Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 49 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.03 vteřin. 
Vývoj biofyzikální interpretace dat kvantitativního fázového zobrazování
Křížová, Aneta ; Jákl, Petr (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent) ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
Doktorská práce se zabývá biofyzikální interpretací dat kvantitativního fázového zobrazování (QPI – quantitative phase imaging) získaného pomocí koherencí řízeného holografického mikroskopu (CCHM – coherence-controlled holographic microscope). V práci jsou nejprve popsány metody vyhodnocující informace z QPI jako analýza tvarových a dynamických cha-rakteristik segmentovaných objektů a také vyhodnocování samotné fázové informace. Dále je navržena metoda dynamických fázových diferencí (DPD – dynamic phase differences), která umožňuje detailněji sledovat přesuny hmoty uvnitř buněk. Všechny uvedené metody jsou pak využity v biologických aplikacích. V rozsáhlé studii různých typů buněčných smrtí jsou informace z QPI porovnány s daty z průtokové cytometrie a s výhodou je využita kombinace QPI a fluorescenční mikroskopie. Metoda DPD je pak využita při studiu přesunů hmoty uvnitř buňky při osmotických jevech. Zjednodušená metoda DPD je aplikována při výzkumu mechanizmu pohybu nádorových buněk v kolagenových gelech.
Biofyzikální interpretace kvantitativního fázového zobrazení s využitím koherencí řízené holografické mikroskopie
Šuráňová, Markéta ; Rösel,, Daniel (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent) ; Veselý, Pavel (vedoucí práce)
Dizertační práce pojednává o biofyzikální interpretaci kvantitativního fázového zobrazování (QPI – Quantitative Phase Imaging) získaného pomocí koherencí řízené holografické mikroskopie (CCHM – Coherence-Controlled Holographic Microscopy) v provedení Q-PHASE mikroskop, Telight, Brno). Teoretická část této práce se zabývá charakteristikou kvantitativního fázového zobrazení, které poskytuje neinvazivní metodou informace o aktivitě živých buněk in vitro. Hlavní část práce spočívá ve vytvoření koncepce a ověření nové metody primárního kritického ohodnocení léků pro očekávaný anti-migrační/metastatický potenciál (PAMP – Primary Assessment of Migrastatic Potential). Výsledek této metody je prvním třídícím hodnocením při zvažování konkrétních migrastatických látek pro budoucí komplexní onkologickou léčbu. Hodnotí nejen růst nádorových buněk, rychlost pohybu buněk, ale i odhalení rizika nebezpečných invazivních fenotypů. Dále je navržena metoda korelační mikroskopie mezi Q-PHASE mikroskopem a laserovým skenovacím konfokálním mikroskopem (LSCM) pro účel hodnocení chování buněk a výskytu fokálních adhezí po aplikaci léčiv. Kvantitativní fázové zobrazení získané pomocí Q-PHASE mikroskopu je srovnáno s kvantitativním fázovým zobrazením z HoloMonitoru (PHI AB, Švédsko), na kterém je následně ověřena metody PAMP.
Functional analysis of the ERK signaling pathway in epithelial cells
Galvánková, Kristína ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Rösel, Daniel (oponent)
Signální dráha MAPK/ERK, která je v rámci eukaryot evolučně konzervovaná, je jednou z nejintenzivněji studovaných signálních drah a skládá se z třístupňové kaskády proteinkináz Raf-MEK-ERK. Široká škála extracelulárních signálů je prostřednictvím sekvenčních fosforylací jednotlivých členů této dráhy přenášena od receptorů k stovkám substrátů. Díky přesné časové a prostorové regulaci jednotlivých fosforylačních událostí je docíleno specifické odpovědi buňky, která vede ke správnému průběhu fyziologických procesů včetně genové exprese, proliferace, diferenciace, migrace a apoptózy. Narušení regulačních mechanismů této dráhy může vést k patologické signalizaci, například k nádorové transformaci. Specifická regulace signalizace je mimo jiné zajištěna existencí více izoforem na každé úrovni signální dráhy ERK. Funkční rozdíly mezi efektorovými proteinkinázami ERK1 a ERK2 jsou již dlouho diskutovanou problematikou, nicméně stále není jasné, jaký význam mají v dosažení správné buněčné odpovědi. V této práci jsme se zaměřili na funkční charakterizaci izoforem ERK1 a ERK2 v epiteliálních buňkách MDCK. Konkrétně jsme sledovali vliv inaktivace izoformy ERK2 na morfologii a expresi vybraných substrátů. Zjistili jsme, že inaktivace izoformy ERK2 vede k poruchám formování epitelu, jelikož buňky ztrácejí svůj...
