|
|
Příprava rekombinantních forem extracelulární domény myších leukocytárních receptorů z rodiny NKR-P1.
Adámek, David ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Myší receptory NK buněk patřící do rodiny NKR-P1 hrají roli v regulaci odpovědi těchto buněk z hlediska jejich aktivace, inhibice a produkce cytokinů. Tato diplomová práce se zabývá přípravou extracelulárních částí aktivačních receptorů mNKR-P1A a mNKR-P1C z myšího kmene C57BL/6. Cílem bylo připravit produkční vektor obsahující kódující sekvenci příslušných částí obou receptorů, optimalizovat jejich produkci v bakteriích E. coli a nalézt vhodný postup jejich renaturace a purifikace in vitro. Čisté proteinové preparáty byly následně ověřeny a analyzovány hmotnostní spektrometrií a rovněž značeny fluorescenční značkou za účelem hledání ligandu na buněčných preparátech. V budoucím výzkumu bude řešena struktura připravených proteinových preparátů a rovněž budou použity k hledání svých ligandů. Dané poznatky mohou v budoucnu dopomoci k lepšímu pochopení NK buněk.
|
|
|
Physiological role of SIGIRR in early embryonic development.
Hanusová, Zdeňka ; Filipp, Dominik (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Receptory skupiny IL-1 a Toll-like receptory (IL-1R/TLR) jsou proteiny, které ve své cytoplasmatické části sdílejí vysoce konzervovanou Toll/IL-1R (TIR) doménu. Signalizace zprostředkovaná těmito proteiny zahrnuje aktivaci transkripčního faktoru NF-κB a členové této skupiny se tedy výrazně podílejí na řadě reakcí, jež jsou v těle součástí vrozené imunity a zánětlivého procesu. Protein SIGIRR (single immunoglobulin IL1R-related molecule) je nedávno objeveným členem rodiny IL-1 receptorů, který se od ostatních členů skupiny liší svojí unikátní proteinovou strukturou; prozatím také nebyl identifikován žádný jeho ligand. SIGIRR sám není schopen zprostředkovat aktivaci NF-κB a jeho hlavní funkce zřejmě spočívá v negativní regulaci zánětlivých reakcí vyvolaných ostatními receptory skupiny IL-1R/TLR. Jeho inhibiční účinky již byly popsány pro několika signálních drah probíhajících v různých typech buněk a tkání, především pak v ledvinách, zažívacím traktu a plicích. Nedávná zjištění také naznačují, že protein SIGIRR by mohl hrát důležitou roli v časném embryonálním vývoji. Hlavním cílem této práce je přispět k pochopení mechanismů, kterými je zprostředkována funkce proteinu SIGIRR jako negativního regulátoru IL-1R/TLR signalizace. Pro účely biochemických a mikroskopických analýz proteinu SIGIRR v...
|
|
|
To be or not to be activated: current view on the regulation of Lck in the proximal T-cell signaling
Valečka, Jan ; Filipp, Dominik (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Kinázy rodiny Src jsou zásadními členy mnoha signálních drah a jsou přítomné v rozličných typech buněk. Lck, člen této rodiny kináz, hraje významnou roli v iniciaci aktivace T lymfocytů. Aktivace Lck v T lymfocytech je jedním z prvních biochemických jevů, které lze po zapojení T buněčných receptorů sledovat. Kinázová aktivita Lck je regulována na několika úrovních. Závisí především na tom, zda jsou pozitivně a negativně regulující tyrosiny, které řídí strukturní konformaci a kinázovou aktivitu, fosforylovány. Již byly popsány některé kinázy a fosfatázy, které ovlivňují regulační tyrosiny Lck. Interakce s adaptorovými proteiny dále zesložiťují regulaci aktivity Lck. Zásadní roli v regulaci aktivity Lck hraje buněčné prostředí, zvláště pak membránové mikrodomény zvané lipidové rafty. Dlouho se předpokládalo, že rozeznání ligandu pomocí TCR spouští aktivaci Lck, která následně zahajuje další signalizaci. Nové poznatky vyvolávají o těchto závěrech pochyby. Ukazují totiž, že velká část Lck je v aktivovaném stavu již před spuštěním signalizace přes TCR a zůstává aktivovaná přinejmenším dalších 2 - 5 minut. Tento nový poznatek vnáší další otázky ohledně mechanismů, které (i) chrání naivní T lymfocyty před nežádoucí fosforylací způsobenou aktivní Lck a (ii) po spojení CD4 a TCR řídí přemístění Lck v membráně tak,...
