|
The biological importance of CAS SH3 domain tyrosine phosphorylation
Janoštiak, Radoslav ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Dvořák, Michal (oponent)
Proteín CAS je hlavný tyrozín-fosforylovaný proteín v bunkách transformovaných virovými onkogénmi v-src a v-crk. Je to multidoménový adaptorový proteín slúžiaci ako lešenie pre zostavovanie signálnych komplexov dôležitých pre migráciu a invazivitu Src-transformovaných buniek. V N-koncovej SH3 doméne proteínu CAS bolo identifikované nové fosforylačné miesto - tyrozín 12 nachádzajúci sa na väzbovom povrchu SH3 domény. Pre štúdium biologického významu fosforylácie tyrozínu 12 boli pripravené nefosforylovateľná ( Y12F ) a fosfomimikujúca ( Y12E ) mutanta proteínu CAS. Zistili sme, že fosfomimikujúca mutácia Y12E znižuje asociáciu s kinázou FAK a fosfatázou PTP-PEST a taktiež znižuje tyrozínovú fosforyláciu kinázy FAK. Pomocou GFP značeného proteínu CAS sme následne zistili, že Y12E mutácia delokalizuje proteín CAS z fokálnych adhézií, pričom však nemá žiadny vplyv na lokalizáciu CAS do podozómov. Nefosforylovateľná mutácia Y12F zapríčiňuje hyperfosforyláciu substrátovej domény CAS a znižuje dynamiku fokálnych adhézií a s tým spojenú migračnú kapacitu myších embryonálnych fibroblastov ( MEF ) nezávisle na integrínovej signlizácii. Analogicky k migrácii, CAS Y12F znižuje i invazivitu Src-transformovaných MEF. Z výsledkov tejto diplomovej práce vyplýva dôležitosť fosforylácie Tyr 12 v SH3 doméne CAS pre...
|
|
The role of TRPV1 receptors in nociceptive signalling at spinal cord level
Mrózková, Petra ; Paleček, Jiří (vedoucí práce) ; Novotný, Jiří (oponent) ; Krůšek, Jan (oponent)
Modulace nociceptivního synaptického přenosu v zadním rohu míšním hraje klíčovou úlohu v rozvoji a udržování zejména patologických a chronických bolestivých stavů. Důležitou roli v tomto procesu hrají vaniloidní receptory typu 1 (TRPV1), které jsou přítomny na presynaptických zakončeních primárních aferentních neuronů v superficiálních oblastech zadního rohu míšního. Změny v aktivitě míšních TRPV1 receptorů mají velký dopad na nociceptivní přenos. Existuje celá řada procesů, jejichž účinek na nociceptivní přenos je zprostředkován TRPV1 receptory a které ovlivňují jejich funkci. Tato práce se zaměřila zejména na úlohu proteázou aktivovaných receptorů typu 2 (PAR2), chemokinu CCL2 a chemoterapeutika paclitaxelu, spojeného s aktivací TLR4 receptorů. PAR2 patří do rodiny receptorů spojených s G proteiny a jsou aktivovány proteázami. Role PAR2 receptorů při vnímání bolesti je úzce spjata s jejich přítomností v populaci neuronů míšních ganglii kde jsou často exprimovány s TRPV1 receptory. Tato práce se proto soustředila na modulaci nociceptivní signalizace po aktivaci míšních PAR2 receptorů. Chemokin CCL2 se ukázal být důležitým faktorem v rozvoji neuropatické bolesti po poranění nervu. V provedených experimentech byl účinek aplikace CCL2 studován hlavně vzhledem k aktivaci míšních TRPV1 receptorů....
|
|
Catalytic and Electronic Properties of Redox-Active Metalloenzymes and Transition-Metal Complexes: Insights from the Computational Chemistry.
Srnec, Martin ; Rulíšek, Lubomír (vedoucí práce) ; Himo, Fahmi (oponent) ; Papai, Imre (oponent)
Universita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Obor modelování chemických vlastností bio- a nanostrutkur Katalytické a elektronové vlastnosti "redox-aktivních" metaloenzymů a komplexů přechodných kovů z pohledu výpočetní chemie Autoreferát k disertační práci RNDr. Martin Srnec Školitel: Mgr. Lubomír Rulíšek, CSc. Ústav organické chemie a biochemie AV ČR Centrum biomolekul a komplexních molekulárních systémů Praha 2010 Úvod Kovy a jejich ionty hrají v biochemických procesech významnou úlohu. Jejich přítomnost bývá nepostradatelná například při sbalování (folding) bílkovin a stabilizaci jejich struktur. Bývají běžně hnací silou enzymové aktivity, přeměny energie, či buněčných signálů. Ještě před několika desítkami let byly metaloenzymy považovány za nevýznamnou podskupinu bílkovin. Dnes se však odhaduje, že alespoň jedna třetina všech enzymů obsahuje jeden či více kovových iontů, které jsou pro funkčnost enzymu zásadní. Metaloenzymy obvykle katalyzují energeticky náročné chemické reakce jako například hydroxylaci metanu, rozklad molekulového vodíku na protony a elektrony, štěpení vazby molekulového dusíku a kyslíku atp. Dále se účastní redoxních reakcí, přenosu elektronů či spinově zakázaných reakcí, u nichž jsou nezbytné relativistické efekty, zesílené právě přítomností kovu. Biochemická úloha mnoha...
