|
|
Molekulární mechanismy buněčné nepermisivity vůči viru Rousova sarkomu
Štafl, Kryštof ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Většina virů dokáže infikovat pouze omezené spektrum organizmů a jen v některých z nich je možná jejich účinná replikace. Takové organizmy označujeme jako permisivní pro daný virus. Molekulární podstata nepermisivity a mechanizmy, kterými ji viry dokážou překonat, zatím nejsou dostatečně prostudovány. Tato práce zkoumá molekulární příčiny buněčné nepermisivity vůči viru Rousova sarkomu, který je modelovým retrovirem. Výzkum je prováděn na kachních buňkách, které jsou vůči viru Rou- sova sarkomu podskupiny C semipermisivní, což znamená, že virus do nich dokáže vstoupit, ale nevytváří dostatečné množství infekčního virového potomstva. Výsledky této práce ukazují dva bloky v replikačním cyklu viru v kachních buňkách. První je na úrovni rozpoznání receptoru, které zřejmě není optimální. Druhý blok se nachází v pozdní fázi replikačního cyklu při syntéze virových proteinů. Předloha pro obalový glykoprotein, env mRNA, nevzniká kvůli pozměněným sestřihovým poměrům v dostatečném množství a produkované viri- ony z kachních buněk mají sníženou infektivitu. Tento blok může být částečně překonán bu- něčnou fúzí s permisivními kuřecími buňkami, je tedy recesivní a nejedná se zde o sensu stricto spe- cifické restrikční faktory. Dále byl testován vliv mutací získaných při adaptaci viru na kachní buňky. Oproti...
|
|
|
Effects of heme arginate in HIV-1 acute infection and in latency reversal
Prakash, Shankaran ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
V současnosti dostupná antiretrovirotika efektivně potlačují replikaci HIV-1 a blokují progresi onemocnění. Virus však není možné eliminovat z organismu, neboť HIV-1 integrovaný do genomu není existujícími antiretrovirotiky ovlivňován. Aktivně se proto vyvíjejí nové látky schopné reaktivovat provirus a zlikvidovat latentní rezervoár, tzv. terapie "shock and kill". Normosang (hem arginát; HA) je preparát obsahující lidský hemin využívaný k léčbě akutní porfyrie. Hem je fyziologicky degradován hem oxygenasami na železo (Fe2+ ), oxid uhelnatý (CO) a biliverdin, který je dále přeměňován biliverdin reduktasou na bilirubin. V této práci jsme prokázali, že HA inhibuje replikaci HIV-1 při akutní infekci, což bylo doprovázeno inhibicí reversní transkripce. Naproti tomu HA působil synergicky s forbol myristyl acetátem (PMA) a reaktivoval HIV-1 provirus v buňkách ACH-2 a HIV-1 "minivirus" v klonech buněk Jurkat A2 a H12. HIV-1 "minivirus" byl reaktivován i samotným HA. Dále jsme studovali efekty degradačních produktů hemu na reaktivaci latentního HIV-1 přidaných jednotlivě. K tvorbě Fe2+ jsme využili askorbát, jehož přidání zvyšovalo expresi HIV-1 proviru i "miniviru". Další dva degradační produkty hemu, CO a bilirubin, expresi proviru inhibovaly. Antioxidans N- acetylcystein stejně jako chelátor železa...
|
|
|
A study of the HCV IRES variability: An experimental approach coupled with design of a large-scale mutation database
Khawaja, Anas Ahmad ; Pospíšek, Martin (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Valášek, Leoš (oponent)
Iniciace translace u viru hepatitidy C (HCV) probíhá mechanismem nezávislým na čepičce, který využívá vnitřního vazebného místo pro ribozom (IRES), které interaguje s eukaryotním translačním aparátem a je schopné jej využívat. V našem výzkumu jsme se zaměřili na strukturní konformaci jednotlivých domén HCV-IRES a na dopad primární sekvence IRES na konzervovanost a funkci této sekundární struktury. Za tímto účelem byl proveden screening pacientů infikovaných virem hepatitidy C pro zjištění míry heterogenity a celkové variability HCV-IRES vzniklé u pacientů v průběhu jejich nemoci pomocí optimalizování metod, jako jsou gelové elektroforézy s denaturačním nebo teplotním gradientem. Účinnost translace mutovaných HCV-IRES sekvencí byla měřena pomocí průtokové cytometrie. V některých případech jsme zjistili, že několikanásobné mutace, včetně těch, které jsou rozesety mezi různé domény HCV-IRES, vedly k obnově translační aktivity, ačkoli tyto mutace účinnost translace snižovaly, pokud byly analyzovány jednotlivě. Navrhujeme, že tato pozorování by mohla být vysvětlena potenciálními mezi- a/nebo vnitro-doménovými funkčními interakcemi působícími na velkou vzdálenost. Také jsme nalezli nové mutace, jejichž vliv na účinnost translace HCV-IRES byl experimentálně ověřen. Vytvoření rozsáhlé databáze variací...
