|
|
Proteiny mimikující epitopy široce neutralizujících protilátek proti viru HIV-1
Zosinčuková, Tereza ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Osička, Radim (oponent)
Virus HIV-1 je nebezpečný retrovirus představující jeden z předních světových zdravotnických problémů. Infekce virem HIV-1 je v současné době nevyléčitelná a bez antiretrovirové terapie v rámci let smrtelná. Navzdory veškeré snaze se zatím nepodařilo připravit účinnou vakcínu proti tomuto patogenu. Ve své práci se proto věnuji zcela novému a unikátnímu přístupu ve vývoji vakcíny, který využívá malých vazebných proteinů (mimotopů) pro vyvolání tvorby ochranných široce neutralizujících protilátek proti viru HIV-1. Stěžejní náplní práce byla identifikace a charakterizace malých vazebných proteinů, které věrně napodobují (mimikují) oblasti povrchových glykoproteinů viru HIV-1, jež jsou rozpoznávány široce neutralizujícími protilátkami PGT121 a PGT126. Mimotopy byly selektovány z vysoce komplexní kombinatoriální proteinové knihovny odvozené od nového typu "scaffoldu" nazvaného Myomedin. Rozsah proteinové knihovny byl prvně zúžen metodou ribozomálního displeje. Pomocí přímé sendvičové ELISA bylo následně provedeno plošné testování vazby jednotlivých variant Myomedinu na cílové protilátky. Celkem bylo otestováno přes 200 variant, ze kterých vzešlo několik nadějných kandidátů. Tyto varianty Myomedinu byly následně purifikovány, biochemicky a biofyzikálně charakterizovány a nejvhodnější z nich využity pro...
|
|
|
Příprava a charakterizace vazebných proteinů mimikujících epitopy protilátek neutralizujících virus HIV-1
Šulc, Josef ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
Tři dekády trvající pandemie viru HIV stála život již desítky milionu lidí, další desítky milionů se s touto nevyléčitelnou chorobou potýkají do dnešního dne. Současné neúspěchy ve vývoji ochranné vakcíny jsou způsobeny zejména extrémní mutační schopností viru, jeho velmi efektivním molekulárním štítem odrážejícím útoky imunitního systému a jeho nesmírnou variabilitou. Významným přelomem posledních let byl popis řady tzv. široce neutralizujících protilátek proti HIV-1, které nesou velmi účinnou a širokou neutralizační odezvu. Dosud se však nepodařilo nalézt cestu k navození vysoké produkce podobně účinných neutralizačních protilátek, které by ochránili imunizované jedince před infekcí a případným rozvojem syndromu AIDS. Tato práce popisuje výsledky výzkumu, který vedl k in vivo i in vitro prokázání funkčnosti konceptu tzv. proteinové mimetiky, tedy schopnosti kopírovat epitop virových povrchových proteinů, a tak vybudit účinnou imunitní odpověď ve formě produkce cílených široce neutralizujících protilátek. Účinek v tomto přístupu přináší rekombinantní vazebné proteiny na bázi proteinového scaffoldu Myomedin. Tato práce popisuje výběr a charakterizaci vazebných proteinů mimikujících epitopy nejúčinnější široce neutralizující protilátky 10E8. Ukazuje, že vazebné afinity vybraných Myomedinových...