The influence of the RACK1 scaffold protein and the ERK signalling pathway on cell polarity
Klímová, Zuzana ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent) ; Varga, Vladimír (oponent)
Ustanovení buněčné polarity je základním předpokladem pro buněčnou migraci, protože poskytuje buňce informace o směru následné migrace. Jde o vysoce dynamický proces, který vede k asymetrickému rozdělení cytoskeletálních struktur, buněčných organel, proteinových komplexů a signálních drah, což se odráží v typickém polarizovaném tvaru buňky. Tvar buňky je určen společným působením dynamiky aktinového cytoskeletu, buněčných adhezí a buněčné membrány ve vztahu k extracelulárnímu povrchu. Adheze buněk na extracelulární matrix je morfogenetický proces, při kterém buňky zpočátku izotropně rozšiřují adhezivní plochu od místa počáteční adheze. V následné fázi pak adherující buňky spontánně ztrácejí radiální symetrii a zaujímají migrační symetrii s prostorově oddělenou protrusivní přední a retrahující zadní částí buňky. Není však jasné, jak k narušení radiální symetrie dochází a jak je tento proces organizován a regulován. V této práci ukazuji, že narušení radiální symetrie u adherujících fibroblastů začíná vytvořením statické a dále se nerozšiřující zadní části buňky, která je ohraničená velkými, ale málo četnými fokálnímiadhezemi. Adaptorový či "scaffold" protein RACK1 je pak klíčový pro vznik těchto statických a neprotrusivních oblastí. RACK1 usnadňuje aktivaci ERK2 v závislosti na signálu z buněčných...
Regulation of epithelial plasticity by ERK1 and ERK2 isoforms
Rasl, Jan ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Rösel, Daniel (oponent) ; Libusová, Lenka (oponent)
Evolučně konzervovaná signální kaskáda ERK se skládá se ze tří hierarchicky uspořádaných proteinkináz Raf, MEK a ERK. V rámci této dráhy je signál přenášen sérií sekvenčních fosforylací vedoucích od Raf přes MEK až k ERK. Dráha ERK je aktivována různými extracelulárními signály a v reakci na ně zprostředkovává mnoho buněčných procesů včetně proliferace, diferenciace, apoptózy, migrace nebo epiteliální plasticity. V případě, že není správně regulována, může signální dráha ERK způsobit řadu patologických jevů včetně vzniku nádorového bujení a jeho metastatického rozsevu. Zatímco mechanismy, které se podílí na přenosu signálu dráhou ERK jsou poměrně dobře prostudovány, velmi málo víme o tom, jakým způsobem se na buněčné signalizaci podílí dvě vysoce homologní efektorové proteinkinázy ERK1 a ERK2. Tato práce se věnuje vlivu zvýšené exprese izoforem ERK1 a ERK2 na morfologii a funkční změny epiteliálních MDCK buněk. Zjistili jsme, že pouze zvýšená exprese izoformy ERK2, ale nikoliv ERK1, je schopna významně změnit morfologii MDCK buněk. Buňky exprimující ERK1 i ERK2 byly schopny vytvářet mezibuněčné spoje a mnohobuněčné klastry, nicméně zvýšená exprese izoformy ERK2 narušila kubický tvar buněk. Buňky se zvýšenou expresí izoformy ERK2 byly ploché, kupolovité a měly sníženou výšku mezibuněčných spojů....
Analýza vzniku střevních nádorů iniciovaných onkogenem BRAF V600E
Herrmannová, Terezie ; Hrčkulák, Dušan (vedoucí práce) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
Kolorektální karcinom představuje celosvětově jedno z nejčastěji diagnostikovaných nádorových onemocnění a je příčinou více než devíti procent úmrtí v důsledku neoplázie. Jednou z možností vzniku kolorektálního karcinomu je tzv. serátní cesta, pro kterou je charakteristická přítomnost onkogenní mutace BRAF V600E. Nádory vznikající touto cestou nereagují na klasickou terapii, a proto jsou v současné době studovány na molekulární úrovni. Onkogenní varianta kinázy BRAF aktivuje MAPK signalizaci a je považována za hlavní příčinu vzniku střevního nádoru serátního typu. Samotná přítomnost tohoto onkogenu však není dostatečná pro rozvoj nádoru, který vyžaduje další změny v rámci genomu buňky. V této práci se snažíme objasnit, jaký má mutace BRAF V600E efekt na buňky střevního epitelu. Vedle toho se pokoušíme identifikovat možnou kooperaci mezi mutací genu BRAF a narušením signalizací p53 a Wnt, jejichž komponenty jsou v kolorektálním karcinomu rovněž často mutovány. Jako model pro studium procesů spojených s aktivací BRAF V600E využíváme myší kmen s regulovatelnou expresí mutované varianty genu Braf. Z těchto myší izolujeme střevní organoidy a následně provádíme in vitro analýzy. Ke splnění vytyčených cílů využíváme především biochemickou a proliferační analýzu a genom organoidů modifikujeme pomocí...
