|
|
ADP-ribosylation in ARH3-deficient cells and its impact on cellular functions
Kuttichová, Barbora ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Valihrach, Lukáš (oponent)
ADP-ribosylace je běžná postranslační modifikace, která reguluje různé buněčné procesy, včetně oprav poškozené DNA. Tento proces je katalyzován poly-ADP-ribóza polymerázami (PARP) a zahrnuje přenos ADP-ribózových jednotek z redoxního kofaktoru NAD+ na proteiny, včetně histonů. Pro udržení buněčné homeostázy musí být řetězce ADP- ribózy rychle odbourávány ADP-ribosyl glykohydrolázami. Ačkoliv je poly-ADP-ribóza glykohydroláza (PARG) vysoce účinná, nedokáže odštěpit poslední ADP-ribózovou jednotku. Proto se na odstranění terminální mono-ADP-ribózy podílejí dvě glykohydrolázy TARG1 a ARH3. Tento proces odstranění je nezbytný, protože umožňuje přístup opravných faktorů na poškozené místo DNA. Hlavním cílem této práce je charakterizovat buňky získané od pacientů s homozygotními mutacemi ARH3 a vyvinout vhodné nástroje pro lepší pochopení molekulárního mechanismu, kterým mutace ARH3 ovlivňují ADP-ribosylaci, a jak přispívají ke vzniku souvisejícího neurologického onemocnění. Za tímto účelem jsem měřila hladiny proteinu ARH3 a detekovala zvýšenou mono-ADP-ribosylaci ve fibroblastech získaných od pacientů s mutací v ARH3. Dále jsem hodnotila citlivost těchto buněk k různým inhibitorům PARP, které mají potenciál pro terapeutickou léčbu. Pro získání hlubšího vhledu do toho, jak přesně dysregulovaná...
|
|
|
Effect of selected antineoplastic drugs on the gene expression of DNA repair proteins
Klčová, Silvia ; Jirkovská, Anna (vedoucí práce) ; Suchá, Simona (oponent)
Univerzita Karlova v Prahe, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra biochemických vied Kandidát: Bc. Silvia Klčová Školiteľ: PharmDr. Anna Jirkovská, Ph.D. Názov práce: Vplyv vybraných protinádorových liečiv na génovú expresiu proteínov účastniacich sa bunkovej odpovede na poškodenie DNA Každá jedna bunka ľudského organizmu je nepretržite vystavovaná širokému spektru stresových faktorov, konzekvenciou ktorých vznikajú poškodenia v molekule DNA. Vzniknuté zmeny predstavujú škálu alterácií - od jednoduchých alkylačných modifikácií báz až po najnepriaznivejšie dvojvláknové zlomy. Vplyv bunkového stresu a následné genotoxické poškodenie DNA je však dvojsečná zbraň. Na jednej strane môžu byť typické alterácie v genóme vyvolané vplyvom mutagénnych agens (ako napríklad zložky tabakového dymu či ionizujúce žiarenie), pričom akumuláciou dôsledkov ich pôsobenia nastane strata kontroly nad jednotlivými krokmi bunkového cyklu, čo vyústi v nádorovú transformáciu bunky. Avšak na strane druhej, navodenie detrimentálneho účinku zasahujúceho do genómu nádorových buniek je jedným zo základných prístupov cytostatickej liečby malignít. V našej práci sme sa preto zamerali na štúdium niekoľkých antineoplastických liečiv široko využívaných v klinickej praxi (etopozid, daunorubicín), či podstupujúcich klinické...
|
|
|
Males-females differences in the spectrum of chromosomal aberrations in the group of nanocomposites production workers
Rössnerová, Andrea ; Pelcová, D. ; Ždímal, Vladimír ; Elzeinova, Fatima ; Margaryan, Hasmik ; Chvojková, Irena ; Topinka, Jan ; Schwarz, Jaroslav ; Ondráček, Jakub ; Koštejn, Martin ; Komarc, M. ; Vlčková, Š. ; Fenclová, Z. ; Lischková, L. ; Dvořáčková, Š. ; Rössner ml., Pavel
An increase in the use of nanomaterials (NM) has been witnessed in many areas of human life. Therefore, assessment of genotoxicity of NM and nanoparticles (NP) is one of the main objectives of genetic toxicology. Despite this fact, human cytogenetic studies following the exposure to NP are still rare. Moreover, no relevant information on possible differences in sensitivity to NP related to gender is available.\n\nIn this study we periodically (in September 2016, 2017 and 2018; pre-shift and post-shift each year) analyzed a group of workers (both genders), working long time in nanocomposites research, and matched controls. Aerosol exposure monitoring of particulate matter including nano-sized fractions was carried out during working shift. Micronucleus assay using Human Pan Centromeric probes, was applied to distinguish, besides the frequency of total MN in binucleated cells (BNC), also other types of chromosomal damage (losses and breaks). Moreover, whole-chromosome painting (WCP) for autosome #1 and both gonosomes (X and Y) were applied in third sampling period (2018) with the aim to identify the particular structural and numerical chromosomal aberrations.\n\nObtained results showed: (i) differences in the risk of exposure to NP related to individual working processes (welding, smelting and machining); (ii) differences in chemical composition of nano-fraction; (iii) no effect of chronic exposure of NP (total MN) opposite to significant effect of acute exposure; (iv) gender-related DNA damage differences (females seem to be more sensitive to chromosomal losses). Additional data from WCP suggested increased frequency of numerical aberrations in gonosomes.
