vlastimil (vedoucí práce) ; Nesměrák, Karel (oponent)
V předkládané diplomové práci byla studována interakce genotoxického environmentálního polutantu 2-nitrofluorenu s dvouřetězcovou DNA z telecího brzlíku za použití visící rtuťové kapkové elektrody (HMDE) jako elektrochemického biosensoru. Dva typy poškození DNA byly zkoumány a elektrochemicky detekovány, konkrétně technikami cyklické a diferenční pulsní voltametrie. První typ poškození se týká přímé interakce DNA s 2-nitrofluorenem, druhý typ poškození byl způsoben radikály s krátkou dobou života, které se generují elekrochemickou redukcí nitro skupiny 2-nitrofluorenu. Po inkubaci DNA s 2-nitrofluorenem byla studována jejich přímá interakce na povrchu HMDE modifikované vrstvou DNA (k modifikaci byla užita adsorptivní přenosová rozpouštěcí technika). Přímá interakce byla dále voltametricky studována titrační technikou, kdy byla DNA přidávána do roztoku 2-nitrofluorenu. Výsledky obou detekčních technik svědčí o tvorbě komplexu DNA - 2-nitrofluoren, vzájemná interakce byla interpretována jako interkalace mezi páry basí DNA, přestože podobný typ vazby nebyl potvrzen absorpční spektroskopií v ultrafialové a viditelné oblasti. Při nízkých koncentracích 2-nitrofluorenu docházelo částečně k elektrostatické vazbě na cukr-fosfátovou kostru DNA. Při redukční aktivaci 2-nitrofluorenu se generují nitro radikál anionty s...
|
|
|
Studium interakce DNA a doxorubicinu elektrochemickými metodami na nanostrukturovaných elektrodách
Přibyl, Jakub ; Fohlerová, Zdenka (oponent) ; Kynclová, Hana (vedoucí práce)
Nádorová onemocnění jsou jednou z nejčastějších příčin úmrtnosti po celém světě, z tohoto důvodu, je věnována velká pozornost protinádorovým léčivům. Doxorubicin spadá do kategorie nejpoužívanějších nádorových léčiv. Metodou elektrochemické impedanční spektroskopie byly zkoumány vlastnosti zlatých elektrod bez nanesených nanočástic a elektrod s nanesenými zlatými nanočásticemi. Pomocí voltametrických měření jsme detekovali doxorubicin a zkoumali interakce doxorubicinu s oligonukleotidy na zlatých elektrodách bez nanočástic a elektrodách modifikovanými zlatými nanočásticemi.
|
|
|
Strojové učení v úloze predikce vlivu nukleotidového polymorfismu
Šalanda, Ondřej ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Bendl, Jaroslav (vedoucí práce)
Tato práce prezentuje nový přístup k~predikci efektu nukleotidového polymorfismu v~lidském genomu. Cílem je vytvoření nového klasifikátoru, který kombinuje výsledky již existujících softwarových nástrojů. Tohoto konsenzu nad dílčími výsledky je dosaženo experimentováním s~metodami strojového učení, přičemž výsledný model pak tvoří nejúspěšnější z~nich. Závěrečné komplexní srovnání výsledků metaklasifikátoru s dílčími nástroji ukazuje průměrné navýšení obsahu plochy pod ROC křivkou o 3,4 a eskalaci normované přesnosti až o 7\,\%. Vytvořený prediktor je zpřístupněn prostřednictvím webového rozhraní na adrese http://ll06.sci.muni.cz:6232/snpeffect/.
|
host ::
RSS.