|
|
DNA Microarrays and Bioinformatics in Biomedical Research
Ivánek, Robert ; Forejt, Jiří (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Beneš, Ivan (oponent)
DNA mikročipy představují relativně novou technologii pro kvalitativní i kvantitativní analýu nukleouých kyselin. Využívajl se zejménapro celogenomovéexpresní ana|ýly, komparativnígenomovéhybriďzace, pro studiumregulacegenovéexpresenebo pro detekci polymorÍismůa mutaci. Součrástípřeklrí,danépníce je přehled jednotliých t},půDNA mikročipůa jejich možnéhovyužitív biomedicíně.Zejmén dokumentujejejich přínos v projekteehzaměřenýchna identifikaci genůzpůsobujícíchdědičněpodmÍněníonemocnění (mukopolysacharidózaýpu IIIC' deficit ATP syntrázy)ale takév projektech,jejicbž cílemje objasněníprocesů,kterése odebnívajív poškozenýchbuňkách (např. pň akutnímp|oidní leukémii nebo při zástavě spermatogenezeu jedinců s cbromozomiilaími aberacemi). Prezeirtovanévjsledky demonstn.rjí'že vhodně aplikovaná technologie DNA čipůmůže výraaě urychlit biomedicínskývýzkum.
|
|
|
Kvantifikace jaterních funkcí pomocí dechového testu s 13C-methacetinem
Hendrichová, Miluše ; Horák, Jiří (vedoucí práce) ; Ehrmann, Jiří (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Moťovská, Zuzana (oponent)
Kvantifikace jaterních funkcí pomocí dechového testu s 13 C-methacetinem MUDr. Miluše HENDRICHOVÁ SOUHRN Snaha o hodnocení jaterních funkcí provází vývoj hepatologie nejméně posledních 50 let. Kvantifikace jaterních funkcí dosud narážela na problém opakovaných odběrů krve, nízkou specificitu sledovaných parametrů i riziko alergických reakcí při použití klasických chromoexkrečních testů. Zavedení dechových testů s použitím neradioaktivního izotopu 13 C umožňuje neinvazivní a velmi přesné měření jaterních funkcí. Zejména 13 C-methacetin představuje velice vhodný substrát k hodnocení demethylační a oxidační kapacity hepatocytů. Použití dechového testu s 13 C-methacetinem je neinvazivní, nenáročné pro nemocné a výsledky měření jsou reprodukovatelné. Cílem předkládané disertační práce je zavedení dechového testu s 13 C-methacetinem do klinické praxe jako běžného článku péče o nemocné s chronickými chorobami jater. V první studii se zabýváme hodnocením jaterních funkcí pomocí dechového testu s 13 C- methacerinem u nemocných s jaterní cirhózou. Výsledky ukazují, že dechový test bezpečně odliší nemocné s jaterní cirhózou od osob bez jaterního poškození. Pomocí ROC křivek prokazujeme, že nejvýhodnějším časem dechového testu, který nejlépe předpoví konečnou diagnózu je 40. - 60. minuta vyšetření. Druhá studie se...
|
|
|
Poruchy metabolismu železa u kožních a chronických jaterních onemocnění
Krátká, Karolína ; Horák, Jiří (vedoucí práce) ; Ehrmann, Jiří (oponent) ; Lata, Jan (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent)
Železo se řadí mezi důležité biogenní stopové prvky a jeho úloha v savčím organismu je nezastupitelná. V přírodě neexistuje další prvek s analogickými vlastnostmi. Železo je součástí celé řady sloučenin, které zajišťují klíčové fyziologické funkce, jako je buněčné dýchání a přenos kyslíku k tkáním. Má rovněž význam pro buněčnou proliferaci a diferenciaci, pro regulaci genové exprese a uplatňuje se také ve funkcích imunitního systému. Vzhledem k tomu, že následky akumulace železa při genetické hemochromatóze byly již detailně prozkoumány, narůstá v posledních letech pozornost a zájem o důsledky akumulace železa také u jiných onemocnění. Protože výsledky dosavadních studií jsou nejednoznačné a často vzájemně se odporující, bylo cílem této práce analyzovat a objasnit vztah mutací HFE genu a metabolismu železa k patogenezi a progresi některých kožních a chronických jaterních onemocnění mimo genetickou hemochromatózu.
