|
|
Posttranslational modifications and structural alterations of protein synthesis elongation factor Tu in Actinomyces in relation to their life cycle
Holub, Martin
Posttranslační modifikace a strukturní alterace protein syntetického elongačního faktoru Tu v aktinomycetách v relaci k jejich životnímu cyklu Proteosyntetický faktor EF- Tu reprezentuje multifunkční protein s potenciální rolí v signalizaci a regulaci buněčného metabolismu. Komplexní životní cyklus streptomycet vyžaduje monitorování změn v jejich prostředí a signalizace odpovědí k jejich kontrole. Zde reprezentujeme výsledky analýzy membránového fosfoproteomu v jednotlivých morfologických fázích Streptomyces coelicolor s cílem poukázání vývojově závislé heterogenity a fosforylace vlastního a externě přidaného Strepomyces aureofaciens EF-Tu v membránových proteomech. Použili jsme Mycobacterium smegmatis, rychle rostoucí non-patogenní Mycobacterium, jako model nediferencující aktinomycety. Fosforylace vlastního M. smegmatis a externě přidaného Streptomyces EF-Tu byla pozorována v membránových proteomech z exponencionální a stacionární fáze tekutých kultur M. smegmatis. Zjistili jsme, že membránová frakce streptomycet obsahuje protein kinázu (y) katalyzující fosforylaci obou, vlastního, a externě přidaného EF-Tu, zatímco membránová frakce mykobakterií obsahuje protein kinázu (y) fosforylující pouze vlastní EF-Tu. Ukázali jsme in vitro fosforylaci EF-Tu v buněčném extraktu z dormantních spor Streptomyces...
|
|
|
Využití syntaxe v metodách pro vyhledávání informací
Kravalová, Jana ; Holub, Martin (oponent) ; Pecina, Pavel (vedoucí práce)
V posledních letech výzkumu v oblasti vyhledávání informací je věnována značná pozornost metodám založeným na jazykovém modelování. I přesto, že tento přístup dovoluje použití libovolného jazykového modelu, většina publikovaných experimentů byla prováděna s klasickým n-gramovým modelem (mnohdy pouze s unigramovým modelem). Cílem diplomové práce je navrhnout, implementovat a vyhodnotit (na českých datech) metodu, která by pravděpodobnostní model obohatila o použití syntaktické informace získané automaticky (strojově) z dokumentů i dotazů. V předkládané práci se pokusíme vhodným způsobem zavést syntaktickou informaci do jazykových modelů a experimentálně srovnáme navržený přístup s výsledky unigramového a bigramového povrchového modelu. Kromě využití syntaktické informace se zaměříme také na vliv vyhlazování, stemmingu, lemmatizace, použití stopwords a metody rozšiřování dotazů - pseudo relevance feedback. Provedeme také detailní analýzu použitých systémů vyhledávání informace a podrobně popíšeme jejich vlastnosti. Experimenty budou prováděny na české testovací kolekci z Cross Language Evaluation Forum 2007 Ad-Hoc Track ([1]) a předkládané výsledky lze tedy srovnat s výsledky publikovanými v [19] a [4].
|
|
| |
|
|
Univerzální index textových dokumentů
Švantner, Marek ; Skopal, Tomáš (oponent) ; Holub, Martin (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá návrhem a implementací vysoce efektivního univerzálního indexu textových dokumentů. Univerzální znamená možnost jednak konfigurovat struktury indexových záznamů a metod zpracování dat (bez nutnosti rekompilace), jednak použít knihovnu indexu i pro jiné účely, například pro tvorbu tezauru, reprezentaci bibliografických vztahů nebo pro reprezentaci určité třídy funkcí v jiných oblastech než jsou dokumentografické systémy. Pro implementaci je navržen dynamický invertovaný soubor, který umožňuje efektivně provádět aktualizační operace bez nutnosti přebudování datové struktury. Specifickými oblastmi práce jsou i on-line komprese indexu a zajištění odolnosti datové struktury proti výpadkům pomocí transakčního zpracování. Je odvozena konstantní amortizovaná složitost struktury, která je poté experimentálně ověřena. Další experimenty se týkají i výkonu kompresních metod a vlivu parametrů datové struktury na její výkon a zabraný prostor. Diplomová práce obsahuje vlastní implementaci univerzálního indexu v C/C++ testovanou v prostředích Linux a Windows XP.