|
|
|
Mechanismy signalizace zprostředkované MHC glykoproteiny II. třídy v B lymfocytech
Kotlabová, Klára ; Brdička, Tomáš (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Během zahájení imunitní reakce na antigen jsou peptidové fragmenty pocházející z antigenu vystavovány v komplexu s MHC glykoproteiny II. třídy (MHCgpII) na povrchu antigen prezentující buňky (APC). V průběhu rozpoznání prezentovaného antigenu T lymfocytem vzniká v místě kontaktu s APC molekulární struktura zvaná imunologická synapse (IS). Během této interakce dochází k signalizaci z receptorů jak na T lymfocytární, tak na APC straně IS. Dlouho se myslelo, že jedinou funkcí MHCgpII je prezentace antigenu. Později však bylo zjištěno, že stimulace MHCgpII vede i ke spuštění signálů, podílejících se na rozhodnutí o dalším osudu APC. MHCgpII nemají ve své cytoplasmatické doméně signalizační motivy, a pro transdukci signálů jsou tedy potřeba asociované molekuly. V případě B lymfocytů, na které je tato práce zaměřena, jsou to transmembránové proteiny Ig alfa/beta, MPYS, CD19 a CD20. Tyto molekuly po stimulaci MHCgpII zprostředkovávají signalizační události zahrnující aktivaci několika rodin protein kináz, fosfolipázy C, mobilizaci vápníku a aktivaci transkripčních faktorů NFAT a AP-1. Tyto signály mění další osud buňky a jejich důsledkem může být proliferace a diferenciace, nebo také buněčná smrt.
|
|
|
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk
Tolde, Ondřej ; Folk, Petr (vedoucí práce) ; Kovář, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Mechanismy invazivity a transkripční regulace nádorových buněk Nádorové onemocnění má svůj původ v normálních tělních buňkách, které se vymknuly kontrole mateřského organismu. Nádorové buňky se pak mohou uvolnit z místa svého vzniku a šířit se po organismu. Pro průchod mezibuněčnou hmotou nebo vrstvou jiných buněk mohou tyto buňky využít mechanismy, které vedou k efektivnější migraci a invazivitě. Výzkum mechanizmů, které nádorové buňky využívají pro migraci, má význam pro pochopení vzniku a šíření metastáz a následně pro protinádorovou léčbu. V rámci mé disertační práce jsem se podílel na výzkumu vlastností invazivních nádorových buněk. Porovnávali jsme vlastnosti neinvazivní sarkomové buněčné linie a z ní odvozené, vysoce metastatické linie. Ukázali jsme, že buňky invazivní linie využívají améboidní způsob migrace a vykazují zvýšenou aktivitu Rho/ROCK signalizace. Na vedoucím okraji mají tyto buňky nabohacený aktin a myosin a dochází zde ke generování síly. Buňky neinvazivní linie využívají mezenchymální způsob migrace a generují sílu převážně na zatahujícím se konci. Dále jsme porovnávali buňky dvou linií odvozených od prsního karcinomu. Ukázali jsme, že invazivnější linie, odvozená od méně invazivní, vykazuje větší dynamičnost v přestavbě aktinového skeletu. Rovněž jsme u těchto linií popsali přítomnost...
|
|
|
Výzkum vzájemné interakce membránových receptorů NKR-P1D a Clrb
Hanč, Pavel ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent)
Výzkum vzájemné interakce membránových receptorů NKR-P1D a Clrb Interakce myších receptorů NKR-P1D a Clrb byla poprvé popsána jako nový typ "MHC class-I independent missing-self recognition" poskytující ochranu před NK buněčným zabíjením.[1] Pozdější studie ale přinesla výsledky zpochybňující tato data a naznačující, že NKR-P1D váže Clrb pouze velmi slabě, jestli vůbec.[2] Abychom vnesli světlo na tyto diskrepantní výsledky, rekombinantě jsme připravili extracelulární domény obou receptorů v bakteriích E. coli a proteiny renaturovali in vitro. Kvalita renaturace byla ověřena určením zapojení disulfidických můstků a změřením 1 H/15 N-HSQC spekter. Pomocí gelové filtrace a analytické ultracentrifugy nebylo možno poskytnout přesvědčivé důkazy pro existenci interakce. Slabá, ale specifická interakce byla pozorována za použití SPR techniky. Tato interakce překvapivě vykazovala pH závislost. Interakce mezi proteiny v roztoku byla následně imobilizována pomocí techniky chemického zesítění proteinů. Byla použita činidla EDC, DSG a DSS. Reakční směsi byly rozděleny pomocí SDS-PAGE a dimery byly štěpeny proteasami v gelu. Pomocí FTMS bylo možné identifikovat peptidy z obou proteinů, které byly spojeny některým ze síťovacích činidel. Díky nedávno vyřešeným strukturám proteinů NKR-P1A a Clrg, které sdílí s NKR-P1D a...