|
|
|
Úloha TGFß a studium prognostických faktorů u pacientů s MDS a AML
Provazníková, Dana ; Fuchs, Ota (vedoucí práce) ; Pohlreich, Petr (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent)
Neprokázali jsme žádnou mutaci v kódujících oblastech genů signální dráhy TGF1, ale zjistili jsme sníženou nebo nedetekovatelnou expresi těchto analyzovaných genů. Snížená exprese je zřejmě způsobena epigenetickými změnami, tedy hypermetylací a deacetylací promotorových oblastí těchto genů. Antiproliferační a apoptotický účinek TGF1 byl testován na liniích AML (ML1, ML2, CTV1 a Kasumi1). Rezistence ML2 buněk k inhibici DNA syntézy pomocí TGFβ1 je způsobena jinými faktory než mutacemi genů signalizační dráhy TGFβ1.Zjistili jsme, že zvýšená exprese genu pro SnoN (Ski-like novel gene) na úrovni mRNA i proteinu je zřejmě důvodem této rezistence. Buňky linie Kasumi1 a ML2 byly citlivé k indukci apoptózy vyvolané působením TGFβ1, ale v menší míře než při působení inhibitoru proteazomu, bortezomibu. Rozdílnost odpovědí AML buněk jednotlivých linií odráží velkou heterogenitu akutní myeloidní leukémie (AML) u pacientů s AML. Analýza prognostických faktorů AML s normálním karyotypem potvrdila, že mutace genu CEBPA (CCAAT/enhancer binding protein alpha) jsou příznivým prognostickým faktorem a naopak zvýšená exprese genů pro EVI1 ("Ecotropic Virus Integration Site 1") a ERG ("ETS- related gene") jsou nepříznivým prognostickým faktorem. EVI1 je také negativním markerem u myelodysplastického syndromu (MDS). Nepotvrdili...
|
|
|
Molecular basis of endothelial sysfunction: endothelial nitric oxide synthase and heme oxygenase 1 genetic variations
Král, Aleš ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
Endoteliální dysfunkce je patologický stav charakterizovaný narušenou rovnováhou mezi vazodilatačními a antitrombotickými mediátory a vazokonstriktivními a protrombotickými mediátory produkovanými cévním endotelem. Řada faktorů vede k narušení produkce nebo zvýšené konsumpci oxidu dusnatého (NO), produkovaného syntázami oxidu dusnatého (NOS), který je klíčovým mediátorem cévní homeostázy. Endoteliální dysfunkce představuje jeden z počátečních kroků v rozvoji aterosklerózy, chronického zánětlivého onemocnění cévní stěny. Inducibilní enzym hem oxygenáza 1 (HO-1) představuje jeden z hlavních buněčných obranných mechanismů proti zvýšenému oxidativnímu stresu a snížené dostupnosti NO, které jsou průvodními jevy endoteliální dysfunkce a aterosklerózy. Studovali jsme genetické determinanty endoteliální dysfunkce a aterosklerózy pomocí hodnocení vlivu G894T polymorfizmu endotelové NOS (eNOS) a (GT)n polymorfizmu promotoru HO-1 na rozsah a rizikový profil koronární aterosklerózy a jejich vývoje během hypolipidemické léčby. Dále jsme hledali genetické varianty v exonech 25 a 26 genu eNOS kódujících C-terminální část proteinu, která je považovaná za klíčovou pro správnou funkci enzymu a 3' nepřepisovanou oblast klíčovou pro stabilitu eNOS mRNA. Nenalezli jsme asociaci eNOS G894T polymorfizmu s rozsahem a...