|
|
|
Femtosecond absorption spectroscopy for study of stimulated emission
Streshkova, Neli ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Zukerstein, Martin (oponent)
Cieľom práce je stavba a optimalizácia experimentálneho usporiadania pre meranie prechodnej transmisie a optického zisku metódou femtosekundovej excitácie a sondova- nia. Usporiadanie kombinuje technológiu parametrického generovania excitačných pulzov s laditeľnou vlnovou dĺžkou a generovaním femtosekundového kontinua ako spektrálne širokého sondovania. V práci sú extenzívne študované podmienky generovania superkon- tinua v kremennej dostičke z praktického hľadiska. Aparatúra bola testovaná na dvoch typoch vzoriek: roztoku rodamínu 6G v metanole a na polovodičovej nanokryštalickej vzorke - skle dopovanom nanokryštálmi CdSSe. Boli zmerané časovo rozlíšené spektrá prechodnej transmisie oboch vzoriek a získaná spektrálna závislosť optického zisku roda- mínu 6G. 1
|
|
|
The role of ORMDL proteins in mast cell signaling
Paulenda, Tomáš ; Dráber, Petr (vedoucí práce) ; Heneberg, Petr (oponent) ; Malý, Petr (oponent)
2. Abstrakt (CZ) Tato dizertační práce je souborem výsledků zaměřených zejména na porozumění aktivace žírných buněk a úlohy Orm1-podobných (ORMDL) proteinů v těchto dějích. Členové rodiny ORMDL jsou malé proteiny lokalizované v membráně endoplazmatického retikula (ER). Proteiny ORMDL rodiny jsou vysoce konzervované mezi savci a jsou k nalezení u různých druhů organizmů od rostlin, přes houby až po živočichy. Proteiny ORMDL byly poprvé objeveny v kvasinkách a zájem o studium těchto molekul raketově vzrostl po objevu souvislosti mezi expresí genu pro OMRDL3 a dětským astmatem v celo-genomových asociačních studiích. Následující výzkum spojil polymorfizmy v genu pro ORMDL3 také s alergickým zánětlivým onemocněním a zánětlivým onemocněním střeva. Jelikož žírné buňky jsou zejména známé pro jejich roli v alergiích a alergických zánětech, rozhodli jsme se studovat ORMDL proteiny v regulaci signalizace a aktivace žírných buněk. V naší první studii jsme se zaměřili na objasnění úlohy proteinu ORMDL3 v aktivaci žírných buněk přes FcεRI. Připravili jsme žírné buňky odvozené z kostní dřeně myší se sníženou nebo zvýšenou expresí ORMDL3. Zjistili jsme, že ORMDL3 je negativní regulátor aktivace žírných buněk včetně degranulace, uvolnění cytokinů a migrace, ale překvapivě bez jakéhokoliv vlivu na mobilizaci vápníku. ORMDL3...
|
|
|
Novel protein binders targeting marker of epithelial cells
Huličiak, Maroš ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Anděra, Ladislav (oponent)
Presná a rýchla kvantifikácia krvných cirkulujúcich nádorových buniek (CTC) u adenokarcinómu pľúc je zásadným krokom ku zrýchleniu diagnostiky, voľbe vhodnej a včasnej terapie a k určeniu prognózy liečby. Vývoj nového typu mikrofluidného zariadenia založeného na detekcii a kvantifikácii epitelových a mezenchýmových CTC buniek prietokovým čipom pomocou selektívnych vysoko afinných kotviacich proteínov je inovatívnym riešením. Témou diplomovej práce bolo vytvoriť nové typy väzobných proteínov s vysokou väzobnou afinitou a selektivitou pre membránový glykoproteín EpCAM ako zvolený marker epitelových buniek. K identifikácii týchto väzobných proteínov bola využitá metóda riadenej evolúcie proteínov, a to použitím vysoko komplexných kombinatoriálnych knižníc odvodených od štruktúry albumín- väzobnej domény (ABD) alebo "scaffoldu Myomedinu" odvodeného od domény ľudského svalového proteínu. Výsledkom diplomovej práce je vyvinutie unikátnej zbierky vysoko afinných proteínov cielených proti rekombinantnému EpCAM a ich následná sekvenčná, biochemická a funkčná charakterizácia. Vybrané varianty proteínov môžu byť riešením pre selektujúce terčové proteíny imobilizované k povrchu mikrofluidného čipu. Kľúčové slová: epitelová bunka, EpCAM, väzobný proteín, ribozomálny displej, kombinatoriálna knižnica, proteínový...
