|
|
Normalisation algorithms for spatially resolved transcriptomic data
Nádvorníková, Bára ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Abaffy, Pavel (oponent)
Prostorově rozlišená transkriptomika je nová metoda, která umožňuje studium genové exprese ve vzorcích tkání bez ztráty prostorového kontextu. Lze ji použít k mapování distribuce mRNA do jednotlivých buněk ale i subcelulárních míst. Data získaná touto metodou poskytují důležité poznatky v různých oborech biologie, včetně embryologie, onkologie nebo imunologie. Fungování a vzájemné interakce jednotlivých buněk nelze plně vysvětlit bez znalosti jejich přesného umístění ve tkáni. Vzhledem k novosti prostorově rozlišené transkriptomiky je v současné době sladění získaných informací o genové expresi a prostorovém uspořádání buněk velkou výzvou a bioinformatické přístupy se teprve vytvářejí. Cílem této práce je zmapovat současné algoritmy pro normalizaci dat získaných touto metodou a porovnat tyto algoritmy na základě dostupných souborů dat. Vybrané algoritmy budou implementovány a integrovány do protokolů používaných na ÚMG AV ČR. Práce zahrnuje i. rešerši dostupných řešení, ii. výběr vhodného řešení nebo návrh nového, iii. implementaci tohoto řešení a jeho testování na dostupných datech.
|
|
|
Transcriptional changes associated with melanoma resistance to small inhibitor treatment
Dorčáková, Terézia ; Kolář, Michal (vedoucí práce) ; Modrák, Martin (oponent)
Malignı' melanom je agresivnı' kozňı' na'dor s rostoucı' incidencı' a, v pokrocˇily'ch sta'diı'ch, omezeny'mi le'cěbny'mi vy'sledky. Hlavnı' onkogennı' zmeňou u melanomu je mu- tacňı' aktivace proteinu B-Raf, s prěvla'dajı'cı' mutacı' V600E, ktera' se vyskytuje v 60% prˇı'padu˚ a hyperaktivuje signa'lnı' dra'hu ERK. Tato kaska'da proteinkina'z Raf, MEK a ERK je nedı'lnou soucˇa'stı' evolucňeˇ konzervovane' signa'lnı' sı'teˇ, ktera' umozňˇuje eukary- oticky'm bunˇka'm vnı'mat ru˚zne' extracelula'rnı' signa'ly. Tyto proteinkina'zy se postupneˇ navza'jem aktivujı' a prěva'deˇjı' extracelula'rnı' signa'ly na bunečňou odpoveďˇ, jako je pro- liferace, diferenciace, zmeňy bunečňe'ho cyklu, apopto'za cˇi migrace buneˇk. U'strědnı' role dra'hy ERK v onkogenezi z nıúcˇinila jeden z cı'lu˚ terapeuticky'ch za'sahu˚ a inhibitory cı'lene' na mutovany' Raf byly schva'leny i pro le'cˇbu melanomu, naprˇ. vemurafenib cˇi dabrafenib. Tyto molekuly cı'lı' specificky na B-Raf(V600E) a vedly k revoluci v le'cˇbeˇ melanomu. Bo- huzěl takto cı'lenou le'cˇbu komplikuje schopnost na'dorovy'ch buneˇk zı'skat rezistenci. Cı'lem te'to pra'ce je studovat na transkripcňı' u'rovni vznik te'to rezistence u pacientu˚, kterˇı' na le'cˇbu odpovı'dajı' dobrě, a u tečh, jejichzˇ na'dory rezistenci zı'ska'vajı'...
|
|
| |
|
|
Optimization of Semiempirical Quantum Mechanical Methods for in Silico Drug Design
Kříž, Kristian ; Řezáč, Jan (vedoucí práce) ; Klimeš, Jiří (oponent) ; Kolář, Michal (oponent)
Optimalizace semiempirických kvantově mechanických metod pro návrh léčiv in silico Dizertační práce Kristian Kříž Předmětem této práce je optimalizace semiempirických kvantově mechanických metod (SQM) pro jejich využití ve vývoji léčiv pomocí výpočetních metod. Práce pokrývá dvě témata - optimalizace solvatačního modelu COSMO2 a vývoj datasetů PLF547 a PLA15. První část práce se zabývá optimalizací solvatačního modelu COSMO přidáním nepolárního členu a reparametrizací pro SQM metody PM6 a PM7. Ukázali jsme, že přesnost výsledného "COSMO2" optimalizovaného modelu se zvýšila na všech zkoumaných datasetech a porovnali jsme ji s jinými vybranými solvatačními modely. Metoda byla rovněž vyzkoušena na komplexech proteinu s ligandy, kde poskytla jako součást skórovací funkce lepší odhady síly vazeb potenciálních léčiv k proteinům, ke kterým se váží. Druhá cást práce popisuje sestavení datasetů pro nekovalentní interakce cílených k reprezentaci prostředí aktivního místa enzymu v komplexu s ligandem s věrohodnými referenčními hodnotami interakční energie ve vakuu a v roztoku (vodě). Vyvinuté datasety PLF547 a PLA15 jsou vhodné pro testování a vývoj metod pro použití ve vývoji léčiv. Na těchto datasetech jsme provedli srovnání několika SQM a kvantově mechanických (QM) metod a solvatačních modelů včetně COSMO2.
