|
|
The relationship between splicing and posttranslational modifications of chromatin in Saccharomyces cerevisiae
Kovaľová, Libuša ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Protein Prp45, kvasinkový ortholog lidského transkripčního koregulátoru SNW1/SKIP, byl v literatuře doposud spojován pouze s regulací sestřihu pre-mRNA. Naše laboratoř odhalila, že protein Prp45 geneticky interaguje nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a enzymy katalyzujícími chromatínové modifikace. Naše výsledky a rovněž i poznatky o lidském orthologovi SNW1/SKIP naznačují, že by Prp45 mohl sloužit jako regulátor propojující sestřih, transkripci a stav chromatínu u S. cerevisiae. Hlavním cílem diplomového projektu bylo zjistit, zda protein Prp45, který je nezbytný pro kotranskripční sestavování spliceozomu, ovlivňuje posttranslačné modifikace chromatínu na transkribovaných genech. Pomocí chromatinové imunoprecipitace nicméně nebyl potvrzen vliv mutace prp45(1-169) na profil trimethylace histonu H3 na lyzinu 4 a acetylace histonu H3 na lyzínech 9, 14 a 18 na lokusech transkripčně aktívních genů. Naším cílem také bylo průtokovou cytometrií analyzovat chování buněk synchronizovaných pomocí α-faktoru. Bylo ukázáno, že mutace prp45(1-169) vede k prodloužení buněčného cyklu. V rámci diplomového projektu byl pro účely sledování dynamiky nukleozomů v kmenech S. cerevisiae zaveden systém indukované exprese značeného histonu H3. Výsledky...
|
|
|
Kinázy rodiny CK1 a jejich úloha v signální dráze proteinu Wnt
Horázná, Daniela ; Macůrková, Marie (vedoucí práce) ; Folk, Petr (oponent)
Wnt signalizace je velmi důležitou drahou pro vývoj a růst buněk. V člověka obsahuje šest proteinů různých funkcí a struktur, kódovaných různými geny. Signalizační kaskáda začíná vazbou molekuly Wnt na receptory cílové buňky. Tím je zahájen složitý řetězec navazujících a vzájemně se ovlivňujících reakcí, poháněný a zároveň inhibovaný aktivitou CK1 kináz. Každá kináza má v ignalizaci jinou funkci, ale jejich funkce se mohou překrývat. Za určitých podmínek mohou některé změnit své chování z aktivačního na inhibiční. Tato práce se pokouší rozebrat CK1 členy jednotlivě a ukazuje jejich úlohy ve Wnt signalizaci podle nejnovějších vědeckých poznatků.
|
|
|
Transkripční regulace genů GAL - model pro studium funkce chromatinu
Brožková, Anita ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Konířová, Jana (oponent)
Genový systém GAL kvasinky Saccharomyces cerevisiae umožňuje této jednobuněčné houbě metabolizovat monosacharid galaktózu. Exprese genů GAL je řízena regulační kaskádou, kde k aktivaci transkripce dochází v přítomnosti galaktózy a k represi v přítomnosti glukózy. Systém GAL se již desítky let uplatňuje jako model pro studium transkripční regulace u eukaryot. Produkty genů GAL se dělí na enzymy zabezpečující vlastní metabolismus galaktózy a specifické regulační proteiny. Při studiu genů GAL byla například zjištěna pozoruhodná okolnost, že gen pro jeden z hlavních regulačních proteinů a gen kódující enzym galaktokinázu se patrně vyvinuly v důsledku dávné genové duplikace jejich společného předka a v průběhu evoluce nabyly rozdílných funkcí. Geny GAL dále představují modelový systém pro studium změn chromatinu doprovázející aktivaci a represi transkripce. Další poměrně nedávno objevený mechanismus regulace systému GAL představuje represe transkripce genů GAL1 a GAL10 prostřednictvím ncRNA, která byla objevena v souvislosti ze změnou rozložení methylace na lokusu GAL10. Zřejmě nejnovějším objevem regulace genové exprese genů GAL je změna jaderné lokalizace klastru GAL1,-7,-10 v důsledku změny dostupnosti zdroje uhlíku. Genový systém GAL kvasinky S. cerevisiae je dobrou ilustrací toho, jak rozmanitých podob může...