|
|
|
Účinky masážního válce při strečinku
Pětíková, Nikola ; Šteffl, Michal (vedoucí práce) ; Malý, Petr (oponent)
Název: Účinky masážního válce při strečinku Cíle: Hlavním cílem práce bylo zjistit rozdíly mezi účinky masážního válce a klasickým strečinkem. Metody: Studie se účastnilo 10 studentek UK FTVS, ve věku 23-24 let, aktivní sportovkyně s podobnou výkonností. Studie měla tzv. zkřížený (cross-over) design. K měření probandů byla použita metoda zvaná tensiomyografie pomocí přístroje TMG 100. Testován byl sval musculus vastus lateralis. K vyhodnocení výsledků byl použit generalizovaný lineární model. Výsledky: Bylo prokázáno, že pěnové válcování má tendenci lépe aktivovat sval před výkonem a statisticky významně urychluje regenerační procesy po zátěži v porovnání s klasickým strečinkem. Závěr: Masážní válec může být použit efektivně po sportovním výkonu jako prostředek pro urychlení regenerace, čímž může zvýšit sportovní výkonnost. Klíčová slova: rozcvičení, protažení, TMG, tensiomyografie
|
|
|
Novel protein binders targeting marker of epithelial cells
Huličiak, Maroš ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Anděra, Ladislav (oponent)
Presná a rýchla kvantifikácia krvných cirkulujúcich nádorových buniek (CTC) u adenokarcinómu pľúc je zásadným krokom ku zrýchleniu diagnostiky, voľbe vhodnej a včasnej terapie a k určeniu prognózy liečby. Vývoj nového typu mikrofluidného zariadenia založeného na detekcii a kvantifikácii epitelových a mezenchýmových CTC buniek prietokovým čipom pomocou selektívnych vysoko afinných kotviacich proteínov je inovatívnym riešením. Témou diplomovej práce bolo vytvoriť nové typy väzobných proteínov s vysokou väzobnou afinitou a selektivitou pre membránový glykoproteín EpCAM ako zvolený marker epitelových buniek. K identifikácii týchto väzobných proteínov bola využitá metóda riadenej evolúcie proteínov, a to použitím vysoko komplexných kombinatoriálnych knižníc odvodených od štruktúry albumín-väzobnej domény (ABD) alebo "scaffoldu Myomedinu" odvodeného od domény ľudského svalového proteínu. Výsledkom diplomovej práce je vyvinutie unikátnej zbierky vysoko afinných proteínov cielených proti rekombinantnému EpCAM a ich následná sekvenčná, biochemická a funkčná charakterizácia. Vybrané varianty proteínov môžu byť riešením pre selektujúce terčové proteíny imobilizované k povrchu mikrofluidného čipu. Kľúčové slová: epitelová bunka, EpCAM, väzobný proteín, ribozomálny displej, kombinatoriálna knižnica, proteínový...
|
|
|
Novel binding proteins derived from small protein domains targeting diagnostically important molecules
Vaňková, Lucie ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Brynda, Jiří (oponent) ; Trefil, Pavel (oponent)
Rychlý vývoj technik genového inženýrství, zejména metod pro in vitro řízenou evoluci a kombinatorickou mutagenezi, umožnil rychlý rozvoj nových vazebných proteinů pro téměř jakýkoli požadovaný antigen jako alternativu k dnes široce používaným protilátkám. Tyto tzv. scaffoldy jsou často odvozeny od malých proteinových domén s užitečnými biofyzikálními vlastnostmi. Zatímco na biofarmaceutickém trhu stále dominují monoklonální protilátky, možnost snadné cílené modifikace vazebných proteinů je předurčuje především pro použití v diagnostice. ABD scaffold, odvozený od albumin vážící domény streptokokového proteinu G tvořené třemi spojenými alfa-šroubovicemi, patří do rodiny malých vazebných domén. V naší laboratoři byla na základě ABD scaffoldu vyvinuta vysoce komplexní kombinatorická knihovna vazebných proteinů. Tato knihovna byla použita k selekci nových vazebných proteinů pro lidské sérové biomarkery rakoviny prostaty PSP94, KLK2, KLK11, jež mohou být použity k vývoji nových multifaktoriálních biosenzorů pro přesnější diagnostiku rakoviny prostaty. V druhé části dizertace je popsán vývoj vazebných proteinů odvozených od ABD scaffoldu určených pro selektivní rozpoznání různých fenotypů cirkulujících nádorových buněk jako součást mikrofluidního čipu vyvíjeného pro diagnostiku plicního adenokarcinomu....
