|
|
Porovnávání mitochondriální DNA pro identifikaci druhů
Labounek, René ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Práce se zabývá metodou rozeznávání živočišných druhů na základě analýzy úseku mitochondriální DNA. K této analýze a zařazení se využívá úsek genu CO1 v literaturách nazýván jako čárový kód života. V úvodu práce je rozebrána teorie mitochondriální dědičnosti a podmínek tvorby čárového kódu. Z této teorie nadálé vychází její praktické využití při tvorbě knihovny vytvořených čárových kódů jednotlivých živočišných druhů. Data pro tvorbu knihovny jsou čerpány z veřejných databází NCBI a BOLD Systems. Další část práce se zabývá metodami porovnávání jednotlivých čárových kódů mezi sebou a hlavně s čárovým kódem člověka. K těmto analýzám byly použity tři hlavní výpočetní postupy. Byly to Needleman-Wunschův algoritmus, Smith-Watermanův algoritmus a porovnávání podobností pomocí distanční matice. S metodou porovnávání pomocí distanční matice je úzce spjat převod sekvencí molekuly DNA ze znakové podoby do numerických formátů, kterým se tato práce také zabývá. K usnadnění práce s daty byly vytvořeny vyhledávací algoritmy čárových kódu podle zadaného názvu druhu a naopak.
|
|
|
Fuzzy klasifikace DNA sekvencí
Těthal, Jiří ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
Práce se zabývá Fuzzy klasifikací sekvencí DNA. V první části práce jsou teoreticky shrnuty informace o fuzzy logice a metodách jejího využití v klasifikaci biologických sekvenčních dat. Druhá část se již prakticky zabývá řešením klasifikačního algoritmu pro posouzení podobnosti sekvencí. Konkrétně pro rozdělení kódujících a nekódujících částí sekvence a využití fuzzy klasifikace v DNA barcodingu.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
|
Genetická a morfologická variabilita skupiny \kur{Melampyrum nemorosum}
DRAHNÍK, Petr
Melampyrum nemorosum agg. je značně komplikovaná skupina poloparazitických rostlin. Podle tradičního pojetí se rozlišuje na 15 druhů. Molekulární analýzy z posledních let ukazují potřebu moderní taxonomické revize. Problematika celé skupiny je komplexní v důsledku pravděpodobné historické hybridizace a složité evoluční historie celé skupiny. Sekvenace 3 úseků cpDNA (trnTUGU-trnLUAA, psbA-trnHGUG, rpl32-trnLUAG) a 2 úseků jaderné DNA (Agt1 a At103) rozlišila několik geneticky odlišených skupin, u kterých byly provedeny morfologické a cytometrické analýzy.
|
|
|
Symbiotické bakterie vší rodu \kur{Polyplax}: základní fylogenetická a genomická charakterizace
ŘÍHOVÁ, Jana
Krevsající vši rodu Polyplax hostí dva bakteriální endosymbionty z čeledi Legionellales a Neisseriales. Fylogenetické a genomické analýzy naznačují typické znaky endosymbiotických bakterií a koevoluční historii s hostitelem. V genomu endosymbionta z čeledi Legionellales jsem objevila operon, který kóduje biosyntézu biotinu, esenciálního vitamínu, obzvláště důležitého pro krevsající hmyz živící se potravou s nedostatkem těchto vitamínů. Tento operon byl pravděpodobně horizontálně přenesen z bakterie Wolbachia, nutričního endosymbionta štěnice Cimes lectularius.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Benešová, Marie ; Novák, Jiří ; Tabashidze, Nana ; Švecová, Vlasta ; Špátová, Milada ; Solanský, Ivo ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Líbalová, Helena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Zpráva obsahuje jednotlivé výstupy spojené s realizací projektu (články, přednášky). Je uvedeno zhodnocení znečistění ovzduší v Teplicích, Prachaticích a v Praze za období 1994-2009 a vyhodnocení vztahu mezi znečištěným ovzduším a nemocností předškolních dětí v okrese Teplice a Prachatice. Je připojena zpráva o zdravotním stavu Romů ve sledované oblasti.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Beneš, Ivan ; Novák, Jiří ; Švecová, Vlasta ; Solanský, Ivo ; Sevastyanova, Oksana ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Chvátalová, Irena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Cílem projektu je získat nové poznatky o vztahu mezi geneticky podmíněnou vnímavostí jedince a jeho schopností vyrovnávat se (či nevyrovnávat) se zátěží životního prostředí. Hlavním přínosem projektu je stanovení vlivu polutantů z ovzduší na změny v genetickém materiálu. Projekt je rozpracován do následujících dílčích cílů: 1. Sledování a analýza nemocnosti (infekční onemocnění horních i dolních dýchacích cest, alergie) vybrané skupiny cca 1 000 dětí v modelových okresech Teplice a Prachatice do věku 10 let. 2. Stanovení PAU-DNA aduktů vzniklých v prenatálním období metodou ELISA u kohorty 1 100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození). 