|
|
|
Vliv epigenetických modifikací na replikaci a transkripci DNA viru hepatitidy B
Hofman, Tomáš ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Roučová, Kristina (oponent)
Virus hepatitidy B vytváří v jádrech infikovaných hepatocytů stabilní cccDNA odolnou vůči degradaci se schopností perzistence po mnoho let. Hlavní roli v perzistenci cccDNA hrají epigenetické mechanismy regulující transkripci a replikaci v různých fázích infekce. Mezi hlavní regulační epigenetické mechanismy HBV patří metylace CpG ostrovů, acetylace a metylace cccDNA vazných histonů a RNA interference. Metylace CpG je spojena s interakcí kapsidového proteinu, jehož vazba na cccDNA podporuje transkripci a odlišuje tak strukturně virový genom od hostitelského. X protein kromě metylace CpG ovlivňuje hlavně histonové modifikace interakcí s hostitelskými proteiny, čímž je schopen vyřadit inhibiční vlivy a podpořit virovou transkripci aktivačními modifikacemi. Tato práce shrnuje dosavadní poznatky týkající se epigenetické regulace cccDNA. Klíčová slova: HBV, cccDNA, replikace a transkripce HBV DNA, histonové modifikace, metylace CpG, CpG ostrovy, HBx, HBc, IFNα, IL-6
|
|
|
Vliv restrikčních faktorů na replikaci viru hepatitidy B
Kunteová, Kateřina ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše vlivu buněčných restrikčních faktorů na replikaci viru hepatitidy B. Důraz bude kladen na srovnání vrozené a přirozené imunity a vlivu stejných nebo analogických restrikčních faktorů ovlivňujících replikaci virů HBV a HIV-1. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude rovněž zohledněn vliv restrikčních faktorů na replikaci a genovou expresi HBV při akutní, chronické a okultní infekci. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Vlastnosti myších buněk transformovaných fúzním genem bcr-abl
Fliegl, Monika ; Vonka, Vladimír (vedoucí práce) ; Hejnar, Jiří (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V současné době patří chronická myeloidní leukémie (CML) mezi onkologická onemocnění, která jsou nejlépe prostudovaná na molekulární úrovni. Její vznik těsně souvisí s translokací mezi chromozomy 9 a 22, která vede ke vzniku fúzního genu bcr-abl kódujícího fúzní protein Bcr-Abl. Genová modifikace způsobuje nežádoucí zvýšení aktivity tyrosin-kinázy (TKA) kódované genem abl. Po zavedení léčby imatinib mesylátem a dalšími inhibitory tyrosin-kinázy (ITK), které se označují jako ITK druhé generace, se výrazně zlepšila kvalita života i délka přežití pacientů trpících CML. Současná cílená terapie však pouze zastavuje průběh nemoci a snad jen výjimečně ji vyléčí. Jedním z hlavních důvodů je, že se nádorové buňky nechovají při léčbě pasivně. Poměrně často dochází k mutacím, které mají za následek selekci klonu, který je na užitou farmakoterapii rezistentní; či k amplifikaci fúzního genu bcr-abl. Moderní farmakoterapie založená na ITK též není s to zasáhnout nádorové kmenové buňky, které se stávají při přerušení léčby zdrojem relapsu nemoci. Jedinou současnou možností vyléčení CML je transplantace allogenních hematopoetických kmenových buněk. Slabinami tohoto terapeutického přístupu jsou malý počet vhodných dárců a také vysoká morbidita a mortalita u nemocných příjemců. V současné době je rozšířeno...
|
|
|
The study of epigenetic regulation of HLA class II genes at the level of histone modification
Černoch, Marek ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Úvod: Epigenetické modifikace mohou mít významný vliv na na aktivitu genů regulací jejich exprese, čímž mohou přímo ovlivnit mnohé procesy v lidském těle. Epigenetické procesy se také podílejí na etiopatogenezi mnoha chorob. Z tohoto úhlu pohledu se MHC geny jeví jako zvláště důležité, protože jsou spojeny s mnoha autoimunitními poruchami, například s diabetes mellitus prvního typu. Autoimunitní choroby se obecně zdají být úzce propojeny s určitými MHC geny II. třídy. Cíle: Cílem této práce je určit vztah mezi úrovní exprese a přítomností histonových modifikací v promotorovém úseku MHC genu II. třídy DQA1. Dále analyzujeme a srovnáváme exprese mRNA genu DQA1 v závislosti na přítomné QAP alele promotoru. Metody: Ze vzorků periferní krve od dobrovolných dárců jsme izolovali nukleové kyseliny (DNA i RNA) a leukocyty. DNA byla nadále využita pro genotypizaci jedinců. RNA byla podrobena reverzní transkripci a následně kvantitativní PCR za účelem vyhodnocení úrovně exprese. Leukocyty byly použity pro chromatinovou imunoprecipitaci, která byla vyhodnocena pomocí kvantitativní PCR. Výsledky: Úroveň exprese QAP alely 3.1 byla zvýšená oproti ostatním alelám. Alela 4.1A se naopak exprimovala na významně nižší úrovni. Histonové modifikace byly zjištěny pro DQA1 alely *01, *02, *03 a *05. Mezi expresí a...