|
|
|
Náhrada při újmě na přirozených právech člověka
Malý, Petr ; Thöndel, Alexandr (vedoucí práce) ; Frinta, Ondřej (oponent)
Diplomová práce pojednává o problematice újmy na přirozených právech člověka a jejího odškodnění. Práce se zaměřuje na stávající úpravu tohoto institutu obsaženou v zákoně č. 89/2012 Sb., občanský zákoník. Dále je v této práci stávající úprava srovnána s úpravou předešlou, a to s občanským zákoníkem č. 40/1964 Sb. Hlavním cílem této práce je poskytnout základní a ucelený vhled do problematiky újmy na přirozených právech člověka se zaměřením na popis změn vyvolaných na základě přijetí nového občanského zákoníku. Dalším cílem práce je nastínění důsledků těchto změn. Na začátku se diplomová práce zaměřuje na všechny ustanoveními z první části občanského zákoníku, které se věnují úpravě přirozených práv. V další části práce poskytuje obecný vhled do problematiky vzniku odpovědnosti za způsobenou újmu na přirozených právech. Tento obecný základ je nutný pro další část práce, která se zabývá nároky na odškodnění nemajetkové újmy a rozhodování o její výši nového občanského zákoníku. Nejrozsáhlejší třetí část práce se tedy zabývá již konkrétními náhradami, a to náhradou při ublížení na zdraví a při usmrcení a odškodňování sekundárních obětí. Na konci se diplomová práce zmiňuje o dalším souvisejícím institutu, a to o promlčení nároku na náhradu nemajetkové újmy. Podrobněji se práce věnuje oblasti přiznávání...
|
|
|
Selection approaches in directed evolution of binding proteins
Huličiak, Maroš ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Umelo vytvárané väzobné proteíny odvodené od malých proteínových domén lákajú čoraz väčšiu pozornosť ako alternatívy k monoklonálnym protilátkam a majú široké spektrum využitia. Svoju aplikáciu si našli v oblastiach diagnostiky rôznych onemocnení, sú prísľubom pre vývoj vakcín proti globálnym ochoreniam ako je AIDS, môžu mať terapeutický potenciál a skvalitňujú purifikačné a chromatografické metódy. Na selekciu proteínových variánt, ktoré majú najlepšie väzobné vlastnosti sa v súčasnosti využíva viac než desať selekčných, tzv. displejových techník. Displejové techniky využívajú rôzne vektory pre vystavovanie proteínových variánt ako je tomu napríklad u fágového, kvasinkového, retrovirálneho či bakulovirálneho displeja. Selekcia taktiež môže prebiehať in vitro. Príkladom je ribozomálny displej, mRNA displej a CIS displej. Evolúcia displejových selekčných techník umožnila selekciu postranslačne glykosylovaných, fosforylovaných či acylovaných proteínov, prispela k zvyšovaniu výťažku selektovaných ligandov a k skvalitneniu ich väzobných vlastností. Práca popisuje a porovnáva vybrané selekčné metódy, pojednáva o výhodách a limitáciach ich kombinatoriálnych knižníc peptidov a uvádza praktické využitie väzobných proteínov odvodených od malých proteínových domén.
|
host ::
RSS.