3. Stanovení oxidačního poškození DNA v prenatálním období u kohorty 1 100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození). 4. Stanovení SNP genetického polymorfismu čipovou technologií u kohorty 1100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození). 5. Zhodnocení vztahu genotypu novorozence k jeho postižení nitroděložní růstovou retardací (IUGR), a pozdější nemocnost těchto dětí s ohledem na stav ovzduší. 6. Studium významu genotypu jedince, ovlivňujiícího interakce se znečištěným ovzduším, vzhledem k nemocnosti sledovaných dětí. 7. Studium specifity skupin genů (metabolických drah) na tvorbu PAU-DNA aduktů a oxidační poškození. 8. Analýza vztahu mezi expozicí PM2.5, k-PAU, PAU-DNA adukty, oxidačním poškozením DNA a genotypem. 9. Zhodnocení významu PAU-DNA aduktů a oxidačního poškození DNA u dětí při narození jako indikátoru genetické zátěže jedince, vliv na nemocnost ledovaných dětí. 10. Zhodnocení vývoje znečištěného ovzduší v Teplicích (AIM ČHMÚ) a Prachaticích (AIM MÚ Prachatice) do r. 2010. 11. Doporučení interpretace získaných výsledků pro potřeby hodnocení rizika a v případě možnosti pro snížení negativních účinků znečištěného ovzduší na zdravotní stav dětí.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Benešová, Marie ; Novák, Jiří ; Tabashidze, Nana ; Švecová, Vlasta ; Špátová, Milada ; Solanský, Ivo ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Líbalová, Helena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Zpráva obsahuje jednotlivé výstupy spojené s realizací projektu (články, přednášky). Je uvedeno zhodnocení znečistění ovzduší v Teplicích, Prachaticích a v Praze za období 1994-2009 a vyhodnocení vztahu mezi znečištěným ovzduším a nemocností předškolních dětí v okrese Teplice a Prachatice. Je připojena zpráva o zdravotním stavu Romů ve sledované oblasti.
|
|
|
Vliv variability genomu na interakci lidského organismu a životního prostředí - ENVIRONGENOM
Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i., Praha ; Skorkovský, Jiří ; Benešová, Marie ; Novák, Jiří ; Tabashidze, Nana ; Švecová, Vlasta ; Špátová, Milada ; Solanský, Ivo ; Nováková, Zuzana ; Milcová, Alena ; Líbalová, Helena ; Dejmková, Eva ; Schmutzerová, Jana ; Topinka, Jan ; Rössner, Pavel ; Dostál, Miroslav ; Brdička, Radim ; Šrám, Radim
Projekt je rozpracován do následujících dílčích cílů: Sledování a analýza nemocnosti (infekční onemocnění horních i dolních dýchacích cest, alergie) vybrané skupiny cca 1000 dětí v modelových okresech Teplice a Prachatice do věku 10 let. , Stanovení PAU-DNA aduktů vzniklých v prenatálním období metodou ELISA u kohorty 1100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození), Stanovení oxidačního poškození DNA v prenatálním období u kohorty 1 100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození), Stanovení genetického polymorfismu čipovou technologií u kohorty 1100 dětí z modelových okresů Teplice a Prachatice (DNA získaná při narození), Zhodnocení vztahu genotypu novorozence k jeho postižení nitroděložní růstovou retardací (IUGR), a pozdější nemocnost těchto dětí s ohledem na stav ovzduší, Studium významu genotypu jedince, ovlivňujiícího interakce se znečištěným ovzduším, vzhledem k nemocnosti sledovaných dětí, Studium specifity skupin genů (metabolických drah) na tvorbu PAU-DNA aduktů a oxidační poškození, Analýza vztahu mezi expozicí PM2.5, k-PAU, PAU-DNA adukty, oxidačním poškozením DNA a genotypem, Zhodnocení významu PAU-DNA aduktů a oxidačního poškození DNA u dětí při narození jako indikátoru genetické zátěže jedince, vliv na nemocnost sledovaných dětí, Zhodnocení vývoje znečištěného ovzduší v Teplicích (AIM ČHMÚ) a Prachaticích (AIM MÚ Prachatice) do r. 2010, Doporučení interpretace získaných výsledků pro potřeby hodnocení rizika a v případě možnosti pro snížení negativních účinků znečištěného ovzduší na zdravotní stav dětí. Zpráva obsahuje především publikované výstupy projektu.
|
|
| |
host ::
RSS.