|
|
Bazální membrána a úloha matrix metaloproteináz v průběhu embryonálního hojení ran
Kadlčíková, Dominika ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Tolde, Ondřej (oponent)
Proces hojení je atraktivním tématem biologie a medicíny. Existují dva typy mechanismu zacelování ran - u embryí a u dospělých jedinců. V případě embryonálního hojení je celý děj podstatně zjednodušen a zrychlen. Nežádoucí zápalová reakce, vyskytující se u dospělců, je v podstatě eliminována a rána je zhojena bez jizev. Lepší porozumění embryonálního hojení by mohlo vést k efektivnější léčbě úrazů, popálenin a chronických ran u lidí. Velmi důležité je studium molekulárních mechanismů procesu hojení také v souvislosti s pochopením regulace rakovinného bujení. Hojení ran připomíná v mnoha ohledech embryonální vývoj. U toho jsou klíčové tělní osy pro prostorově regulovanou aktivaci vývojově důležitých genů. V této práci byla testována hypotéza, že i orientace vedeného zranění je důležitá pro polaritu a motilitu buněk a při zavírání rány hraje roli, zda je zranění vertikální či horizontální. Významnou částí hojení i rozvoje rakoviny je degradace bazální membrány (BM) a extracelulární matrix (ECM). Ta je spuštěna koordinovaným působením několika tříd enzymů. V této práci byly studovány matrix metaloproteinázy (MMP) a jejich úloha v embryonálním hojení ran. Jedná se o enzymy důležité nejen při hojení, ale i v rozvoji rakoviny. U embryí drápatky vodní (Xenopus laevis) byly na základě RT-qPCR a RNA-Seq...
|
|
| |
|
| |
|
|
Úloha oxidu dusnatého (NO) v průběhu embryonálního vývoje pokožky drápatky vodní
Tománková, Silvie ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Krylov, Vladimír (oponent) ; Soukup, Vladimír (oponent)
Oxid dusnatý (NO) je zajímavá molekula účastnící se mnoha důležitých biologických funkcí jako je vazodilatace cév, neurotransmise, imunitní odpověď nebo buněčná proliferace. Tato práce ukazuje zásadní úlohu NO během embryonálního vývoje pokožky drápatky vodní. Vnější vrstva embryonální epidermis drápatky vodní je složena ze 4 typů buněk (malých sekrečních buněk, multi-ciliárních buněk, ionocytů a tzv. "goblet" buněk) a svým složením se podobá specializovaným epiteliím jako je lidský respirační epitel. Díky této podobnosti se embryonální epidermis drápatky vodní stala vhodným modelem pro studium lidských mukózních a mukociliárních epitelií a jejich defektů. Pomocí molekulárních a imunohistochemických metod bylo v rámci této práce zjištěno, že NO je produkovaný zejména ionocyty a multi-ciliárními buňkami. Studium molekulárních a buněčných změn u embryí s inhibovanou produkcí NO odhalilo nezbytnost tohoto radikálu pro správné formování a fungování mukociliárního epitelu. Inhibice NO vedla ke snížení množství specializovaných epidermálních typů (malých sekrečních buněk, ionocytů a multi-ciliárních buněk) a k zásadním strukturním změnám multi-ciliárních buněk. Ukázalo se, že NO ovlivňuje vývoj embryonální epidermis skrz kanonickou sGC-cGMP-PKG signální dráhu. Mechanismus působení NO na vývoj embryonální...
