|
|
Analýza protilátkové odpovědi u BK virové infekce
Tomanová, Tereza ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
BK virus je lidský polyomavirus s vysokou prevalencí v populaci. Obvykle je pro svého hostitele neškodný, komplikace působí při imunosupresi, často při transplantacích ledvin, jelikož perzistuje v epiteliálních buňkách ledvin. Exis- tují čtyři subtypy BK viru a zdá se, že je důležité identifikovat, na jaký subtyp je dárce a příjemce ledviny pozitivní. Takové určení subtypově specifických pro- tilátek pomocí jednoduchého testu by mohlo pomoci s eliminací komplikací po transplantaci ledvin. Při předchozím výzkumu byl vytvořen návrh ELISA testu, který by mohl sérologicky rozlišit hlavní BK virové subtypy (I a IV), ale jeho vývoj je komplikován tím, že mezi jednotlivými subtypy BK viru a protilátkami dochází ke křížové reaktivitě. Klíčem k úspěchu může být modifikace antigenu používaného pro ELISA test. Proto bylo cílem této diplomové práce zmapovat významná místa kapsidového VP1 proteinu BK viru, konkrétně ve smyčkách EF a DE, která by se mohla podílet na interakci s protilátkami. Toho bylo dosaženo cílenou mutagenezí v genu pro VP1, v oblasti EF smyčky nebo DE smyčky, kde došlo k záměně nukleotidů pro dvě povrchové aminokyseliny, ve kterých se liší sekvence subtypu I a IV. Výsledkem byl gen pro VP1 subtypu IV mutovaný tak, že sekvence v oblasti EF smyčky byla shodná se sekvencí VP1 subtypu I. Stejný...
|
|
|
Experimental model systems to study small DNA viral infection
Bučková, Alžbeta ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Horníková, Lenka (oponent)
Polyomavírus Merkelových buniek (MCPyV) a ľudský papilomavírus 16 (HPV 16) sú malé nádorové DNA vírusy z rodín Polyomaviridae a Papillomaviridae, ktoré predstavujú narastajúce riziko pre ľudí spojené s ich onkogénnym potenciálom. Po nakazení človeka sú HPV 16 a MCPyV schopné dlhodobo perzistovať väčšinou v podobe asymptomatickej infekcie, pričom je agresívny priebeh ochorení potlačovaný imunitným systémom hostiteľa. Integrácia týchto vírusov do hostiteľskej DNA spôsobuje transformáciu buniek vyúsťujúcu do zriedkavých no zhubných karcinómov kože a lézií epitelu pohlavného traktu, hlavy a nosohltanu, ktoré môžu vyústiť do malígnych nádorov. Ich mechanizmy úniku pred imunitným systémom a kompletné životné cykly, dodnes nie sú úplne známe, čo len podčiarkuje význam napredovania výskumu v tejto oblasti. Cieľom tejto bakalárskej práce je poskytnúť zrozumiteľný prehľad modelových systémov zameraných na štúdium MCPyV a HPV 16 in vitro aj in vivo. Kľúčové slová: Papilomavírusy, polyomavírusy, pseudopartikule, bunečné kultúry, zvieracie modely, ľudský papilomavírus 16, polyomavírus Merkelových buniek, HPV 16, MCPyV
|
|
|
Role BK polyomaviru v lidských nádorech
Cirbusová, Adéla ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
BK polyomavirus (BKV) je malý neobalený ubikvitně rozšířený DNA virus, který u imunosuprimovaných jedinců může způsobovat závažná onemocnění, konkrétně BK polyomavirovou nefropatii (BKVaN) a hemoragickou cystitidu. Mimo toho se o BKV uvažuje jako o možném původci některých nádorových onemocnění u člověka. Je zde několik skutečností, které by tomuto spojení nasvědčovaly. BKV ve svém genomu kóduje tři onkoproteiny, díky kterým u hlodavců indukuje vznik celé řady nádorů. Onkogenní potenciál byl prokázán i na buněčných kulturách. Současně byl BKV genetický materiál detekován v lidských nádorových tkání. Tato fakta tedy podporují myšlenku, že by BKV mohl být onkogenní i u člověka. Jako pravděpodobná se prozatím zdá možná účast BKV v karcinomu močového měchýře u pacientů po transplantaci ledvin a je uvažována možnost, že je BKV jedním z faktorů, které mohou zapříčinit vznik adenokarcinomu prostaty. Avšak doposud nebyl předložen stoprocentní důkaz, který by tyto souvislosti potvrdil a je tedy nutná řada dalších studií, které by mohly přinést nové poznatky a roli BKV jako možného původce některého z těchto nádorových onemocnění potvrdit či naopak vyvrátit. klíčová slova: BKV, rakovina, LTag, prostata, močový měchýř
