|
| |
|
|
Poziční klonování genu Hst1 (Hybrid sterility 1) a molekulární analýza jeho kandidátních genů
Mihola, Ondřej ; Trachtulec, Zdeněk (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Pravenec, Michal (oponent)
Souhrnpub|ikací 1. PozičníklonovánígenuHsÍí(Hybridsterility1):jemné genetickémapovánía zhodnoceníkandidaturyvybraných kandidátníchgenů Gíle:Konstrukcefyziká|nímapyHsťíkandidátníob|astipomocíBAC k|onů. lso|ace nouýchgenetickýchmarkerů,pomocíkteých by by|o moŽnézúŽítHst1 kandidátníob|ast.Mým úkolemby|oověřeníkandidaturydvou vybranýchgenů z Hsťíob|asti'u kteýchby|azaznamenánazuýšenáexpreseve spermatogenezi. Metody: BAC (BacterialArtificialChromosome)klonypokýající HsÍíob|ast by|yisoloványz knihovnyBAC k|onůnatečkovanéna ny|ovovémembránypomocí hybridizaces radioaktivněznačenýmipróbami. Ke zmapováníiso|ovanýchBAC k|onůby|opouŽitoPCR amplifikujícícelkemosmznámých|okusůroz|oŽenýchpodé| ce|éHsťíob|asti.K|ony|emujícíHsťíob|astbylysubk|onoványa náhodněvybrané Úsekysekvenovány.Nově na|ezenémikrosatelitovémarkery,amp|ifikovanépomocí PCR a po|ymorfnímezi kmeny B10 a C3H' by|y pouŽityk mapováníHsfí na zvířatechze zpětnéhokříŽení.A||e|ickéC3H varianý genůlbp a Psmb1 by|y získány sekvenovánímPCR produktůamp|ifikovanýchz C3H cDNA knihovny. Kvantifikacetranskriptůobou genů byla provedena pomocí iso|ace RNA z patnáctidenníchferti|nícha steri|níchhybridů'jejím přepsánímdo cDNA a nás|ednýmPCR v reá|némčase. Výs|edky:V procesu pozičníhok|onovánígenu HsÍí by|a zkonstruována tyziká|nímapapomocíBAC k|onů'stabi|nějšícha...
|
|
|
Hybridní původ bobrů ve střední Evropě
Albrechtová, Alena ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce se zabývá původem našich populací a studiem genetické variability populací bobra evropského (Castor fiber) na většině jeho areálu rozšíření. Podařilo se nám shromáždit vzorky DNA z našich populací, reintrodukované populace z ruské Kirovské oblasti a všech evropských a asijských refugií. V 19. století byl bobr evropský vinou přílišného lovu téměř vyhuben na celém území Eurasie. Toto kritické období přečkal jen v osmi refugiálních oblastech. V této době už přežívalo jen asi 1 200 jedinců. Díky ochraně a reintrodukcím se do dnešní doby populační stavy opět výrazně zvýšily na více než 640 000 jedinců. Je tedy evidentní, že populace bobra prošly výrazným snížením stavů (bottleneckem). Na našem území byli bobři v 18. století zcela vyhubeni. Díky migraci ze sousedních států a reintrodukčním programům se k nám však začínají od 80. let 20. století vracet. O původu bobrů v České republice se toho příliš nevědělo. Ukázalo se, že se na našem území vyskytují jedinci francouzského, německého, norského a východoevropského původu. U žádného českého bobra nebyla objevena sekvence kanadských bobrů. Studiem mikrosatelitových lokusů (u evropského bobra byly použity poprvé) a kontrolní oblasti mitochondriální DNA jsem zjistila velké diference mezi jednotlivými populacemi. Celková variabilita těchto genetických...
