|
| |
|
|
Hledání regulárních výrazů s využitím technologie FPGA
Kaštil, Jan ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
V práci je vysvětluje několik algoritmů pro vyhledávání výrazů v textu. Algoritmy pracují v software i hardware. Část práce se zabývá rozšířením konečných automatů. Další část práce vysvětluje, jak funguje hash a představuje koncept perfektního hashování a CRC. Součástí práce je návrh možné struktury vyhledávací jednotky založené na deterministických konečných automatech v FPGA. V rámci práce byly provedeny exprimenty pro zjištění podoby výsledných konečných automatů.
|
|
|
Generátor náhodných čísel se zvoleným rozložením
Kajan, Michal ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Táto práca popisuje problematiku generovania pseudonáhodných čísel. V prvej časti sú priblížené spôsoby získavania pseudonáhodných postupností a uvedené typické príklady generátorov. Táto časť takisto obsahuje popis transformačných metód rozložení pseudonáhodných čísel a stručne pojednáva o testovaní vlastností generátorov náhodných čísel. V nasledujúcej časti je detailne rozobratý generátor typu LFSR, ktorý je najpoužívanejším typom generátoru pre hardvérové aplikácie. Nasleduje popis transformácie a implementácia obvodu, ktorý realizuje transformáciu do exponenciálneho rozloženia. Na záver sú uvedené hardvérové požiadavky pre realizáciu navrhnutých obvodov v FPGA.
|
|
|
Shlukování biologických sekvencí
Kubiš, Radim ; Burgetová, Ivana (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Jedním z hlavních důvodů, proč se proteinové sekvence shlukují, je predikce jejich struktury, funkce a evoluce. Mnoho současných nástrojů má nevýhodu ve velké výpočetní náročnosti, protože zarovnává každou sekvenci s každou. Pokud některý nástroj pracuje výrazně rychleji, nedosahuje oproti ostatním takové přesnosti. Další z nevýhod je zpracování na vyšších mírách podobnosti, ale homologní proteiny si mohou být podobné i méně. Proces shlukování také bývá ukončen při dosažení určité podmínky, která však nezohledňuje dostatečnou kvalitu shluků. Diplomová práce se zabývá návrhem a implementací nového nástroje pro shlukování proteinových sekvencí. Nový nástroj by měl být výpočetně nenáročný, se zachováním požadované přesnosti, a produkovat kvalitnější shluky. Práce dále popisuje testování navrženého nástroje, zhodnocení dosažených výsledků a možnosti dalšího rozvoje.
|
|
|
I/O Virtualization in Networking
Perešíni, Martin ; Kekely, Lukáš (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
There are many different reasons for companies and organizations to invest in virtualization today, but it is probably safe to assume that financial motivation is number one on the list. Virtualization can save a lot of money. This thesis deals with the problem of I/O virtualization in the network environment in order to keep pace with this trend. The ultimate goal of this thesis is to develop working I/O virtualization software drivers that operate with FPGA-accelerated cards, thus enhancing their potential even more and saving the operational costs of big data centers. Their main benefits should be re-usability (flexibility) in a virtualized environment with the smallest possible performance loss. The theoretical part deals with current trends in I/O virtualization, technologies such as virtio, vhost, SR-IOV, VFIO and mediated devices. The practical part of this thesis suggests two ways of addressing this problematic. The first is to use software-emulation virtio technology. The second is based on the hybrid paravirtualization VFIO-mdev technology. Both approaches have different benefits in terms of performance and device manageability. Each solution's use case has its own drawback, like the complexity of the solution and the problematic integration into the system. The desired goals were achieved and manifested in the final form of the prototype driver nfb_mdev.
|
|
| |
|
|
Návrh programu pro tvorbu a řešení příkladů z prostého tahu/tlaku prutů a jejich soustav
Martínek, Tomáš ; Kubík, Petr (oponent) ; Polzer, Stanislav (vedoucí práce)
Hlavním cílem této práce je vypracování programu, který bude řešit úlohy z oblasti prostého tahu/tlaku prutů a prutových soustav v rozsahu bakalářského studia. Práce se sestává ze dvou programů, vypracovaných ve vývojovém prostředí Borland Delphi. Programy umožňují uživateli definovat prut (prutovou soustavu) na základě geometrických parametrů a vazeb, určí míru statické neurčitosti, provedou potřebné výpočty a v případě potřeby určí deformační podmínku (program pro řešení prutu). Písemná část práce slouží jako manuál k přiloženým programům.
|
|
|
Lokalizace metylačních míst transposonů
Kmeť, Miroslav ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Vogel, Ivan (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá realizací nástroje na extrakci metylační úrovně transpozonových sekvencí. Transpozony jsou prvky DNA schopné množení nebo přemístňování a jejich aktivita je regulována mechanismem metylace DNA. Informace o metylovaných pozicích jednotlivých sekvencí je uložená v bisulfitových datech a pro jejich zpracování jsou využívány části existujících nástrojů v kombinaci s vytvořenými moduly. Vzniklý nástroj zohledňuje unikátní výzvy, které transpozónové sekvence přináší do procesu analýzy metylace a jeho funkcionalita je prezentováná na sadě experimentů se simulačními a reálnými daty.
|
|
|
Hardwarová implementace CRC pro vysokorychlostní sítě
Belešová, Michaela ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Matoušek, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce řeší problém hardwarové implementace CRC ve vysokorychlostních sítích. V teoretické části popisuje základní informace o CRC a různé metody na jeho výpočet. Z popisovaných metod jsou zvoleny metody využívající Galoisova pole a metody zapojení jednotek počítajících CRC sériově a paralelně. Na základě těchto metod je postavena implementace, která počítá se vstupním slovem šířky 256b a dodržuje propustnost přes 40Gb/s. Implementace také řeší problém nezarovnaných začátků a konců rámce a možnosti výskytu částí až dvou rámců uvnitř jednoho slova. Celé řešení je optimalizováno tak, aby zabíralo co nejmenší množství zdrojů.
|
|
|
Návrh paměti CACHE pro síťové aplikace
Soľanka, Lukáš ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Kořenek, Jan (vedoucí práce)
Táto práca sa zaoberá návrhom a implementáciou generickej cache pamäte pre široké spektrum sieťových aplikácií. Najprv sú diskutované hlavné aspekty na výkonnosť. V náväznosti na to je navrhnutá architektúra a pamäť implementovaná s rešpektom pre zvolenú cieľovú technológiu. Hlavnými generickými parametrami sú: dátová šírka, veľkosť riadku, asociativita, počet riadkov a spôsob výberu obete. Cache podporuje zreťazené spracovanie, ktoré umožňuje každý hodinový cyklus vykonať jednu požiadavku. Pre overenie funkcionality bola výsledná komponenta dôkladne odsimulovaná a nakoniec bola jej činnosť odskúšaná v hardware na doske Combo6X.
|
host ::
RSS.