|
|
|
Návrh elektronického obchodu
Kolář, Michal ; Dyk, Tomáš (oponent) ; Luhan, Jan (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vytvořením návrhu a realizací elektronického obchodu pro nově vzniklou společnost, zaměřenou především na servis Apple zařízení. Práce se soustředí na analýzu společnosti, požadavků a implementaci elektronického obchodu s inovativními prvky.
|
|
|
Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico experiment
Kolář, Michal
Author: Michal Kolář The Role of London Dispersion Forces in DNA structure stability: in silico experiment By means of computer simulations the role of the dispersion forces was elucidated. The free energy calculations obtained from the biased molecular dynamics and the simulations of the Dickerson's dodecamer of DNA suggested that the dispersion forces are important for the structure determination. While the overall aggregation of the DNA strands is attributed to the hydrophobic effect of the surrounding water, the particular conformation of the DNA, i.e. double helix, is claimed to be stabilised by London dispersion forces. These conclusions are with agreement with the previous theories. Keywords: dispersion force, DNA, molecular dynamics, hydrophobic effect, free energy Author: Michal Kolář Úloha Londonových disperzních sil ve stabilitě struktury DNA: in silico exper- iment Pomocí metod výpočetní chemie byla vyšetřována úloha disperzních sil ve stabilitě struk- tury DNA. Za účelem určení volné energie asociace bazí nukleových kyselin ve vodném prostředí byly provedeny molekulově dynamické simulace na pozměněné potenciálové hy- perploše a tyto výsledky byly porovnány se simulacemi Dickersonova dodecameru. Dis- perzní energie byla shledána jako důležitá komponenta...
|
|
|
Mapování blokových akumulací z RPAS LiDARových a obrazových dat
Kolář, Michal ; Potůčková, Markéta (vedoucí práce) ; Dušánek, Petr (oponent)
V současnosti díky neustálému vývoji v měřící technice je možné pořídit velmi podrobná a přesná data popisující povrch Země. V rámci projektu "Vývoj metod pro sledování změn vegetace a krkonošské tundry analýzou dat z multispektrálních, hyperspektrálních a LiDAR senzorů UAV" ve spolupráci s Krkonošským národním parkem byla pořízena LiDARová a optická data velmi vysokého rozlišení, kdy hustota bodového mračna dosahuje až 800 bodů/m2 a GSD ortofota 0,02 m. Data zachycují část kamenných sutí na kryoplanačních terasách na úbočí Luční hory ve třech časových obdobích: červen, červenec a srpen 2019. Cílem práce je navrhnout metodiku mapování blokových akumulací a vyhodnotit podrobnost dat. Klíčová slova: blokové akumulace, laserové skenování, UAV, bodové mračno, ortofoto, segmentace
|
|
|
Technologická analýza využitelnosti nových typů termosetických materiálů pro konstrukci světlometů
Rašner, Martin ; Kolář, Michal (oponent) ; Píška, Miroslav (vedoucí práce)
Diplomová práce představuje využitelnost nového termosetického materiálu BMC pro konstrukci světlometu automobilu. V teoretické části jsou popsány světlomety, základní charakteristiky a vlastnosti plastů s důrazem na polymerní kompozitní materiály a oblasti testování materiálu. Praktická část se zabývá zpracováním testovacích vzorků pro mechanické zkoušky lisováním a také výrobou reálných vzorků reflektorů a nosných rámů metodou vstřikování. Vyhodnocení se zakládá na porovnání výsledků provedených zkoušek alternativního materiálu a aktuálně používaného materiálu BMC TETRADUR TD 492/2 v obchodní společnosti HELLA Autotechnik Nova s.r.o. Sledovány jsou základní fyzikálně-mechanické vlastnosti jako je pevnost, tuhost, houževnatost a tvrdost. Reflektory a nosné rámy jsou smontovány do světlometu a následně zkoušeny dle zákonných a zákaznických požadavků na klimatickou a vibrační odolnost a fotometrii.
|
|
|
Limitations of variant consequence predictors
Břicháčková, Kateřina ; Daněček, Petr (vedoucí práce) ; Kolář, Michal (oponent)
Díky mnohým rozsáhlým sekvenačním projektům se množství nalezených genomických variant stále zvyšuje. Klíčovým krokem v analýze těchto dat je jejich funkční ano- tace, jež pomáhá varianty kategorizovat, filtrovat a prioritizovat pro další výzkum. Tato práce seznamuje s pěti běžně používanými programy pro určování důsledků vari- ant, poskytuje rady, jak je používat, a stručně představuje algoritmy, které používají. Mimo to jsou zde popsány různé datové formáty, genomové anotace a lidský referenční genom. Správnost reference je velice důležitá, neboť na ní spoléhají všechny programy. Práce upozorňuje na určité situace, ve kterých se výsledky z různých programů mohou navzájem lišit. Pro všechny testy byla použita Ensembl genová anotace (release 92) a referenční genom GRCh38.
|
|
| |
host ::
RSS.