|
|
| |
|
|
Biochemická a funkční charakterizace nového transmembránového adaptorového proteinu NVL
Vonková, Ivana ; Černý, Jan (oponent) ; Brdička, Tomáš (vedoucí práce)
Signalizační dráhy spouštěné v imunologické synapsi z T buněčného receptoru (TCR) již byly v minulosti podrobně studovány. Oproti tomu o dráhách účastnících se přenosu signálů spouštěných v této struktuře z MHCII na profesionálních antigen prezentujících buňkách (APC) se toho ví stále velmi málo. Transmembránové adaptorové proteiny (TRAP) jsou rodinou proteinů, která hraje důležitou roli v signalizaci iniciované T receptorem a jinými imunoreceptory. Dosud však nebyl popsán žádný TRAP účastnící se signalizace přes MHCII. Tato práce popisuje nový TRAP nazvaný Nvl, který je vysoce obohacen v imunologické synapsi na straně antigen prezentujících buněk a účastní se regulace přenosu signálu z MHCII a FcR. Nvl je přítomný výlučně v profesionálních antigen prezentujících buňkách - B buňkách, monocytech/makrofázích a dendritických buňkách, a míra jeho exprese pozitivně koreluje s expresí MHCII. Nvl se nachází v tetraspanových mikrodoménách a spolu s tetraspany je lokalizován v polarizovaných buněčných strukturách, včetně uropodu, zaškrcení při buněčném dělení (cleavage furrow) a též do imunologické synapse. Přítomnost Nvl v imunologické synapsi naznačuje možnou účast Nvl na přenosu signálů spouštěných z MHCII. Nvl je skutečně fosforylován po stimulaci přes MHCII, avšak silná fosforylace Nvl byla pozorována...
|
|
|
Immunomodulation of dendritic cells by adenylate cyclase toxin from B. pertussis
Jáňová, Hana ; Brdička, Tomáš (oponent) ; Adkins, Irena (vedoucí práce)
Bordetella pertusis je gram-negativní bakterie, která způsobuje onemocnění černý kašel. Mezi hlavní faktory virulence této bakterie se řadí adenylát cyklázový toxin (CyaA), který se uplatňuje v kolonizaci hostitele. Toxin se váže s vysokou afinitou na myeloidní fagocyty nesoucí na svém povrchu CD11b/CD18 integrin, proniká do jejich cytosolu a negativně ovlivňuje jejich schopnost fagocytosy, chemotaxe a oxidativního vzplanutí. Dále také CyaA ovlivňuje spektrum sekretovaných cytokinů u dendritických buněk (DC) stimulovaných LPS a moduluje jejich maturaci tím, že působí na expresi ko-stimulačních molekul. V této práci jsme se zabývali vlivem CyaA toxinu na schopnost myších DC z kostní dřeně presentovat ovalbuminové epitopy vnesené CyaA-AC- toxoidem a aktivovat CD4+ a CD8+ T-buňky. Dále jsme se snažili zjistit, zda DC ovlivněné působením CyaA snižují CD4+ T buněčnou odpověď v důsledku sníženého antigenního příjmu nebo jeho zpracování pro presentaci na MHC molekulách II. třídy. CyaA také snižuje CD8+ T-buněčné odpovědi, proto jsme se zaměřili na vliv toxinu na proteolytickou aktivitu proteasomu a na možné ovlivnění prezentace peptidů na MHC molekulách I. třídy. Zjistili jsme, že zvýšená hladina cAMP v DC snižuje presentaci ovalbuminových epitopů vnesených CyaA-AC- toxoidem na MHC molekulách I. a II....
|
|
| |
host ::
RSS.