|
|
Struktura populace a modelování jejích změn: Neolitická demografická tranzice ve střední Evropě.
Galeta, Patrik ; Brůžek, Jaroslav (vedoucí práce) ; Černý, Viktor (oponent) ; Fialová, Ludmila (oponent)
Neolitická tranzice v Evropě je alternativně vysvětlována rozšířením zemědělců z Předního Východu (migrační teorie) nebo pouze rozšířením neolitických dovedností (teorie původních obyvatel). Smíšená vysvětlení uvažují oba procesy (integrační teorie). Neolitizace střední Evropy byla tradičně vysvětlována migračním procesem, podle kterého kolonizující zemědělci nahradili místní lovce a sběrače. V posledním desetiletí se autoři přiklonili k integračním teoriím, když ve střední Evropě pozorovali kontinuitu mezi mezolitickým a neolitickým osídlením. Je zajímavé, že nejnovější genetické analýzy znovu přinesly doklady pro kolonizaci střední Evropy. Málo pozornosti bylo při studiu neolitické tranzice ve střední Evropě věnováno demografickým analýzám. Zemědělství se ve střední Evropě rychle rozšířilo mezi 5 600 a 5 400 calBC. V případě kolonizace musel být takto rychlý proces demograficky podmíněn vysokým populačním přírůstkem. Cílem práce je testovat, zda plodnost neolitické populace střední Evropy mohla dosáhnout intenzity, která by umožnila kolonizaci bez populačního příspěvku lovců a sběračů. V práci jsme vytvořili čtyři stochastické modely populační dynamiky zemědělců během jejich rozšíření ve střední Evropě. Princip Modelů 1-3 vychází z populačních projekcí. Model 4 navazuje na model postupující vlny....
|
|
|
Populační struktura afrických populací hodnocená pomocí Alu inzercí.
Fajkošová, Zuzana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Frynta, Daniel (oponent)
Populačně-genetická studie byla provedena na 188 nepříbuzných jedincích z 5 sahelských populací. Pomocí 16 polymorfních Alu inzercí byl studován vztah pasteveckých Fulbů k usedlým populacím různého jazykového pozadí a různého geografického původu. Tato bialelická multilokusová data byla vhodná i k aplikaci bayesiánského klastrovacího přístupu. Byla zjištěna divergence Fulbů od usedlých populací západoafrického sahelu (Kassenů a Mossiů) a podobnost s východoafrickými Somálci. V kontextu dosud získaných genetických dat je možné interpretovat tyto výsledky jako možný doklad saharského původu fulbské diaspory, k níž došlo v souvislosti s vysycháním Sahary před 6 000 lety. Po původní migraci této pastevecké populace do západní Afriky muselo ovšem docházet k integraci převážně žen (genovému toku mtDNA) z lokálních zdrojů. Songhajská populace vykazovala na rozdíl od fulbské signál recentního míšení, které odpovídá jazykovým a historickým závěrům. KLÍČOVÁ SLOVA Alu inzerce, Fulbové, populační genetika, sahel
|
|
|
Mitochondriální genom v ontogenezi
Töröková, Petra ; Brdička, Radim (vedoucí práce) ; Černý, Viktor (oponent)
Hlavním cílem této práce bylo porovnání sekvence HVRII oblasti mitochondriálního genomu ve vzorcích pupečníkové krve a buněk dutiny ústní stejných jedinců odebrané v průměru 10 let od narození. Je známo, že během ontogeneze probíhají v lidském genomu změny. O to více v mitochondriálním genomu, který vykazuje vyšší mutační rychlost a navíc o něj nepečují opravné mechanismy. Ve starších jedincích byla nalezena celá řada mitochondriálních odchylek nahromaděných v různých tkáních v průběhu ontogeneze. Tato práce se však zaměřuje na detekci těchto změn již u mladších jedinců. Tkáňově specifická variabilita vznikající během ontogeneze může mít nepříznivý dopad na nejrůznější studie, které se opírají o mtDNA. Vzhledem k tomu, že vzorky souboru byly odebrány ve dvou z hlediska životního prostředí odlišných regionech (Teplice / Prachatice), byly vzorky s nalezenými změnami porovnány z hlediska regionu, ze kterého pocházely, ve snaze prokázat vliv životního prostředí na mutagenezi mitochondriální DNA. Vzorky byly také srovnány z hlediska pohlaví. Dále byla zhodnocena variabilita souboru české populace a vypočten odhad genetické diverzity. Klíčová slova: mitochondriální DNA, HVRII oblast, ontogeneze, polymorfismus
|
|
|
Biologická variabilita člověka ve světle vybraných morfologických a molekulárně biologických znaků.
Kujanová, Martina ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Sládek, Vladimír (oponent) ; Munclinger, Pavel (oponent)
Tato dizertační práce je předkládána ve formě svazku odborných článků publiko- vaných v zahraničních časopisech s impakt faktorem a prezentuje dva pohledy na biologickou variabilitu člověka. Jedním z nich je studium fenotypové variability zaměřené na hodnocení bila- terální asymetrie u rozměrů kostí horní a dolní končetiny. Variabilita tohoto znaku je vedle genetických a hormonálních faktorů podmíněna i biomechanickými vlivy a prostředím, ve kterém jedinec/populace žil/a a je proto mimo jiné považována za ukazatele zdravotního stavu, optimálnosti životních podmínek, environmentál- ního stresu různého původu či může zároveň indikovat druh zátěže či specific- kých aktivit souvisejících se způsoby obživy, s ekonomickými či sociálními rozdíly u sledovaných populací a/nebo pohlaví. Předkládaná studie (Kujanová et al., 2008) vychází z metrického zpracování koster pocházejících ze vzorku historické (9. - 12. století) a recentní populace na českém území, u kterých se předpokládá, že byly vy- staveny různému stupni environmentálního stresu. Studie je zaměřena především na tyto aspekty vycházející z nutričního stresu či dalších blíže nespecifikovaných faktorů ovlivňujících zdravotní stav jedinců ve sledovaných populacích. Hodno- cením bilaterální asymetrie byly prokázány...