|
|
|
Effects of antidepressants and depressive disorders on mitochondrial functions
Hroudová, Jana ; Fišar, Zdeněk (vedoucí práce) ; Martásek, Pavel (oponent) ; Kuča, Kamil (oponent)
Poruchy nálady jsou závažná onemocnění, přesto jejich patofyziologie nebyla dostatečně objasněna. Biologické markery, které by zlepšily diagnostiku onemocnění nebo predikci úspěšné farmakoterapie, jsou hledány. Cílem práce bylo zjistit, zda jsou vybrané mitochondriální funkce ovlivněny antidepresivy, stabilizátory nálady a depresivní poruchou. Výzkum vychází z hypotéz poruch nálady a mechanismů účinků antidepresiv, ze zdokonalené monoaminové hypotézy, neurotrofní hypotézy a hypotézy o mitochondriální dysfunkci. Narušená funkce mitochondrií vede k poškození neuronů, které může souviset se vznikem poruch nálady. Účinky antidepresiv a stabilizátorů nálady na mitochondriální funkce mohou být vztaženy k jejich terapeutickým či vedlejším účinkům. Byly měřeny účinky farmakologicky odlišných antidepresiv a stabilizátorů nálady na mitochondrie izolované ze zvířecích mozků (in vitro model). Aktivita izoforem monoaminooxidasy (MAO) byla stanovena radiochemicky, aktivity dalších mitochondriálních enzymů spektrofotometricky. Celková aktivita systému oxidační fosforylace byla určena respirometrií s vysokým rozlišením. Metody byly modifikovány pro měření stejných parametrů v krevních destičkách u pacientů s depresivní epizodou a u zdravých kontrol. Všechna testovaná antidepresiva inhibovala aktivitu MAO, lišila...
|
|
|
Molecular pathology of selected porphyria with skin manifestation
Sameh Anwar Hussein Farrag, Mohamed ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Baxová, Alice (oponent) ; Raman, C. S. (oponent)
SOUHRN Porfyrie jsou skupinou heterogenních dědičných metabolických poruch způsobených defekty enzymů biosyntézy hemu, které vedou k nadprodukci prekurzorů porfyrinů hemu v různých tělesných orgánech. Tyto enzymy jsou kódovány specifickými geny a patogenní změny v jejich sekvenci podmiňují konkrétní typ porfyrie. V těchto genech byly zjištěny četné mutace, které vedou k poškozením funkce enzymu, a tím k rozvoji klinických projevů porfyrie. Cílem této práce bylo zkoumat na molekulární úrovni gen UROD u pacientů s pozdní kožní porfyrií (PCT) a hepatoerytropoetickou protoporfyrií (HEP) a dále gen FECH u pacientů s erytropoetickou protoporfyrií (EPP). Identifikovali jsme řadu mutací v genech UROD a FECH ve třech různých populacích - české, slovenské a egyptské. Popsali jsme nové mutace v genu UROD u pacientů egyptského původu s onemocněním HEP a mutace v genu FECH u pacientů českého a slovenského původu s onemocněním EPP. Studovali jsme mutovaný enzym UROD na úrovni proteinu a určili, že jeho enzymová aktivita představuje 19 % zdravé kontroly. Stávající studie předkládá poprvé frekvenci sestřihové varianty IVS3-48c genu FECH u zdravých kontrol z české populace. Analyzovali jsme 624 alel u nepříbuzných jedinců z běžné české populace a zjistili, že frekvence alely C v české populaci je 5,5 %, podobná jako je v...
|
|
|
Cytochrome P450 oxidoreductase: Structurally functional study. Molecular pathology of Antley-Bixler syndrome.
Tomková, Mária ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Mazura, Ivan (oponent) ; Králová, Jarmila (oponent)
ABSTRAKTNADPH-P450 oxidoreduktáza (POR) je membránový flavoprotein, který transportuje elektrony na široké spektrum hemoproteinů, řada z nich hraje podstatnou úlohu v metabolizmu xenobiotik a steroidů. Vzhledem k nezastupitelné roli POR v metabolismu léků je v posledních letech pozorován zvýšený zájem o analýzu genu POR, zejména v oblasti farmakogenomiky. Mutace v genu POR způsobují onemocnění, které souborně nazýváme POR deficience. Toto onemocnění se projevuje širokým spektrem fenotypových projevů sahajících od poruch steroidogenéze až po kosterní malformace známé jako Antley-Bixlerův syndrom (ABS). Cílem předložené práce je analýza genu POR u pacientů s podezřením na POR deficienci a poprvé v běžné české a židovské populaci. Analyzovali jsme 644 alel nepříbuzných českých jedinců a 1128 alel v populaci židovské, 330 alel Aškenázů, 798 alel Sefardů. Následně byl studován vliv vybraných nových genetických variant na aktivitu POR proteinu. Definovali jsme frekvence alel genu POR v obou populacích, popsali jsme 14 nových variant vedoucích k aminokyselinovým záměnám POR proteinu a prozkoumali jsme dvě z nich s cílem určit jejich vliv na aktivitu proteinu. Dostupnost struktury lidské POR umožnila modelování nově popsaných variant a popis defektu na molekulární úrovni. Analýza genu POR byla následně v laboratoři...