Plný tet:  PDF
|
|
| |
|
| |
|
|
Studium poškození DNA pomocí PCR
Jansová, Adéla ; Jirkovská, Anna (vedoucí práce) ; Matoušková, Petra (oponent)
Abstakt Univerzita Karlova Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra Biochemických věd Kandidátka: Bc. Adéla Jansová Školitel: PharmDr. Anna Jirkovská, Ph.D. Název diplomové práce: Studium poškození DNA pomocí PCR Klíčová slova: funkce DNA, DNA poškození, PCR, SINE elementy Předávání genetické informace budoucím generacím je možné díky replikaci DNA za pomoci enzymů, hlavně DNA polymerasy. Nejdůležitější funkcí DNA je biosyntéza proteinů, které vykonávají specifické funkce v celé buňce. Kódující DNA sekvence jsou zdrojem pro syntézu proteinů. Ty vznikají transkripcí dané sekvence za pomoci RNA polymerasy a následně jsou translací přeloženy na aminokyseliny. Nekódující sekvence mají hlavně regulační funkce, jsou to funkční molekuly DNA (rRNA, tRNA, snRNA) a regulační oblasti (promotory, zesilovače a tlumiče), dále také transpozony (SINE, LINE) a pseudogeny. Poškození DNA způsobuje UV záření, ionizační záření, chemické látky (léky na bázi cisplatiny, alkylační látky, apod.), reaktivní formy kyslíku a také dochází k poškození DNA deaminací bází. Při poškození se aktivují opravné procesy, které odstraňují chybné párování, addukty a zlomy. Pokud se nepodaří poškození odstranit opravnými procesy, dochází k tvorbě mutací, senescenci nebo buněčné smrti. Stanovit poškození DNA je možné několika metodami podle...
|
|
|
Role WSS1 proteasy v DNA reparačních procesech kvasinkové buňky.
Adámek, Michael ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Zachování integrity DNA je v průběhu života kritické pro každý živý organismus. Organismy si proto vyvinuly mnoho způsobů, jak detekovat a opravit různé typy poškození DNA, způsobené endogenními i exogenními vlivy, vyúsťující dále v replikační stres. Chyby v těchto opravných mechanismech mohou vést k závažným lidským onemocněním, jako jsou neurologické poruchy, familiární druhy onkologických onemocnění nebo vývojové syndromy. V této diplomové práci byla zkoumána funkce kvasinkového proteinu Wss1, metaloproteasy, která se podílí na nedávno objevené DNA opravné dráze, která proteolyticky odstraňuje proteiny kovalentně zachycené na zuje silnou negativní interakci s jinou proteasou opravující DNA, Ddi1, přičemž bylo objeveno, že kvasinkový kmen postrádající současně geny je hypersenzitivní na hydroxyureu. Hydroxyurea inhibuje ribonukleotidreduktasu, čímž v konečném důsledk způsobuje zastavení buňky v fázi buněčného cyklu. V rámci této diplomové práce byly na základě předchozích studií provedeny tzv. "rescue" experimenty s různými variantami Wss1, postrádajícími jednotlivé domény či obsahujícími bodové aminokyselinové záměny. Tyto experimenty následně posloužily k posouzení účasti jednotlivých domén proteinu Wss1 v odpovědi na replikační stres vyvolaný hydroxymočovinou.