|
|
|
The localization of maternal RNAs during early development
Kováčiková, Petra ; Šindelka, Radek (vedoucí práce) ; Děd, Lukáš (oponent)
Maternálny vplyv na skorý vývoj je známy u mnohých živočíchov, predovšetkým z embryogenézy C. elegans a D. melanogaster. Výskumy tohto typu u stavovcov sú limitované najmӓ rozmerom vajíčok, obmedzujúc výber vhodných modelových organizmov. Výhodným modelom pre výskum vplyvu maternálnych determinantov na skorý embryonálny vývoj sú veľkorozmerné vajíčka Pazúrnatky vodnej (Xenopus laevis) s ľahko rozlíšiteľnou tmavou (animálnou) a svetlou (vegetatívnou) hemisférou. Animálne - vegetatívna (A-V) os tvorí základ pre tvorbu gradientov kľúčových biomolekúl. Proteíny a RNA maternálneho pôvodu, uskladnené vo vajíčku z obdobia oogenézy, sú jediným prostriedkom pre bunkovú diferenciáciu až do aktivácie genomu zygoty. Táto práca sa zameriava na úlohu RNA lokalizácie v danom procese. Stanovením lokalizačných profilov vybraných maternálnych transkriptov sme zistili, že okrem mRNA pozdĺž A-V osi aktívne lokalizujú aj dlhé nekódujúce lncRNA. Pomocou RT-qPCR tomografie sme taktiež boli schopní detegovať rozdiel medzi extrémne animálnou skupinou transkriptov, ktorá je lokalizovaná aktívne, a animálnou skupinou transkriptov. Tento výsledok bol predikovaný nedávnou trankriptomovou analýzou vykonanou našou skupinou. V závere ukazujeme úlohu extrémne animálne lokalizovaných transkriptov v špecifikácii ektodermálnej línie...
|
|
|
Gene expression in early development of Xenopus laevis
Šindelka, Radek ; Jonák, Jiří (vedoucí práce) ; Beneš, Vladimír (oponent) ; Svoboda, Petr (oponent)
Každývyššíorganismusse sk|ádá z něko|ikaset různýchbuněčnýchtypů. Buněčnádiferenciaceje proces, který vyžadujevysoce přesnou regulaciprodukce mRNA a nás|ednětaképroteinovousyntézu.Během vývojezískávákaždábuňka unikátnísadu mRNA a proteinovýchmo|eku|,kteréurčujíbuněčnýosud. Pro pochopenízák|adnífunkce a regu|acernivojových genůje nezastupite|nýmnástrojemurčeníčasovéhoa prostorovéhoprůběhujejich expresena úrovnimRNA. Bohuže|Většina technik pro stanoveníobsahu mRNA, jako Northern blotting, microarraysa in sítuhybridizace,trpí určitýmiomezenímiz h|ediska specificity, dynamickéhorozsahu a/nebo cit|ivosti. KVantitativníPCR v reá|némčase (qPCR) vypracovaná pro kvantifikacinuk|eov'ýchkyse|in v pos|ednímdeseti|etívšak překonává rnýšezmíněnéne{hody. qPcR se tak rych|e sta|a standartnímnástrojempro kvantifikacimRNA nejen vzák|adnímuýzkumu,a|e iveýzkumu ap|ikovaném,jako jsou např. moleku|árnídiagnostika,detekcepatogenův jíd|e,ana|ýzagenetickymodifikovanýchorganismů(GMo) atd. My jsme se rozhod|iVyužítqPcR k pochopenÍzák|adníchbio|ogickýchprocesůodehrávajícíchse ve vyvíjejícímse organismu.Jednou z oblastízájmu Laboratořegenovéexpresena Ústavu mo|eku|árnígenetikyAV ČR,kam jsem nastoupilna doktorandskéstudium,by|o objasněníú|ohySrc tyrosinov1ichkináz v časnémvývojiobratlovců,studovanéna žábědrápatce...
|
|
| |
|
|
Microsatellite region in the murine oncogene src - its primary structure and variability during evolution
Fučík, Vladimír ; Šindelka, Radek ; Beran, Jaroslav ; Ferjentsik, Zoltán ; Jonák, Jiří
In the fifth intron of the Mus musculus oncogene src a complex microsatellite was discovered that consists of a CA run and 31 bp apart followed by track of TG dinucleotides interrupted by extra Gs in specific intervals. As the 31 bp interlink can assume a hairpin structure, the whole region can be viewed as an imperfect inverted repeat. The microsatellite was sequenced in imbred lines of M. m. musculus and M. m. domesticus, as well as in mice of both subspecies trapped near the hybrid zone. Differences in the length of repeat regions, insertion/deletions and simple base changes characterize the strains. Hybrids between the two species could be identified by sequencing of cloned PCR products. The structure of the microsatellite in more distant species was found to be conspicuously different. Instead of frequent (CA)18-25, we can see only (CA)8 in M. spretus, CATGCGCCCCCCA in Mus pahari and CACCCCCC in Mus caroli. No similar structure is present in the corresponding human src intron.
|
host ::
RSS.