|
|
Studies of NK cell receptors and other proteins using recombinant expression and mass spectrometry
Kavan, Daniel ; Bezouška, Karel (vedoucí práce) ; Tučková, Ludmila (oponent) ; Řehulka, Pavel (oponent)
Univerzita Karlova v Praze P írodov decká fakultař ě Katedra biochemie Studium receptor NK bun k a jinýchů ě protein pomocí rekombinantní expreseů a hmotnostní spektrometrie Autoreferát dizertační práce Daniel Kavan Školitel: Prof. RNDr. Karel Bezouška, DSc. Praha 2010 Daniel Kavan Úvod Úvod NK bu ky a jeden z jejich receptor CD69ň ů P irození zabiječi (NK bu ky) jsou subpopulacíř ň velkých granulárních lymfocyt , kterým na bun čnémů ě povrchu schází receptory charakteristické pro B a T bu ky.ň Jsou nicmén charakterizovány p ítomností NKp46 a NKp30ě ř [Moretta L. et. al. 2002]. Pojmenování bun k p irozeníě ř zabiječi vzniklo podle funkce v organismu, protože nepot ebují žádnou p edchozí aktivaci a p esto jsou schopnyř ř ř eliminovat nenormální (tedy infikované nebo transformované) bu ky z tkánň ě [Kiessling R. et. al. 1975]. Tato funkčnost je založena na kontrole MHC molekul I. T ídyř okolních bun k. Výsledná akce (zničení nebo nezničeníě cílové bu ky) je výsledkem rovnováhy aktivačních aň inhibičních signál zprost edkovanými povrchovýmiů ř receptory a p evedenými na konkrétní signální dráhyř [Raulet D. H. et. al. 2001]. Specifita NK bun k není závislá na jediném druhuě receptoru, jako je tomu u B a T bun k, ale je dánaě r znorodostí jejich povrchových receptor [Lanier L. L.ů ů 2005]. Tyto receptory pak...
|
|
Side-chain Side-chain Interactions in Proteins
Berka, Karel ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Rulíšek, Lubomír (oponent) ; Otyepka, Michal (oponent)
Universita Karlova v Praze Přírodovědecká fakulta Katedra fyzikální a makromolekulární chemie Interakce mezi vedlejšími řetězci aminokyselin v proteinech Souhrn disertační práce RNDr. Karel Berka Školitelé: Prof. Ing. Pavel Hobza, DrSc., FRSC RNDr. Jiří Vondrášek, CSc. Ústav organické chemie a biochemie AV ČR Centrum biomolekul a komplexních molekulárních systémů Praha 2009 7 Úvod Proteiny jsou univerzální a nejpoužívanější buněčné nástroje. Ve schopnosti katalyzovat chemické reakce se jim v přírodě nic nevyrovná. Mají významnou funkci v metabolismu, v buněčné signalizaci, podílí se na procesu ukládání genetické informace a tvoří i mechanickou oporu buňky. Ohromné množství funkcí proteinů s sebou nese i ohromné množství jejich tvarů a struktur. Přesto je každý protein sestaven z jednoduchých stavebních prvků - aminokyselin. Každá z nich má mnoho možností, jak interagovat se svými sousedy. Proměnlivost struktury proteinů pak jedině závisí na sekvenci řazení aminokyselin. Charakter a relativní síla jednotlivých interakcí mezi aminokyselinami se experimentálně stanovuje obtížně, protože je těchto interakcí v každém proteinu příliš mnoho. Na druhou stranu jsou metody teoretické chemie na takovýto úkol dobře přizpůsobeny a mohou vnést alespoň trochu světla do informací o struktuře, stabilitě a původu těchto...
|
|
The Interplay Between the Notch Signaling Pathway and Cellular Metabolism
SLANINOVÁ, Věra
We identified four metabolic genes as direct targets of Notch signaling pathway both in vitro and in vivo and investigated the hypothesis that Notch directed metabolic changes support the growth of the imaginal wing dics. Vice versa, we observed the influence of metabolic changes on the activity of Notch signaling pathway and we identified Sirt1 as a metabolic sensor for the Notch pathway that helps to elicit an efficient response to Notch signal, in a metabolism sensitive manner.