|
|
|
The impact of geography and subsistence on distribution of NRY haplogroups in Europe and Africa
Nováčková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Chromozóm Y je v dôsledku špecifických vlastnosti ideálnym nástrojom archeogenetických štúdií. Jeho diverzita je ovplyvnená viacerými faktormi a dvom z nich (geografická poloha a spôsob života) sa venuje aj táto dizertačná práca, ktorá bola založená na analýze SNP a STR lókusov vzoriek pochádzajúcich zo Slovenska (156 vzoriek, 5 oblasti) a subsaharskej Afriky, kde boli zastúpené populácie praktikujúce usadlý farmársky (481 vzoriek, 18 oblasti) a kočovný pastiersky (405 vzoriek, 16 oblasti) spôsob života. Slovensko leží v mieste stretu dvoch migračných vĺn. Jedna sa šírila z oblasti dnešnej Ukrajiny smerom na západ a súvisí s rozšírením haploskupiny R1a v Európe a druhá šla z oblasti Pyrenejského poloostrova smerom na východ a je dávaná do súvislosti s rozšírením haploskupiny R1b. Výsledky MDS grafu kopírujú geografickú mapu Európy, kde vzorky zo Slovenska ležia medzi ruskými, balkánskymi a pyrenejskými vzorkami. Závislosť medzi genetickými a geografickými vzdialenosťami bola preukázaná aj hierarchickou AMOVOU a Mantelovými testami. V oblasti subsaharskej Afriky vedľa seba žijú populácie, ktoré sa líšia typom životnej subsistencie a tento ich odlišný spôsob života sa odráža aj v diverzite chromozómu Y. Kočovné pastierske a usadlé farmárske populácie sa líšia zastúpením haploskupín chromozómu Y,...
|
|
|
Příprava mikrosatelitových markerů pro studium koroptve polní (Perdix perdix)
Vaněčková, Dominika ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Burri, Marta (oponent)
Cílem mé práce byla konstrukce setu mikrosatelitových markerů pro koroptev polní (Perdix perdix). Podařilo se mi vyizolovat sedm nových mikrosatelitů specifických pro tento druh a další lokusy jsem pak převzala od blízce příbuzných druhů ze třídy hrabavých (Galliformes). Celkově jsem tak získala set 18ti lokusů, který jsem následně použila k otestování charakteristik populační struktury tří studovaných populací koroptví ze Stodůlek, Písecka a Milešína. Analýza ukázala jasnou strukturovanost populací a překvapivě malé (menší než 100) efektivní populační velikosti. Vybraných sedm mikrosatelitových lokusů jsem pak použila k provedení analýzy paternity u vybraného vzorku hnízd. V některých hnízdech se mi skutečně podařilo nalézt důkaz o existenci mimopárové paternity u tohoto domněle monogamního kura. Na závěr jsem na základě sekvenace kontrolní oblasti mitochondriální DNA několika vzorků z každé z populací dospěla k názoru, že studované populace koroptví náleží k západní linii mitochondriální DNA.
|
|
|
Haemoproteus u pěvců: prevalence a dynamika infekce
Chalupová, Barbora ; Svobodová, Milena (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Rody Haemoproteus a Plasmodium jsou kosmopolitně rozšířené rody krevních parazitů z kmene Apicomplexa. Oba tyto rody mají dvouhostitelský životní cyklus a jejich definitivním hostitelem jsou zástupci řádu Diptera. Oba se vyskytují u ptáků, ve kterých probíhá asexuální množení. Infekce rody Haemoproteus a Plasmodium jsou většinou asymptomatické, v ptácích dlouhodobě přetrvává latentní fáze, během které může docházet k relapsům infekce. Během sezon 2017-2019 bylo v Milovickém lese získáno 1 092 krevních vzorků ze 29 odchycených druhů pěvců. Parazité byli detekováni u 48 % jedinců. Prevalence rodu Plasmodium byla 16 %, prevalence rodu Haemoproteus 22 % a u 10 % pozitivních vzorků nebylo možné určit linii parazita. Bylo nalezeno šest nových linií rodu Haemoproteus, pracovně pojmenovaných Haemoproteus sp. linie coccoc_1, coccoc_2, coccoc_3, coccoc_4, embcit, fricoe jejichž celková prevalence byla 14 %. Nejčastější linie Haemoproteus sp. coccoc_1 dosáhla prevalence 12 %. Druhým nejčastějším zaznamenaným druhem bylo Plasmodium relictum klon Peng14-121Br2AF a izolát Cc_P1, které dosáhlo prevalence 13 %. Dynamika infekce rodů Haemoproteus a Plasmodium byla studována u vzorků získaných v letech 2014-2019. Mezisezónně bylo vyšetřeno 40 jedinců, v rámci sezóny bylo vyšetřeno 27 jedinců. Tři jedinci byli...
