|
|
Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování
Jugas, Robin ; Provazník, Ivo (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá sekvenačními metodami a metodami sestavení genomu s využitím numerických reprezentací. Teoretická část práce popisuje historii objevu DNA, jednotlivé generace sekvenačních metod, samotné metody sestavení genomu a definici numerických reprezentací. Numerické reprezentace slouží pro převod znakové podoby DNA do numerické podoby a umožňují tak využití metod digitálního zpracování signálu. V práci je navržen algoritmus pro sestavení genomu s využitím numerické reprezentace, který je dále otestován na datech sekvencí.
|
|
|
Číslicové zpracování elektroforetogramů
Ondroušek, Lukáš ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Cílem této práce je seznámení s elektroforetickými metodami a jejich využitím, popis několika základních filtračních metod, které jsou vhodné pro zpracování elektroforetogramů. A následné využítí v programu, který je vytvořen v grafickém prostředí programu Matlab, a zpracovává elektroforetogramy. Funkčnost programu bude vyzkoušena na Sangerových obrázcích.
|
|
|
Genotypizace bakterií rodu \kur{Xanthomonas} patogenních pro rajče a papriku multilokusovým sekvenováním
STEHLÍKOVÁ, Dagmar
Předmětem této bakalářské práce je zjištění míry příbuznosti u 20 sbírkových izolátů rodu Xanthomonas způsobujících bakteriální skvrnitost rajčat a paprik. K určení příbuznosti byla použita metoda multilokusové sekvenční analýzy (MLSA). Byly zjištěny sekvence genů atpD, rpoD, gyrB, glnA a efP, které byly analyzovány pomocí softwaru MEGA verze 5.1. Výsledek byl vyhodnocen pomocí dendrogramu, dle kterého byly izoláty rozděleny do dvou klastrů. První klastr zahrnuje izoláty druhu Xanthomonas euvesicatoria spadající do skupiny A. Druhý klastr pak zahrnuje izoláty druhu Xanthomonas vesicatoria skupiny B. Výsledky dosažené v této práci se shodují se současnou klasifikací xanthomonád způsobujících bakteriální skvrnitost rajčat a paprik.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Identifikace a sekvenování genomu nového viru infikujícího vojtěšku
BEČKOVÁ, Martina
Samples of lucerne plants characteristic with local necrosic lesions, leave malformation and yellow spots on leaves were investigated with transmission electron microscopy. Virus particles observed there were filamentous ones of 600 to 700 nm long. Nucleic acid was isolated, transcribed and amplified using PCR. Genus-specific primers were designed based on reverse genetics from the highly conserved genes for carlaviruses, potexviruses and potyviruses. Successful amplification with carlavirus-specific primers, sequencing and comparison with sequences in GenBank database revealed presence of a carlavirus. This was later identified by nucleotide sequence comparison as a new isolate V4 of Alfalfa latent virus. Specific primers for isolate V4 were designed in a coat protein position. Half of the genom of this virus was obtained with PCR and PCR modified amplifications and compared with sequences of Alfalfa latent virus and Pea streak virus from GenBank.
|
|
|
Fylogeografie a genetická variabilita \kur{Diuraphis noxia} (\kur{Aphididae})
PAŠÍKOVSKÝ, Jiří
Podstatou práce byl výzkum genetické variability přírodních populací Diuraphis noxia (Aphididae) pomocí mikrosatelitních markerů a markerů pro EPIC-PCR. Prvním cílem bylo zavedení metody pro mikrosatelitní lokusy a její optimalizace Diuraphis noxia. Poté následovalo zavedení metody EPIC-PCR a její optimalizace pro Diuraphis noxia. Poté následovala samotná pilotní studie, ve které byli analyzováni jedinci ze 47 lokalit z celého světa. Pomocí mikrosatelitních markerů byla potvrzena očekávaná variabilita mezi jednotlivými populacemi i uvnitř populací. Metodou EPIC-PCR byla zjištěna největší genetická variabilita mezi Chile a Alžírskem za použití markeru pro cytochrom C. Tyto poznatky lze dále využit ke komplexní studii Diuraphis noxia.
|
|
| |
host ::
RSS.