|
|
|
Novel Approaches in Electrochemical Determination of Xenobiotic Compounds and in Study of Their Interaction with DNA
Hájková, Andrea ; Vyskočil, Vlastimil (vedoucí práce) ; Trnková, Libuše (oponent) ; Labuda, Ján (oponent)
Předložená disertační práce je zaměřena na vývoj analytických metod pro stanovení vybraných cizorodých látek a ke sledování poškození DNA, které mohou způsobit. Hlavní pozornost byla věnována vývoji a testování netoxických elektrodových materiálů pro přípravu miniaturizovaných elektrochemických zařízení a nových elektrochemických DNA biosenzorů. 2-Aminofluoren-9-on (2-AFN) byl vybrán jako modelový polutant životního prostředí, který patří do skupiny nebezpečných genotoxických látek. Jeho karcinogenní a mutagenní účinky mohou představovat riziko jak pro životní, tak pro pracovní prostředí. 2-AFN má oxo skupinu, kterou lze elektrochemicky redukovat, a aminoskupinu, kterou lze elektrochemicky oxidovat. Voltametrické chování 2-AFN v negativní oblasti potenciálu bylo zkoumáno na rtuťovým meniskem modifikované stříbrné pevné amalgamové elektrodě (m-AgSAE), která představuje netoxickou a mechanicky stabilní alternativu ke rtuťovým elektrodám. Tato pracovní elektroda byla následně použita pro vývoj nově navrženého miniaturního elektrodového systému (MES), který má mnoho výhod, jako je možnost jednoduchého měření v terénu, snadná přenosnost a měření ve 100µL objemu vzorku. Také elektroda ze skelného uhlíku (GCE) byla použita pro další výzkum elektrochemického chování 2-AFN a jeho stanovení v katodické i...
|
|
|
Odpověď na poškození DNA u Huntingtonovy choroby
Vachová, Veronika ; Šolc, Petr (vedoucí práce) ; Roth, Jan (oponent)
Huntingtonova choroba (HD) je autozomálně dominantní neurodegenerativní onemocnění, které vede ke ztrátě striatálních neuronů v bazálních gangliích. HD se projevuje nekoordinovanými pohyby a progresivním narušením kognitivních funkcí. HD je poměrně vzácné onemocnění a vyskytuje se přibližně u 0,01 % západoevropské populace. Je způsobena expanzí CAG repetice v genu pro huntingtin (HTT). Tato mutace vede k prodloužení polyglutaminového řetězce. Během exprese mutantního huntingtinu (mHTT) dochází v buňce k akumulaci dvouřetězcových zlomů (DSB) kvůli snížené schopnosti je opravit, což přispívá k patogenezi HD. Tento mechanismus však není zcela objasněn. Je několik úhlů pohledu, jak mHTT narušuje odpověď na DNA poškození (DDR). Některé studie tvrdí, že při expresi mHTT dochází k nadměrné aktivaci DDR včetně p53 signální dráhy vedoucí k apoptóze. Další výsledky poukazují na neschopnost buňky efektivně dokončit opravu pomocí nehomologního spojování konců (NHEJ) nebo neschopnost buňky tyto DSB dokonce rozeznat. Všechny tyto teorie mohou vysvětlit buněčnou smrt v důsledku vysokého počtu neopravených DNA poškození. Pochopení těchto mechanismů je důležité pro vývoj terapeutických strategií. Klíčová slova: Huntingtonova choroba, huntingtin, dvouřetězcové zlomy DNA, DNA poškození, homologní rekombinace,...
|
|
|
Mercury Electrodes as Tools for Voltammetric Determination of Biologically Active Organic Compounds and for Detection of Their Interaction with DNA
Horáková, Eva ; Vyskočil, Vlastimil (vedoucí práce) ; Ludvík, Jiří (oponent) ; Vytřas, Karel (oponent)
Hlavní cílem této dizertační práce bylo využití pro voltametrickou analýzu tradičních rtuťových elektrod k vývoji elektroanalytických metod stanovení organických xenobiotik a ke studiu jejich interakce s dvouvláknovou deoxyribonukleovou kyselinou (DNA). V návaznosti na můj předchozí výzkum (vedený v rámci mé diplomové práce) byl prvním zkoumaným analytem 4-nitrobifenyl (4-NBP), který je podezřelý z karcinogenity. Interakce DNA se 4-NBP byla studována diferenční pulzní voltametrií (DPV), cyklickou voltametrií (CV) a chronocoulometrií na visící rtuťové kapkové elektrodě (HMDE), a dále s využitím CV a AC voltametrie (voltametrie se střídavým potenciálem) na DNA modifikované HMDE. Pomocí CV byl studován mechanismus redukce 4-NBP. Dále byla věnována pozornost studiu interakce DNA se 4-aminobifenylem (4-ABP), metabolitem 4-NBP, a s meziprodukty redukce 4-NBP. Bylo zjištěno, že vlivem interakce DNA se 4-NBP a 4-ABP dochází ke vzniku agregátů DNA s těmito analyty. Druhým studovaným analytem byla methylová violeť 2B (MV). Ke stanovení MV v pufrovaném roztoku byly použity DC tast polarografie a diferenční pulzní polarografie na kapající rtuťové elektrodě (DME) a DC voltametrie, DPV a diferenční pulzní adsorpční rozpouštěcí voltametrie (DPAdSV) na HMDE. Nejnižší mez stanovitelnosti (13 nmol L−1 ) byla...
|
host ::
RSS.