|
|
|
Cirkulující nádorová DNA u pacientů s pokročilým kolorektálním karcinomem
Kopalová, Dominika ; Benešová, Lucie (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Kolorektální karcinom (CRC) je celosvětově jedno z nejčastějších nádorových onemocnění. U přibližně 50 % pacientů je diagnostikován v pokročilém stádiu, kdy i po odstranění všech nádorových ložisek hrozí vysoké riziko jejich návratu, což výrazně zhoršuje prognózu těchto pacientů. CRC, stejně jako většina ostatních solidních nádorů, uvolňuje do krevního oběhu fragmenty DNA tzv. cirkulující nádorovou DNA (ctDNA). Vyšetření ctDNA je novým nástrojem pro průběžné monitorování aktuální nádorové masy a pro sledování reakce na léčbu. Díky jeho minimální invazivitě a vysoké specificitě je např. vhodný k dlouhodobému pooperačnímu sledování pacientů s CRC, v rámci kterého lze zhodnotit radikalitu operace a časně zachytit nová nádorová ložiska. V této práci se zaměřuji na původ a mechanismus uvolňování ctDNA do krevního řečiště, její vlastnosti a možnosti klinického využití u pacientů s pokročilým kolorektálním karcinomem. Klíčová slova: cirkulující nádorová DNA, ctDNA, pokročilý kolorektální karcinom, mCRC, marker
|
|
|
Netopýři - virová Pandořina skříňka
Mejsnar, Martin ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Kuthan, Martin (oponent)
Netopýři, jako velmi stará vývojová větev savců, jsou významnými rezervoáry virových patogenů a v mnoha případech jsou i vědecky doloženými přenašeči daných virů. Tyto viry se stále více dostávají do povědomí, hlavně díky zvětšující se lidské populaci, a tedy častějšímu kontaktu lidí a netopýrů. V této práci se budu zabývat jen některými zoonózami, které rod Chiroptera přenáší, vybral jsem je podle míry jejich vědeckého poznání a samozřejmě podle dopadu na lidskou společnost. Tato oblast je ale stále plná informací nejasných nebo zcela neobjevených, další výzkum je tudíž žádoucí. Základními metodami identifikace virů, které se používají pro výzkum nových virů, se zabývám v druhé části práce. Klíčová slova: netopýři, virus, zoonózy, rezervoár, epidemie
|
|
|
Paralelní detekce virových agens v patogenezi autoimunitních onemocnění
Kunteová, Kateřina ; Cinek, Ondřej (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
S celkovým rozvojem metod molekulární genetiky v průběhu let vznikly i nové metody, které lze využít ve virologii. Stále více je využíváno sekvenování nové generace, které umožňuje současně paralelní sekvenaci mnoha vzorků, navíc také umožní rozlišit infekci více virovými typy ve vzorku. Cílem práce bylo vyvinout metodu, kterou by bylo možné genotypizovat všechny známé typy lidských adenovirů, lidských enterovirů, a bakteriofágů, vybraných pro jejich výskyt ve střevě. Metoda využívá sekvenování nové generace. Prvním krokem při vývoji metody byl návrh primerů, které jsou schopny detekovat všechny známé typy zmíněných virů, pokrývající oblast, která je schopná tyto viry mezi sebou odlišit. Tato metoda byla testována na souboru 47 vzorků lidských adenovirů a 30 vzorků lidských enterovirů se známým sérotypem. Vytvořeny byly také vzorky se dvěma sérotypy v různém poměru. Po amplifikaci cílových částí genomu byly vzorky přečištěny a sekvenovány na přístroji MiSeq, Illumina. Metoda byla dále využita při typizování adenovirů, enterovirů a bakteriofágů v pre-diabetických kohortách DIPP, MIDIA a v kohortě diabetiků z afrických a asijských zemí. Výchozím vzorkem byla RNA/ DNA izolovaná ze vzorku stolice. Prokázali jsme, že metoda dokáže zachytit všechny testované typy virů, včetně vzorků směsných infekcí...