Charakterizace perinukleárních aktinových vláken a jejich funkce v buněčné migraci
Hlaváčková, Tereza ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Binarová, Pavla (oponent)
Fyziologické a patologické jevy jako je hojení ran, embryonální vývoj, imunitní odpověď nebo rozsev nádorových buněk primárního nádoru, úzce souvisí s buněčnou migrací. Tento děj je spojený s procesy polarizace buňky, translokace jádra a přestavby buněčného cytoskeletu. Významnou roli zde hraje aktinový cytoskelet. Součástí aktinového cytoskeletu, zatím s málo prozkoumanou funkcí, jsou perinukleární aktinová vlákna tvořící nad jádrem strukturu aktinové čepičky. Vlákna jsou nad jádrem asociována s LINC komplexem a přichycena na obou koncích fokálními adhezemi, čímž tvoří nad jádrem kopulovitou strukturu. Předpokládá se, že tato vlákna mohou generovat síly regulující pohyb jádra při buněčné migraci. Cílem práce bylo objasnění mechanizmu, který se podílí na přichycení perinukleárních aktinových k LINC komplexu a jádru a reguluje tak vznik perinukleární aktinové čepičky. Dalším cílem bylo zavedení metody pro kvantifikaci perinukleárních aktinových vláken pomocí nově vyvinutého digitálního nástroje. Pro experimenty byly využité potkaní fibroblasty, protože obsahují dobře vyvinutá perinukleární vlákna. Inaktivací genů pro specifické proteiny nespriny, které jsou součástí LINC komplexu, jsme chtěli lépe porozumět buněčné migraci s absencí perinukleární aktinové čepičky. Nicméně se ukázalo, že inaktivace...
Regulace cofilinu signální drahou ERK
Rasl, Jan ; Vomastek, Tomáš (vedoucí práce) ; Gahura, Ondřej (oponent)
Cofilin je malý aktin vazebný protein, který se účastní polymerace a depolymerace aktinových vláken. Cofilin se účastní celé řady buněčných procesů, kde je vyžadována přestavba aktinového cytoskeletu, jako například buněčné dělení a buněčná migrace. V tomto ohledu má buňka řadu vzájemně propojených signálních drah, které umožňují přesnou a také dynamickou regulaci aktivity cofilinu. Jednou z těchto drah je i signální MAP-kinázová kaskáda ERK (extracellular signal-regulated kinase). Ačkoliv dodnes nejsou zcela známé molekulární mechanizmy, kterými signální kaskáda ERK reguluje aktivitu cofilinu, tak se zdá, že signální kaskáda ERK reguluje cofilin hlavně skrze regulaci malých GTPáz rodiny Rho. Signální kaskáda ERK dokáže modulovat činnost Rho GTPáz na mnoha úrovních, od úrovně regulátorů aktivity Rho GTPáz, jako jsou proteiny GAP (GTPase activating protein) a GEF (guanine nucleotide exchange factor), až po úroveň efektorů Rho GTPáz. Signální kaskáda ERK využívá dva základní mechanizmy pro modulaci aktivity těchto signálních drah. První mechanizmus je na transkripční a translační úrovni, kdy signální kaskáda ERK indukuje či reprimuje transkripci a následně i translaci klíčových regulačních proteinů. Druhý mechanizmus je mnohem dynamičtější a odehrává se na úrovni posttranslačních modifikací, a to...
Molecular mechanisms of amoeboid invasion of cancer cells
Paňková, Daniela ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Dvořák, Michal (oponent) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
IN CZECH Invasivita nádorových buněk je jedním z nejdůležitějších kroků v procesu maligní progrese. Je charakterizovaná širokým spektrem mechanismů, které zahrnují jak individuální, tak kolektivní migrací buněk. Během procesu invasivity se nádorové buňky šíří do okolních tkání, kde zakládají nové metastázy. I proto je pochopení mechanismů buněčné invasivity zásadním krokem k účinné protinádorové terapii. Individuálně migrující buňky vykazují ve 3D prostředí dva způsoby invasivity. Mesenchymalně invadující buňky produkují během své migrace proteázy, které využívají k degradaci kolagenových vláken. Studie srůznými typy nádorových buněk zaměřené na inhibici proteáz poukázaly na nový amoeboidní mechanizmus invasivity buněk, který není závislý na degradací extracelulární matrix pomocí proteáz. Během mé disertační práce jsem se zaměřila na studium molekulárních mechanismů uplatňujících se v amoeboidní invasivitě nádorových buněk. Pro naše experimenty jsme využili potkaní sarkomový model sestávající z parentální nemetastazující linie K2 a od ní odvozené vysoce invasivní linie A3. Ukázali jsme, že i když je vysoce metastatická sarkomová linie A3 buněk mesenchymálního původu, její invasivní vlastnosti jsou závislé na upregulaci Rho / ROCK signální dráhy, která vede ke generování protrusivních sil na...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 49 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.