|
|
|
Molekulárně biologické aplikace v archeologickém a antropologickém kontextu
Urbanová, Markéta ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Brůžek, Jaroslav (oponent)
135 Závěr Jedním z cílů této studie bylo zavedení a optimalizace laboratorních protokolů izolace a typizace aDNA molekuly. U tří vybraných kosterních souborů se sledovaly atributy - pohlaví, přítomnost specifické DNA patologické bakterie a příbuznost. V průběhu studia aDNA jsme vymýšleli a optimalizovali jednotlivé postupy, které ve výsledku vedly k ohodnocení pohlaví nedospělých jedinců z Mikulčic a potvrzení přítomnosti Mycobacterium leprae na kostrách dvou jedinců ze Žatce. Obě výše uvedené lokality spadají do období raného středověku. Pohlaví bylo možno genetickými přístupy určit pro 78,7% jedinců souboru. Byl zaznamenán signifikantně vyšší výskyt mužských jedinců oproti ženským a to v poměru 24:13. Tyto výsledky byly porovnány s výsledky studie, která se zaměřila na morfoskopické hodnocení kosti pánevní a dolní čelisti. Vysoká shoda obou přístupů velmi pravděpodobně vypovídá o vysoké autenticitě izolované aDNA tohoto souboru. Na dvou jedincích se znaky deformit na kosterním materiálu byla úspěšně detekována část DNA specifická pro druh Mycobacterium leprae a tím i potvrzena předem vyslovená domněnka o příčinném vztahu této bakterie k zaznamenaným kostním deformitám. U posledního souboru se i přes řadu různých optimalizací laboratorních postupů nepodařilo na základě studia genetické příbuznosti pomocí...
|
|
|
SNP polymorphisms of Y chromosome in the population of african fulani people
Bučková, Jana ; Šimková, Halina (oponent) ; Černý, Viktor (vedoucí práce)
Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...
|
|
|
Diverzita mitochondriální DNA subsaharských populací - úloha jazykových a geografických faktorů
Musilová, Eliška ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent)
Za účelem popsání vztahů mezi genetickou, jazykovou a geografickou diverzitou v Africe byl v rámci diplomové práce sekvenován HVSI segment mitochondriálního genomu u 81 jedinců ze dvou západoafrických populací odlišných jazykových rodin. Získané sekvence byly porovnávány s obdobnými daty publikovanými jinými autory. Interpopulační analýza zahrnovala celkem 4550 sekvencí HVSI segmentu mtDNA 101 populačních celků reprezentujících hlavní geografické regiony a jazykové skupiny Afriky. AMOVA dokládá, že variabilita mtDNA mezi jednotlivými skupinami je vyšší, pokud jsou populace tříděny na základě jednotlivých regionů (9,85 %; p < 0,001) než podle jejich jazykové příslušnosti (4,09 %; p< 0,001). Také graf MDS založený na hodnotách FST odhaluje korelaci mezi genetickou a geografickou nikoli však jazykovou vzdáleností zkoumaných populací. Úloha jazykových faktorů nevzrůstá, ani pokud jsou odstraněny skupiny vnášející do analýzy největší podíl heterogenity (nigerokonžská a khoisanská jazyková rodina). Výsledky naznačují, že komplikované vztahy mezi jazykovou a genetickou diferenciací jednotlivých populací mohly být v minulosti ovlivněny jednostrannou výměnou partnerů a jazykovými výpujčkami mezi expandujícími bantuskými zemědělci a místními lovecko-sběračskými skupinami během uplynulých 3000 let. Jisté stopy...
|
|
| |
|
|
Ko-evoluční aspekty genetické diverzity: mléčná produkce a laktázová persistence
Priehodová, Edita ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Brůžek, Jaroslav (oponent) ; Macholán, Miloš (oponent)
Laktázovou persistencí (LP) nazýváme geneticky podmíněnou schopnost trávit laktózu (mléčný cukr) v dospělosti. Laktóza je štěpena enzymem tenkého střeva - laktázou, jehož produkce u savců po odstavení ustává. V případě LP je laktáza produkována po celý život, čímž je umožněno bez obtíží přijímat větší množství čerstvého mléka. LP je doložena jen u některých lidských populací. Celosvětově je její rozšíření nerovnoměrné, nejčastější je v severní Evropě a u pastevců aridních oblastí Afriky a Arábie. LP souvisí se vznikem zemědělství před 10 000 lety a počátky mléčné produkce. V určitých populacích nacházíme signál silné pozitivní selekce pro LP, zřejmě podmíněnou různými faktory v závislosti na různých životních podmínkách. LP způsobují jednobodové polymorfismy nacházející se zhruba 14 kb upstream od laktázového genu. Dnes je známo pět různých pro-LP variant, které vznikly a rozšířily se zcela nezávisle. Jedním z možných center vzniku LP je Arabský poloostrov, kde se poprvé objevila a rozšířila pro-LP varianta -13915*G. V této práci bylo studováno rozšíření pro-LP mutací u populací jižní Arábie a afrických Arabů. U všech analyzovaných souborů byl potvrzen výskyt -13915*G. V jižní Arábii pak u většiny souborů ve frekvenci vyšší než 50 %. U afrických Arabů patřících k pastevcům velbloudů byl zaznamenán...
|
|
| |
host ::
RSS.