|
|
Uživatelský program pro zobrazení a zpracování kvantitativní fáze z digitálního holografického mikroskopu
Hladík, Lukáš ; Kvasnica, Lukáš (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá problematikou tvorby uživatelského počítačového programu určeného ke zpracování obrazů kvantitativního fázového kontrastu z digitálního holografického mikroskopu. Teoretická část práce obsahuje základní poznatky o získávání a vyhodnocování zpracovávaných obrazů včetně popisu jejich digitální reprezentace v počítači. V experimentální části jsou rozebrány použité techniky a algoritmy na kterých je program vystavěn. Tato část práce dále obsahuje popis grafického uživatelského rozhraní výsledného programu a zhodnocení vlivu různých uživatelských nastavení na vlastnosti výstupních souborů.
|
|
|
Korekce pozadí zobrazení fáze v digitálním holografickém mikroskopu užitím konvoluce
Rudolfová, Zdena ; Malina, Radomír (oponent) ; Uhlířová, Hana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá korekcí pozadí v obrazu fáze buňek z transmisního digitálního holografického mikroskopu (TDHM). Vlivem optických vad a nedokonalostí v optických soustavách předmětové i referenční větve dochází k "deformaci" obrazu fáze. Buňka není zobrazena na pozadí s konstantní hodnotou fáze, ale na pozadí s~hodnotami fáze spojitě se měnícími mezi různými místy obrazu. V této práci je popsána metoda, jak následek této vady optického systému z obrazu odstranit. Princip spočívá v provedení částečné konvoluce obrazu fáze s konvolučním jádrem určeným dvourozměrnou Gaussovou funkcí se stejným rozptylem v obou osách. Při výpočtu konvoluce není zpracováván obraz celý, ale pouze místa, kde se nenachází buňky. Tím je eliminována ztráta informací o buňkách. Výsledek konvoluce je považován za aproximaci pozadí, která je poté od původního obrazu odečtena. Získáme tak obraz fáze s konstantním pozadím zatíženým pouze šumem. V úvodní části je shrnut potřebný matematický aparát. Dále je popsán základní princip rekonstrukce zobrazení v TDHM. Jako součást práce byl vytvořen program Odečet pozadí, který užitím popsané metody zpracovává obrazy fáze z TDHM.
|
|
|
A method for the visualization of high phase gradients in a microscopic image
Druckmüllerová, Hana ; Martišek, Dalibor (oponent) ; Chmelík, Radim (vedoucí práce)
Holographic microscopy is an unconventional microscopy technique suitable especially for transparent samples. It enables to visualize the refractive index of observed objects. A unique transmitted-light digital holographic microscope (TDHM) has been constructed at Institute of Physical Engineering, Faculty of Mechanical Engineering, Brno University of Technology. Holograms captured by the microscope are processed by means of a technique based on the Fourier transform in order to reconstruct the intensity and phase of the light waves passing through the observed object. The phase describes the object refractive index and thickness. In places where the object refractive index or thickness changes, also the phase does. The task of this bachelor thesis was to find a method for visualizing places with high phase gradient. A gradient computation method which was created does not require phase unwrapping and is therefore suitable generally for any images. The method was implemented in a computer software called Gradient3D, which enables not only to compute the phase gradient in two and three dimensions, but also to create color images composed from combinations of intensity, phase and gradient. It also contains methods for handling places with low reconstructed intensity where the phase value is unreliable and usually causes false phase gradients. The program has been tested on several image sets from the TDHM capturing biological specimens.
|
|
|
Digital Image Analysis of Mitotic Chromosomes
Buchta, M.
The present work describes the cytogenetic from the point of view of image processing. We propose an algorithm which is able to treat every aspect of this analysis such as segmentation and separation of chromosomes. Moreover, our algorithm is tested on images of chromosomes labelled with 2 different methods coming from various free databases.
|
|
|
Autonomous Car Path Optimalization
Vladyka, V.
This paper deals with path search and optimalisation of model car in unknown space. All data from sensors are processed in real-time onboard at ARM Cortex M4 microcontroller. Model’s main sensor is line-scan camera.
|
|
|
Využití počítačového vidění v systémech managementu kvality.
Nguyen, Cuong Manh ; Plášková, Alena (vedoucí práce) ; Urban, Jan (oponent)
V bakalářské práci si beru za cíl přiblížení oboru počítačového vidění a jeho možného využití v managementu kvality. Hlavním důvodem k vytvoření této práce je dokázání, že tyto jednoduché metody kontroly za pomocí počítače si může dovolit i začínající podnikatelé ve výrobním sektoru. Dále porovnávám metodu kontroly za pomocí počítačového vidění s metodou kontroly za pomocí lidské práce. Při čemž se především zaměřuji na nákladovost zavedení a provozu obou metod, na rychlost splnění úkolu a na přesnost a výskyt chyb ve výsledcích způsobené měřící metodou. K tomu využiji praktickou simulaci kontrolní stanice ve smyšlené výrobní lince. Jednoduchý úkol bude postupně zpracován oběma metodami a na základě reálných výsledků budou dále porovnávány. Základním předpokladem pro vytvoření simulace s vypovídajícími výsledky je pochopení podstaty problému.
|
|
|
Nástroje strojového zpracování obrazu v ekologii
DOMIN, Daniel
Tato práce se zabývá strojovým zpracováním obrazu v biologii a ekologii. Hlavním výstupém této prace je prototyp aplikačního frameworku, který vychází z analýzy jednotlivých kroků procesu zpracování obrazu a jeho nejčastějších aplikací v oblasti biologie a ekologie. Tento framework umožňuje modelovat proces zpracování a aplikovat ho i na větší množství vstupních dat. Navíc může být rozšířen moduly o nové funkce, takže je možné ho využít obecně na jakékoliv sekvenční zpracování dat.
|
|
|
GenExLib C/C++ knihovna, Referenční příručka
Kovář, Bohumil ; Schier, Jan ; Kuneš, Michal
Tato technická zpráva obsahuje referenční příručku pro GenExLib C++ softwarovou knihovnu pro analýzu mikroskopických snímků, pořízených metodou FISH. Účelem knhovny je poskytnout metody pro detekci buněčných jader a fluorescenčních signálů, obsažených ve snímku a pro vyhodnocení jejich tvaru a základních statistických parametrů. Referenční příručka obsahuje detailní popis instalace knihovny a popis jejího použití v uživatelově kódu.
|
|
|
GenEx Software library for object detection in genetical analysis evaluation: User manual
Schier, Jan ; Kovář, Bohumil ; Kuneš, Michal
This technical report contains user manual for the GenEx library for evaluation of FISH microscopy images. The purpose of the library is to find and filter objects in images from fluorescence microscope and to detect fluorescence signals contained in these objects. The library has been designed to be used for diagnostics of the Turner syndrome chromosome aneuploidies in chromosome X, in other words, to find the (roughly round) interphase nuclei and to count the associated hybridization signals. It is characterized by the following features: - separate processing channels for DAPI and for the fluorescence signals. - no restrictions on the number of the signal channels - output in the form of a CSV-file.
|
|
| |
host ::
RSS.