|
|
|
Molecular pathology of selected inherited hyperbilirubinemias
Šlachtová, Lenka ; Martásek, Pavel (vedoucí práce) ; Schneider, Bohdan (oponent) ; Králová, Jarmila (oponent)
SOUHRN Dědičné hyperbilirubinémie představují skupinu metabolických onemocnění, charakterizovaných zvýšenou hladinu celkového bilirubinu nebo jeho konjugované frakce v séru. Většina těchto hyperbilirubinémií je děděná autosomálně recesivně a jsou manifestovány zejména v mladém věku. Zvýšený bilirubin je zapříčiněn poruchami v některém z enzymů metabolické dráhy hemové degradace, ať už jeho konjugace (UGT1A1) nebo transportu (ABCC2, OATP1B1, OATP1B3). Všechny proteinové produkty těchto genů se účastní nejen eliminace bilirubinu, ale take různých dalších substrátů. Studie těchto protein mají tedy široký farmakogenomický vliv. Tato studie popisuje molekulární podstatu dědičných hyperbilirubinémií u kavkazské a romské populace, srovnává klinická a biochemická data s výsledky molekulární genetiky. Dále popisujeme vliv současného výskytu variant c.-3279T>G a g.175492_175493insTA na hladinu celkového sérového bilirubinu . Stanovili jsme vazebnou nerovnováhu obou variant lokalizovaných v promotorové oblasti genu UGT1A1. Zároveň jsme ověřili konzistenci populačních dat s výsledky v literature. Ve druhé studie jsme popsali vzácnou konjugovanou hyperbilirubinémii Dubin-Johnsonova typu u 7 romských rodin. Našli jsme novou variantu v ABCC2 genu NG_011798.1:c.[1013_1014delTG] a take dvojitý genetický defect - kombinaci...
|
|
|
Genetic and clinical aspects of the restless legs syndrome
Pavlíčková, Jana ; Kemlink, David (vedoucí práce) ; Seeman, Pavel (oponent) ; Martásek, Pavel (oponent)
SOUHRN Úvod: Syndrom neklidných nohou (RLS - Restless Legs Syndrome) je časté neurologické onemocnění s prevalencí 5 - 10% v evropské populaci. Je charakterizované nutkáním pohybovat končetinami a v rozvinuté formě interferuje se spánkem. RLS je komplexní dědičné onemocnění, idiopatické formy jsou asociovány s variantami genů MEIS1, BTBD9, PTPRD a MAP2K5/SCOR1. Recentní studie uvádějí roztroušenou sklerózu jako novou příčinu sekundární formy RLS s prevalencí 19 - 37,5%. Cílem naší práce bylo vyšetřit některé klinické a genetické aspekty tohoto onemocnění, hl. u pacientů s roztroušenou sklerózou (RS). V klinické části jsme vyšetřovali prevalenci RLS u českých pacientů s RS a porovnávali jsme rozsah postižení mozku na magnetické rezonanci (MR) u pacientů s RLS a bez RLS. V genetické části jsme zjišťovali, zda známé genetické varianty (MEIS1, BTBD9, PTPRD a MAP2K5/SCOR1) zvyšují riziko rozvoje RLS také u jiných evropských populací a u pacientů s RS. Metodika: V klinické části (epidemiologické studii) byli pacienti s RS dotazováni na symptomy RLS; každý pacient absolvoval strukturovaný rozhovor cílený na přítomnost základních diagnostických kritérií, rodinnou anamnézu, komorbidity a terapii. U některých pacientů (radiologická studie) byla provedena MR mozku se zaměřením na objem T2 hyperintenzních ložisek...
|
host ::
RSS.