|
| |
|
|
Proteomika pro začátečníky
Hubálek, Martin ; Vrbacký, M. ; Křenková, Alena
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat.
|
|
|
Strukturní charakterizace interakce dvouvláknových DNA s transkripčním faktorem
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hubálek, Martin (oponent)
Transkripční faktory z rodiny proteinů TEAD jsou důležitou součástí mnohých eukaryotických regulačních procesů. Jsou součástí Hippo signální dráhy a podílí se na kontrole diferenciace buněk a apoptózy. Zájem o tyto proteiny též souvisí s jejich spojením s onkologickými onemocněními. DNA-vazebná doména TEAD transkripčních faktorů interaguje s M-CAT elementy dvouvláknové DNA, kterými jsou i sekvence dsDNA z exonu a enhanceru genu C-MYC, jejichž interakce s DNA-vazebnou doménou proteinů TEAD byla v této práci studována především iontovou mobilitou ve spojení s hmotnostní spektrometrií za použití nativní ionizace nanoelektrosprejem. Studiu proteinu TEAD1-DBD a jeho dsDNA komplexů předcházela produkce DNA-vazebné domény TEAD1 dle již optimalizovaného protokolu. TEAD1-DBD a jeho komplexy byly dále studovány pomocí kolizně indukované aktivace a zahřívání sprejovaného roztoku při použití nativní hmotnostní spektrometrie ve spojení s iontovou mobilitou. Při kolizní aktivaci bylo pozorováno kolizně indukované rozbalování proteinu i obou jeho komplexů s DNA. Při zahřívání sprejovaného roztoku bylo sledováno tavení dsDNA i komplexů a z naměřených hodnot byly určeny teploty tavení jednotlivých vzorků. Pomocí kalibrace iontové mobility s putující vlnou byly určeny kolizní průřezy jednotlivých molekul.
|
|
| |
|
|
Optimalizace analýzy lipopeptidů pomocí kapalinové chromatografie a hmotnostní spektrometrie
Kadeřábková, Marta ; Hubálek, Martin (vedoucí práce) ; Novák, Petr (oponent)
Modifikace proteinů lipidovou strukturou je poměrně běžná post-translační modifikace, která ovlivňuje vlastnosti proteinů a má přímý vliv na vazbu modifikovaných proteinů do buněčných membrán. Některé lipidované proteiny hrají roli v různých patologických procesech. Při proteomické analýze těchto proteinů je zkoumaný vzorek nejprve naštěpen pomocí proteázy. Vzniklý hydrolyzát obsahuje jak nemodifikované peptidy, tak i peptidy nesoucí lipidovou modifikaci. Při následné chromatografické separaci se lipopeptidy od těch nemodifikovaných výrazně liší svým chováním. Z tohoto důvodu je analýza lipopeptidů, potažmo lipoproteinů, z hlediska separace a detekce problematická. Předmětem této diplomové práce byla optimalizace analýzy lipoproteinů pomocí kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí. Postupy byly testovány na lipoproteinech Cya A (bifunkční adenylát-cyklázový toxin baterie Bordetella pertussis) a MMTV (matrixový protein viru myšího tumoru prsních žláz). Nejprve byly testovány různé postupy přípravy vzorků zahrnující proteolytické štěpení. Při enzymatickém štěpení trypsinem na filtru (eFASP) došlo k zachycení lipidové modifikace s vysokou mírou spolehlivosti. V dalším kroku bylo testováno nastavení gradientové eluce pro chromatografickou metodu. Jako vhodný byl zvolen gradient dlouhý 70 minut...
