|
|
Sexuální reprodukce u řádu Trypanosomatida
Kvapilová, Kateřina ; Volf, Petr (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
3 Abstrakt Rody Leishmania a Trypanosoma jsou původci vážných lidských onemocnění: leishmaniózy a trypanosomózy. Dlouhá léta nebyly u těchto parazitů nalezeny přesvědčivé důkazy o genetické výměně, a proto byly rody Trypanosoma a Leishmania považovány za klonálně se rozmnožující, a to binárním štěpením jako většina prvoků. Výzkum ztěžovaly i skutečnosti, že pohlavní dimorfismus není patrný a chromosomy nekondenzují, tudíž nejsou viditelné. Nicméně klonální model začaly zpochybňovat pozorování přirozeně se vyskytujících hybridních druhů. Nejdříve byla existence sexu popsána u trypanosom a to prvním přímým důkazem hybridů T. brucei, získaných po společném přenosu rodičů mouchou tsetse. U leishmanii byl důkaz poskytnut na základě dvojitě rezistentních hybridů a sexuální výměna podstupovala stejný meiotický proces jako T. brucei. Byli pozorovaní přirozeně se vyskytující hybridi Nového i Starého světa jak u rodu Viannia, tak i u rodu Leishmania. Otázkou dalších výzkumů bylo, jaký je mechanismus genetické výměny, ale odpověď dodnes není jasná. Klíčová slova: genetická výměna, Trypanosoma, Leishmania, klonalita, meióza, GFP, přenašeč Abstract Genera Leishmania and Trypanosoma are agents of serious human diseases: leishmaniasis and trypanosomózy. For many years these parasites were considered clone-replicating by...
|
|
|
Evoluce mastigontu ve skupině Excavata
Táborský, Petr ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Až v poslední době dochází k odhalení obrovské rozmanitosti eukaryotických organizmů. Jednou z velkých skupin jsou Excavata. Zkoumání organizmů této skupiny je velmi důležité jak z teoretického, tak z praktického hlediska. Mnoho autorů se domnívá, že v této skupině leží kořen eukaryot, a svědčí pro to mnohé studie. Náleží sem i organizmy, které mají nejméně odvozený mitochondriální genom. Několik zástupců ze skupiny Excavata jsou významní lidští patogeni. V první části se práce věnuje historickému přehledu utváření taxonomické skupiny Excavata, včetně pojednání o skupině Archezoa. V další části se soustřeďuje na obecný popis mastigontu (bazální tělíska a s nimi spojený cytoskelet z mikrotubulárních i nemikrotubulárních struktur). V poslední části se práce zabývá popisem mastigontu u různě odvozených organizmů ze skupiny Excavata, které mohou být jak volně žijící, tak endobitické.
|
|
|
Laterální genový přenos a jeho využití ve fylogenetice eukaryot
Novák, Lukáš ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Čepička, Ivan (oponent)
K laterálnímu genovému přenosu dochází u eukaryot relativně vzácně. Proto může být přítomnost konkrétního laterálně přeneseného genu u více linií eukaryot považována za jejich společnou synapomorfii, která je definuje jako monofyletickou skupinu. Na rozdíl od běžných fylogenetických postupů dokáže tento přístup potenciálně odhalit i směr evoluce a pozici kořene evolučního stromu. V první části této práce diskutuji různé aspekty využití laterálního genového přenosu ve fylogenetice eukaryot včetně výhod a nevýhod oproti běžným postupům. Ve druhé části pak představuji jednotlivé studie, které v minulosti tuto metodu využily. Klíčová slova: Laterální genový přenos, vzácné genomové změny, artefakt přitahování dlouhých větví, endosymbióza, fylogenetika, eukaryota, protista.
|
|
|
Skrytá diverzita volně žijících trichomonád a jejich postavení v rámci skupiny Parabasalia
Céza, Vít ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Trichomonády (Parabasalia) jsou skupinou anaerobních jednobuněčných eukaryot. V současné době jsou řazeny do říše Excavata, přičemž toto zařazení bylo provedeno pouze na základě molekulárních analýz. Mezi trichomonády patří přes 400 převážně endobiotických druhů, z nichž zhruba 80 % žije v termitech. Volně žijících trichomonád bylo zatím popsáno pouhých šest druhů (Pseudotrichomonas keilini, Ditrichomonas honigbergii, Monotricho- monas carabina, Honigbergiella sp., Tetratrichomonas undula a Lacusteria cypriaca) tvoří- cích čtyři nezávislé fylogenetické linie. Z toho nám se podařilo popsat nový rod a druh Lacusteria cypriaca. Všechny tyto linie jsou sekundárně volně žijící, to znamená, že se v rámci trichomonád vyvinuly ze svých endobiotických předků. Podařilo se nám také publikovat první dvě sekvence příslušející druhu Pseudotrichomonas keilini, morfologicky popsaného již v roce 1935. Na základě našich dat jsme přesunuli Pseudotrichomonas keilini ze skupiny Honigbergiellidae do čeledi Trichomonadidae (řád Trichomonadida). Vedle těchto již publikovaných výsledků jsme získali dalších sedm nových kmenů volně žijících trichomonád (GOU23, CK, GR8, LAGOS2M, VAV1A1, E2NT, LAGOS2D), ze všech těchto kmenů jsme získali sekvenci genu pro SSU rRNA a provedli fylogenetickou analýzu. Tyto kmeny se rozpadly do...