|
|
Vliv ekotoxikologických faktorů na spermatogenezi, morfologii a funkci spermie savců
Vašinová, Jitka ; Pěknicová, Jana (oponent) ; Hortová, Kateřina (vedoucí práce)
Narůstající neplodnost jako důsledek patologických změn spermií je aktuálním problémem současnosti. Jedním z potenciálních faktorů, které negativně ovlivňují samčí plodnost, mohou být mimo jiné rostoucí koncentrace fluoridů v životním prostředí. Ekotoxikologický efekt fluoridů může být navíc zesílen v přítomnosti hliníkových iontů, se kterými fluoridy vytváří fluoro-hlinité komplexy, které se chovají jako analogy fosfátových skupin. Tyto komplexy interferují s aktivitou G-proteinů a P-typem ATPáz, důležitými součástmi signálních drah během spermatogeneze a maturace spermií. Cílem této práce bylo sledovat vliv fluoridů na kapacitaci myších spermií in vitro a histologicky analyzovat vliv fluoridů na reprodukční orgány samců a míru spermatogeneze u myší. Fluoridy byly podávány v pitné vodě v koncentracích 0, 1, 10 a 100 ppm a současně bylo sledováno jejich synergické působení s hliníkem, který byl podáván v množství 10 ppm. Hlavním markerem úspěšně probíhající kapacitace in vitro byla míra tyrozinové fosforylace v hlavičce spermií. Získané výsledky ukazují, že nadměrná zátěž organizmu danými ionty negativně ovlivňuje spermatogenezi i schopnost spermií kapacitovat in vitro. Multigenerační studie navíc prokázala, že s postupem generací se nejvíce škodlivými stávají nízké koncentrace fluoridů hliníku,...
|
|
Periferní cirkadiánní hodiny savců, jejich molekulární mechanismus a synchronizace
Polidarová, Lenka ; Kuthan, Martin (oponent) ; Sumová, Alena (vedoucí práce)
Mammalian circadian clock in peripheral organs, molecular mechanism and entrainment The circadian system controls timing of behavioral and physiological processes in most organisms. In mammals, central oscillator is located in the suprachiasmatic nuclei (SCN) of the anterior hypothalamus. Apart from the SCN, peripheral oscillators are located in numerous organs like liver, heart, lung, muscle, intestine etc. The central and peripheral oscillators need to be synchronized by external cues (Zeitgeber). The SCN coordinates and entrains the phase of the clocks in numerous peripheral tissues via neuronal and humoral signals. For the SCN, dominant synchronizer is external light-dark cycle. Peripheral oscillators are cell-autonomous, they could work also independently of the SCN as a consequence of a feeding cycle. The basic molecular core clock mechanism responsible for generating circadian rhythms in the central and peripheral clocks is composed of transcriptional/translational feedback loops between the clock genes and their protein products. The aim of the present thesis was to ascertain whether the clock gene and protein expressions exhibit circadian rhythms in the rat intestine and whether the core clock mechanism drives expression of a cell cycle regulator rWee1. Next aim was to reveal how the circadian...
|
| |
|
Signalizace protein kinázy B a exprese cyklooxygenáz v časných fázích diabetické nefropatie
Ždychová, Jana ; Komers, Radko (vedoucí práce) ; Haluzík, Martin (oponent) ; Matoušovic, Karel (oponent) ; Škrha, Jan (oponent)
Akt kináza (Akt) je součástí kaskád převádějících signály vasoaktivních a růstových faktorů. Akt- dependentní procesy se podílejí na regulaci mechanismů relevantních pro renální patofyziologii jako jsou syntéza proteinů, viabilita, produkce NO, reabsorbce sodíku atd. Poruchy regulace renálních isoforem cyklooxygenáz produkujících biologicky významné prostanoidy mohou rovněž přispět k známým patofyziologickým mechanismům v rozvoji nefropatie a hypertenze jako důsledek molekulárních abnormalit při diabetu. Cíl: Práce je zaměřena na studium aktivity Akt a jejích efektorů, proteinů "mammalian target of rapamycin"(mTOR) a endoteliální NO syntázy (eNOS), spolu s expresí a aktivitou cyklooxygenázy 2 (COX2) v časných fázích diabetu a jejich úlohu v patofyziologii renálních moďologických a hemodynamických změn při diabetu. Materiál a metody: Aktivita Akt v renálním kortexu byla měřena pomocí kinázové assay. Exprese proteinů byla kvantifikována immunoblottingem. Studie byly prováděny na modelu DMI, tj. na potkanech u nichž byl diabetes navozen podáním streptozotocinu. Pokusná zviřata byla rozdělena do 3 skupin. První skupina diabetických zvířat byla ponechána bez léčby (STZO), druhá skupina (STZ4) byla léčena 4 jednotkanň insulinu denně a třetí skupina (STZ 12) byla léčena 12 jednotkanů insulinu denně. Cílem...
|
host ::