|
|
|
Strukturní charakterizace interakce dvouvláknových DNA s transkripčním faktorem
Kadavá, Tereza ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Hubálek, Martin (oponent)
Transkripční faktory z rodiny proteinů TEAD jsou důležitou součástí mnohých eukaryotických regulačních procesů. Jsou součástí Hippo signální dráhy a podílí se na kontrole diferenciace buněk a apoptózy. Zájem o tyto proteiny též souvisí s jejich spojením s onkologickými onemocněními. DNA-vazebná doména TEAD transkripčních faktorů interaguje s M-CAT elementy dvouvláknové DNA, kterými jsou i sekvence dsDNA z exonu a enhanceru genu C-MYC, jejichž interakce s DNA-vazebnou doménou proteinů TEAD byla v této práci studována především iontovou mobilitou ve spojení s hmotnostní spektrometrií za použití nativní ionizace nanoelektrosprejem. Studiu proteinu TEAD1-DBD a jeho dsDNA komplexů předcházela produkce DNA-vazebné domény TEAD1 dle již optimalizovaného protokolu. TEAD1-DBD a jeho komplexy byly dále studovány pomocí kolizně indukované aktivace a zahřívání sprejovaného roztoku při použití nativní hmotnostní spektrometrie ve spojení s iontovou mobilitou. Při kolizní aktivaci bylo pozorováno kolizně indukované rozbalování proteinu i obou jeho komplexů s DNA. Při zahřívání sprejovaného roztoku bylo sledováno tavení dsDNA i komplexů a z naměřených hodnot byly určeny teploty tavení jednotlivých vzorků. Pomocí kalibrace iontové mobility s putující vlnou byly určeny kolizní průřezy jednotlivých molekul.
|
|
|
Možnosti fixace vzorků pro měření obsahu DNA u ryb průtokovou cytometrií
HUBÁLEK, Martin
Tato práce si klade za cíl zhodnotit možnost využití různých biologických fixativ k prodloužení uchovatelnosti vzorků rybích buněk a tkání pro pozdější měření obsahu DNA průtokovou cytometrií. Jako modelové druhy byly vybrány jeseter malý a lín obecný, od kterých byly získávány tři typy vzorků: krev a ploutevní tkáň subadultních / adultních jedinců a ocasní tkáň vykuleného plůdku. Na každý typ vzorku každého modelového druhu bylo testováno 13 fixačních metod, při jejichž výběru byl kladen zvýšený důraz na snadnou proveditelnost a časovou nenáročnost. Na průtokovém cytometru byly vzorky měřeny v nativním stavu neprodleně po odběru do fyziologického roztoku a dále po 1, 5 a 10denní fixaci, během níž byly uchovávány v lednici nebo mrazáku při -80 ?C. Jejich analýza probíhala simultánně se standardy nativními buňkami z ploutevní tkáně lína v případě zkoumání vzorků z jesetera malého a komerčně dodávanými fixovanými pstružími erytrocyty pro vzorky z lína obecného. Použitým fluorochromem byl 4',6-diamidino-2-fenylindol (DAPI s excitačním/emisním maximem 358 / 461 nm). Na základě zjištěných hodnot variačního koeficientu (CV) fixovaných vzorků a změn v úrovních jejich fluorescence ve srovnání s nativním stavem jsou navrženy optimální postupy pro prodloužení uchovatelnosti všech typů vzorků obou modelových druhů.
|
|
| |
|
|
Indukce gynogeneze u jesetera malého
HUBÁLEK, Martin
Tato bakalářská práce se zabývá indukovanou gynogenezí jeseterovitých ryb. Teoretická část práce popisuje obecné základy indukované gynogeneze ryb a blíže se zaměřuje na publikované výsledky gynogeneze jeseterů. Shrnuje používané metody a jednotlivé kroky gynogenetické indukce a v neposlední řadě také význam jejího praktického využití. Praktická část práce seznamuje s výsledky experimentální indukce mitotické gynogeneze jesetera malého. Shrnuje úspěšnost jednotlivých kroků, usuzuje na správnost použitého postupu, porovnává zjištěné výsledky a přináší jedny z prvních informací o optimalizaci protokolu mitotické gynogeneze jeseterů.
|
|
| |
host ::
RSS.