|
|
|
Shluky silně podobných textů
Diviš, Jiří ; Húsek, Dušan (oponent) ; Holub, Martin (vedoucí práce)
Práce se věnuje automatizovanému hledání shluků tématicky podobných textových dokumentů v rozsáhlých textových kolekcích. V práci je navržen algoritmus pro nalezení těchto shluků a metoda pro optimalizaci jeho parametrů pomocí strojového učení. Byla provedena implementace a experimentální ověření funkčnosti navrženého postupu. Pro evaluaci je využita ručně anotovaná kolekce českých dokumentů obsahující množinu vzorových shluků a dále obsáhlá kolekce novinových článků. Provedené experimenty ukazují, že výstupem navrženého algoritmu jsou požadované shluky tématicky podobných textů.
|
|
|
Testování distanční ochrany
Holub, Martin ; Vaculík, Petr (oponent) ; Orságová, Jaroslava (vedoucí práce)
Bakalářská práce testování distanční ochrany nás seznámí s problematikou distanční ochrany a jejím podrobným principem. Zabývá se jejími jednotlivými členy a ukáže nám různé druhy impedančních charakteristik měřicích členů. Je zde popsána situace, která nastává při zkratu na homogenním vedení, dále nás seznámí s kompenzací stejnosměrné složky, probere stupně působení distanční ochrany a její vazby. Mimo jiné se zabývá digitálními distančními ochranami a nastavením jejich charakteristik. Na závěr teoretické části jsou zhodnoceny výhody oproti jiným ochranám a výhody a nevýhody distančních ochran samotných. Práce nás seznámí s digitální distanční ochranou REL 511 od společnosti ABB a charakterizuje její nastavení, parametry a propojení s testovacím zařízením OMICRON CMC 256plus, které při našem měření slouží k ovládání ochrany přes osobní počítač. Následuje popis programů OMICRON Test Universe a CAP 540 a jejich nastavení. Tato část může sloužit jako manuál pro budoucí obsluhu ochrany REL 511. Práce uvádí vhodnou metodiku pro měření vypínací charakteristiky a používá tuto metodu v praxi. Z důvodu omezené verze programu OMICRON Test Universe jsou měřeny vypínací časy polygonálních vypínacích charakteristik v modulu „Distance“ pomocí bodového testu. V závěru je uvedeno zhodnocení měření.
|
|
|
Cavitation in microfluidics
Holub, Martin ; Kozák, Jiří (oponent) ; Rudolf, Pavel (vedoucí práce)
Microfluidics has recently gained attention of numerous research groups. Its applications are manifold and could potentially bring about significant advances in several fields including healthcare, battery energy storage and high-performance computing. The thesis “Cavitation in Microfluidics” deals with cavitation at the microscale level. Its relevance to the up-to-date research is emphasized by recent studies which show that various aspects of cavitating flows observed at microscale often differ from their macroscale counterparts. Better understanding of this phenomenon can be directed towards addressing crucial challenges of microfluidics including fluid mixing and pumping. Cell stretching and lysis, chemical catalysis and targeted drug delivery count among other possible applications. The first part of this work deals in turn with fluid mechanics and chemistry fundamentals of cavitation. This is followed by concise overview of its conventional as well as microscale applications. Finally, numerical flow simulations of cavitating flow in two distinct domains are presented together with results analysis and validation. The results include distribution of phases, report on areas of recirculation and influence of changing cavitation number on flow variables. Based on this, an experiment enabling accurate investigation of flow characteristics is proposed. This will enable to draw parallels between the experimental and numerical investigations and allow for evaluation of the suitability of laminar model. This thesis lays foundation for future work on the topic planned at Brno University of Technology, hence recommendations for prospective endeavors are included.