|
|
|
Role exosomů při virové infekci a vzniku rakoviny
Sekavová, Alžběta ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Exosomy umožňují mezibuněčnou komunikaci a přenášení nákladu mezi buňkami. Znalost mechanismů třídění nákladu do exosomů a jejich přenosu mezi buňkami je zásadní pro vývoj vakcín a diagnostických přístupů. Exosomální přenos může přispívat jak k imunitní odpovědi organismu, tak k pathofyziologiím - zejména vzniku a rozvoji nádorových onemocnění a šíření virových infekcí. Výzkum role exosomů v životních cyklech tumorogenních virů přirozeně propojuje dosavadní poznatky o mechanismech virové karcinogenese a transportu buněčných i virových onkoproteinů a nukleových kyselin. Virus Epsteina a Barrové využívá exosomy pro přenos onkoproteinu LMP1 a regulačních RNA, zatímco virus lidské imunode- ficience využívá buněčné dráhy pro vznik exosomů k pučení z buňky zakrytý její membránou, která poskytuje úkryt před imunitním systémem. U viru hepatitidy C byl prokázán exosomální přenos infekčních částic. Onkoproteiny a virové RNA jsou v exosomech uvolňovány i z buněk infikovaných jinými lidskými tumorogenními viry. Mechanismy i důsledky těchto jevů však dosud zůstávají neprobádané. Klíčová slova: exosom, rakovina, virová infekce, tumorogenní viry, imunita, mezibuněčná komunikace, virus hepatitidy C, virus Epsteina a Barrové, virus lidské imunodeficience
|
|
|
Detekce lidských respiračních DNA virů ve vzorcích dýchacích cest u imunokompromitovaných pacientů.
Blagoevová, Kateřina ; Hubáček, Petr (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent)
Onemocnění respiračního traktu patří k nejběžnějším onemocněním vyskytujícícm se v dětské i dospělé populaci po celém světě. Nejčastěji je způsobováno viry. U zdravých imunokompetentních jedinců je průběh onemocnění způsobeného infekcí respiračních virů zpravidla bez větších komplikací. Jinak je tomu u imunokompromitovaných pacientů, jako jsou například pacienti po transplantacích, které i běžné infekce mohou ohrožovat na životě. Polyomaviry KI (KIPyV) a WU (WUPyV) a lidský bocavirus (HBoV) jsou nejčastěji detekovány v respiračních vzorcích od dětí s akutním respiračním onemocněním a u imunosuprimovaných pacientů, nicméně jejich patogeneze je stále nejasná. V této práci bylo retrospektině testováno na přítomnost KIPyV, WUPyV a HBoV pomocí kvantitativní real-time PCR 822 (745 od dospělých a 77 od dětí) vzorků z dýchacích cest od 380 (326 dospělých a 54 dětí) imunokomprimovaných pacientů a 84 vzorků periferní krve. Nejčastěji se vyskytoval HBoV (6,32 % pozitivních pacientů), dále KIPyV (5,79 % pozitivních pacientů)a WUPyV (0,53 % pozitivních pacientů). Pouze HBoV byl součastně detekován i v několika vzorcích krve. Studie potvrdila výskyt polyomavirů WU a KI a lidského bocavirus v české populaci a to u dětských i dospělých imunosuprimovaných pacientů. Klíčová slova: respirační virus, lidský bocavirus,...
|
|
|
Host-virus interactions of mammalian endogenous retroviruses
Farkašová, Helena ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Mělková, Zora (oponent)
Endogenní retroviry (ERV) vznikají retrovirovou infekcí zárodečné linie a následným přenosem do dalších generací podle pravidel Mendelovy dědičnosti. Až na pár výjimek jsou všechny druhy savčích ERV evolučně staré a fixované v populaci svých hostitelských druhů. O některých skupinách retrovirů se předpokládálo, že nejsou schopny vytvářet endogenní kopie. Objevili jsme další příklad endogenního Lentiviru a první endogenní Deltaretrovirus. Obě tyto skupiny byly dříve považovány za neschopny vytvářet endogenní kopie. Endogenní lentiviry byly objeveny pouze nedávno a stale se považují za velmi vzácné. Toto jsou stále jen minoritní důkazy z kterých nemůžeme získat celkový obraz o průběhu virové endogenizace. Popsali jsme nový endogenní Lentivirus v genomu letuchy malajské (Galeopterus variegatus) a nazvali ho ELVgv (endogenous Lentivirus of G. variegatus). Na základě několika analýz jsme dokázali, že se jedná o nejstarší dosud objevený Lentivirus, a potvrdili jsme jeho přítomnost v jediném jiném současném druhu Dermopter - Cynocephalus volans. Endogenní deltaretroviry byly poslední retrovirovou skupinou bez nalezeného endogenního člena. Našli jsme zbytky endogenního Deltaretroviru v genomu netopýra létavce natalského (Miniopterus natalensis). Tato retrovirová sekvence byla přítomna v genomu pouze v jedné kopii....
|
host ::
RSS.