|
|
| |
|
| |
|
|
Vliv bottlenecku a selekce na variabilitu MHC genů v reliktních a nově vzniklých populacích bobra evropského
Náhlovský, Jan ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
MHC glykoproteiny jsou zásadní součástí adaptivní imunity, navíc mohou hrát roli i při volbě partnerů. MHC geny jsou pak ze všech známých genů nejvariabilnější. Z těchto důvodů jsou již několik desítek let objektem intenzivního zájmu molekulárních ekologů. Výzkum ale kromě extrémní variability komplikují také časté duplikace. Zajímavým modelem se zdá být bobr evropský. Na konci předminulého století prošel dramatickým bottleneckem, kdy po celém světě přežilo pouze zhruba 1200 jedinců v několika izolovaných reliktních populacích. Díky četným reintrodukcím se dnes bobři s rozličným původem potkávají v nově ustavených admixovaných populacích. Znalosti o MHC bobrů však byly značně omezené, byly známy sekvence pouze z jednoho lokusu a některé reliktní populace nebyly vůbec prosekvenovány. Díky doplnění o vzorky ze zbývajících reliktních populací a přidání dalšího lokusu jsem potvrdil výraznou redukci variability bobřích MHC genů a zároveň nalezl známky působení selekce v minulosti. Dále jsem vyšetřil situaci ve dvou nově ustavených populacích. Potvrdil jsem zde probíhající selekci, konkrétně porušení cytonukleární rovnováhy a výhodu divergentních alel (DAA). Máme zde tedy unikátní možnost nahlédnout do různých oken historie bobřích populací: V minulosti byla diverzita MHC formována kombinací pozitivní a...
|
|
|
Adaptive population shifts in response to climate change
Horníková, Michaela ; Kotlík, Petr (vedoucí práce) ; Munclinger, Pavel (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
Adaptive population shifts in response to climate change Ing. Michaela Horníková, Doctoral thesis Abstrakt Porozumění tomu, jak druhy reagovaly na změny klimatu a prostředí v minulosti, je žhavým tématem v mnoha oborech biologie, jelikož je relevantní i pro řešení otázky budoucnosti druhů pod vlivem současných klimatických změn. S využitím modelového druhu norníka rudého propojuji genomická fylogeografická data s informacemi o známé vnitrodruhové funkční variabilitě a environmentálním modelováním nik a zaměřuji se na objasnění konkrétní úlohy vnitrodruhové variability a selekce v utváření odpovědi tohoto druhu na klimatické a environmentální změny po skončení posledního zalednění. Norník rudý vykazuje podle mtDNA markerů komplexní fylogeografický pattern, naznačující nahrazení populací během postglaciální kolonizace Evropy a tedy možný vliv selekce v tomto procesu. K pátrání po známkách nahrazení populací v genomické DNA norníka rudého a k prozkoumání postglaciální rekolonizační historie v rámci jeho evropského areálu rozšíření jsme použili rozsáhlý datový soubor s více než 6000 SNP. Genomická data odhalila ještě složitější populační historii, než byla dříve detekována pomocí mtDNA, zahrnující nejen nahrazení populací, ale také příměs mezi vnitrodruhovými liniemi pocházejícími z různých glaciálních refugií....
|
host ::
RSS.