|
|
|
Testování zemních směrových ochran pomocí experimentálně získaných poruchových záznamů
Holub, Martin ; Topolánek, David (oponent) ; Orságová, Jaroslava (vedoucí práce)
Diplomová práce testování zemních směrových ochran pomocí experimentálně získaných poruchových záznamů pojednává o ochranných funkcích zemních ochran při zemních spojeních v kompenzované vysokonapěťové distribuční síti a možnostech jejich testování. Na začátku práce je obecně popsán provoz vysokonapěťové distribuční soustavy. Je zde uvedena definice a charakteristika zemního spojení a jeho dělení podle druhu poruchy, velikosti přechodového odporu a doby trvání. Jsou zde vypsány způsoby uzemnění uzlu vinutí transformátoru ve vysokonapěťových distribučních sítích a podrobně popsán nejpoužívanější z nich, tedy síť uzemněná přes zhášecí tlumivku, a její provoz s automatikou připínání pomocného odporníku. Obsahem je také pojednání o lokalizaci zemního spojení pomocí pasivních statických metod v kompenzovaných soustavách, mezi něž patří metoda wattmetrická, admitanční a konduktanční. Další sekce pojednává o poruchových záznamech uložených v souborovém formátu COMTRADE, struktuře a veškerých náležitostech jeho konfiguračního a datového souboru. Také je zde vytvořen a popsán příklad převodu souborového formátu ADF, zaznamenaného poruchovým zapisovačem osciloskopem Yokogawa, do souborového formátu COMTRADE pomocí tabulkového procesoru Microsoft Excel a M-filu vytvořeného v programu MATLAB. V praktické části následuje seznámení s přístrojovým a programovým vybavením pracoviště, do kterého patří sekundární testovací zařízení OMICRON CMC 256plus a jeho programové vybavení OMICRON Test Universe s testovacím modulem Advance TransPlay, je zde popsána multifunkční zemní ochrana RYo od společnosti PROTECTION & CONSULTING, s. r. o. a terminál točivého stroje REM 543 od společnosti ABB a jejich ochranné funkce. V poslední části je uvedeno samotné testování paralelně zapojených zemních ochran poruchovými záznamy COMTRADE testovacím modulem Advance Transplay v programu OMICRON Test Universe. V závěru je vyhodnocení vhodnosti jednotlivých ochranných funkcí zemních ochran při různých velikostech přechodového odporu v místě zemního spojení.
|
|
|
Datový standard zdravotnických informačních systémů
Holub, Martin ; Dvořák, Miroslav (oponent) ; Fedra, Petr (vedoucí práce)
Práce „Datový standard zdravotnických informačních systémů“ se zabývá strukturou datového standardu Ministerstva zdravotnictví České republiky, včetně jazyka XML. Dále se práce zaměřuje na nemocniční informační systém CLINICOM včetně přístupu k záznamům databáze Caché firmy InterSystems. Součástí práce je rovněž popis Národních zdravotních registrů. Hlavní cíl této práce je návrh webové aplikace, která umožňuje generovat zprávy v DS MZ k povinnému hlášení do registrů NZIS v zadaném časovém intervalu z databáze Caché. Nalezené záznamy z databáze lze vytisknout k archivaci. Práce se také zabývá zabezpečením přístupu k serveru NIS a datové komunikaci mezi zdravotnickými organizacemi.
|
|
|
Datový standard ministerstva zdravotnictví České republiky
Holub, Martin ; Roleček, Jiří (oponent) ; Fedra, Petr (vedoucí práce)
Práce „Datový standard Ministerstva zdravotnictví České republiky“ se zabývá strukturou datového standardu včetně jazyka XML. Dále se práce zaměřuje na nemocniční informační systém CLINICOM včetně přístupu k záznamům z jeho databáze Caché firmy InterSystems. Součástí této práce je rovněž návrh webové aplikace, která umožňuje vyhledat záznamy se zvolenou diagnózou z databáze Caché a jejich zobrazení v datovém standardu Ministerstva zdravotnictví České republiky.
|
host ::
RSS.