|
|
|
Efektory chromatinových modifikací a jejich vztah k regulaci transkripce na modelu Saccharomyces cerevisiae
Hálová, Martina ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Staněk, David (oponent)
Vztahy mezi transkripcí, úpravami primárního transkriptu a modifikacemi chromatinu jsou dosud jen nedostatečně poznány. Jedním z kandidátních faktorů, které tyto procesy spřahují, je lidský protein SNW1/SKIP. Tento protein je zapojen do regulace sestřihu pre mRNA a ovlivňuje transkripci jak na úrovni iniciace, tak na úrovni elongace. Podle hypotézy z laboratoře K. Jones je do procesu elongace transkripce zapojen prostřednictvím interakce s pozitivním transkripčním elongačním faktorem b a ovlivňuje také vznik methylace histonu H3 na lysinu 4, modifikaci spojenou s aktivní transkripcí (Bres et al., Genes Dev. 19:1211-26, 2005, Bres et al., Mol Cell. 36:75-87, 2009). Kvasinkový ortholog, protein Prp45, byl v literatuře dosud spojován pouze s regulací sestřihu. Nepublikované výsledky získané v naší a jiných laboratořích však poukázaly na jeho zapojení i do procesu elongace transkripce. Cílem diplomového projektu bylo hledat vztahy mezi Prp45 a faktory regulujícími transkripci. Bylo potvrzeno, že u buněk s mutací prp45(1-169) dochází ke zpoždění exprese genů PHO5 a PHO84. Byly zjištěny genetické interakce mezi PRP45 a některými geny kódujícími efektory chromatinových modifikací. Funkce Prp45 při expresi genů PHO5 a PHO84 byla dále blíže charakterizována testováním vlivu mutace prp45(1 169) a současné delece...
|
|
|
Vlastnosti DNA vazebných mutant proteinů CSL
Teska, Mikoláš ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Šťovíček, Vratislav (oponent)
Signální dráha Notch hraje klíčovou roli ve vývoji a životě mnohobuněčných organismů. Proteiny CSL jsou klíčovou součástí dráhy Notch, kde zprostředkovávají regulaci cílových genů. Objev CSL-homologních proteinů v kvasinkách nastolil otázku ohledně jejich funkce v jednobuněčných organismech před vznikem kanonické Notch dráhy. CSL-homologní proteiny v kvasinkách jsou konzervovány v částech, které jsou důležité pro vazby na DNA, a prokázalo se, že tyto proteiny se vážou na CBF1-vazebné elementy in vitro. V kvasince Schizosaccharomyces pombe hrají paralogy CSL (Cbf11 a Cbf12) protichůdné role v buněčné adhezi a v koordinaci buněčného a jaderného dělení. Kvasinkové proteiny CSL mají oproti proteinům CSL u metazoa dlouhé a vnitřně nestrukturované N-koncové domény. V této studii jsme zkoumali funkční význam těchto N-koncových částí CSL proteinů pomocí jejich úplného odstranění. U nově vytvořených zkrácených variant proteinů Cbf11 a Cbf12 v S. pombe jsme pozorovali absenci jejich vazby na próbu RBP, kterou rozpoznávají proteiny CSL. Odstranění N-terminálních částí proteinů CBF u S. pombe vedlo ke změně v buněčné lokalizaci. Původně silná jaderná lokalizace u proteinů Cbf divokého typu se odstraněním N- koncových částí změnila na smíšenou lokalizaci v cytoplazmě a jádře. Overexprese nevazebných mutací genu...
|
|
|
Notch independentní funkce transkripčních faktorů CSL
Teska, Mikoláš ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent) ; Kuthan, Martin (oponent)
Signální dráha Notch hraje zásadní roli při vývoji a během života mnohobuněčných živočichů. CBF1 je prvkem dráhy Notch, který zprostředkovává regulaci cílových genů. Objev proteinů podobných CBF1 v kvasinkách vznesl otázku jejich funkce v jednobuněčných organismech - před vznikem kanonické dráhy Notch. Kvasinkové homology CBF1 jsou konzervovány v oblastech důležitých pro vazbu na DNA a váží CBF1-vazebný element in vitro. CBF1 a příbuzné transkripční faktory v Metazoa (CSL) interagují s mnoha proteiny v Notch-dependentních ale i Notch independentních komplexech. Rovněž receptor Notch má některé funkce CSL-independentní. Práce se zabývá interakčními partnery CSL v Metazoa a jejich homology v kvasinkách s cílem upozornit na možné interakce CBF1 homologů v evolučně ancestrálním kontextu.