|
|
|
Metody diagnostiky klíšťové encefalitidy: současnost a trendy
Hustedová, Anna ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Klíšťová encefalitida je nejzávažnější klíšťetem přenášená neuroinfekce v Evropě a v Asii. Tato práce se zabývá jejím původcem, virem klíšťové encefalitidy (TBEV). Pro diagnostiku infekce lze využít detekci anti-TBEV protilátek v séru pacienta pomocí metody ELISA. Protilátky vznikající v průběhu infekce však často zkříženě reagují s protilátkami proti jiným flavivirům. Jako antigen využívají ELISA testy nejčastěji inaktivovaný virus, jehož výroba je omezena na laboratoře s BSL 3. Tato práce se proto zaměřila na hledání možností přípravy specifických antigenů pro sérologickou diagnostiku TBEV infekce pomocí heterologních expresních systémů. Jako nové antigeny byly využity části glykoproteinu E a subvirové částice. Výroba antigenu ve formě subvirových částic se zdá být jako vhodná alternativa k inaktivovanému viru.
|
|
|
Vliv posttranslačních modifikací minoritních proteinů a acetylace mikrotubulů na průběh infekce myším polyomavirem
Mariničová, Zuzana ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
Virion myšího polyomaviru (MPyV) je složen z hlavního kapsidového proteinu VP1 a minoritních kapsidových proteinů VP2 a VP3. Minoritní proteiny nejsou nutné pro sestavení kapsidy, jsou ale klíčové pro infektivita virových částic. Tato práce se v první části zabývá modifikacemi VP2 a VP3, deamidací Asn na pozici 253 VP2 (137 VP3) a N-koncovou acetylací Ala VP3, které by mohly být důvodem dvojitých proužků VP2 a VP3 na SDS- PAGE. V minulosti byly připraveny mutantní genomy MPyV N253D (Asn nahrazen Asp) a N253E (Asn nahrazen Glu) simulující deamidaci a A117V (Ala nahrazen Val) se sníženou acetylací. Připravili jsme mutantní viry ve třech izolacích a potvrdili jsme, že deamidace je příčinou dvojitých proužků. Mutantní viry byly porovnány s divokým typem z hlediska efektivity infekce, vliv deamidace se ale nepodařilo prokázat. Virus s mutací A117V je neinfekční, důvodem může být snížení acetylace nebo aminokyselina na této pozici. Dále se tato práce zabývá vlivem acetylace -tubulinu na průběh infekce MPyV. Acetylace - tubulinu je studována z hlediska virové infekce z důvodu vývoje nových antivirových strategií. Po infekci MPyV se acetylace zvyšuje, není to ale důsledek změny exprese mRNA acetylačního (TAT1) nebo deacetylačního enzymu tubulinu (HDAC6). Inhibice HDAC6 pomocí tubacinu, specifického...
|
|
|
Minoritní strukturní proteiny polyomavirů: Vlastnosti a interakce s buněčnými strukturami
Vinšová, Barbora ; Horníková, Lenka (vedoucí práce) ; Saláková, Martina (oponent)
I když jsou polyomaviry intenzivně zkoumány více než 60 let, stále není dostatečně objasněna role minoritních strukturních proteinů VP2 a VP3 v některých důležitých krocích životního cyklu viru, a to zejména jejich úloha při dopravení virového genomu do jádra a také jejich zapojení v pozdní fázi životního cyklu viru. Tato diplomová práce je zaměřena na studium minoritních proteinů Myšího polyomaviru (MPyV) a lidského polyomaviru BK (BKV). V rámci této práce byly připraveny čtyři králičí polyklonální protilátky proti minoritním proteinům virů MPyV nebo BKV. Dvě připravené protilátky jsou namířeny proti minoritním proteinům MPyV (α-MPyV VP2/3) nebo BKV viru (α-BKV VP2/3) a další dvě připravené protilátky rozeznávají společnou C-koncovou sekvenci minoritních proteinů VP2 a VP3 MPyV (α-MPyV C-termVP2/3) nebo BKV viru (α-BKV C-termVP2/3). V druhé části práce jsme se zaměřili na studium toxicity minoritních proteinů polyomaviru BKV při jejich samostatné produkci v savčích buňkách. Získaná data naznačují, že v porovnání s minoritními proteiny VP2 a VP3 viru MPyV, nevykazují minoritní proteiny BKV viru tak vysokou míru cytotoxicity. Třetí část práce je věnována studiu interakcí minoritních proteinů polyomavirů BKV a MPyV s buněčnými proteiny a mezi sebou navzájem. Pomocí připravených protilátek byly...
|
|
| |
host ::
RSS.