|
|
|
Evoluce anaerobních heteroloboseí
Pánek, Tomáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Oborník, Miroslav (oponent)
Heterolobosea jsou skupinou zahrnující převážně volně žijící měňavky, bičíkovce a améboflageláty s blízkým příbuzenským vztahem k euglenozoím a jakobidům (superskupina Excavata). Přinejmenším dvě linie heteroloboseí (Psalteriomonadidae a extrémně halofilní Pleurostomum) redukovaly mitochondrie a přizpůsobily se životu v prostředí s nedostatkem kyslíku. Navíc bylo v rámci aerobních rodů heteroloboseí popsáno několik druhů, o kterých se předpokládá, že jsou anaerobní. Doposud z nich nebyla získána sekvenční data, a proto jejich fylogenetická pozice zůstává neobjasněna. Cílem této práce je prozkoumat diverzitu a fylogenetickou pozici těchto a popřípadě i jiných, dosud neobjevených anaerobních heteroloboseí. Z mořského, sladkovodního a brakického prostředí bylo izolováno a kultivováno celkem 34 kmenů anaerobních bičíkovců, měňavek a améboflagelátů patřících mezi Heterolobosea. 33 z těchto izolátů patří mezi Psalteriomonadidae. Na základě fylogenetické analýzy jejich SSU rDNA a porovnáním jejich morfologie byly uvnitř skupiny Psalteriomonadidae identifikovány 2 nové rody a 3 nové druhy. Ukázalo se, že rod Percolomonas je polyfyletický. Morfologická podobnost několika nepříbuzných druhů, které do něj doposud byly řazeny, má zřejmě plesiomorfní charakter. Mořský izolát PC4AM je morfologicky unikátní a...
|
|
| |
|
| |
|
|
Evoluce skupiny Retortamonadida (Eukaryota: Excavata: Fornicata)
Smejkalová, Pavla ; Kostka, Martin (oponent) ; Čepička, Ivan (vedoucí práce)
Řád Retortamonadida je malou skupinou heterotrofních bičíkovců, kteří se dělí do dvou rodů (Chilomastix, Retortamonas). Zástupci obou rodů žijí zejména jako střevní komenzálové obratlovců a bezobralých. V nedávné době byl popsán také jeden volně žijící druh rodu Chilomastix. Poté, co molekulárně-fylogenetické studie prokázaly příbuznost mezi řádem Retortamonadida, Diplomonadida a volně žijícím rodem Carpediemonas, byl vytvořen taxon Fornicata. V současné době tento taxon zahrnuje také volně žijící rody Dysnectes, Hicanonectes, Kipferlia a dva doposud nepopsané rody volně žijících bičíkovců. Řád Retortamonadida byl dlouhou dobu považován za monofyletický taxon. První molekulárně-fylogenetická studie, která zahrnovala sekvenční data obou rodů, ale ukázala, že retortamonády vytváří parafyletický taxon, jehož vnitřní skupinou jsou diplomonády. I přesto retortamonády zůstaly velmi málo prostudovaným taxonem a dodnes mnoho nevíme o příbuzenských vztazích uvnitř řádu Retortamonadida. Hlavním cílem naší práce bylo získat co nejvíce nových sekvenčních dat rodu Retortamonas i Chilomastix. Podařilo se nám získat nové sekvence 14 kmenů řádu Retortamonadida (4 kme-ny rodu Chilomastix, 10 kmenů rodu Retortamonas) a jednoho doposud nepopsaného rodu enteromonád. Rod Retortamonas vytvořil v naší analýze, s vysokou...
|
|
|
Fylogeneze archaméb
Ptáčková, Eliška ; Vávra, Jiří (oponent) ; Čepička, Ivan (vedoucí práce)
Archaméby jsou malou skupinou anaerobních eukaryotických mikroorganismů, která patří do říše Amoebozoa. Dříve byly považovány za pozůstatky nejstarších eukaryot, která nemají mitochondrii. Později však byl u některých archaméb objeven pozůstatek mitochondrie, mitosom. Dnes je jisté, že archaméby nejsou bazální eukaryotické organismy, ale jsou blízce příbuzné aerobním mitochondriálním hlenkám (Mycetozoa). Mezi archamébami nalezneme jak améboflageláty, tak améby. Patří sem především parazitické rody Entamoeba a Endolimax a volně žijící rody Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa. Rod Mastigina má jak volně žijící, tak jednoho parazitického zástupce. Typickým znakem bičíkatých rodů Mastigina, Mastigamoeba, Mastigella a Pelomyxa je mikrotubulární koš (konus), který vybíhá z jediného bazálního tělíska bičíku a může být asociovaný s jádrem. Přítomnost konu je charakteristická také pro hlenky. Fylogeneze archaméb není zatím zcela objasněna. Především systematika volně žijících zástupců je velmi zmatená. Příčinou je nedostatek sekvencí a velká variabilita jednotlivých zástupců volně žijících archaméb. Z tohoto důvodu bylo cílem naší práce získat, kultivovat a osekvenovat co největší počet volně žijících archaméb. Podařilo se nám získat a dlouhodobě kultivovat 42 nových izolátů volně žijících archaméb. Z 15 izolátů...
|
|
| |
host ::
RSS.