|
|
|
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk
Tolde, Ondřej ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Kovář, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk Nádorové onemocnění má svůj původ v normálních tělních buňkách, které se vymknuly kontrole mateřského organismu. Nádorové buňky se pak mohou uvolnit z místa svého vzniku a šířit se po organismu. Pro průchod mezibuněčnou hmotou nebo vrstvou jiných buněk mohou tyto buňky využít mechanismy, které vedou k efektivnější migraci a invazivitě. Výzkum mechanizmů, které nádorové buňky využívají pro migraci, má význam pro pochopení vzniku a šíření metastáz a následně pro protinádorovou léčbu. V rámci mé disertační práce jsem se podílel na výzkumu vlastností invazivních nádorových buněk. Porovnávali jsme vlastnosti neinvazivní sarkomové buněčné linie a z ní odvozené, vysoce metastatické linie. Ukázali jsme, že buňky invazivní linie využívají améboidní způsob migrace a vykazují zvýšenou aktivitu Rho/ROCK signalizace. Na vedoucím okraji mají tyto buňky nabohacený aktin a myosin a dochází zde ke generování síly. Buňky neinvazivní linie využívají mezenchymální způsob migrace a generují sílu převážně na zatahujícím se konci. Dále jsme porovnávali buňky dvou linií odvozených od prsního karcinomu. Ukázali jsme, že invazivnější linie, odvozená od méně invazivní, vykazuje větší dynamičnost v přestavbě aktinového skeletu. Rovněž jsme u těchto linií popsali přítomnost...
|
|
|
New aspects of the cell submembrane signaling
Heneberg, Petr ; Dráber, Petr (vedoucí práce) ; Bilej, Martin (oponent) ; Folk, Petr (oponent)
2 ABSTRAKT Tato disertace je příspěvkem k objasnění některých mechanismů submembránové signalizace savčích buněk. Hlavní část výzkumů byla provedena na žírných buňkách a bazofilech aktivovaných prostřednictvím vysokoafinitního receptoru pro IgE typu I, FcεRI, anebo membránovým glykoproteinem Thy-1. Jsou popsány nové role aktinového cytoskeletu v signalizaci žírných buněk přes FcεRI a Thy-1. Objev nového transmembránového adaptorového proteinu NTAL - z anglického "non-T cell activation linker" - krátce před započetím zpracovávání teze vedl ke zvýšené pozornosti věnované tomuto proteinu. Byly zjištěny a popsány významné změny v signalizaci žírných buněk s deficiencí v genu kódujícím protein NTAL, podobně též docházelo k výrazným změnám i v žírných buňkách, u kterých byla exprese proteinu NTAL jen snížena či zvýšena. Bylo dokumentováno, že NTAL je rovněž jedním z proteinů fosforylovaným po agregaci glykoproteinu Thy-1 na povrchu žírných buněk. Velká pozornost byla věnována časoprostorové distribuci glykoproteinu Thy-1 na různých úrovních rozlišení, přičemž byly zkoumány i některé biochemické charakteristiky buněk aktivovaných právě přes Thy-1 glykoprotein. V žírných buňkách a bazofilech byla zjišťována přítomnost dosud neznámých nereceptorových proteinových tyrosinových fosfatáz a následně byla provedena...
|
|
| |
|
|
Fyzické interakce sestřihového faktoru Prp45
Kratochvílová, Eliška ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Doubravská, Lenka (oponent)
Je známo, že posttranslační stav chromatinu, transkripce a sestřih se vzájemně ovlivňují, přesto ve studiu jejich vztahů zbývá ještě mnoho nezodpovězených otázek. V kvasince Saccharomyces cerevisiae lze relativně snadno navodit stavy, kdy je v životaschopných buňkách sestřih oddělen od transkripce. Takového stavu bylo docíleno mutací sestřihového faktoru Prp45, jehož savčí homolog se prokazatelně účastní jak regulace transkripce, tak sestřihových reakcí. Na základě předem indikovaných interakcí v dvouhybridním systému byla v této práci hledána fyzická spojení proteinu Prp45 s proteiny účastnícími se posttranslačních modifikací chromatinu. Jejich nalezení by poskytlo vhled do vzájemných vztahů procesů genové exprese. Koimunoprecipitací ani afinitní purifikací nebyly nalezeny fyzické interakce mezi proteinem Prp45 a námi zvolenými regulátory chromatinu. O alternativních přístupech uvažujeme. Koprecipitačními metodami byla dále blíže lokalizována interakce proteinu Prp46 se zkrácenými variantami proteinu Prp45. Toto pozorování rozšířilo naše znalosti o protein- proteinových interakcích v rámci sestřihového komplexu.
|
host ::
RSS.